Penelitian ini bertujuan untuk Menganalisis Konfigurasi dengan biaya terendah, Just In Time (JIT) dan fleksibility pada rantai pasokan pada pasar tradisional dan modern oleh produsen, pedagang kecil, pedagang besar dan pedagang perantara untuk saluran rantai pasokan dari Minahasa Selatan pada kecamatan Modoinding (sentra komoditi sayur) ke wilayah kota Manado melalui pelanggan pasar tradisional dan pasar modern. Metode pengolahan dan analisis data deskriptif kualitatif dan kuantitatif dengan membagi tiga jenis sayur yaitu Kentang, kubis dan tomat. Lokasi penelitian dipilih secara proporsive sampling yaitu pada kabupaten Minahasa Selatan kecamatan Modoinding dan kota Manado. Hasil penelitian menunjukkan biaya logistik terendah pada pasar tradisional dan modern terdapat pada konfigurasi II (Petani – Pedagang Pengumpul Kecil – Pasar), JIT berdasarkan waktu tunggu terendah untuk pasar tradisional dan modern yaitu pada Konfigurasi II, dan Konfigurasi III (Petani – Pedagang Pengumpul Besar – Pasar), sedangkan untuk fleksibility pada konfigurasi III merupakan yang tertinggi untuk pasar tradisional dan modern.