Se evaluó la presencia de hongos endófitos en hojas de Thalassia testudinum a través del secuenciamiento de la región ITS encontrando abundancias de Ascomicetos (35,9 %), Basidiomicetos (2,9 %) y un alto porcentaje (60 %) de secuencias no clasificadas dada la limitada base de datos existentes. La familia más abundante fue Saccharomycetales _fam_Incertae_sedis (Ascomicetos) aunque un gran número de secuencias no pudieron ser identificadas a este nivel, mientras que, en Basidiomicetos la familia más abundante fue Sporidiobolaceae. A nivel de género se observó variedad tanto de Ascomicetos como de Basidiomicetos, incluyendo levaduras y hongos filamentosos y se evidenció diferencia entre áreas de muestreo. Los resultados demuestran que la microbiota endófita de T. testudinum es muy variada e incluye géneros no descritos previamente de los que se desconoce su interacción con el hospedero y su papel en el mantenimiento de la salud de estas praderas de pastos marinos en el Caribe Colombiano.