A área rural de Joinville tem como característica principal a atividade de agricultores de pequeno e médio porte, juntamente com o turismo rural. A Estrada Bonita, localizada na Área de Proteção Ambiental Serra Dona Francisca, tem vários estabelecimentos relacionados ao turismo rural, tais como hotéis, trilhas e restaurantes. O Rio Pirabeiraba situa-se ao lado dessa estrada e recebe muitos visitantes e banhistas. Portanto, é importante monitorar o rio para saber se essas atividades adjacentes estão impactando o rio. O monitoramento foi realizado por meio da análise de parâmetros físico-químicos, microbiológicos e ecotoxicológicos em dois pontos distintos (A e B) do rio durante 12 meses, para verificar possíveis alterações nas características de acordo com a região e a sazonalidade. Para verificar se há despejo de efluentes domésticos, fez-se teste para detectar a presença de coliformes termotolerantes. Para verificar se há toxicidade ecológica, foi utilizado o microcrustáceo bioindicador Daphnia magna. Ambos os pontos se mostraram impactados e com alterações no ciclo de vida de Daphnia magna. A análise microbiológica mostrou que o ponto B tem mais incidência de coliformes em todos os meses de coleta, sendo o número superior ao estabelecido pela Resolução Conama n.º 357.