En este artículo se reflexiona sobre el traslape de competencias entre el área protegida (Parque Nacional Natural La Paya) y varios resguardos indígenas del pueblo Murui Muina en el municipio de Puerto Leguízamo, departamento del Putumayo (Colombia). El objetivo es valorar el proceso de relacionamiento, entre tensiones y arreglos, de dos perspectivas culturales, políticas y ontológicas diferenciadas, con competencias en la gestión ambiental de un mismo espacio geográfico. La aproximación teórica se realiza a partir de los estudios territoriales y, metodológicamente, se analizan las dinámicas de la política pública ambiental y el reconocimiento de agencia política de las autoridades indígenas, centrándonos en la firma del acuerdo político de voluntades –APV-, entre PNN La Paya y autoridades indígenas, que pretende avanzar en el objetivo común de cuidar la Amazonía. Los resultados obtenidos muestran el importante avance en el reconocimiento, por parte del Estado colombiano, de las capacidades y competencias de este pueblo indígena para cuidar las condiciones de los ecosistemas del PNN La Paya. Se concluye valorando el camino de gobernanza territorial de territorios plurales como posibilidad de protección de la Pan-Amazonía como bien común de la humanidad.