Actividades antropogénicas como la deforestación y los incendios generan pérdida de biodiversidad a nivel mundial. Ecuador es considerado un país megadiverso con 25000 especies de plantas, entre las que destacan los helechos. Sin embargo, este grupo de plantas el estudio de su diversidad y estado de conservación es limitado para la mayoría de las áreas naturales del país. En este estudio se realizó un inventario y se evaluó el estado de conservación de helechos y licofitas en la Estación Experimental La Favorita, ubicada en el occidente de Ecuador. Se muestreó y registro datos biológicos de especímenes en lugares que no se observó perturbaciones antropogénica o ecológica reciente, mediante cuadrantes de 20x20 m. Utilizando el software PAST 3,2 se calcularon los índices de diversidad de Margalef, Simpson y Shannon – Wiener. Se obtuvo un alto rango de diversidad en el bosque nativo. El índice de Sorensen determinó un 96,67 % de similitud de helechos y licofitas compartido entre el bosque nativo y el bosque de eucaliptos. Se contabilizaron un total de 6013 especímenes, pertenecientes a 32 especies. Mediante una adaptación del índice SUMIN se evaluó el estado de conservación, siendo las especies Tectaria pilosa, Adiantum patens y Pteris muricata las que presentan mayor prioridad de conservación, mientras que las especies: Alsophila erinacea, Equisetum bogotense y Blechnum polypodioides se consideraron de atención especial, al presentar una considerable disminución de individuos o la ausencia en uno o más tipos de bosque.