O relato de produção de microcistinas tem aumentado nas últimas décadas e é um problema preocupante em diversos ambientes aquáticos naturais e antropizados, em especial nos lênticos. Poucos são os relatos de presença de cianotoxinas em ambientes lóticos, entre estes está o registro no rio Tapajós. O presente estudo teve por objetivo analisar a ocorrência de microcistina em amostras de água coletadas em escala quinzenal no rio Tapajós (Santarém, PA, Brasil) em uma região de recreação ao longo de um ciclo anual. A concentração de microcistina foi quantificada pelo método Imunológico-ELISA. Ao longo do estudo foram registradas a ocorrência de 11 táxons de cianobactérias, sendo Microcystis, Dolichospermum e Planktothrix os gêneros que apresentam espécies potencialmente produtoras de cianotoxinas. A presença de microcistina foi constatada em todo o período amostrado e sua concentração máxima esteve associada à presença de espécies do gênero Microcystis sp. Embora os valores constatados sejam inferiores aos considerados como limite para o uso recreativo, a ocorrência de gêneros de cianobactérias, potencialmente produtores de cianotoxinas, e o fato da detecção de microcistina em todo o período de estudo, torna-se importante os estudos sobre este grupo de microrganismos no rio Tapajós. Temporalmente, não foi constatado diferenças significativas dos níveis de microcistina em relação ao regime pluviométrico e ao pulso de inundação.