Manajemen hatchery penting untuk mempertahankan keragaman genetik dan kebugaran populasi dari spesies langka dan terancam punah di pembudidaya dan hal ini sulit dilakukan, tetapi menjadi keharusan untuk biologi konservasi. Kebugaran dan struktur populasi tergantung pada efektif breeding number (Ne) dan konektivitas populasi antara satu sama lain serta aliran gen dan pergeseran genetik. Ne memiliki peran utama dalam pemeliharaan keanekaragaman genetik dan sebagai indikator terjadinya inbreeding dan pergeseran genetik. Terdapat 6 hatchery sampel di wilayah Jakarta dan Bekasi Indonesia dengan menggunakan 12 lokus mikrosatelit polimorfik untuk mengukur struktur genetik populasi. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa masing-masing hatchery memiliki metode yang berbeda. Pembudidaya paling lama adalah bapak Gusi dan bapak Hasan (30 tahun). Ne di hatchery bapak Hasan dan bapak Gusi adalah 66.667 dan nilai F adalah 0,00749 dan nilai kehilangan alel (P) adalah 0,26183. Dibandingkan dengan pembudidaya bapak Yahya (5 tahun) memiliki Ne = 133.333, F = 0,00375 dan P = 0,06855. Meskipun penetasan di hatchery bapak Hasan dan bapak Gusi memiliki nilai Ne, F dan P yang sama, tetapi hasil struktur populasinya adalah populasi pendiri yang berbeda. Hatcheri bapak Hasan memiliki struktur yang unik dan komposisi alel dibandingkan dengan pembenihan lainnya