publication . Doctoral thesis . Other literature type . 2011

Experimental and bioinformatic analysis of aerobic anoxygenic photosynthesis in the photoheterotrophic marine bacterium Dinoroseobacter shibae DFL12

Tomasch, Jürgen;
Open Access German
  • Published: 27 Jun 2011
  • Country: Germany
Abstract
Bakterielle aerobe anoxygene Photosynthese (AAP) ist ein bedeutenter Mechanismus zur Energiegewinnung in marinen Habitaten. Sie trägt bis zu 5% zum photosynthetischen Elektronentransport an der Oberfläche der Ozeane bei. In dieser Arbeit wurde Dinoroseobacter shibae, ein Vertreter der global verbreiteten marinen Roseobacter-Gruppe genutzt um die Antwort des Transkriptoms auf eine Veränderung der Lichtverhältnisse zu untersuchen. Hierfür wurde kontinuierliche Kultivierung im Chemostat in Kombination mit Zeit-aufgelöster Microarray-Analyse genutzt um Muster der Genregulation bei einem Wechsel von Dunkel zu Licht und umgekehrt zu identifizieren. Der Wechsel von het...
Persistent Identifiers
Subjects
free text keywords: doctoral thesis, 579, ddc:5, ddc:57, ddc:579
Related Organizations
62 references, page 1 of 5

[3] Kolber, Z. S., F. G. Plumley, A. S. Lang, J. T. Beatty, R. E. Blankenship, C. L. VanDover, C. Vetriani, M. Koblizek, C. Rathgeber und P. G. Falkowski: Contribution of aerobic photoheterotrophic bacteria to the carbon cycle in the ocean. Science (New York, N.Y.), 292(5526):2492-2495, 2001.

[4] Kolber, Z. S., C. L. Van Dover, R. A. Niederman und P. G. Falkowski: Bacterial photosynthesis in surface waters of the open ocean. Nature, 407(6801):177-179, 2000.

[5] Béjà, O., L. Aravind, E. V. Koonin, M. T. Suzuki, A. Hadd, L. P. Nguyen, S. B. Jovanovich, C. M. Gates, R. A. Feldman, J. L. Spudich, E. N. Spudich und E. F. DeLong: Bacterial rhodopsin: evidence for a new type of phototrophy in the sea. Science (New York, N.Y.), 289(5486):1902- 1906, 2000.

[6] Rusch, Douglas B., Aaron L. Halpern, Granger Sutton, Karla B. Heidelberg, Shannon Williamson, Shibu Yooseph, Dongying Wu, Jonathan A. Eisen, Jeff M. Hoffman, Karin Remington, Karen Beeson, Bao Tran, Hamilton Smith, Holly Baden-Tillson, Clare Stewart, Joyce Thorpe, Jason Freeman, Cynthia AndrewsPfannkoch, Joseph E. Venter, Kelvin Li, Saul Kravitz, John F. Heidelberg, Terry Utterback, Yu-Hui H. Rogers, Luisa I. Falcón, Valeria Souza, Germán Bonilla-Rosso, Luis E. Eguiarte, David M. Karl, Shubha Sathyendranath, Trevor Platt, Eldredge Bermingham, Victor Gallardo, Giselle Tamayo-Castillo, Michael R. Ferrari, Robert L. Strausberg, Kenneth Nealson, Robert Friedman,

[14] Goericke, R.: Bacteriochlorophyll a in the ocean: Is anoxygenic bacterial photosynthesis important? Limnol. Oceanogr., 47(1):290-295, 2002. [OpenAIRE]

[15] Lami, Raphaël, Matthew T. Cottrell, Joséphine Ras, Osvaldo Ulloa, Ingrid Obernosterer, Hervé Claustre, David L. Kirchman und Philippe Lebaron: High abundances of aerobic anoxygenic photosynthetic bacteria in the South Pacific Ocean. Applied and environmental microbiology, 73(13):4198-4205, 2007.

[16] Cottrell, Matthew T., Antonio Mannino und David L. Kirchman: Aerobic anoxygenic phototrophic bacteria in the Mid-Atlantic Bight and the North Pacific Gyre. Applied and environmental microbiology, 72(1):557-564, 2006.

[17] Jiao, Nianzhi, Yao Zhang, Yonghui Zeng, Ning Hong, Rulong Liu, Feng Chen und Pinxian Wang: Distinct distribution pattern of abundance and diversity of aerobic anoxygenic phototrophic bacteria in the global ocean. Environmental microbiology, 9(12):3091-3099, 2007.

[18] Jiao, Nianzhi, Fan Zhang und Ning Hong: Significant roles of bacteriochlorophylla supplemental to chlorophylla in the ocean. The ISME journal, 4(4):595-597, 2010.

[19] Koblízek, Michal, Michal Masín, Josephine Ras, Alex J. Poulton und Ondrej Prásil: Rapid growth rates of aerobic anoxygenic phototrophs in the ocean. Environmental microbiology, 9(10):2401-2406, 2007.

[20] Blankenship, Robert E.: Early evolution of photosynthesis. Plant physiology, 154(2):434-438, 2010.

[21] Shimada, Keizo: Aerobic Anoxygenic Phototrophs. In: Govindjee, Jan Amesz, James Barber, Robert E. Blankenship, Norio Murata, William L. Ogren, Donald R. Ort, Robert Blankenship, Michael Madigan und Carl Bauer (Herausgeber): Anoxygenic Photosynthetic Bacteria, Band 2 der Reihe Advances in Photosynthesis and Respiration, Kapitel 6, Seiten 105-122. Springer Netherlands, Dordrecht, 2004.

[22] Cho, Jang-Cheon C., Martha D. Stapels, Robert M. Morris, Kevin L. Vergin, Michael S. Schwalbach, Scott A. Givan, Douglas F.

[24] Yurkov, V. V. und J. T. Beatty: Aerobic anoxygenic phototrophic bacteria. Microbiology and molecular biology reviews : MMBR, 62(3):695-724, 1998. [OpenAIRE]

[25] Fleischman, D. und D. Kramer: Photosynthetic rhizobia . Biochimica et biophysica acta, 1364(1):17-36, 1998. [OpenAIRE]

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Bakterielle aerobe anoxygene Photosynthese (AAP) ist ein bedeutenter Mechanismus zur Energiegewinnung in marinen Habitaten. Sie trägt bis zu 5% zum photosynthetischen Elektronentransport an der Oberfläche der Ozeane bei. In dieser Arbeit wurde Dinoroseobacter shibae, ein Vertreter der global verbreiteten marinen Roseobacter-Gruppe genutzt um die Antwort des Transkriptoms auf eine Veränderung der Lichtverhältnisse zu untersuchen. Hierfür wurde kontinuierliche Kultivierung im Chemostat in Kombination mit Zeit-aufgelöster Microarray-Analyse genutzt um Muster der Genregulation bei einem Wechsel von Dunkel zu Licht und umgekehrt zu identifizieren. Der Wechsel von het...
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[3] Kolber, Z. S., F. G. Plumley, A. S. Lang, J. T. Beatty, R. E. Blankenship, C. L. VanDover, C. Vetriani, M. Koblizek, C. Rathgeber und P. G. Falkowski: Contribution of aerobic photoheterotrophic bacteria to the carbon cycle in the ocean. Science (New York, N.Y.), 292(5526):2492-2495, 2001.

[4] Kolber, Z. S., C. L. Van Dover, R. A. Niederman und P. G. Falkowski: Bacterial photosynthesis in surface waters of the open ocean. Nature, 407(6801):177-179, 2000.

[5] Béjà, O., L. Aravind, E. V. Koonin, M. T. Suzuki, A. Hadd, L. P. Nguyen, S. B. Jovanovich, C. M. Gates, R. A. Feldman, J. L. Spudich, E. N. Spudich und E. F. DeLong: Bacterial rhodopsin: evidence for a new type of phototrophy in the sea. Science (New York, N.Y.), 289(5486):1902- 1906, 2000.

[6] Rusch, Douglas B., Aaron L. Halpern, Granger Sutton, Karla B. Heidelberg, Shannon Williamson, Shibu Yooseph, Dongying Wu, Jonathan A. Eisen, Jeff M. Hoffman, Karin Remington, Karen Beeson, Bao Tran, Hamilton Smith, Holly Baden-Tillson, Clare Stewart, Joyce Thorpe, Jason Freeman, Cynthia AndrewsPfannkoch, Joseph E. Venter, Kelvin Li, Saul Kravitz, John F. Heidelberg, Terry Utterback, Yu-Hui H. Rogers, Luisa I. Falcón, Valeria Souza, Germán Bonilla-Rosso, Luis E. Eguiarte, David M. Karl, Shubha Sathyendranath, Trevor Platt, Eldredge Bermingham, Victor Gallardo, Giselle Tamayo-Castillo, Michael R. Ferrari, Robert L. Strausberg, Kenneth Nealson, Robert Friedman,

[14] Goericke, R.: Bacteriochlorophyll a in the ocean: Is anoxygenic bacterial photosynthesis important? Limnol. Oceanogr., 47(1):290-295, 2002. [OpenAIRE]

[15] Lami, Raphaël, Matthew T. Cottrell, Joséphine Ras, Osvaldo Ulloa, Ingrid Obernosterer, Hervé Claustre, David L. Kirchman und Philippe Lebaron: High abundances of aerobic anoxygenic photosynthetic bacteria in the South Pacific Ocean. Applied and environmental microbiology, 73(13):4198-4205, 2007.

[16] Cottrell, Matthew T., Antonio Mannino und David L. Kirchman: Aerobic anoxygenic phototrophic bacteria in the Mid-Atlantic Bight and the North Pacific Gyre. Applied and environmental microbiology, 72(1):557-564, 2006.

[17] Jiao, Nianzhi, Yao Zhang, Yonghui Zeng, Ning Hong, Rulong Liu, Feng Chen und Pinxian Wang: Distinct distribution pattern of abundance and diversity of aerobic anoxygenic phototrophic bacteria in the global ocean. Environmental microbiology, 9(12):3091-3099, 2007.

[18] Jiao, Nianzhi, Fan Zhang und Ning Hong: Significant roles of bacteriochlorophylla supplemental to chlorophylla in the ocean. The ISME journal, 4(4):595-597, 2010.

[19] Koblízek, Michal, Michal Masín, Josephine Ras, Alex J. Poulton und Ondrej Prásil: Rapid growth rates of aerobic anoxygenic phototrophs in the ocean. Environmental microbiology, 9(10):2401-2406, 2007.

[20] Blankenship, Robert E.: Early evolution of photosynthesis. Plant physiology, 154(2):434-438, 2010.

[21] Shimada, Keizo: Aerobic Anoxygenic Phototrophs. In: Govindjee, Jan Amesz, James Barber, Robert E. Blankenship, Norio Murata, William L. Ogren, Donald R. Ort, Robert Blankenship, Michael Madigan und Carl Bauer (Herausgeber): Anoxygenic Photosynthetic Bacteria, Band 2 der Reihe Advances in Photosynthesis and Respiration, Kapitel 6, Seiten 105-122. Springer Netherlands, Dordrecht, 2004.

[22] Cho, Jang-Cheon C., Martha D. Stapels, Robert M. Morris, Kevin L. Vergin, Michael S. Schwalbach, Scott A. Givan, Douglas F.

[24] Yurkov, V. V. und J. T. Beatty: Aerobic anoxygenic phototrophic bacteria. Microbiology and molecular biology reviews : MMBR, 62(3):695-724, 1998. [OpenAIRE]

[25] Fleischman, D. und D. Kramer: Photosynthetic rhizobia . Biochimica et biophysica acta, 1364(1):17-36, 1998. [OpenAIRE]

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