Se ha observado un síndrome llamado Desorden del Colapso de las Colonias, siendo los principales factores causantes los plaguicidas y la presencia de plagas y enfermedades. El objetivo de este trabajo fue determinar y cuantificar la presencia de plaguicidas en muestras de miel y cera, y determinar la prevalencia y niveles de infestación/infección de las principales parasitosis en las colonias de abejas melíferas que pudieran asociarse a esta pérdida de colmenas. Durante dos años consecutivos se obtuvieron 132 y 125 muestras de abejas, panal con miel y cera del mismo número de colonias. Para determinar los plaguicidas, del primer año, se analizaron 12 muestras de miel y cera; los patógenos fueron analizados en todas las muestras de los dos años. La mayor diversidad de plaguicidas se detectó en la cera, el parásito intestinal Nosema spp presentó una prevalencia del 100%, con diferencias significativas en el nivel de infección, mientras que el ácaro Varroa presentó prevalencias del 82.6 y 79.2% sin diferencias significativas en los niveles de infestación. El ácaro traqueal Acarapis woodi no estuvo presente en las muestras analizadas. Los resultados indican que la presencia de plaguicidas y patógenos contribuyeron de forma sinérgica en la afectación de las abejas. Por lo que se requieren más estudios para saber la importancia individual de cada factor que afecta a las colonias de abejas melíferas en la región.