Se estudió la meiofauna en 39 estaciones en arrecifes coralinos de la plataforma NW de Cuba para describir los patrones de distribución en cinco hábitats. La temperatura y la salinidad fueron homogéneas a través de los hábitats debido al intercambio amplio entre las aguas de la plataforma y las oceánicas. El ambiente sedimentario en los pastos marinos fue diferente al de los otros hábitats arrecifales adyacentes (i.e. más alto contenido orgánico y tamaño de partícula más pequeño). La composición de la meiofauna cambió a través de los hábitats; los copépodos harpacticoides fueron más abundantes en sustratos arenosos, y los nemátodos predominaron en sedimentos más finos posiblemente debido a su tolerancia a condiciones hipóxicas. Existió similitud alta en la composición de la meiofauna entre hábitats arrecifales (cabezos, camellones, plano arenosos y planos rocosos) a pesar de su diferente topografía y grupos dominantes de megafauna; esto sugiere la importancia del tamaño de partícula como factor que influencia la estructura de la comunidad. La meiofauna fue más abundante en planos arrecifales caracterizados por baja complejidad topográfica, escasez de peces y macrofauna grande y alta exposición al flujo de agua. La relativa densidad baja de meiofauna en hábitats arrecifales y fangosos de la región NW pueden ser causados, al menos en parte, por las condiciones oligotróficas de los sedimentos.