Dez clones isolados das cepas Y, CL e MR foram caracterizados segundo infectividade das culturas, curvas de parasitemia, polimorfismo e mortalidade em camundongos C3H isogênicos. Entra os clones das cepas Y e CL foram encontradas diferenças intragrupos bastante significativas. Os clones da cepa MR apresentaram maior homogeneidade. Estes resultados indicam que as cepas do T. cruzi podem apresentar diferentes graus de heterogeneidade. Também sugerem que as condições utilizadas para a manutenção de cepas de T. cruzi podem resultar em vantagens seletivas para algumas subpopulações, podendo uma cepa ser o resultado da interação destas subpopulações (clones) selecionadas após alguns anos de manutenção em laboratório.Ten clones of Trypanosoma cruzi isolated from Y, CL and MR strains were studied. The infectivity of culture forms, parasitemia pattern, polymorphism and mortality were studied in C3H inbred mice. Significant intra-group differences among Y and CL clones were found. MR clones showed higher homogeneity. These data indicate that T. cruzi strains can show different degrees of heterogeneity. It is suggested that conditions used to maintain T. cruzi strains may resuly in a selective advantage for some subpopulations (clones) after many years laboratory maintenance.