La introducción de la vacuna contra Haemophilus influenzae tipo b en los programas de inmunización de muchos países produjo una reducción marcada en la incidencia de enfermedad invasiva causada por este serotipo y en su portación y un incremento de otros tipos capsulares y de aislamientos no capsulados. Se estudiaron 313 aislamientos de H. influenzae recuperados de sitio estéril, provenientes de pacientes pediátricos y adultos con enfermedad invasiva atendidos en 90 hospitales de la Red Nacional de Laboratorios para Meningitis e Infecciones Respiratorias Agudas Bacterianas durante el período 2005-2010. Las patologías más frecuentes fueron neumonía, 40,3 % (n = 126), meningitis, 30,0 % (n = 94) y bacteriemia, 26,5 % (n = 83). En los pacientes pediátricos (n = 279), la mayor frecuencia de aislamientos correspondió a menores de 2 años, 74,5 % (n = 208). Con respecto a la distribución de tipos, el 61,3 %, correspondió a H. influenzae no capsulados (n = 192); el 20,1 % al b (n = 63); 11,2 % al a (n = 35); 4,8 % al f y 2,6 % a otros. En meningitis predominaron H. influenzae capsulados mientras que en neumonía y bacteriemia resultaron dominantes los tipos no capsulados. Se determinó el biotipo en 306 aislamientos. Todos los aislamientos de tipo a correspondieron al biotipo II; el 66,7 % de los tipo b pertenecieron al biotipo I. Mediante las técnicas de aglutinación en lámina y PCR se estudiaron 220 aislamientos; la concordancia entre ambas fue de 0,982 (IC: 0,92-1,00). En el último año se encontró un aumento significativo del tipo b, lo cual indica la importancia de mantener la vigilancia clínica y laboratorial de la enfermedad invasiva por H. influenzae.