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  • Mémoires en Sciences de l'Information et de la Communication
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  • Open Access French
    Authors: 
    Andéol, Guillaume; Guillaume, Anne; Pellieux, Lionel; Savel, Sophie; Sabin, Andrew;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    National audience; La capacité à localiser une source sonore dans l'espace varie grandement d'un auditeur à l'autre. Plusieurs auteurs ont proposé que cette variabilité pourrait être liée à des différences individuelles dans le traitement perceptif des indices acoustiques de localisation, et plus particulièrement dans le traitement des indices dits « spectraux » , impliqués dans la perception de l'élévation d'une source sonore. Ces indices spectraux proviennent de l'effet de diffraction produit par le relief anatomique de l'auditeur sur l'onde sonore incidente. Ils concernent essentiellement la partie haute fréquence du spectre audible (>3-4 kHz). Or, la variabilité inter-individuelle de la capacités d'analyse spectrale dans cette région fréquentielle est élevée. Nous proposons de tester l'hypothèse selon laquelle les différences individuelles en analyse spectrale pourraient partiellement expliquer celles observées en localisation sonore. Nous avons mesuré la capacité d'analyse spectrale de 18 participants via 2 tests couramment employés dans la littérature: le « ripple reversal » et le « spectral modulation detection ». Ensuite, ces participants ont réalisé des séances de détection et des séances de localisation de stimulus sonores dans le silence et dans le bruit. Les données ainsi recueillies montrent une corrélation significative entre capacité d'analyse spectrale et capacité de localisation sonore.

  • Open Access French
    Authors: 
    Baudry, C; de Cremoux, R; Chartier, C; Perrin, G;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    International audience

  • Open Access French
    Authors: 
    Luc Massou; Cathia Papi; Hélène Pulker;
    Publisher: CNED-Centre national d'enseignement à distance
    Country: France

    Creee lors du Forum UNESCO de 2002 sur l'impact des didacticiels libres, l’expression « ressources educatives libres » (REL) designe « des materiels d'enseignement, d'apprentissage et de recherche sur tout support, numerique ou autre, existant dans le domaine public ou publies sous une licence ouverte permettant l'acces, l'utilisation, l’adaptation et la redistribution gratuits par d'autres, sans restrictions ou avec des restrictions limitees » (Declaration de Paris sur les REL, 2012). Par le...

  • Publication . Other literature type . Conference object . Article . 2011
    Open Access French
    Authors: 
    Dubois, S; Kaisaki, P; Argoud, K; Calderari, S; Cazier, J; Gauguier, D;
    Publisher: HAL CCSD
    Countries: United Kingdom, France

    International audience; Les variations communes de séquence d’ADN existantes chez l’Homme modifient l’expression des gènes et contribuent à la susceptibilité aux maladies complexes. Notre objectif est d’établir la relation entre le contrôle transcriptionel du tissu adipeux blanc et la susceptibilité à l’adiposité et au diabète mis en évidence chez le rat spontanément diabétique de la souche Goto-Kakizaki (GK). En utilisant des puces à ADN Illumina, nous avons analysé l’expression d’environ 20,000 gènes dans le tissu adipeux blanc d’une population F2 (n = 138) derivée du GK et du rat contrôle Brown-Norway (BN) et d’une lignée congénique portant sur un fond génétique BN, les allèles GK à un locus génetique (QTL) lié à l’adiposité. Les loci liés à l’expression des gènes (eQTL) ont été identifiés dans la population F2 en utilisant R/QTL, validés dans la lignée congénique par qRT-PCR, et analysés en relation avec la séquence génomique du GK produite au laboratoire. Nous avons identifié sur le génome entier, 585 eQTLs statistiquement significatifs (LOD > 9). La région 1q33 (8,3Mb), qui coségrège avec un QTL d’adiposité, contient 172 gènes candidats positionnels, parmi lesquels 44 correspondent à un eQTL. Nous avons validé l’expression différentielle de 27 de ces 44 gènes dans la lignée congénique, qui montrent pour 48 % d’entre eux un effet de régulation transcriptionnelle en cis. L’analyse de 20,000 polymorphismes SNPs présents dans la région 1q33 nous a permis d’éliminer les eQTLs faux positifs et d’entreprendre l’analyse fonctionnelle de polymorphismes localisés sur les gènes candidats positionnels du QTL lié à l’adiposité, parmi lesquels le facteur de transcription ASCL3 (LOD > 43). L’utilisation combinée de données du transcriptome et de séquençage nous a permis d’élucider le contrôle transcriptionnel du tissu adipeux blanc chez un modèle de diabète et d’identifier des gènes candidats fonctionnels et positionnels au locus1q33 associé à l’adiposité chez le rat GK.

  • Open Access French
    Authors: 
    Art, T.; Votion, D.; Mcentee, K.; Amory, H.; Annick Linden; Close, R.; Lekeux, P.;
    Publisher: HAL CCSD
    Countries: Belgium, France

    Two randomly distributed groups of thoroughbred horses were compared during a 12-week period for their cardio-respiratory and metabolic adjustment to strenuous exercise, training and detraining. The horses were trained following the same standardized schedule and were regularly investigated using standardized treadmill exercise tests (SET) of increasing speed. After the first SET and during the whole experimental period, a group of 6 horses received a probiotic (Bioracing) once a day while a group of 5 horses received a placebo. All other conditions were similar for both groups. During each SET, the oxygen uptake, carbon dioxide output, tidal volume (inspired volume), respiratory rate and expired minute volume were obtained using 2 ultrasonic pneumotachographs and a mass spectrometer. All the parameters were the mean of the values calculated during the last 20 s of the SET. Heart rate was continuously measured with a polar horse tester. Venous blood was sampled before and after the test and analyzed for various biochemical parameters. In both groups, training induced significant modification in most of the cardio-respiratory parameters, ie peak oxygen uptake, peak carbon dioxide output, respiratory exchange ratio, ventilation/min to oxygen-uptake ratio and oxygen-uptake to heart-rate ratio. After the 3-week detraining period, most of the values were again similar to the pre-training values in both groups. However, the training-induced modifications of most of the cardio-respiratory parameters occurred earlier and were proportionally greater in the probiotic-treated group than in the control. The respiratory coefficient decreased in the control but not in the treated group. All other parameters changed similarly in both groups. This suggests that Bioracing could modify the physiological effects of training by improving some aerobic metabolic capacities for carbohydrate utilization, but that this effect occurs only during training and not during periods of physical inactivity

  • Open Access French
    Authors: 
    C. Leroyer; I. Mahé; J.-P. Daurès; Isabelle Quéré; C. Aubin; A. Compagnon; J. Doussaint; Stéphane Schück; D. Pouchain;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Resume Objectifs Evaluer la duree moyenne de traitement par fondaparinux 2,5 mg a l’hopital, dans son indication thromboprophylaxie en prevention medicale et decrire la population rejointe. Methode Etude epidemiologique prospective, observationnelle, nationale et multicentrique realisee a la demande de la Commission de la transparence, en complement du volet ville, precedemment mene en medecine generale. Dans le volet hopital, les pharmaciens hospitaliers devaient inclure les 15 premiers patients adultes, hospitalises (hors services de chirurgie), ayant l’instauration d’un traitement par fondaparinux 2,5 mg en thromboprophylaxie medicale. Resultats Cinquante-trois pharmaciens hospitaliers (49,5 %) ont inclus 718 patients âges de 71 ± 16 ans en moyenne (53 % > 75 ans) dont 54 % etaient des femmes. La duree totale reelle de traitement par fondaparinux 2,5 mg, etait en moyenne de 19,1 jours (min–max : 1–295 jours, mediane : 11 jours). Pour 41 % des patients, la duree totale de traitement etait comprise entre 6 et 14 jours. Quatre-vingt-cinq pour cent des patients avaient au moins une pathologie associee a la prescription d’un traitement par fondaparinux 2,5 mg. Dix pour cent des patients avaient au moins un facteur de risque renseigne par le medecin ou etaient âges de plus de 75 ans. La mise en perspective des caracteristiques des patients du volet hopital et du volet ville montre des differences de profil. Conclusion ArchiMed hopital, qui s’inscrit dans une categorie d’etudes qui s’apparente a des « audits de pratique », montre que la prescription du fondaparinux 2,5 mg en conditions reelles d’utilisation a l’hopital est globalement en adequation avec les recommandations pour l’indication de prevention en situation medicale aigue.

  • Open Access French
    Authors: 
    Williams-Wanquet, Eileen;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Communication à la Journée de recherche du CRLHOI "Texte et politique" en avril 2013 à l'Université de La Réunion; National audience; Indigo (1993) de Marina Warner, qui reprend, à la fois, l'Histoire coloniale anglaise et La Tempête de Shakespeare, illustre bien une des tendances de la littérature britannique des années 1980 et 1990, qui commente le monde à travers la révision de l'idéologie transmise par des « hypotextes » précis. Cet article vise à montrer la manière dont, pour reprendre les termes de Jacques Rancière, « la littérature fait de la politique en tant que littérature ». Ce que Rancière nomme le caractère propre-impropre de la littérature est ce qui lui permet d'avoir une portée politique, en « reconfigurant la carte du sensible ». J'utiliserai les trois temps décrits par Rancière pour éclairer la démarche de Warner : la « police », ou l'ordre établi, dans lequel Warner ancre son histoire de manière réaliste ; « la poli-tique », ou la remise en cause de cet ordre, par l'utilisation de procédés tels que l'ironie, l'inversion de point de vue, ou l'hypertextualité ; « le politique », ou l'appel éthique à un nouvel ordre utopique, par le recours à l'intertextualité, au réalisme magique ou à la symbolique. La réécriture de l'idéologie transmise par l'hypotexte équivaut à une révision de l'hypotexte diffus de la Modernité.

  • Open Access French
    Authors: 
    Benakhla, Ahmed; Losson, Bertrand; Lonneux, Jean-François; Boulard, Chantal; Benouareth, Djamel;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    International audience

  • Open Access French
    Authors: 
    Bonaciu, M.;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Ces dernières années, la complexité des puces a augmenté exponentiellement. La possibilité d'intégrer plusieurs processeurs sur la même puce représente un gain important, et amène au concept du système multiprocesseur hétérogène sur puce (MP-SoC). Cet aspect a permis d'amplifier de manière significative la puissance de calcule fourni par ce type de puce. Il est même devenu possible d'intégrer des applications complexes sur une seule puce, applications qui nécessitent beaucoup de calculs, de communications et de mémoires. Dans cette catégorie, on peut trouver les applications de traitement vidéo MPEG4. Pour obtenir de bonnes implémentations en termes de performances, (1) un algorithme de l'encodeur MPEG4 flexible a été réalisé, pouvant être facilement adapté pour différents types de paramètres d'algorithme, mais également différents niveaux de parallélisme/pipeline. Puis, (2) une modélisation flexible a été utilisée, pour représenter différents models d'algorithme et d'architecture contenant 2 SMP. Utilisant ces models, (3) une exploration d'algorithme et d'architecture à un haut niveau d'abstraction a été proposé, en vue de trouver les configurations correctes d'algorithme et d'architectures, nécessaires pour différents applications. A partir de ces configurations, (4) un flot automatique d'implémentation d'architectures RTL a été utilisé. En utilisant ces aspects, l'encodeur MPEG4 a été implémenté avec succès dans plusieurs architectures spécifiques MP-SoC au niveau RTL. La même approche a été utilisée pour l'implémentation de l'encodeur MPEG4 sur une architecture quadri-processeurs existante, pour différentes résolutions, frame-rate, bitrates, etc. During the last years, the chip's complexity increased exponentially. The possibility to integrate multiple processors into the same chip represents an important gain, at it leads to the concept of Multi-Processors Systems on Chip (MP-SoC). This aspect allowed boosting the computational power offered by the chips. Thus, it became possible to integrate complex applications into a chip, applications that requires a large amount of computations, communications and memory. In this category, we can find the video treatment applications, like the MPEG4. To obtain good implementation results in term of performance, (1) a flexible MPEG4 encoder algorithm was developed, which can be easily adapted for different algorithm parameters, and different parallel/pipeline execution schemes. After this, (2) a flexible modeling was used, in order to represent different algorithm/architecture models containing 2 SMPs. Using these models, (3) a high-level algorithm/architecture exploration method was used, to find the optimal algorithm/architecture configurations required by different applications (i.e. mobile telecom). Using these parameters, (4) an automatic flow was used, to obtain final RTL architectures containing the MPEG4 encoder. Using all these aspects, the MPEG4 encoder was successfully implemented into multiple specific RTL architectures. Additionally, using the same approach, the MPEG4 encoder was implemented on an existing quadric-processors platform, for different video resolutions, frame rates, bitrates, etc.

  • French
    Authors: 
    Perez Quintero, Alvaro Luis;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France
    Project: NSF | Quantitative Trait Locus ... (1444511)

    Transcription activator-like (TAL) effectors are proteins found mainly in the genus of Xanthomonas phytopathogenic bacteria. These proteins enter the nucleus of cells in the host plant and can induce the expression of genes. The induction of “susceptibility” S genes in the plant will result in disease. TAL effectors are able to bind DNA thanks to a unique motif consisting of a series of nearly-identical repeats that wrap around the DNA forming a super-helix, in each repeat two amino-acids found in a loop on the inner side of the helix directly interact with nucleotides. Different combination of amino-acids in this loop bind specific nucleotides following a unique code.A consequence of this tight interaction is that plants and bacteria co-evolve following an arms race where the plant genome diversifies to avoid being targeted by the TAL effectors, while tal effector genes diversify to adapt to new targets.Various aspects of TAL effector evolution are still unknown, specially how does specificity arise towards certain targets in the host plant? As first steps towards answering this question, in these thesis we show the results of using primarily bioinformatic strategies to find evolutionary patterns in TAL effector sequences. We designed the suite “QueTAL” containing software for 1) the construction of phylogenetic trees based on repeat sequences, 2) comparison of predicted binding sites for TAL effectors, 3) identification of repeat motifs in TAL effector pairs. This suite was made publicly available and it is being actively used by the Xanthomonas research community.We used these programs along with other strategies to analyze variation in over 900 TAL effector sequences from 22 taxonomic groups finding 1) a loss of diversity of repeats through the Xanthomonas genus, which may impact the evolution of TAL effector architecture, 2) groups of TAL effector orthologs specific to certain taxonomic groups of pathovars that may share common functions, 3) evidence of repeat motifs shared and lost between TAL effectors hinting at extensive recombination (particularly gene conversion) events. We propose that the swapping of repeat blocks between TAL effectors is a motor for TAL effector specialization that allows for fast functional diversification through the acquisition of new targets in the host plants.We then analyzed in detail the diversity of TAL effector sequences in African strains of Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo), causing agent of bacterial leaf blight of rice, the most destructive bacterial disease in rice. We found indications of virulence activity of a TAL effector being the product of a gene conversion event, supporting our hypothesis of gene conversion as a motor of TAL effector evolution. We also used transcriptomic data and systematic gain-of-function assays to uncover a TAL effector that exerts a virulence role through the induction of two susceptibility genes, one of which represents a novel class of susceptibility gene in bacterial blight. Finally, we present partial results of transcriptomic analyses aimed at de-constructing the effects of each TAL effector from one strain on the rice transcriptome, as well as results from collaborative functional and evolutionary analyses in other groups of Xanthomonas.Altogether, this thesis offers a new conceptual framework and new tools for the analysis of TAL effector function and evolution, and we hope this will help in the design of strategies aimed at improving resistance to bacteria in agronomically important plants.; Les effecteurs TAL (« Transcription Activator-Like ») sont des protéines présentes majoritairement chez les bactéries phytopathogènes du genre Xanthomonas. Ces protéines bactériennes sont dirigées vers le noyau des cellules de la plante hôte où elles induisent l’expression de gènes. L’induction de gènes de « susceptibilité » de la plante est responsable de la maladie. Les effecteurs TAL sont capables de se lier à l’ADN grâce à un motif particulier consistant en une série de répétitions quasi-identiques s’enroulant autour de l’ADN et formant une super-hélice. Au sein des répétitions deux acides aminés localisés à l’intérieur de chaque boucle de la super-hélice interagissent directement et spécifiquement avec les nucléotides. Des combinaisons différentes de ces deux acides aminés se lient spécifiquement à certains nucléotides, selon un code unique.Une conséquence de cette interaction étroite est que les plantes et les bactéries co-évoluent selon une course aux armements où le génome de la plante se diversifie pour éviter d’être la cible des effecteurs TAL, tandis que les gènes tal se diversifient pour s’adapter à de nouvelles cibles. Les aspects évolutifs des effecteurs TAL sont encore largement inconnus, notamment comment la spécificité évolue vers de nouvelles cibles végétales. Cette thèse présente les premiers travaux sur la compréhension des mécanismes évolutifs des gènes tal, principalement abordés par la bioinformatique. Nous avons développé la suite de programmes « QueTAL » qui permet d’une part la construction d’arbres phylogénétiques basés soit sur la séquence des répétitions, soit sur la séquence des sites cibles, d’autre part la recherche de motifs de répétitions pouvant constituer les unités évolutives des effecteurs TAL. Cette suite bioinformatique est publique, en ligne, et activement utilisée par la communauté des scientifiques travaillant sur les effecteurs TAL des Xanthomonas.Ces programmes ont été appliqués (ainsi que d’autres approches) à plus de 900 séquences d’effecteurs TAL de 22 groupes bactériens. Nous avons mis en évidence i) une perte de diversité dans les répétitions chez les Xanthomonas, qui aurait des conséquence sur l’évolution de la structure des effecteurs TAL; ii) l’existence de groupes fonctionnels de gènes tal spécifiques à certains pathovars ; iii) un probable mécanisme évolutif reposant sur la recombinaison (principalement par conversion génique), révélé par le gain ou la perte de répétitions en blocs entiers. Notre hypothèse est que le moteur de la spécialisation des effecteurs TAL est la recombinaison de ces blocs entre gènes conduisant à une diversification fonctionnelle rapide vers de nouvelles cibles végétales.Nous avons ensuite analysé plus en détail la diversité des séquences TAL de souches africaines de Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo), agent de la bactériose vasculaire, maladie bactérienne la plus importante du riz. Nous avons montré qu’un gène tal résultant d’une conversion génique pouvait être fonctionnel, indiquant que ce mécanisme peut être un moteur évolutif chez les effecteurs TAL. Les données de transcriptomique et de gain de fonction ont permis de mettre en évidence un effecteurs TAL dont la virulence s’exerce par l’activation de deux gènes de susceptibilité, dont l’un n’avait jamais été décrit chez Xoo. Enfin nous présentons des résultats préliminaires sur les effets d’une déconstruction de TALome sur le transcriptome de riz ainsi que des travaux fonctionnels et évolutifs issus de collaborations sur d’autres Xanthomonas.Cette thèse offre un nouveau cadre conceptuel ainsi que de nouveaux outils pour l’analyse fonctionnelle et évolutive des effecteurs TAL qui devraient améliorer la mise au point de stratégies pour la résistance des plantes aux Xanthomonas.

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  • Open Access French
    Authors: 
    Andéol, Guillaume; Guillaume, Anne; Pellieux, Lionel; Savel, Sophie; Sabin, Andrew;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    National audience; La capacité à localiser une source sonore dans l'espace varie grandement d'un auditeur à l'autre. Plusieurs auteurs ont proposé que cette variabilité pourrait être liée à des différences individuelles dans le traitement perceptif des indices acoustiques de localisation, et plus particulièrement dans le traitement des indices dits « spectraux » , impliqués dans la perception de l'élévation d'une source sonore. Ces indices spectraux proviennent de l'effet de diffraction produit par le relief anatomique de l'auditeur sur l'onde sonore incidente. Ils concernent essentiellement la partie haute fréquence du spectre audible (>3-4 kHz). Or, la variabilité inter-individuelle de la capacités d'analyse spectrale dans cette région fréquentielle est élevée. Nous proposons de tester l'hypothèse selon laquelle les différences individuelles en analyse spectrale pourraient partiellement expliquer celles observées en localisation sonore. Nous avons mesuré la capacité d'analyse spectrale de 18 participants via 2 tests couramment employés dans la littérature: le « ripple reversal » et le « spectral modulation detection ». Ensuite, ces participants ont réalisé des séances de détection et des séances de localisation de stimulus sonores dans le silence et dans le bruit. Les données ainsi recueillies montrent une corrélation significative entre capacité d'analyse spectrale et capacité de localisation sonore.

  • Open Access French
    Authors: 
    Baudry, C; de Cremoux, R; Chartier, C; Perrin, G;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    International audience

  • Open Access French
    Authors: 
    Luc Massou; Cathia Papi; Hélène Pulker;
    Publisher: CNED-Centre national d'enseignement à distance
    Country: France

    Creee lors du Forum UNESCO de 2002 sur l'impact des didacticiels libres, l’expression « ressources educatives libres » (REL) designe « des materiels d'enseignement, d'apprentissage et de recherche sur tout support, numerique ou autre, existant dans le domaine public ou publies sous une licence ouverte permettant l'acces, l'utilisation, l’adaptation et la redistribution gratuits par d'autres, sans restrictions ou avec des restrictions limitees » (Declaration de Paris sur les REL, 2012). Par le...

  • Publication . Other literature type . Conference object . Article . 2011
    Open Access French
    Authors: 
    Dubois, S; Kaisaki, P; Argoud, K; Calderari, S; Cazier, J; Gauguier, D;
    Publisher: HAL CCSD
    Countries: United Kingdom, France

    International audience; Les variations communes de séquence d’ADN existantes chez l’Homme modifient l’expression des gènes et contribuent à la susceptibilité aux maladies complexes. Notre objectif est d’établir la relation entre le contrôle transcriptionel du tissu adipeux blanc et la susceptibilité à l’adiposité et au diabète mis en évidence chez le rat spontanément diabétique de la souche Goto-Kakizaki (GK). En utilisant des puces à ADN Illumina, nous avons analysé l’expression d’environ 20,000 gènes dans le tissu adipeux blanc d’une population F2 (n = 138) derivée du GK et du rat contrôle Brown-Norway (BN) et d’une lignée congénique portant sur un fond génétique BN, les allèles GK à un locus génetique (QTL) lié à l’adiposité. Les loci liés à l’expression des gènes (eQTL) ont été identifiés dans la population F2 en utilisant R/QTL, validés dans la lignée congénique par qRT-PCR, et analysés en relation avec la séquence génomique du GK produite au laboratoire. Nous avons identifié sur le génome entier, 585 eQTLs statistiquement significatifs (LOD > 9). La région 1q33 (8,3Mb), qui coségrège avec un QTL d’adiposité, contient 172 gènes candidats positionnels, parmi lesquels 44 correspondent à un eQTL. Nous avons validé l’expression différentielle de 27 de ces 44 gènes dans la lignée congénique, qui montrent pour 48 % d’entre eux un effet de régulation transcriptionnelle en cis. L’analyse de 20,000 polymorphismes SNPs présents dans la région 1q33 nous a permis d’éliminer les eQTLs faux positifs et d’entreprendre l’analyse fonctionnelle de polymorphismes localisés sur les gènes candidats positionnels du QTL lié à l’adiposité, parmi lesquels le facteur de transcription ASCL3 (LOD > 43). L’utilisation combinée de données du transcriptome et de séquençage nous a permis d’élucider le contrôle transcriptionnel du tissu adipeux blanc chez un modèle de diabète et d’identifier des gènes candidats fonctionnels et positionnels au locus1q33 associé à l’adiposité chez le rat GK.

  • Open Access French
    Authors: 
    Art, T.; Votion, D.; Mcentee, K.; Amory, H.; Annick Linden; Close, R.; Lekeux, P.;
    Publisher: HAL CCSD
    Countries: Belgium, France

    Two randomly distributed groups of thoroughbred horses were compared during a 12-week period for their cardio-respiratory and metabolic adjustment to strenuous exercise, training and detraining. The horses were trained following the same standardized schedule and were regularly investigated using standardized treadmill exercise tests (SET) of increasing speed. After the first SET and during the whole experimental period, a group of 6 horses received a probiotic (Bioracing) once a day while a group of 5 horses received a placebo. All other conditions were similar for both groups. During each SET, the oxygen uptake, carbon dioxide output, tidal volume (inspired volume), respiratory rate and expired minute volume were obtained using 2 ultrasonic pneumotachographs and a mass spectrometer. All the parameters were the mean of the values calculated during the last 20 s of the SET. Heart rate was continuously measured with a polar horse tester. Venous blood was sampled before and after the test and analyzed for various biochemical parameters. In both groups, training induced significant modification in most of the cardio-respiratory parameters, ie peak oxygen uptake, peak carbon dioxide output, respiratory exchange ratio, ventilation/min to oxygen-uptake ratio and oxygen-uptake to heart-rate ratio. After the 3-week detraining period, most of the values were again similar to the pre-training values in both groups. However, the training-induced modifications of most of the cardio-respiratory parameters occurred earlier and were proportionally greater in the probiotic-treated group than in the control. The respiratory coefficient decreased in the control but not in the treated group. All other parameters changed similarly in both groups. This suggests that Bioracing could modify the physiological effects of training by improving some aerobic metabolic capacities for carbohydrate utilization, but that this effect occurs only during training and not during periods of physical inactivity

  • Open Access French
    Authors: 
    C. Leroyer; I. Mahé; J.-P. Daurès; Isabelle Quéré; C. Aubin; A. Compagnon; J. Doussaint; Stéphane Schück; D. Pouchain;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Resume Objectifs Evaluer la duree moyenne de traitement par fondaparinux 2,5 mg a l’hopital, dans son indication thromboprophylaxie en prevention medicale et decrire la population rejointe. Methode Etude epidemiologique prospective, observationnelle, nationale et multicentrique realisee a la demande de la Commission de la transparence, en complement du volet ville, precedemment mene en medecine generale. Dans le volet hopital, les pharmaciens hospitaliers devaient inclure les 15 premiers patients adultes, hospitalises (hors services de chirurgie), ayant l’instauration d’un traitement par fondaparinux 2,5 mg en thromboprophylaxie medicale. Resultats Cinquante-trois pharmaciens hospitaliers (49,5 %) ont inclus 718 patients âges de 71 ± 16 ans en moyenne (53 % > 75 ans) dont 54 % etaient des femmes. La duree totale reelle de traitement par fondaparinux 2,5 mg, etait en moyenne de 19,1 jours (min–max : 1–295 jours, mediane : 11 jours). Pour 41 % des patients, la duree totale de traitement etait comprise entre 6 et 14 jours. Quatre-vingt-cinq pour cent des patients avaient au moins une pathologie associee a la prescription d’un traitement par fondaparinux 2,5 mg. Dix pour cent des patients avaient au moins un facteur de risque renseigne par le medecin ou etaient âges de plus de 75 ans. La mise en perspective des caracteristiques des patients du volet hopital et du volet ville montre des differences de profil. Conclusion ArchiMed hopital, qui s’inscrit dans une categorie d’etudes qui s’apparente a des « audits de pratique », montre que la prescription du fondaparinux 2,5 mg en conditions reelles d’utilisation a l’hopital est globalement en adequation avec les recommandations pour l’indication de prevention en situation medicale aigue.

  • Open Access French
    Authors: 
    Williams-Wanquet, Eileen;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Communication à la Journée de recherche du CRLHOI "Texte et politique" en avril 2013 à l'Université de La Réunion; National audience; Indigo (1993) de Marina Warner, qui reprend, à la fois, l'Histoire coloniale anglaise et La Tempête de Shakespeare, illustre bien une des tendances de la littérature britannique des années 1980 et 1990, qui commente le monde à travers la révision de l'idéologie transmise par des « hypotextes » précis. Cet article vise à montrer la manière dont, pour reprendre les termes de Jacques Rancière, « la littérature fait de la politique en tant que littérature ». Ce que Rancière nomme le caractère propre-impropre de la littérature est ce qui lui permet d'avoir une portée politique, en « reconfigurant la carte du sensible ». J'utiliserai les trois temps décrits par Rancière pour éclairer la démarche de Warner : la « police », ou l'ordre établi, dans lequel Warner ancre son histoire de manière réaliste ; « la poli-tique », ou la remise en cause de cet ordre, par l'utilisation de procédés tels que l'ironie, l'inversion de point de vue, ou l'hypertextualité ; « le politique », ou l'appel éthique à un nouvel ordre utopique, par le recours à l'intertextualité, au réalisme magique ou à la symbolique. La réécriture de l'idéologie transmise par l'hypotexte équivaut à une révision de l'hypotexte diffus de la Modernité.

  • Open Access French
    Authors: 
    Benakhla, Ahmed; Losson, Bertrand; Lonneux, Jean-François; Boulard, Chantal; Benouareth, Djamel;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    International audience

  • Open Access French
    Authors: 
    Bonaciu, M.;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Ces dernières années, la complexité des puces a augmenté exponentiellement. La possibilité d'intégrer plusieurs processeurs sur la même puce représente un gain important, et amène au concept du système multiprocesseur hétérogène sur puce (MP-SoC). Cet aspect a permis d'amplifier de manière significative la puissance de calcule fourni par ce type de puce. Il est même devenu possible d'intégrer des applications complexes sur une seule puce, applications qui nécessitent beaucoup de calculs, de communications et de mémoires. Dans cette catégorie, on peut trouver les applications de traitement vidéo MPEG4. Pour obtenir de bonnes implémentations en termes de performances, (1) un algorithme de l'encodeur MPEG4 flexible a été réalisé, pouvant être facilement adapté pour différents types de paramètres d'algorithme, mais également différents niveaux de parallélisme/pipeline. Puis, (2) une modélisation flexible a été utilisée, pour représenter différents models d'algorithme et d'architecture contenant 2 SMP. Utilisant ces models, (3) une exploration d'algorithme et d'architecture à un haut niveau d'abstraction a été proposé, en vue de trouver les configurations correctes d'algorithme et d'architectures, nécessaires pour différents applications. A partir de ces configurations, (4) un flot automatique d'implémentation d'architectures RTL a été utilisé. En utilisant ces aspects, l'encodeur MPEG4 a été implémenté avec succès dans plusieurs architectures spécifiques MP-SoC au niveau RTL. La même approche a été utilisée pour l'implémentation de l'encodeur MPEG4 sur une architecture quadri-processeurs existante, pour différentes résolutions, frame-rate, bitrates, etc. During the last years, the chip's complexity increased exponentially. The possibility to integrate multiple processors into the same chip represents an important gain, at it leads to the concept of Multi-Processors Systems on Chip (MP-SoC). This aspect allowed boosting the computational power offered by the chips. Thus, it became possible to integrate complex applications into a chip, applications that requires a large amount of computations, communications and memory. In this category, we can find the video treatment applications, like the MPEG4. To obtain good implementation results in term of performance, (1) a flexible MPEG4 encoder algorithm was developed, which can be easily adapted for different algorithm parameters, and different parallel/pipeline execution schemes. After this, (2) a flexible modeling was used, in order to represent different algorithm/architecture models containing 2 SMPs. Using these models, (3) a high-level algorithm/architecture exploration method was used, to find the optimal algorithm/architecture configurations required by different applications (i.e. mobile telecom). Using these parameters, (4) an automatic flow was used, to obtain final RTL architectures containing the MPEG4 encoder. Using all these aspects, the MPEG4 encoder was successfully implemented into multiple specific RTL architectures. Additionally, using the same approach, the MPEG4 encoder was implemented on an existing quadric-processors platform, for different video resolutions, frame rates, bitrates, etc.

  • French
    Authors: 
    Perez Quintero, Alvaro Luis;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France
    Project: NSF | Quantitative Trait Locus ... (1444511)

    Transcription activator-like (TAL) effectors are proteins found mainly in the genus of Xanthomonas phytopathogenic bacteria. These proteins enter the nucleus of cells in the host plant and can induce the expression of genes. The induction of “susceptibility” S genes in the plant will result in disease. TAL effectors are able to bind DNA thanks to a unique motif consisting of a series of nearly-identical repeats that wrap around the DNA forming a super-helix, in each repeat two amino-acids found in a loop on the inner side of the helix directly interact with nucleotides. Different combination of amino-acids in this loop bind specific nucleotides following a unique code.A consequence of this tight interaction is that plants and bacteria co-evolve following an arms race where the plant genome diversifies to avoid being targeted by the TAL effectors, while tal effector genes diversify to adapt to new targets.Various aspects of TAL effector evolution are still unknown, specially how does specificity arise towards certain targets in the host plant? As first steps towards answering this question, in these thesis we show the results of using primarily bioinformatic strategies to find evolutionary patterns in TAL effector sequences. We designed the suite “QueTAL” containing software for 1) the construction of phylogenetic trees based on repeat sequences, 2) comparison of predicted binding sites for TAL effectors, 3) identification of repeat motifs in TAL effector pairs. This suite was made publicly available and it is being actively used by the Xanthomonas research community.We used these programs along with other strategies to analyze variation in over 900 TAL effector sequences from 22 taxonomic groups finding 1) a loss of diversity of repeats through the Xanthomonas genus, which may impact the evolution of TAL effector architecture, 2) groups of TAL effector orthologs specific to certain taxonomic groups of pathovars that may share common functions, 3) evidence of repeat motifs shared and lost between TAL effectors hinting at extensive recombination (particularly gene conversion) events. We propose that the swapping of repeat blocks between TAL effectors is a motor for TAL effector specialization that allows for fast functional diversification through the acquisition of new targets in the host plants.We then analyzed in detail the diversity of TAL effector sequences in African strains of Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo), causing agent of bacterial leaf blight of rice, the most destructive bacterial disease in rice. We found indications of virulence activity of a TAL effector being the product of a gene conversion event, supporting our hypothesis of gene conversion as a motor of TAL effector evolution. We also used transcriptomic data and systematic gain-of-function assays to uncover a TAL effector that exerts a virulence role through the induction of two susceptibility genes, one of which represents a novel class of susceptibility gene in bacterial blight. Finally, we present partial results of transcriptomic analyses aimed at de-constructing the effects of each TAL effector from one strain on the rice transcriptome, as well as results from collaborative functional and evolutionary analyses in other groups of Xanthomonas.Altogether, this thesis offers a new conceptual framework and new tools for the analysis of TAL effector function and evolution, and we hope this will help in the design of strategies aimed at improving resistance to bacteria in agronomically important plants.; Les effecteurs TAL (« Transcription Activator-Like ») sont des protéines présentes majoritairement chez les bactéries phytopathogènes du genre Xanthomonas. Ces protéines bactériennes sont dirigées vers le noyau des cellules de la plante hôte où elles induisent l’expression de gènes. L’induction de gènes de « susceptibilité » de la plante est responsable de la maladie. Les effecteurs TAL sont capables de se lier à l’ADN grâce à un motif particulier consistant en une série de répétitions quasi-identiques s’enroulant autour de l’ADN et formant une super-hélice. Au sein des répétitions deux acides aminés localisés à l’intérieur de chaque boucle de la super-hélice interagissent directement et spécifiquement avec les nucléotides. Des combinaisons différentes de ces deux acides aminés se lient spécifiquement à certains nucléotides, selon un code unique.Une conséquence de cette interaction étroite est que les plantes et les bactéries co-évoluent selon une course aux armements où le génome de la plante se diversifie pour éviter d’être la cible des effecteurs TAL, tandis que les gènes tal se diversifient pour s’adapter à de nouvelles cibles. Les aspects évolutifs des effecteurs TAL sont encore largement inconnus, notamment comment la spécificité évolue vers de nouvelles cibles végétales. Cette thèse présente les premiers travaux sur la compréhension des mécanismes évolutifs des gènes tal, principalement abordés par la bioinformatique. Nous avons développé la suite de programmes « QueTAL » qui permet d’une part la construction d’arbres phylogénétiques basés soit sur la séquence des répétitions, soit sur la séquence des sites cibles, d’autre part la recherche de motifs de répétitions pouvant constituer les unités évolutives des effecteurs TAL. Cette suite bioinformatique est publique, en ligne, et activement utilisée par la communauté des scientifiques travaillant sur les effecteurs TAL des Xanthomonas.Ces programmes ont été appliqués (ainsi que d’autres approches) à plus de 900 séquences d’effecteurs TAL de 22 groupes bactériens. Nous avons mis en évidence i) une perte de diversité dans les répétitions chez les Xanthomonas, qui aurait des conséquence sur l’évolution de la structure des effecteurs TAL; ii) l’existence de groupes fonctionnels de gènes tal spécifiques à certains pathovars ; iii) un probable mécanisme évolutif reposant sur la recombinaison (principalement par conversion génique), révélé par le gain ou la perte de répétitions en blocs entiers. Notre hypothèse est que le moteur de la spécialisation des effecteurs TAL est la recombinaison de ces blocs entre gènes conduisant à une diversification fonctionnelle rapide vers de nouvelles cibles végétales.Nous avons ensuite analysé plus en détail la diversité des séquences TAL de souches africaines de Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo), agent de la bactériose vasculaire, maladie bactérienne la plus importante du riz. Nous avons montré qu’un gène tal résultant d’une conversion génique pouvait être fonctionnel, indiquant que ce mécanisme peut être un moteur évolutif chez les effecteurs TAL. Les données de transcriptomique et de gain de fonction ont permis de mettre en évidence un effecteurs TAL dont la virulence s’exerce par l’activation de deux gènes de susceptibilité, dont l’un n’avait jamais été décrit chez Xoo. Enfin nous présentons des résultats préliminaires sur les effets d’une déconstruction de TALome sur le transcriptome de riz ainsi que des travaux fonctionnels et évolutifs issus de collaborations sur d’autres Xanthomonas.Cette thèse offre un nouveau cadre conceptuel ainsi que de nouveaux outils pour l’analyse fonctionnelle et évolutive des effecteurs TAL qui devraient améliorer la mise au point de stratégies pour la résistance des plantes aux Xanthomonas.

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