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  • Hyper Article en Ligne - Sciences de l'Homme et de la Société

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    Authors: Yinan Zhou; Pierre Kaser;

    Presentation Dernier rejeton d'une longue lignee d'homme de lettres, le jeune Zhang Dai 張岱 (1597-1681) connut l'opulence d'un riche lettre oisif, s'adonnant tout a loisir a sa passion pour la litterature et a son gout tres marque pour le theâtre avant de tout perdre au moment de la chute des Ming 明 (1644). Reste fidele a la defunte dynastie, il brava les interdits en en redigeant l'histoire. Depouille et traque, il eprouva la misere et la clandestinite, ce qui explique que la plupart de ses e...

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    Impressions d’Extrême-Orient
    Article . 2017
    License: cc-by-nc-nd
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      Impressions d’Extrême-Orient
      Article . 2017
      License: cc-by-nc-nd
      HAL AMU
      Article . 2017
      Data sources: HAL AMU
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    Authors: Allirol, Béatrice; Dumontier, Pascal;

    Référence internationale en matière de reporting extra financier le GRI s’adresse à tous les partenaires de l’entreprise. Les investisseurs sont toutefois les destinataires privilégiés du reporting environnemental, surtout si l’entreprise est cotée. Les scores de divulgation environnementale de 120 entreprises européennes nous permettent de déterminer comment les entreprises cotées répondent aux prescriptions du GRI qui reflètent les attentes de l’ensemble des parties prenantes de l’entreprise et à celles de l’EFFAS qui reflètent les attentes des seuls investisseurs. Nos résultats montrent que les déterminants des scores de divulgation GRI différent des déterminants des scores EFFAS au sens où seuls les scores GRI sont sensibles à l’exposition environnementale de l’entreprise. Les scores EFFAS dépendent quant à eux de la pression des investisseurs. Il apparaît donc que les divulgations environnementales répondent à une logique de légitimité environnementale lorsque la pression des investisseurs est faible. Elles visent prioritairement à satisfaire les investisseurs dans le cas contraire. GRI offers an international reference to firm’s stakeholders interested in social and environmental disclosures. However these disclosures target first and foremost investors, especially for listed firms. The environmental disclosure scores of 120 randomly selected European companies help us determine how their disclosures capture environmental information useful to all stakeholders (GRI scores) or to investors only (EFFAS scores). Our results show that GRI scores are to a large extent driven by the firm’s exposure to environmental risks. In contrast, EFFAS scores are driven by shareholding dispersion and, therefore, pressures exerted by investors. This suggests that environmental disclosures respond to a logic of environmental legitimacy when investors’ pressure is weak. Otherwise they aim to satisfy investors’ expectations.

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    Authors: Williams-Wanquet, Eileen;

    Communication à la Journée de recherche du CRLHOI "Texte et politique" en avril 2013 à l'Université de La Réunion; National audience; Indigo (1993) de Marina Warner, qui reprend, à la fois, l'Histoire coloniale anglaise et La Tempête de Shakespeare, illustre bien une des tendances de la littérature britannique des années 1980 et 1990, qui commente le monde à travers la révision de l'idéologie transmise par des « hypotextes » précis. Cet article vise à montrer la manière dont, pour reprendre les termes de Jacques Rancière, « la littérature fait de la politique en tant que littérature ». Ce que Rancière nomme le caractère propre-impropre de la littérature est ce qui lui permet d'avoir une portée politique, en « reconfigurant la carte du sensible ». J'utiliserai les trois temps décrits par Rancière pour éclairer la démarche de Warner : la « police », ou l'ordre établi, dans lequel Warner ancre son histoire de manière réaliste ; « la poli-tique », ou la remise en cause de cet ordre, par l'utilisation de procédés tels que l'ironie, l'inversion de point de vue, ou l'hypertextualité ; « le politique », ou l'appel éthique à un nouvel ordre utopique, par le recours à l'intertextualité, au réalisme magique ou à la symbolique. La réécriture de l'idéologie transmise par l'hypotexte équivaut à une révision de l'hypotexte diffus de la Modernité.

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    Hyper Article en Ligne
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  • Authors: Fotso, Ruben;

    This thesis aims to evaluate and analyse the direct and indirect effects of the Rhône-Alpes Technological Research Institutes (IRTs), which are one of the innovation policy devices based on science-industry transfers, created in France as pait of the Future Investment Programme. By applying a difference-in-difference model combined with matching methods, the results show a direct positive effect on turnover and financial autonomy and indicate that this effect varies according to the duration of participation and the type of assistance received. In addition, the type of assistance would play a more important role than the duration of treatment in the effectiveness of TRis. The results also indicate that the TRI had positive indirect effects on turnover, financial autonomy and the share of executives of non-directly beneficiary SMEs but located in the treated area and that these effects do not appear immediately after the treatment but a few years later. In addition, this research work assesses and analyses the direct effects of TRis by focusing on the R&D performance of large companies. Using the random trend model and the synthetic control model, the results of the first model indicate that participation in TRis has had an additional direct effect on total net R&D expenditures and that these expenditures are largely self-­financed and used outside the company through collaborations and outsourcing. The results of the second model show that a single company has almost systematic effects on all R&D performance indicators.; Cette thèse vise à évaluer et analyser les effets directs et indirects des Instituts de Recherche Technologique (IRT) Rhônalpins qui sont l'un des dispositifs des politiques d'innovation fondées sur les transferts science-industrie, créés en France dans le cadre du Programme d'investissement d' Avenir. En appliquant un modèle de différence-en-différence combiné aux méthodes d'appariement, les résultats montrent un effet direct positif sur le chiffre d'affaires et l'autonomie financière et indiquent que cet effet varie en fonction de la durée de participation et du type d'aide reçu. Par ailleurs le type d'aide jouerait un rôle plus important que la durée de traitement dans l'efficacité des IRT. Les résultats indiquent aussi que l'IRT a eu les effet indirects positifs sur le chiffre d'affaires, l'autonomie financière et la part des cadres des PMEs non-directement bénéficiaires, localisées dans la zone traitée et que ces effets n'apparaissent pas immédiatement après le traitement mais quelques années plus tard. Par ailleurs, ce travail de recherche évalue et analyse les effets directs des IRT en se focalisant sur les performances de R&D des grandes entreprises. En utilisant le modèle à tendance aléatoire et le modèle de contrôle synthétique, les résultats du premier modèle indiquent que la participation aux IRT a eu un effet direct additionnel sur les dépenses totales de R&D nettes et que ces dépenses sont largement autofinancées et utilisées à l'extérieur de l'entreprise à travers les collaborations et les sous-traitances. Les résultats du second modèle montrent qu'une seule entreprise a des effets quasi-systématiques sur tous les indicateurs de performance de R&D.

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    Authors: Pommier, Cyril; Dzale Yeumo, Windpouire Esther;

    National audience

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  • Authors: Perez Quintero, Alvaro Luis;

    Transcription activator-like (TAL) effectors are proteins found mainly in the genus of Xanthomonas phytopathogenic bacteria. These proteins enter the nucleus of cells in the host plant and can induce the expression of genes. The induction of “susceptibility” S genes in the plant will result in disease. TAL effectors are able to bind DNA thanks to a unique motif consisting of a series of nearly-identical repeats that wrap around the DNA forming a super-helix, in each repeat two amino-acids found in a loop on the inner side of the helix directly interact with nucleotides. Different combination of amino-acids in this loop bind specific nucleotides following a unique code.A consequence of this tight interaction is that plants and bacteria co-evolve following an arms race where the plant genome diversifies to avoid being targeted by the TAL effectors, while tal effector genes diversify to adapt to new targets.Various aspects of TAL effector evolution are still unknown, specially how does specificity arise towards certain targets in the host plant? As first steps towards answering this question, in these thesis we show the results of using primarily bioinformatic strategies to find evolutionary patterns in TAL effector sequences. We designed the suite “QueTAL” containing software for 1) the construction of phylogenetic trees based on repeat sequences, 2) comparison of predicted binding sites for TAL effectors, 3) identification of repeat motifs in TAL effector pairs. This suite was made publicly available and it is being actively used by the Xanthomonas research community.We used these programs along with other strategies to analyze variation in over 900 TAL effector sequences from 22 taxonomic groups finding 1) a loss of diversity of repeats through the Xanthomonas genus, which may impact the evolution of TAL effector architecture, 2) groups of TAL effector orthologs specific to certain taxonomic groups of pathovars that may share common functions, 3) evidence of repeat motifs shared and lost between TAL effectors hinting at extensive recombination (particularly gene conversion) events. We propose that the swapping of repeat blocks between TAL effectors is a motor for TAL effector specialization that allows for fast functional diversification through the acquisition of new targets in the host plants.We then analyzed in detail the diversity of TAL effector sequences in African strains of Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo), causing agent of bacterial leaf blight of rice, the most destructive bacterial disease in rice. We found indications of virulence activity of a TAL effector being the product of a gene conversion event, supporting our hypothesis of gene conversion as a motor of TAL effector evolution. We also used transcriptomic data and systematic gain-of-function assays to uncover a TAL effector that exerts a virulence role through the induction of two susceptibility genes, one of which represents a novel class of susceptibility gene in bacterial blight. Finally, we present partial results of transcriptomic analyses aimed at de-constructing the effects of each TAL effector from one strain on the rice transcriptome, as well as results from collaborative functional and evolutionary analyses in other groups of Xanthomonas.Altogether, this thesis offers a new conceptual framework and new tools for the analysis of TAL effector function and evolution, and we hope this will help in the design of strategies aimed at improving resistance to bacteria in agronomically important plants.; Les effecteurs TAL (« Transcription Activator-Like ») sont des protéines présentes majoritairement chez les bactéries phytopathogènes du genre Xanthomonas. Ces protéines bactériennes sont dirigées vers le noyau des cellules de la plante hôte où elles induisent l’expression de gènes. L’induction de gènes de « susceptibilité » de la plante est responsable de la maladie. Les effecteurs TAL sont capables de se lier à l’ADN grâce à un motif particulier consistant en une série de répétitions quasi-identiques s’enroulant autour de l’ADN et formant une super-hélice. Au sein des répétitions deux acides aminés localisés à l’intérieur de chaque boucle de la super-hélice interagissent directement et spécifiquement avec les nucléotides. Des combinaisons différentes de ces deux acides aminés se lient spécifiquement à certains nucléotides, selon un code unique.Une conséquence de cette interaction étroite est que les plantes et les bactéries co-évoluent selon une course aux armements où le génome de la plante se diversifie pour éviter d’être la cible des effecteurs TAL, tandis que les gènes tal se diversifient pour s’adapter à de nouvelles cibles. Les aspects évolutifs des effecteurs TAL sont encore largement inconnus, notamment comment la spécificité évolue vers de nouvelles cibles végétales. Cette thèse présente les premiers travaux sur la compréhension des mécanismes évolutifs des gènes tal, principalement abordés par la bioinformatique. Nous avons développé la suite de programmes « QueTAL » qui permet d’une part la construction d’arbres phylogénétiques basés soit sur la séquence des répétitions, soit sur la séquence des sites cibles, d’autre part la recherche de motifs de répétitions pouvant constituer les unités évolutives des effecteurs TAL. Cette suite bioinformatique est publique, en ligne, et activement utilisée par la communauté des scientifiques travaillant sur les effecteurs TAL des Xanthomonas.Ces programmes ont été appliqués (ainsi que d’autres approches) à plus de 900 séquences d’effecteurs TAL de 22 groupes bactériens. Nous avons mis en évidence i) une perte de diversité dans les répétitions chez les Xanthomonas, qui aurait des conséquence sur l’évolution de la structure des effecteurs TAL; ii) l’existence de groupes fonctionnels de gènes tal spécifiques à certains pathovars ; iii) un probable mécanisme évolutif reposant sur la recombinaison (principalement par conversion génique), révélé par le gain ou la perte de répétitions en blocs entiers. Notre hypothèse est que le moteur de la spécialisation des effecteurs TAL est la recombinaison de ces blocs entre gènes conduisant à une diversification fonctionnelle rapide vers de nouvelles cibles végétales.Nous avons ensuite analysé plus en détail la diversité des séquences TAL de souches africaines de Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo), agent de la bactériose vasculaire, maladie bactérienne la plus importante du riz. Nous avons montré qu’un gène tal résultant d’une conversion génique pouvait être fonctionnel, indiquant que ce mécanisme peut être un moteur évolutif chez les effecteurs TAL. Les données de transcriptomique et de gain de fonction ont permis de mettre en évidence un effecteurs TAL dont la virulence s’exerce par l’activation de deux gènes de susceptibilité, dont l’un n’avait jamais été décrit chez Xoo. Enfin nous présentons des résultats préliminaires sur les effets d’une déconstruction de TALome sur le transcriptome de riz ainsi que des travaux fonctionnels et évolutifs issus de collaborations sur d’autres Xanthomonas.Cette thèse offre un nouveau cadre conceptuel ainsi que de nouveaux outils pour l’analyse fonctionnelle et évolutive des effecteurs TAL qui devraient améliorer la mise au point de stratégies pour la résistance des plantes aux Xanthomonas.

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    Authors: Gerville-Réache, Léo;

    Pierre joue avec Paul à croix ou pile, avec cette condition que si Paul amène pile au premier coup, il donnera un écu à Pierre; s'il n'amène pile qu'au deuxième coup, deux écus; s'il n'amène pile qu'au troisième coup, quatre écus; au quatrième, huit écus; au cinquième, seize; et ainsi de suite jusqu'à ce que pile vienne; on demande l'espérance de Paul, ou ce qui est la même chose, ce qu'il doit demander à Pierre avant que le jeu commence, pour jouer avec lui à jeu égal, ou, comme on l'exprime d'ordinaire, pour son enjeu.

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  • Authors: Aurore Vigan; Melynda Hassouna; Coline Brame; Nadège Edouard; +10 Authors

    National audience; The increasing demand for animal products is a major challenge for the livestock sector that must reduce its environmental impacts and ensure its sustainability. This sector has been identified as an important contributor to polluting gas emissions. Improving the knowledge on the origin and the magnitude of air pollutants and greenhouse gases emissions from livestock sector is essential to address climate change and to contribute to improve air quality with the evolution of breeding practices (feeding strategy, manure management, etc.). A consortium involving research and extension services partners was created to build a database called ELFE (ELevages et Facteurs d’Emission) with international data from literature references focusing on emissions of ammonia, greenhouse gases, particles and odors on the different steps of manure management of cattle, pig and poultry productions systems and their associated key variables. Around 350 publications (among 1 000 publications collected) are integrated into the database and provide more than 5 200 emission values. The ELFE database allows calculating average of emission and their standard deviation taking into account the diversity of livestock systems. These data can be used to provide emission factor for national inventories for specific livestock systems and also, to evaluate practices on gas emissions mitigation. This database can also be used to analyze the influence of key variables on the emission factor variability using multicriteria assessment (climate, building type, etc.). Moreover, this database propose a classification of emission factor into three classes according to the degree on which information about their most influential key variables was complete (>50 % ; 30-50 % ; 50 % ; 30-50 % ; <30 % des métadonnées renseignées) afin d’évaluer son niveau de description.

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    Authors: Rangel, Jhonnatan;

    L’ayapaneco, zoque ayapaneco ou numte ʔoote (ethnonyme) est une langue en danger appartenant à la famille mixe-zoque et parlée exclusivement dans l’état de Tabasco, au Mexique, par environ 11 personnes âgées entre 69 et 95 ans. L’ayapaneco est l’une des langues de cette famille la moins étudiée et la moins documentée. Depuis les années 1950, elle ne se transmet plus aux nouvelles générations et son utilisation est actuellement très limitée dans le quotidien des locuteurs. Cette thèse documente, décrit et analyse tant la situation sociolinguistique de l’ayapaneco que sa réalité linguistique, en particulier l’existence de variations linguistiques. Bien que la variation soit un phénomène inhérent à toutes les langues du monde, les langues en danger présentent des défis théoriques et méthodologiques pour l’analyse des variations. Après avoir expliqué les variations linguistiques et les mécanismes qui les caractérisent en ayapaneco, cette thèse propose d’apporter des éléments nouveaux qui n’étaient pas pris en considération auparavant pour l’étude de la variation linguistique d’une langue vivant une situation de danger critique comme l’ayapaneco. Ceci contribue à questionner les analyses traditionnelles et à impulser, à partir d’une analyse multifactorielle, des explications originales pour faire avancer nos connaissances sur la nature des variations et du changement linguistique dans les langues en danger. Ayapaneco, Zoque Ayapaneco or numte ʔoote (ethnonyme) is a critically endangered language spoken by approximately 11 people between the ages of 69- and 95-years-old in the state of Tabasco, Mexico. Ayapaneco is the least studied and least documented language in the Mixe-Zoque family. The intergenerational transmission of the language was interrupted in the 1950s. Today, it has a very limited role in the daily language practices of its remaining speakers.This thesis documents, describes and analyzes the sociolinguistic situation of Ayapaneco as well as its linguistic characteristics, focusing on language variation. Although variation is a phenomenon inherent to all world languages, studying variation within the context of critically endangered languages presents specific theoretical and methodological challenges.After presenting the characteristics of language variation in Ayapaneco, this thesis offers new perspectives on the study of these variations in critically endangered languages. A multifactorial analysis is used to question traditional approaches and propose new insights, contributing to the fields of language variation and language change in the context of critically endangered languages.

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    Other literature type . 2019
    HAL-IRD
    Doctoral thesis . 2019
    Data sources: HAL-IRD
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    Authors: Laurie Graffouillère; Mélanie Deschasaux; François Mariotti; Lola Neufcourt; +9 Authors

    Introduction et but de l’etude L’inflammation chronique est un mecanisme central implique dans quatre causes majeures de deces : les maladies cardiovasculaires, les cancers, le diabete et les maladies respiratoires chroniques. L’alimentation est une source majeure de composes bioactifs pro- et anti-inflammatoires. Le Dietary Inflammatory Index (DII) a ete concu pour estimer le potentiel inflammatoire de l’alimentation. Notre objectif etait, pour la premiere fois, d’etudier les associations entre le DII et la mortalite et d’investiguer si une supplementation en antioxydants etait susceptible de moduler cette relation. Materiel et methodes L’etude SU.VI.MAX est un essai randomise en double-aveugle durant lequel les participants ont recu des antioxydants a dose nutritionnelle ou un placebo entre 1994 et 2002. Cette etude prospective observationnelle incluait 7 997 participants suivis entre 1994 et 2007 (suivi median de 12,4 ans). Le DII a ete calcule a partir d’enregistrements alimentaires de 24 h repetes ; un score plus eleve correspondant a un regime alimentaire plus pro-inflammatoire. Au cours du suivi, 184 deces ont ete enregistres dont 102 dus a un cancer et 41 a une maladie cardiovasculaire. Les associations ont ete caracterisees par des modeles multivaries de Cox a risques proportionnels. Resultats et analyse statistique Les tertiles de DII sexe-specifiques etaient positivement associes a la mortalite par cancers et maladies cardiovasculaires (RR T3 vs T1 = 1,53 [1,01–2,33], p = 0,04) et par cancer uniquement (RR T3 vs T1 = 1,84 [1,12–3,00], p = 0,01). La p -value correspondante pour toutes causes de mortalite etait de 0,07. Le DII etait significativement associe a une augmentation de la mortalite dans le groupe placebo de l’essai SU.VI.MAX (RR T3 vs T1 = 2,11 [1,15–3,85], p = 0,02), mais pas dans le groupe supplemente en antioxydants ( p = 0,8 ; P-interaction = 0,1). Conclusion Ces resultats suggerent qu’une alimentation pro-inflammatoire pourrait etre associee a une augmentation de la mortalite et que les antioxydants pourraient contrecarrer certains des effets pro-inflammatoires de l’alimentation.

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    Authors: Yinan Zhou; Pierre Kaser;

    Presentation Dernier rejeton d'une longue lignee d'homme de lettres, le jeune Zhang Dai 張岱 (1597-1681) connut l'opulence d'un riche lettre oisif, s'adonnant tout a loisir a sa passion pour la litterature et a son gout tres marque pour le theâtre avant de tout perdre au moment de la chute des Ming 明 (1644). Reste fidele a la defunte dynastie, il brava les interdits en en redigeant l'histoire. Depouille et traque, il eprouva la misere et la clandestinite, ce qui explique que la plupart de ses e...

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    Impressions d’Extrême-Orient
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      Impressions d’Extrême-Orient
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    Authors: Allirol, Béatrice; Dumontier, Pascal;

    Référence internationale en matière de reporting extra financier le GRI s’adresse à tous les partenaires de l’entreprise. Les investisseurs sont toutefois les destinataires privilégiés du reporting environnemental, surtout si l’entreprise est cotée. Les scores de divulgation environnementale de 120 entreprises européennes nous permettent de déterminer comment les entreprises cotées répondent aux prescriptions du GRI qui reflètent les attentes de l’ensemble des parties prenantes de l’entreprise et à celles de l’EFFAS qui reflètent les attentes des seuls investisseurs. Nos résultats montrent que les déterminants des scores de divulgation GRI différent des déterminants des scores EFFAS au sens où seuls les scores GRI sont sensibles à l’exposition environnementale de l’entreprise. Les scores EFFAS dépendent quant à eux de la pression des investisseurs. Il apparaît donc que les divulgations environnementales répondent à une logique de légitimité environnementale lorsque la pression des investisseurs est faible. Elles visent prioritairement à satisfaire les investisseurs dans le cas contraire. GRI offers an international reference to firm’s stakeholders interested in social and environmental disclosures. However these disclosures target first and foremost investors, especially for listed firms. The environmental disclosure scores of 120 randomly selected European companies help us determine how their disclosures capture environmental information useful to all stakeholders (GRI scores) or to investors only (EFFAS scores). Our results show that GRI scores are to a large extent driven by the firm’s exposure to environmental risks. In contrast, EFFAS scores are driven by shareholding dispersion and, therefore, pressures exerted by investors. This suggests that environmental disclosures respond to a logic of environmental legitimacy when investors’ pressure is weak. Otherwise they aim to satisfy investors’ expectations.

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    Authors: Williams-Wanquet, Eileen;

    Communication à la Journée de recherche du CRLHOI "Texte et politique" en avril 2013 à l'Université de La Réunion; National audience; Indigo (1993) de Marina Warner, qui reprend, à la fois, l'Histoire coloniale anglaise et La Tempête de Shakespeare, illustre bien une des tendances de la littérature britannique des années 1980 et 1990, qui commente le monde à travers la révision de l'idéologie transmise par des « hypotextes » précis. Cet article vise à montrer la manière dont, pour reprendre les termes de Jacques Rancière, « la littérature fait de la politique en tant que littérature ». Ce que Rancière nomme le caractère propre-impropre de la littérature est ce qui lui permet d'avoir une portée politique, en « reconfigurant la carte du sensible ». J'utiliserai les trois temps décrits par Rancière pour éclairer la démarche de Warner : la « police », ou l'ordre établi, dans lequel Warner ancre son histoire de manière réaliste ; « la poli-tique », ou la remise en cause de cet ordre, par l'utilisation de procédés tels que l'ironie, l'inversion de point de vue, ou l'hypertextualité ; « le politique », ou l'appel éthique à un nouvel ordre utopique, par le recours à l'intertextualité, au réalisme magique ou à la symbolique. La réécriture de l'idéologie transmise par l'hypotexte équivaut à une révision de l'hypotexte diffus de la Modernité.

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    Other literature type . 2014
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  • Authors: Fotso, Ruben;

    This thesis aims to evaluate and analyse the direct and indirect effects of the Rhône-Alpes Technological Research Institutes (IRTs), which are one of the innovation policy devices based on science-industry transfers, created in France as pait of the Future Investment Programme. By applying a difference-in-difference model combined with matching methods, the results show a direct positive effect on turnover and financial autonomy and indicate that this effect varies according to the duration of participation and the type of assistance received. In addition, the type of assistance would play a more important role than the duration of treatment in the effectiveness of TRis. The results also indicate that the TRI had positive indirect effects on turnover, financial autonomy and the share of executives of non-directly beneficiary SMEs but located in the treated area and that these effects do not appear immediately after the treatment but a few years later. In addition, this research work assesses and analyses the direct effects of TRis by focusing on the R&D performance of large companies. Using the random trend model and the synthetic control model, the results of the first model indicate that participation in TRis has had an additional direct effect on total net R&D expenditures and that these expenditures are largely self-­financed and used outside the company through collaborations and outsourcing. The results of the second model show that a single company has almost systematic effects on all R&D performance indicators.; Cette thèse vise à évaluer et analyser les effets directs et indirects des Instituts de Recherche Technologique (IRT) Rhônalpins qui sont l'un des dispositifs des politiques d'innovation fondées sur les transferts science-industrie, créés en France dans le cadre du Programme d'investissement d' Avenir. En appliquant un modèle de différence-en-différence combiné aux méthodes d'appariement, les résultats montrent un effet direct positif sur le chiffre d'affaires et l'autonomie financière et indiquent que cet effet varie en fonction de la durée de participation et du type d'aide reçu. Par ailleurs le type d'aide jouerait un rôle plus important que la durée de traitement dans l'efficacité des IRT. Les résultats indiquent aussi que l'IRT a eu les effet indirects positifs sur le chiffre d'affaires, l'autonomie financière et la part des cadres des PMEs non-directement bénéficiaires, localisées dans la zone traitée et que ces effets n'apparaissent pas immédiatement après le traitement mais quelques années plus tard. Par ailleurs, ce travail de recherche évalue et analyse les effets directs des IRT en se focalisant sur les performances de R&D des grandes entreprises. En utilisant le modèle à tendance aléatoire et le modèle de contrôle synthétique, les résultats du premier modèle indiquent que la participation aux IRT a eu un effet direct additionnel sur les dépenses totales de R&D nettes et que ces dépenses sont largement autofinancées et utilisées à l'extérieur de l'entreprise à travers les collaborations et les sous-traitances. Les résultats du second modèle montrent qu'une seule entreprise a des effets quasi-systématiques sur tous les indicateurs de performance de R&D.

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    Authors: Pommier, Cyril; Dzale Yeumo, Windpouire Esther;

    National audience

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  • Authors: Perez Quintero, Alvaro Luis;

    Transcription activator-like (TAL) effectors are proteins found mainly in the genus of Xanthomonas phytopathogenic bacteria. These proteins enter the nucleus of cells in the host plant and can induce the expression of genes. The induction of “susceptibility” S genes in the plant will result in disease. TAL effectors are able to bind DNA thanks to a unique motif consisting of a series of nearly-identical repeats that wrap around the DNA forming a super-helix, in each repeat two amino-acids found in a loop on the inner side of the helix directly interact with nucleotides. Different combination of amino-acids in this loop bind specific nucleotides following a unique code.A consequence of this tight interaction is that plants and bacteria co-evolve following an arms race where the plant genome diversifies to avoid being targeted by the TAL effectors, while tal effector genes diversify to adapt to new targets.Various aspects of TAL effector evolution are still unknown, specially how does specificity arise towards certain targets in the host plant? As first steps towards answering this question, in these thesis we show the results of using primarily bioinformatic strategies to find evolutionary patterns in TAL effector sequences. We designed the suite “QueTAL” containing software for 1) the construction of phylogenetic trees based on repeat sequences, 2) comparison of predicted binding sites for TAL effectors, 3) identification of repeat motifs in TAL effector pairs. This suite was made publicly available and it is being actively used by the Xanthomonas research community.We used these programs along with other strategies to analyze variation in over 900 TAL effector sequences from 22 taxonomic groups finding 1) a loss of diversity of repeats through the Xanthomonas genus, which may impact the evolution of TAL effector architecture, 2) groups of TAL effector orthologs specific to certain taxonomic groups of pathovars that may share common functions, 3) evidence of repeat motifs shared and lost between TAL effectors hinting at extensive recombination (particularly gene conversion) events. We propose that the swapping of repeat blocks between TAL effectors is a motor for TAL effector specialization that allows for fast functional diversification through the acquisition of new targets in the host plants.We then analyzed in detail the diversity of TAL effector sequences in African strains of Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo), causing agent of bacterial leaf blight of rice, the most destructive bacterial disease in rice. We found indications of virulence activity of a TAL effector being the product of a gene conversion event, supporting our hypothesis of gene conversion as a motor of TAL effector evolution. We also used transcriptomic data and systematic gain-of-function assays to uncover a TAL effector that exerts a virulence role through the induction of two susceptibility genes, one of which represents a novel class of susceptibility gene in bacterial blight. Finally, we present partial results of transcriptomic analyses aimed at de-constructing the effects of each TAL effector from one strain on the rice transcriptome, as well as results from collaborative functional and evolutionary analyses in other groups of Xanthomonas.Altogether, this thesis offers a new conceptual framework and new tools for the analysis of TAL effector function and evolution, and we hope this will help in the design of strategies aimed at improving resistance to bacteria in agronomically important plants.; Les effecteurs TAL (« Transcription Activator-Like ») sont des protéines présentes majoritairement chez les bactéries phytopathogènes du genre Xanthomonas. Ces protéines bactériennes sont dirigées vers le noyau des cellules de la plante hôte où elles induisent l’expression de gènes. L’induction de gènes de « susceptibilité » de la plante est responsable de la maladie. Les effecteurs TAL sont capables de se lier à l’ADN grâce à un motif particulier consistant en une série de répétitions quasi-identiques s’enroulant autour de l’ADN et formant une super-hélice. Au sein des répétitions deux acides aminés localisés à l’intérieur de chaque boucle de la super-hélice interagissent directement et spécifiquement avec les nucléotides. Des combinaisons différentes de ces deux acides aminés se lient spécifiquement à certains nucléotides, selon un code unique.Une conséquence de cette interaction étroite est que les plantes et les bactéries co-évoluent selon une course aux armements où le génome de la plante se diversifie pour éviter d’être la cible des effecteurs TAL, tandis que les gènes tal se diversifient pour s’adapter à de nouvelles cibles. Les aspects évolutifs des effecteurs TAL sont encore largement inconnus, notamment comment la spécificité évolue vers de nouvelles cibles végétales. Cette thèse présente les premiers travaux sur la compréhension des mécanismes évolutifs des gènes tal, principalement abordés par la bioinformatique. Nous avons développé la suite de programmes « QueTAL » qui permet d’une part la construction d’arbres phylogénétiques basés soit sur la séquence des répétitions, soit sur la séquence des sites cibles, d’autre part la recherche de motifs de répétitions pouvant constituer les unités évolutives des effecteurs TAL. Cette suite bioinformatique est publique, en ligne, et activement utilisée par la communauté des scientifiques travaillant sur les effecteurs TAL des Xanthomonas.Ces programmes ont été appliqués (ainsi que d’autres approches) à plus de 900 séquences d’effecteurs TAL de 22 groupes bactériens. Nous avons mis en évidence i) une perte de diversité dans les répétitions chez les Xanthomonas, qui aurait des conséquence sur l’évolution de la structure des effecteurs TAL; ii) l’existence de groupes fonctionnels de gènes tal spécifiques à certains pathovars ; iii) un probable mécanisme évolutif reposant sur la recombinaison (principalement par conversion génique), révélé par le gain ou la perte de répétitions en blocs entiers. Notre hypothèse est que le moteur de la spécialisation des effecteurs TAL est la recombinaison de ces blocs entre gènes conduisant à une diversification fonctionnelle rapide vers de nouvelles cibles végétales.Nous avons ensuite analysé plus en détail la diversité des séquences TAL de souches africaines de Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo), agent de la bactériose vasculaire, maladie bactérienne la plus importante du riz. Nous avons montré qu’un gène tal résultant d’une conversion génique pouvait être fonctionnel, indiquant que ce mécanisme peut être un moteur évolutif chez les effecteurs TAL. Les données de transcriptomique et de gain de fonction ont permis de mettre en évidence un effecteurs TAL dont la virulence s’exerce par l’activation de deux gènes de susceptibilité, dont l’un n’avait jamais été décrit chez Xoo. Enfin nous présentons des résultats préliminaires sur les effets d’une déconstruction de TALome sur le transcriptome de riz ainsi que des travaux fonctionnels et évolutifs issus de collaborations sur d’autres Xanthomonas.Cette thèse offre un nouveau cadre conceptuel ainsi que de nouveaux outils pour l’analyse fonctionnelle et évolutive des effecteurs TAL qui devraient améliorer la mise au point de stratégies pour la résistance des plantes aux Xanthomonas.

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    Authors: Gerville-Réache, Léo;

    Pierre joue avec Paul à croix ou pile, avec cette condition que si Paul amène pile au premier coup, il donnera un écu à Pierre; s'il n'amène pile qu'au deuxième coup, deux écus; s'il n'amène pile qu'au troisième coup, quatre écus; au quatrième, huit écus; au cinquième, seize; et ainsi de suite jusqu'à ce que pile vienne; on demande l'espérance de Paul, ou ce qui est la même chose, ce qu'il doit demander à Pierre avant que le jeu commence, pour jouer avec lui à jeu égal, ou, comme on l'exprime d'ordinaire, pour son enjeu.

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  • Authors: Aurore Vigan; Melynda Hassouna; Coline Brame; Nadège Edouard; +10 Authors

    National audience; The increasing demand for animal products is a major challenge for the livestock sector that must reduce its environmental impacts and ensure its sustainability. This sector has been identified as an important contributor to polluting gas emissions. Improving the knowledge on the origin and the magnitude of air pollutants and greenhouse gases emissions from livestock sector is essential to address climate change and to contribute to improve air quality with the evolution of breeding practices (feeding strategy, manure management, etc.). A consortium involving research and extension services partners was created to build a database called ELFE (ELevages et Facteurs d’Emission) with international data from literature references focusing on emissions of ammonia, greenhouse gases, particles and odors on the different steps of manure management of cattle, pig and poultry productions systems and their associated key variables. Around 350 publications (among 1 000 publications collected) are integrated into the database and provide more than 5 200 emission values. The ELFE database allows calculating average of emission and their standard deviation taking into account the diversity of livestock systems. These data can be used to provide emission factor for national inventories for specific livestock systems and also, to evaluate practices on gas emissions mitigation. This database can also be used to analyze the influence of key variables on the emission factor variability using multicriteria assessment (climate, building type, etc.). Moreover, this database propose a classification of emission factor into three classes according to the degree on which information about their most influential key variables was complete (>50 % ; 30-50 % ; 50 % ; 30-50 % ; <30 % des métadonnées renseignées) afin d’évaluer son niveau de description.

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    Authors: Rangel, Jhonnatan;

    L’ayapaneco, zoque ayapaneco ou numte ʔoote (ethnonyme) est une langue en danger appartenant à la famille mixe-zoque et parlée exclusivement dans l’état de Tabasco, au Mexique, par environ 11 personnes âgées entre 69 et 95 ans. L’ayapaneco est l’une des langues de cette famille la moins étudiée et la moins documentée. Depuis les années 1950, elle ne se transmet plus aux nouvelles générations et son utilisation est actuellement très limitée dans le quotidien des locuteurs. Cette thèse documente, décrit et analyse tant la situation sociolinguistique de l’ayapaneco que sa réalité linguistique, en particulier l’existence de variations linguistiques. Bien que la variation soit un phénomène inhérent à toutes les langues du monde, les langues en danger présentent des défis théoriques et méthodologiques pour l’analyse des variations. Après avoir expliqué les variations linguistiques et les mécanismes qui les caractérisent en ayapaneco, cette thèse propose d’apporter des éléments nouveaux qui n’étaient pas pris en considération auparavant pour l’étude de la variation linguistique d’une langue vivant une situation de danger critique comme l’ayapaneco. Ceci contribue à questionner les analyses traditionnelles et à impulser, à partir d’une analyse multifactorielle, des explications originales pour faire avancer nos connaissances sur la nature des variations et du changement linguistique dans les langues en danger. Ayapaneco, Zoque Ayapaneco or numte ʔoote (ethnonyme) is a critically endangered language spoken by approximately 11 people between the ages of 69- and 95-years-old in the state of Tabasco, Mexico. Ayapaneco is the least studied and least documented language in the Mixe-Zoque family. The intergenerational transmission of the language was interrupted in the 1950s. Today, it has a very limited role in the daily language practices of its remaining speakers.This thesis documents, describes and analyzes the sociolinguistic situation of Ayapaneco as well as its linguistic characteristics, focusing on language variation. Although variation is a phenomenon inherent to all world languages, studying variation within the context of critically endangered languages presents specific theoretical and methodological challenges.After presenting the characteristics of language variation in Ayapaneco, this thesis offers new perspectives on the study of these variations in critically endangered languages. A multifactorial analysis is used to question traditional approaches and propose new insights, contributing to the fields of language variation and language change in the context of critically endangered languages.

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    Other literature type . 2019
    HAL-IRD
    Doctoral thesis . 2019
    Data sources: HAL-IRD
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