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    Authors: Koenig, Gérard;

    Après avoir présenté la définition à partir de laquelle peut être appréciée la contribution de FCS au management stratégique, cet article se structure autour de deux préoccupations qui ont trait à la dynamique de production des connaissances dans le champ. La première s'inscrit dans le plan défini par les dimensions empi-rique et analytique. Elle concerne le risque que l'obsession de la nouveau-té théorique fait courir au processus de connaissance. La seconde préoccupation touche au contenu thématique de la recherche en management stratégique. Constitué de couples, comme celui que forment organisation et stratégie, cet axe thématique, que l'on peut concevoir comme orthogonal aux dimensions empirique et analytique est le lieu où s'invente le management stratégique, où des oppositions se nouent et où se pose la question de leur éventuel dépasse-ment. Mots clés : management stratégique – revues scientifiques – politiques éditoriales – développement de la con-naissance – obsession pour la théorie. After having presented the definition of strategic management from which the contribution of FCS can be recognized, the article moves on to examine two issues closely related to the dynamics of knowledge production in this domain. The first issue is found within the space defined by the empirical and analytical dimensions and concerns the risks for the knowledge process brought about by an obsession with theoretical novelty. The second issue concerns the thematic content of strategic management research. This content can be viewed as structured along various dimensions, each of them being composed of a thematic couple, such as the one that associates organization and strategy. This thematic space, which can be thought of as orthogonal to the space defined by empirical and analytical dimensions, is where strategic management is invented, where oppositions emerge, and where the question of their synthesis can be raised.

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    HAL UPEC
    Other literature type . 2008
    Data sources: HAL UPEC
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    Authors: Cassin, S.; Leffler, C.W.; Tyler, T.L.;
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    Hyper Article en Ligne
    Other literature type . 1977
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    Hal-Diderot
    Other literature type . 1977
    Data sources: Hal-Diderot
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      Other literature type . 1977
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      Hal-Diderot
      Other literature type . 1977
      Data sources: Hal-Diderot
  • Authors: Douguet, Dominique;

    In this document, I describe my contribution into 2 complementary aspects of structural bioinformatic : the modelling of the 3D structure of proteins and the modelling of their modulators. The identification and the structural analysis of protein binding sites (by proteins or small molecules) allow the modulation of their biological function by using new synthetic entities. The last may act as useful tools for further in vivo and in vitro physiopathologic studies. Such interactions can be predicted by docking programs. First, I developed an integrated system for the modelling of the 3D structure of proteins by using homology modelling. The server @TOME ((@utomatic Threading Optimisation Modelling & Evaluation) was the first, in France, that allows the whole automatic modelling of protein structures by performing the 4 usual steps: fold recognition, alignment, model building and model evaluation (http://bioserver.cbs.cnrs.fr). @TOME was evaluated during the CASP5 session in 2002 (http://predictioncenter.llnl.gov/). Results indicate that our server performed well over the 67 targets. @TOME was ranked 26th of the 187 registered groups. More importantly, results validated the use of the fully automatic mode of @TOME on cases where the sequence identity between the target and the template structure is more than 30%. During a sabbatical stay at the University of Stony Brook, NY, USA at Ilya Vakser's lab, I developed a database of annotated protein-protein co-crystallized structures. This bound-bound database provides the foundation of a more ambitious system of databases called DOCKGROUND. It is designed to become a comprehensive public environment for developing and validating new methodologies for modelling of protein interactions. Concerning the bound-bound part, programs filter and annotate structures coming from the Biological Unit database. Our data has several options to exclude particular complexes as well as redundancies based on sequence or structural similarities. The database is accessible by the web (http://dockground.bioinformatics.ku.edu) and is regularly updated. Thanks to a NIH grant, the DOCKGROUND project is under expansion with the release of 3 new databases. De novo drug design and virtual screenings constitute a major part of my researches. More particularly, I develop a de novo drug design program called LEA3D. LEA3D is able to optimally combine fragments to generate ideal putative ligands. These methods have been applied successfully to the Thymidine Monophosphate Kinase (TMPK) of Mycobacterium tuberculosis. In collaboration with chemists and biochemists of Pasteur Institute, new structural families of inhibitors have been identified comprising one synthetic inhibitor with a 3-fold better affinity than the substrate dTMP. A new hit ‘hunting' strategy based on fragment screenings is also described. It combines cheminformatic, NMR and crystallography experimental methods. This strategy aims to identify low molecular weight compounds that are optimized into more elaborated and potent binders.; Mes recherches ont eu pour objectif de concilier deux aspects complémentaires de la bioinformatique structurale : la modélisation de la structure 3D des protéines et la modélisation des petites molécules modulatrices des premières. La connaissance de la structure tridimensionnelle des protéines est un élément déterminant pour la compréhension fine de leur mécanisme d'action et indispensable pour le développement d'approches thérapeutiques rationnelles. Ainsi, l'identification et l'analyse structurale des sites de fixation de leurs ligands (protéine ou petite molécule) permettent d'envisager la modulation de leur fonction biologique. Les interactions protéine-protéine ou protéine-ligand peuvent être prédites, par exemple, par des programmes d'amarrage (ou ‘docking'). La modélisation par homologie permet d'obtenir un modèle tridimensionnel d'une protéine lorsque sa structure n'a pas été déterminée expérimentalement. Ma contribution dans ce domaine fut la réalisation du serveur @TOME avec le soutien de la GENOPOLE Languedoc-Roussillon (accessible à l'adresse http://bioserver.cbs.cnrs.fr). Ce serveur était le premier de ce type à avoir été développé en France. Le serveur @TOME rassemble et traite d'une manière automatique toutes les étapes nécessaires à la construction d'un modèle 3D d'une protéine. Cela inclut la reconnaissance du repliement, la construction des modèles protéiques et leur évaluation. Les résultats du CASP5 en 2005 (session internationale d'évaluation des méthodes de prédiction de la structure des protéines ; http://predictioncenter.llnl.gov/) ont montré que notre serveur utilisé en mode automatique propose des modèles très proches de la structure expérimentale lorsque l'identité de séquence avec la structure support est supérieure à 30%. Le serveur a été classé 26ième sur 187 groupes inscrits. Dans un second temps, mes recherches m'ont permis de réaliser une base de données de complexes protéiques co-cristallisés, base fondatrice du projet DOCKGROUND. Ce projet de grande envergure, soutenu par le NIH depuis 2005, vise à établir un système intégré et dynamique de bases de données dédié à l'étude et à la prédiction des interactions entre protéines et permettre ainsi d'améliorer nos connaissances des interactions et de développer des outils de prédiction plus fiables. Ce travail a été effectué au sein de l'équipe du Pr. Ilya Vakser à l'Université de Stony Brook, NY, USA. Dans la réalisation de cette première base de données, un ensemble de programmes collectent, classent et annotent les complexes protéiques qui ont été co-cristallisés (données sur la séquence, la fonction, le repliement 3D, les particularités telles qu'une fixation à de l'ADN, ...). Ensuite, j'ai mis en œuvre une sélection dynamique des représentants des complexes contenus dans cette base. Les représentants sont essentiels pour éviter une surreprésentation de certaines familles de protéines. Cette base de donnée est accessible par Internet et est régulièrement mise à jour (http://dockground.bioinformatics.ku.edu). Le projet DOCKGROUND va être poursuivi par la réalisation de 3 autres bases de données qui s'ancreront sur la présente appelée ‘Bound-Bound'. L'objectif principal de mes travaux est d'identifier de nouveaux composés bio-actifs afin de comprendre le fonctionnement de leur cible dans un contexte biologique. Les méthodes que j'utilise se basent sur la chémoinformatique, le criblage virtuel et le de novo ‘drug design'. Dans le cadre de ce dernier, j'ai mis au point un programme propriétaire LEA3D (‘Ligand by Evolutionary Algorithm' 3D). Le programme génère des petites molécules à partir de la combinaison de fragments moléculaires issus de drogues et de molécules ‘bio' (substrats ou produits de réactions enzymatiques). Le criblage virtuel basé sur la structure protéique et le de novo ‘drug design' par LEA3D, ont été appliqués avec succès à la thymidine monophosphate kinase (TMPK) de Mycobacterium tuberculosis dans le cadre d'une collaboration avec une équipe de chimistes et de biologistes de l'Institut Pasteur. De nouvelles familles d'inhibiteurs ont été identifiées dont un inhibiteur synthétique trois fois plus affin que le substrat naturel. Plusieurs publications et une demande de brevet couvrent les résultats de ces recherches. Dans la continuité de ces travaux, je m'intéresse maintenant, plus particulièrement, à développer des stratégies de criblages de fragments (molécules de petit poids moléculaire). Il a été montré que de petites chimiothèques contenant des petites molécules polaires sont plus efficaces pour identifier des touches. Ce travail doit être réalisé conjointement avec des criblages structuraux expérimentaux comme la RMN ou la diffraction des rayons X. Ces derniers se posent comme une alternative aux tests in vitro avec pour avantage de donner une information détaillée, au niveau atomique, des interactions entre le ligand et sa cible. S'ensuit une étape d'optimisation/maturation des touches en ligands plus élaborés et plus affins par l'utilisation d'outils de chémoinformatique.

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    Authors: Mohammed, HO; Cummings, JF; Divers, TJ; De La Rua-Domenech, R; +1 Authors

    International audience

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    Hal-Diderot
    Other literature type . 1994
    Data sources: Hal-Diderot
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    Hyper Article en Ligne
    Other literature type . 1994
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      Hal-Diderot
      Other literature type . 1994
      Data sources: Hal-Diderot
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      Hyper Article en Ligne
      Other literature type . 1994
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    Authors: Ghliss, Yosra;

    À partir d’une conception dynamique et plurielle des émotions, cette thèse propose une réflexion sur l'inscription discursive des affects dans les interactions numériques de type WhatsApp. Elle s'inscrit dans le domaine de l’analyse du discours en interaction (Kerbrat-Orecchioni, 2005) en faisant dialoguer le cadre du discours numérique (Paveau, 2017) avec les propositions théoriques des sciences de l'information et la communication (Allard, 2017). Si les linguistes ont longtemps souligné l’infinité des marques langagières des émotions (Kerbrat-Orecchioni, 2000) voire même leurs hétérogénéités (Plantin, 2011 ; Micheli, 2014), ce postulat est encore plus attesté dans les écosystèmes numériques où l’expression des affects se trouve distribuée dans toute l’interface numérique intégrant indifféremment les mots et les gestes (Jeanneret et Souchier, 1999). Suite à une réflexion méthodologique autour de la constitution du corpus numérique WhatsApp, ce travail porte sur les ressources sémiotiques et discursives dans l’expression des émotions. Ces dernières se voient matérialisées dans de nouvelles formes verbales comme les émotimots lol et mdr, entendus comme un sociolecte de l'affect. Mais dans le cadre des messageries numériques, l’expression des émotions dépassent le verbal pour s’incarner dans des formes l’iconique marquées les photodiscours, où la capture photographique se tisse avec le verbal pour co-construire le sens. À partir d’analyses qualitatives des observables prélevés, cette thèse montre comment les locuteurs et locutrices renouvellent sans cesses les formes d’expression des émotions et comment ils et elles composent avec les affordances numériques du système, pour explorer des versions inédites dans la gestion interactionnelle des affects. Starting from a dynamic and plural conception of emotions, this thesis reflects on the discursive inscription of affects in digital interactions like WhatsApp. It is part of the field of analysis of discourses in interaction (Kerbrat-Orecchioni, 2005) by making the framework of digital discourse (Paveau, 2017) echo with the theoretical propositions of information and communication sciences (Allard, 2017). If linguists have long stressed the infinity of the linguistic marks of emotions (Kerbrat-Orecchioni 2000) or even their heterogeneity (Plantin, 2011 ; Micheli, 2014), this postulate is even more relevant in digital ecosystems where the expression of affects is distributed throughout the digital interface integrating words and gestures indifferently (Jeanneret and Souchier, 1999). Following a methodological reflection on the constitution of the WhatsApp digital corpus, this work focuses on the semiotic and discursive resources in the expression of emotions. The latter are materialised in new verbal forms such as the emotiwords lol and mdr, understood as a sociolect of the affect. Nevertheless, in the context of digital messaging, the expression of emotions goes beyond the verbal to be embodied in iconicforms marked by photodiscourses, where the photographic capture is woven with theverbal to co-elaborate meaning. Based on qualitative analyses of the collectedobservables, this thesis shows how the speakers constantly renew the forms ofemotional expressions and how they deal with the digital affordances of the system, toexplore new versions in the interactional management of affects.

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    Hyper Article en Ligne
    Other literature type . 2020
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    Other literature type . 2020
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    Authors: Nicolas, Yann;

    Le primat accordé aux ressources écrites imprimées constitue un biais dans le traitement de l'information bibliographique par les catalogues de bibliothèque. Ce biais, par ailleurs légitime, nuit à l'accessibilité et à la description pertinente des ressources issues d'une tradition orale. Ce type de ressources est important dans toute société, mais il est capital pour les sociétés autochtones, ne serait-ce que pour la compréhension des ressources écrites imprimées de ces sociétés. Le modèle FRBR promet un meilleur traitement aux œuvres, aux versions et aux items issus d'une tradition orale. Ce modèle sait exprimer le fait que les œuvres de tradition orale sont indépendantes, même quand leurs manifestations ne le sont pas, qu'elles sont collectives et non anonymes, qu'elles sont variées mais pas infiniment variées. Un doute sérieux demeure à propos de la compatibilité entre la notion FRBR d'expression et la notion de version. The treatment of bibliographic information in library catalogues is biased by the primacy of printed written resources. This legitimate bias hinders oral tradition resources from being accurately described and accessed. This kind of resources is important in any society, but central in indigenous societies, at least for the comprehension of the printed written resources of these societies. The FRBR Model allows a better treatment of oral tradition works, versions and items. It can express the essential fact that oral traditions works are independent even when their manifestations are not, collective and not anonymous, plural but not impossible to grasp. One deep doubt remains concerning the compatibility of the FRBR notion of expression and the notion of version.

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  • Authors: Gut, Dagmara;

    International audience

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    Authors: Zins, Marie;

    Les travaux présentés concernent essentiellement l’étude de certains déterminants sociaux des consommations d’alcool. Il s’agit d’analyser comment certains aspects des circonstances de vie, de travail et l’environnement social peuvent influencer ce comportement et modifier les consommations d’alcool au cours du temps.Ces analyses ont été menées dans la cohorte Gazel, composée de plus de 20 000 sujets(15 000 hommes et 5 000 femmes) employés d’EDF‐GDF et âgés de 35 à 50 ans à l’inclusion en 1989. Les déterminants étudiés sont les conditions de travail, le statut marital des femmes et les changements de statut au cours de la vie, ainsi que le passage à la retraite.Globalement, on observe que l’environnement professionnel, familial et social sont des déterminants de l’évolution des habitudes de consommation, et jouent un rôle souvent socialement différencié, les différentes catégories sociales ne se comportant habituellement pas de la même façon dans des situations comparables. This thesis is about the social determinants of alcohol consumption. More specifically, the aims were to study how some circumstances of life, working and social environment may exert an influence on changes in drinking behaviours over time.The analyses were conducted within the Gazel cohort, including more than 20 000 subjects(15 000 men and 5 000 women) employees of EDF‐GDF, the French national utility company,aged 35‐50 at the inception of the cohort in 1989, which were followed‐up since that period.The main determinants that were studied are the working conditions, the marital status of women, and retirement. The main findings showed that the occupational, familial and social environment play a role in the changes in drinking behaviours over time, and that their effects are socially patterned,

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    HAL-Inserm
    Other literature type . 2011
    Data sources: HAL-Inserm
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      HAL-Inserm
      Other literature type . 2011
      Data sources: HAL-Inserm
  • Authors: Michel, Camille; Oliveau, Sébastien;

    National audience; Lima, capitale du Pérou, métropole de près de 9 millions d’habitants est une ville vulnérable sur plusieurs plans, qu’ils soient physiques, géologiques, sociaux… Les populations, selon leur localisation ne sont pas exposées aux mêmes risques de vulnérabilité. La capitale péruvienne est située au bord de l’océan Pacifique sur une zone désertique. Elle s’étend sur une superficie de 2 672 km² où se concentrent près de 9 millions d’habitants (un tiers de la population du pays), soit une densité de 3 391 hab./km². La ville se situe sur une zone instable du point de vue sismique. Elle connaît de nombreuses secousses, dont certaines qui furent dévastatrices. Certaines zones de la ville sont soumises à d’importantes érosions au niveau des falaises ou des collines ceinturant la ville, appelées « Cerros ». Depuis les années 1940 la ville connait une forte croissance démographique avec son apogée vers 1960. Cette explosion urbaine (en 1954 on comptait près de 1 300 000 habitants et plus de 6 millions en 1993) (D’Ercole, R. et Sierra, A., 2008, Driant, JC., 1989), a été impulsée par un mouvement migratoire, la population provenant majoritairement des montagnes, puis par un processus de densification. Cette forte croissance démographique a entraîné une importante demande de logements. Cependant, l’Etat n’a pas su mener une politique de logement suffisante, notamment pour la population ayant un faible revenu. Un habitat informel s’est alors développé de manière considérable dans la métropole (Riofrio, G., 2003). Cette forme de logement est aujourd’hui un des principaux éléments de la définition de l’espace urbain de la capitale, et porte le nom d’Asentamientos Humanos (littéralement « établissements humains »). Ils correspondent aux bidonvilles, et étaient anciennement connus sous le nom de Barriadas (1930-40) puis de Pueblos Jovenes (1970). A partir des années 1980, tous les terrains plats et urbanisables ont été occupés et l’occupation de nouvelles terres s’effectua au-delà de la frontière urbaine, sur des terres marginales à la topographie prononcée (Barreda, J. et Corzo Ramirez, D., 2004). Ces zones présentent des risques pour la population en raison d’éboulements et de glissements de terrains possibles. Par son contexte de ville coloniale, la capitale présentait dès son origine (le 18 janvier 1835) des inégalités, notamment une ségrégation entre les colons et les indigènes, qui se répercutait spatialement. Cette situation de ségrégation ancienne a continué à s’implanter dans la capitale au cours du temps. Le contexte urbain de la capitale péruvienne est caractérisé par la présence de deux types d’urbanisation : l’urbanisation conventionnelle qui constitue la partie formelle de la ville, et l’urbanisation informelle (sous la forme des Asentamientos Humanos) située principalement en périphérie lointaine. La dynamique actuelle se porte sur la formalisation et la titularisation de ces terres issues de l’urbanisation informelle. L’objectif, à travers la Commission de Formalisation de la Propriété Informelle (COFOPRI), est de formaliser les quartiers où sont implantés des Asentamientos Humanos et de titulariser progressivement chacun des lots en délivrant des titres de propriétés individuels aux habitants. A l’issue du processus, l’ensemble du quartier est formalisé et fait partie intégrante de la ville conventionnelle.Même si cette politique est inégalitaire et ne permet pas une amélioration directe des logements, elle dénote néanmoins d’un processus d’intégration de ces quartiers dans la ville. Cependant, les dynamiques de ségrégation demeurent. La population vivant dans les Asentamientos Humanos présente une forte vulnérabilité au regard de la population du reste de la ville. Pauvreté, précarité des logements (absence d’électricité, d’eau courante, matériaux fragiles…), niveau d’étude et niveau de qualification bas… sont des paramètres qui caractérisent le logement et la population vivant dans les bidonvilles de Lima.Les espaces de pauvreté sont majoritairement situés en périphérie de la ville, c’est également dans ces zones que se localisent les Asentamientos Humanos. Par ailleurs, une analyse de la ségrégation dans la ville, a montré que les deux groupes les plus ségrégés étaient les Quechuas et les ouvriers. Or, ces deux groupes se localisent principalement en périphérie. Les Asentamientos Humanos sont donc des espaces qui cumulent à la fois pauvreté, précarité et ségrégation.La capitale du Pérou est marquée par de fortes inégalités entre les différentes zones de la ville. Les bidonvilles, où vivent entre 40% et 45% de la population sont des espaces pauvres et dans une certaine mesure ségrégés au regard du reste de la ville. Ils présentent une vulnérabilité sociale importante avec des niveaux de développement peu élevés, mais aussi économique avec une incertitude de l’emploi sur une longue durée. Mais s’ajoute également une vulnérabilité physique liée à la géomorphologie de ces espaces. Ils sont effectivement pour une grande partie situés sur des terrains instables, des versants raides ou sur des sols en érosion. Les habitats très précaires, menacent également de s’écrouler en fonction de divers paramètres (vent, secousse sismique, érosion...). Une partie de la population de Lima, vivant dans les Asentamientos Humanos est donc exposée à de nombreux facteurs de vulnérabilité.

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    Authors: Duchaud, Jean-Laurent; Hlioui, Sami; Louf, François; Gabsi, Mohamed;

    Ce document présente l'optimisation de la géométrie d'un actionneur électromagnétique utilisé pour le déplacement de goupilles dans un système de soupape à levée variable. Pour simuler le comportement de l'actionneur et de la goupille, trois modèles sont développés : un modèle magnétique, un modèle électrique et un modèle dynamique. Ils permettent d'évaluer les performances d'un actionneur donné et de calculer les paramètres des ressorts nécessaires à la transition. Une optimisation par la méthode des essaims particulaires est réalisée à partir de ces modèles afin de réduire la taille de l'actionneur et faciliter son intégration.

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177 Research products
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    Authors: Koenig, Gérard;

    Après avoir présenté la définition à partir de laquelle peut être appréciée la contribution de FCS au management stratégique, cet article se structure autour de deux préoccupations qui ont trait à la dynamique de production des connaissances dans le champ. La première s'inscrit dans le plan défini par les dimensions empi-rique et analytique. Elle concerne le risque que l'obsession de la nouveau-té théorique fait courir au processus de connaissance. La seconde préoccupation touche au contenu thématique de la recherche en management stratégique. Constitué de couples, comme celui que forment organisation et stratégie, cet axe thématique, que l'on peut concevoir comme orthogonal aux dimensions empirique et analytique est le lieu où s'invente le management stratégique, où des oppositions se nouent et où se pose la question de leur éventuel dépasse-ment. Mots clés : management stratégique – revues scientifiques – politiques éditoriales – développement de la con-naissance – obsession pour la théorie. After having presented the definition of strategic management from which the contribution of FCS can be recognized, the article moves on to examine two issues closely related to the dynamics of knowledge production in this domain. The first issue is found within the space defined by the empirical and analytical dimensions and concerns the risks for the knowledge process brought about by an obsession with theoretical novelty. The second issue concerns the thematic content of strategic management research. This content can be viewed as structured along various dimensions, each of them being composed of a thematic couple, such as the one that associates organization and strategy. This thematic space, which can be thought of as orthogonal to the space defined by empirical and analytical dimensions, is where strategic management is invented, where oppositions emerge, and where the question of their synthesis can be raised.

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    HAL UPEC
    Other literature type . 2008
    Data sources: HAL UPEC
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    Authors: Cassin, S.; Leffler, C.W.; Tyler, T.L.;
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    Hyper Article en Ligne
    Other literature type . 1977
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    Hal-Diderot
    Other literature type . 1977
    Data sources: Hal-Diderot
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      Other literature type . 1977
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      Hal-Diderot
      Other literature type . 1977
      Data sources: Hal-Diderot
  • Authors: Douguet, Dominique;

    In this document, I describe my contribution into 2 complementary aspects of structural bioinformatic : the modelling of the 3D structure of proteins and the modelling of their modulators. The identification and the structural analysis of protein binding sites (by proteins or small molecules) allow the modulation of their biological function by using new synthetic entities. The last may act as useful tools for further in vivo and in vitro physiopathologic studies. Such interactions can be predicted by docking programs. First, I developed an integrated system for the modelling of the 3D structure of proteins by using homology modelling. The server @TOME ((@utomatic Threading Optimisation Modelling & Evaluation) was the first, in France, that allows the whole automatic modelling of protein structures by performing the 4 usual steps: fold recognition, alignment, model building and model evaluation (http://bioserver.cbs.cnrs.fr). @TOME was evaluated during the CASP5 session in 2002 (http://predictioncenter.llnl.gov/). Results indicate that our server performed well over the 67 targets. @TOME was ranked 26th of the 187 registered groups. More importantly, results validated the use of the fully automatic mode of @TOME on cases where the sequence identity between the target and the template structure is more than 30%. During a sabbatical stay at the University of Stony Brook, NY, USA at Ilya Vakser's lab, I developed a database of annotated protein-protein co-crystallized structures. This bound-bound database provides the foundation of a more ambitious system of databases called DOCKGROUND. It is designed to become a comprehensive public environment for developing and validating new methodologies for modelling of protein interactions. Concerning the bound-bound part, programs filter and annotate structures coming from the Biological Unit database. Our data has several options to exclude particular complexes as well as redundancies based on sequence or structural similarities. The database is accessible by the web (http://dockground.bioinformatics.ku.edu) and is regularly updated. Thanks to a NIH grant, the DOCKGROUND project is under expansion with the release of 3 new databases. De novo drug design and virtual screenings constitute a major part of my researches. More particularly, I develop a de novo drug design program called LEA3D. LEA3D is able to optimally combine fragments to generate ideal putative ligands. These methods have been applied successfully to the Thymidine Monophosphate Kinase (TMPK) of Mycobacterium tuberculosis. In collaboration with chemists and biochemists of Pasteur Institute, new structural families of inhibitors have been identified comprising one synthetic inhibitor with a 3-fold better affinity than the substrate dTMP. A new hit ‘hunting' strategy based on fragment screenings is also described. It combines cheminformatic, NMR and crystallography experimental methods. This strategy aims to identify low molecular weight compounds that are optimized into more elaborated and potent binders.; Mes recherches ont eu pour objectif de concilier deux aspects complémentaires de la bioinformatique structurale : la modélisation de la structure 3D des protéines et la modélisation des petites molécules modulatrices des premières. La connaissance de la structure tridimensionnelle des protéines est un élément déterminant pour la compréhension fine de leur mécanisme d'action et indispensable pour le développement d'approches thérapeutiques rationnelles. Ainsi, l'identification et l'analyse structurale des sites de fixation de leurs ligands (protéine ou petite molécule) permettent d'envisager la modulation de leur fonction biologique. Les interactions protéine-protéine ou protéine-ligand peuvent être prédites, par exemple, par des programmes d'amarrage (ou ‘docking'). La modélisation par homologie permet d'obtenir un modèle tridimensionnel d'une protéine lorsque sa structure n'a pas été déterminée expérimentalement. Ma contribution dans ce domaine fut la réalisation du serveur @TOME avec le soutien de la GENOPOLE Languedoc-Roussillon (accessible à l'adresse http://bioserver.cbs.cnrs.fr). Ce serveur était le premier de ce type à avoir été développé en France. Le serveur @TOME rassemble et traite d'une manière automatique toutes les étapes nécessaires à la construction d'un modèle 3D d'une protéine. Cela inclut la reconnaissance du repliement, la construction des modèles protéiques et leur évaluation. Les résultats du CASP5 en 2005 (session internationale d'évaluation des méthodes de prédiction de la structure des protéines ; http://predictioncenter.llnl.gov/) ont montré que notre serveur utilisé en mode automatique propose des modèles très proches de la structure expérimentale lorsque l'identité de séquence avec la structure support est supérieure à 30%. Le serveur a été classé 26ième sur 187 groupes inscrits. Dans un second temps, mes recherches m'ont permis de réaliser une base de données de complexes protéiques co-cristallisés, base fondatrice du projet DOCKGROUND. Ce projet de grande envergure, soutenu par le NIH depuis 2005, vise à établir un système intégré et dynamique de bases de données dédié à l'étude et à la prédiction des interactions entre protéines et permettre ainsi d'améliorer nos connaissances des interactions et de développer des outils de prédiction plus fiables. Ce travail a été effectué au sein de l'équipe du Pr. Ilya Vakser à l'Université de Stony Brook, NY, USA. Dans la réalisation de cette première base de données, un ensemble de programmes collectent, classent et annotent les complexes protéiques qui ont été co-cristallisés (données sur la séquence, la fonction, le repliement 3D, les particularités telles qu'une fixation à de l'ADN, ...). Ensuite, j'ai mis en œuvre une sélection dynamique des représentants des complexes contenus dans cette base. Les représentants sont essentiels pour éviter une surreprésentation de certaines familles de protéines. Cette base de donnée est accessible par Internet et est régulièrement mise à jour (http://dockground.bioinformatics.ku.edu). Le projet DOCKGROUND va être poursuivi par la réalisation de 3 autres bases de données qui s'ancreront sur la présente appelée ‘Bound-Bound'. L'objectif principal de mes travaux est d'identifier de nouveaux composés bio-actifs afin de comprendre le fonctionnement de leur cible dans un contexte biologique. Les méthodes que j'utilise se basent sur la chémoinformatique, le criblage virtuel et le de novo ‘drug design'. Dans le cadre de ce dernier, j'ai mis au point un programme propriétaire LEA3D (‘Ligand by Evolutionary Algorithm' 3D). Le programme génère des petites molécules à partir de la combinaison de fragments moléculaires issus de drogues et de molécules ‘bio' (substrats ou produits de réactions enzymatiques). Le criblage virtuel basé sur la structure protéique et le de novo ‘drug design' par LEA3D, ont été appliqués avec succès à la thymidine monophosphate kinase (TMPK) de Mycobacterium tuberculosis dans le cadre d'une collaboration avec une équipe de chimistes et de biologistes de l'Institut Pasteur. De nouvelles familles d'inhibiteurs ont été identifiées dont un inhibiteur synthétique trois fois plus affin que le substrat naturel. Plusieurs publications et une demande de brevet couvrent les résultats de ces recherches. Dans la continuité de ces travaux, je m'intéresse maintenant, plus particulièrement, à développer des stratégies de criblages de fragments (molécules de petit poids moléculaire). Il a été montré que de petites chimiothèques contenant des petites molécules polaires sont plus efficaces pour identifier des touches. Ce travail doit être réalisé conjointement avec des criblages structuraux expérimentaux comme la RMN ou la diffraction des rayons X. Ces derniers se posent comme une alternative aux tests in vitro avec pour avantage de donner une information détaillée, au niveau atomique, des interactions entre le ligand et sa cible. S'ensuit une étape d'optimisation/maturation des touches en ligands plus élaborés et plus affins par l'utilisation d'outils de chémoinformatique.

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    Authors: Mohammed, HO; Cummings, JF; Divers, TJ; De La Rua-Domenech, R; +1 Authors

    International audience

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    Hal-Diderot
    Other literature type . 1994
    Data sources: Hal-Diderot
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    Other literature type . 1994
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      Hal-Diderot
      Other literature type . 1994
      Data sources: Hal-Diderot
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      Other literature type . 1994
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    Authors: Ghliss, Yosra;

    À partir d’une conception dynamique et plurielle des émotions, cette thèse propose une réflexion sur l'inscription discursive des affects dans les interactions numériques de type WhatsApp. Elle s'inscrit dans le domaine de l’analyse du discours en interaction (Kerbrat-Orecchioni, 2005) en faisant dialoguer le cadre du discours numérique (Paveau, 2017) avec les propositions théoriques des sciences de l'information et la communication (Allard, 2017). Si les linguistes ont longtemps souligné l’infinité des marques langagières des émotions (Kerbrat-Orecchioni, 2000) voire même leurs hétérogénéités (Plantin, 2011 ; Micheli, 2014), ce postulat est encore plus attesté dans les écosystèmes numériques où l’expression des affects se trouve distribuée dans toute l’interface numérique intégrant indifféremment les mots et les gestes (Jeanneret et Souchier, 1999). Suite à une réflexion méthodologique autour de la constitution du corpus numérique WhatsApp, ce travail porte sur les ressources sémiotiques et discursives dans l’expression des émotions. Ces dernières se voient matérialisées dans de nouvelles formes verbales comme les émotimots lol et mdr, entendus comme un sociolecte de l'affect. Mais dans le cadre des messageries numériques, l’expression des émotions dépassent le verbal pour s’incarner dans des formes l’iconique marquées les photodiscours, où la capture photographique se tisse avec le verbal pour co-construire le sens. À partir d’analyses qualitatives des observables prélevés, cette thèse montre comment les locuteurs et locutrices renouvellent sans cesses les formes d’expression des émotions et comment ils et elles composent avec les affordances numériques du système, pour explorer des versions inédites dans la gestion interactionnelle des affects. Starting from a dynamic and plural conception of emotions, this thesis reflects on the discursive inscription of affects in digital interactions like WhatsApp. It is part of the field of analysis of discourses in interaction (Kerbrat-Orecchioni, 2005) by making the framework of digital discourse (Paveau, 2017) echo with the theoretical propositions of information and communication sciences (Allard, 2017). If linguists have long stressed the infinity of the linguistic marks of emotions (Kerbrat-Orecchioni 2000) or even their heterogeneity (Plantin, 2011 ; Micheli, 2014), this postulate is even more relevant in digital ecosystems where the expression of affects is distributed throughout the digital interface integrating words and gestures indifferently (Jeanneret and Souchier, 1999). Following a methodological reflection on the constitution of the WhatsApp digital corpus, this work focuses on the semiotic and discursive resources in the expression of emotions. The latter are materialised in new verbal forms such as the emotiwords lol and mdr, understood as a sociolect of the affect. Nevertheless, in the context of digital messaging, the expression of emotions goes beyond the verbal to be embodied in iconicforms marked by photodiscourses, where the photographic capture is woven with theverbal to co-elaborate meaning. Based on qualitative analyses of the collectedobservables, this thesis shows how the speakers constantly renew the forms ofemotional expressions and how they deal with the digital affordances of the system, toexplore new versions in the interactional management of affects.

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    Other literature type . 2020
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    Other literature type . 2020
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    Authors: Nicolas, Yann;

    Le primat accordé aux ressources écrites imprimées constitue un biais dans le traitement de l'information bibliographique par les catalogues de bibliothèque. Ce biais, par ailleurs légitime, nuit à l'accessibilité et à la description pertinente des ressources issues d'une tradition orale. Ce type de ressources est important dans toute société, mais il est capital pour les sociétés autochtones, ne serait-ce que pour la compréhension des ressources écrites imprimées de ces sociétés. Le modèle FRBR promet un meilleur traitement aux œuvres, aux versions et aux items issus d'une tradition orale. Ce modèle sait exprimer le fait que les œuvres de tradition orale sont indépendantes, même quand leurs manifestations ne le sont pas, qu'elles sont collectives et non anonymes, qu'elles sont variées mais pas infiniment variées. Un doute sérieux demeure à propos de la compatibilité entre la notion FRBR d'expression et la notion de version. The treatment of bibliographic information in library catalogues is biased by the primacy of printed written resources. This legitimate bias hinders oral tradition resources from being accurately described and accessed. This kind of resources is important in any society, but central in indigenous societies, at least for the comprehension of the printed written resources of these societies. The FRBR Model allows a better treatment of oral tradition works, versions and items. It can express the essential fact that oral traditions works are independent even when their manifestations are not, collective and not anonymous, plural but not impossible to grasp. One deep doubt remains concerning the compatibility of the FRBR notion of expression and the notion of version.

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  • Authors: Gut, Dagmara;

    International audience

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    Authors: Zins, Marie;

    Les travaux présentés concernent essentiellement l’étude de certains déterminants sociaux des consommations d’alcool. Il s’agit d’analyser comment certains aspects des circonstances de vie, de travail et l’environnement social peuvent influencer ce comportement et modifier les consommations d’alcool au cours du temps.Ces analyses ont été menées dans la cohorte Gazel, composée de plus de 20 000 sujets(15 000 hommes et 5 000 femmes) employés d’EDF‐GDF et âgés de 35 à 50 ans à l’inclusion en 1989. Les déterminants étudiés sont les conditions de travail, le statut marital des femmes et les changements de statut au cours de la vie, ainsi que le passage à la retraite.Globalement, on observe que l’environnement professionnel, familial et social sont des déterminants de l’évolution des habitudes de consommation, et jouent un rôle souvent socialement différencié, les différentes catégories sociales ne se comportant habituellement pas de la même façon dans des situations comparables. This thesis is about the social determinants of alcohol consumption. More specifically, the aims were to study how some circumstances of life, working and social environment may exert an influence on changes in drinking behaviours over time.The analyses were conducted within the Gazel cohort, including more than 20 000 subjects(15 000 men and 5 000 women) employees of EDF‐GDF, the French national utility company,aged 35‐50 at the inception of the cohort in 1989, which were followed‐up since that period.The main determinants that were studied are the working conditions, the marital status of women, and retirement. The main findings showed that the occupational, familial and social environment play a role in the changes in drinking behaviours over time, and that their effects are socially patterned,

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    HAL-Inserm
    Other literature type . 2011
    Data sources: HAL-Inserm
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      HAL-Inserm
      Other literature type . 2011
      Data sources: HAL-Inserm
  • Authors: Michel, Camille; Oliveau, Sébastien;

    National audience; Lima, capitale du Pérou, métropole de près de 9 millions d’habitants est une ville vulnérable sur plusieurs plans, qu’ils soient physiques, géologiques, sociaux… Les populations, selon leur localisation ne sont pas exposées aux mêmes risques de vulnérabilité. La capitale péruvienne est située au bord de l’océan Pacifique sur une zone désertique. Elle s’étend sur une superficie de 2 672 km² où se concentrent près de 9 millions d’habitants (un tiers de la population du pays), soit une densité de 3 391 hab./km². La ville se situe sur une zone instable du point de vue sismique. Elle connaît de nombreuses secousses, dont certaines qui furent dévastatrices. Certaines zones de la ville sont soumises à d’importantes érosions au niveau des falaises ou des collines ceinturant la ville, appelées « Cerros ». Depuis les années 1940 la ville connait une forte croissance démographique avec son apogée vers 1960. Cette explosion urbaine (en 1954 on comptait près de 1 300 000 habitants et plus de 6 millions en 1993) (D’Ercole, R. et Sierra, A., 2008, Driant, JC., 1989), a été impulsée par un mouvement migratoire, la population provenant majoritairement des montagnes, puis par un processus de densification. Cette forte croissance démographique a entraîné une importante demande de logements. Cependant, l’Etat n’a pas su mener une politique de logement suffisante, notamment pour la population ayant un faible revenu. Un habitat informel s’est alors développé de manière considérable dans la métropole (Riofrio, G., 2003). Cette forme de logement est aujourd’hui un des principaux éléments de la définition de l’espace urbain de la capitale, et porte le nom d’Asentamientos Humanos (littéralement « établissements humains »). Ils correspondent aux bidonvilles, et étaient anciennement connus sous le nom de Barriadas (1930-40) puis de Pueblos Jovenes (1970). A partir des années 1980, tous les terrains plats et urbanisables ont été occupés et l’occupation de nouvelles terres s’effectua au-delà de la frontière urbaine, sur des terres marginales à la topographie prononcée (Barreda, J. et Corzo Ramirez, D., 2004). Ces zones présentent des risques pour la population en raison d’éboulements et de glissements de terrains possibles. Par son contexte de ville coloniale, la capitale présentait dès son origine (le 18 janvier 1835) des inégalités, notamment une ségrégation entre les colons et les indigènes, qui se répercutait spatialement. Cette situation de ségrégation ancienne a continué à s’implanter dans la capitale au cours du temps. Le contexte urbain de la capitale péruvienne est caractérisé par la présence de deux types d’urbanisation : l’urbanisation conventionnelle qui constitue la partie formelle de la ville, et l’urbanisation informelle (sous la forme des Asentamientos Humanos) située principalement en périphérie lointaine. La dynamique actuelle se porte sur la formalisation et la titularisation de ces terres issues de l’urbanisation informelle. L’objectif, à travers la Commission de Formalisation de la Propriété Informelle (COFOPRI), est de formaliser les quartiers où sont implantés des Asentamientos Humanos et de titulariser progressivement chacun des lots en délivrant des titres de propriétés individuels aux habitants. A l’issue du processus, l’ensemble du quartier est formalisé et fait partie intégrante de la ville conventionnelle.Même si cette politique est inégalitaire et ne permet pas une amélioration directe des logements, elle dénote néanmoins d’un processus d’intégration de ces quartiers dans la ville. Cependant, les dynamiques de ségrégation demeurent. La population vivant dans les Asentamientos Humanos présente une forte vulnérabilité au regard de la population du reste de la ville. Pauvreté, précarité des logements (absence d’électricité, d’eau courante, matériaux fragiles…), niveau d’étude et niveau de qualification bas… sont des paramètres qui caractérisent le logement et la population vivant dans les bidonvilles de Lima.Les espaces de pauvreté sont majoritairement situés en périphérie de la ville, c’est également dans ces zones que se localisent les Asentamientos Humanos. Par ailleurs, une analyse de la ségrégation dans la ville, a montré que les deux groupes les plus ségrégés étaient les Quechuas et les ouvriers. Or, ces deux groupes se localisent principalement en périphérie. Les Asentamientos Humanos sont donc des espaces qui cumulent à la fois pauvreté, précarité et ségrégation.La capitale du Pérou est marquée par de fortes inégalités entre les différentes zones de la ville. Les bidonvilles, où vivent entre 40% et 45% de la population sont des espaces pauvres et dans une certaine mesure ségrégés au regard du reste de la ville. Ils présentent une vulnérabilité sociale importante avec des niveaux de développement peu élevés, mais aussi économique avec une incertitude de l’emploi sur une longue durée. Mais s’ajoute également une vulnérabilité physique liée à la géomorphologie de ces espaces. Ils sont effectivement pour une grande partie situés sur des terrains instables, des versants raides ou sur des sols en érosion. Les habitats très précaires, menacent également de s’écrouler en fonction de divers paramètres (vent, secousse sismique, érosion...). Une partie de la population de Lima, vivant dans les Asentamientos Humanos est donc exposée à de nombreux facteurs de vulnérabilité.

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    Authors: Duchaud, Jean-Laurent; Hlioui, Sami; Louf, François; Gabsi, Mohamed;

    Ce document présente l'optimisation de la géométrie d'un actionneur électromagnétique utilisé pour le déplacement de goupilles dans un système de soupape à levée variable. Pour simuler le comportement de l'actionneur et de la goupille, trois modèles sont développés : un modèle magnétique, un modèle électrique et un modèle dynamique. Ils permettent d'évaluer les performances d'un actionneur donné et de calculer les paramètres des ressorts nécessaires à la transition. Une optimisation par la méthode des essaims particulaires est réalisée à partir de ces modèles afin de réduire la taille de l'actionneur et faciliter son intégration.

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