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  • 2012-2021
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  • French
    Authors: 
    Haili El Jaouhari, Nawel;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Gene expression in mitochondria is for the most controlled by nuclear encoded proteins that are from the cytosol into the organelle. Recent genetic and biochemical analysis have revealed that proteins of the PentatricoPeptide Repeat (PPR) family play preponderant and multifarious role in this process. During my thesis, I characterized the function of two novel Arabidopsis thaliana PPR protein called MTSF1 (for Mitochondrial Stability Factor 1) and PPR24. Each of these proteins is involved in the expression of a single mitochondrial gene encoding respiratory complex I subunit. I showed that the MTSF1 protein is essential for the stabilization of nad4 mRNA. The MTSF1 binding site was determined and was shown to correspond to the last twenty nucleotides of nad4 3’ UTR. We propose that, through an interaction with the extremity of nad4 transcript, the MTSF1 protein blocks the progression of 3’ to 5’ exoribonucleases and protects nad4 mRNA from degradation in vivo. PPR24 analysis indicated that this PPR protein is essential for nad7 mRNA translation. I observed that the NAD7 protein is not produced in ppr24 mutants and that this correlated with lack of ribosome loading of nad7 mature mRNA. I also showed that PPR24 binds to a short RNA fragment with high specificity located in the center of nad7 5’ leader. Structural predictions indicated that PPR24 binding site could correspond to the basis of a long stem-loop RNA structure just upstream of the AUG codon, which could prevent the accessibility to the nad7 translation codon. PPR24 binding could destabilize this stem-loop structure and permit a better access of the ribosome to the nad7 translation initiation codon. These findings shed light on the function and the mode of action of PPR proteins involved in mitochondrial gene expression in plants.; L’expression des gènes mitochondriaux est grande partie dirigée par des protéines codées dans le noyau et importées dans l’organite depuis le cytosol. Diverses études ont montré que les protéines de la famille PentatricoPeptide Repeat (PPR) jouent un rôle prépondérant et varié dans ce phénomène. Au cours de ma thèse, j’ai déterminé la fonction de deux nouvelles protéines PPR chez Arabidopsis thaliana, nommées MTSF1 (pour Mitochondrial Stability Factor 1) et PPR24. Chacune de ces protéines est impliquée dans l’expression d’un ARNm mitochondrial codant une sous-unité du complexe I de la chaine respiratoire. J’ai montré que la protéine MTSF1 était requise pour stabiliser l’ARN mitochondrial nad4. Le site de liaison de MTSF1 a été déterminé et il correspond aux vingt derniers nucléotides de l’ARN nad4. Nous pensons donc qu’en s’associant à l’extrémité 3’ terminale de cet ARN, la protéine MTSF1 bloque la progression d’exoribonucléases 3’-5’ et stabilise ainsi l’ARN nad4 in vivo. L’étude de la protéine PPR24 nous a conduit à observer qu’elle était essentielle à la traduction de l’ARNm mitochondrial nad7. J’ai pu démontrer que la protéine NAD7 n’était pas synthétisée chez les mutants ppr24 et que cela était associé à l’absence de ribosomes sur l’ARNm nad7. J’ai aussi montré que la protéine PPR24 pouvait se lier spécifiquement à une courte région située au milieu de la 5’ UTR de l’ARN nad7. La modélisation de la 5’ UTR de cet ARN indique que ce site de liaison se situerait à la base d’une structure en tige-boucle pouvant diminuer fortement l’accessibilité au codon initiateur de la traduction de l’ARN nad7. Il est donc possible que la fixation de la protéine PPR24 puisse déstabiliser cette structure en tige-boucle et permettre aux ribosomes mitochondriaux d’accéder plus facilement au codon AUG. L’ensemble de ces études a permis d’apporter des informations essentielles sur la fonction et le mode d’action des protéines PPR dans l’expression génétique mitochondriale chez les plantes.

  • Open Access French
    Authors: 
    Fakhfakh, Fatma;
    Publisher: HAL CCSD

    Pour peu que nous admettions les nouvelles recherches en didactique à l'université (Français sur Objectifs Universitaires et Enseignement à Distance) et les réformes pédagogiques visant le développement des niveaux des étudiants en langue française dans et hors des départements de français (Projet de Rénovation du Français et en Français dans l'Enseignement Supérieur), le français scientifique et technique dans les départements des cycles préparatoires serait susceptible de représenter un champ d'étude intéressant. Les étudiants de première année ont besoin de déterminer leurs objectifs universitaires en français pour définir le contenu des programmes d’apprentissage et des évaluations. En nous nous appuyant sur le Référentiel de compétences de français scientifique et technique (inspiré des principes du Cadre Européen Commun de Référence pour les Langues) et sur le cours de français scientifique et technique mis en ligne sur la plateforme MOODLE 2.4 de l'Université Virtuelle de Tunis, notre projet consiste à concevoir des modèles des évaluations des apprentissages adaptés à notre contexte. Les enquêtes ayant lieu en 2014 à l'Institut Préparatoire aux Etudes d'Ingénieurs de Sfax (I.P.E.I.S.) et à la Faculté des Sciences de Sfax (F.S.S.) avec les étudiants des quatre filières, les enseignants du module de français et les enseignants des matières enseignées en première année, nous ont amenée à penser à la contextualisation du portfolio d'apprentissage et du modèle de certification linguistique (Diplôme d'Etude en Langue Française du niveau B1) auquel nous empruntons la conception des évaluations sommatives. At the close of the new researches in didactics at university (French on university objectives and Remote Teaching) and educational reforms targeting the development of learners' level in French inside and outside French departments (Project of updating of French and in French in higher education),scientific and technical French in departments of preliminary courses is an interesting field of study. First-year students-those who passed the baccalaureate- need to know about their university aims in French so as to target the content of apprenticeship programmes and evaluation. Further to a conception of a system of reference of abilities of scientific and technical French (inspired from the principles of Common European Framework of Reference for Languages) and an online lesson of scientific and technical French on MOODLE 2.4 of Tunis Virtual University, we undertake in this thesis to design the models of apprenticeship assessments appropriate to our context. The 2014 investigations in Preparatory Institute for engineering Studies de Sfax and Faculty of Sciences of Sfax (with students of the four branches, French module instructors and the first-year subjects ’instructors) have led us to envisage the idea of the contextualization of apprenticeship portfolio and a model of linguistic certification (Study Diploma in French Language of B1 level) from which we get the conception of brief /summary assessments.

  • Open Access English
    Authors: 
    Al-Ghossein, Marie;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Les systèmes de recommandation se sont révélés être des outils efficaces pour aider les utilisateurs à faire face à la surcharge informationnelle. D’importants progrès ont été réalisés dans le domaine durant les deux dernières décennies, menant en particulier à l’exploitation de l’information contextuelle pour modéliser l’aspect dynamique des utilisateurs et des articles. La définition traditionnelle du contexte, adoptée dans la plupart des systèmes de recommandation contextuels, ne répond pas à plusieurs contraintes rencontrées dans les applications du monde réel. Dans cette thèse, nous abordons les problèmes de recommandation en présence d’informations contextuelles partiellement observables et d’informations contextuelles non observables dans deux applications particulières, la recommandation d’hôtels et la recommandation en ligne, remettant en question plusieurs aspects de la définition traditionnelle du contexte, notamment l'accessibilité, la pertinence, l'acquisition et la modélisation.La première partie de la thèse étudie le problème de recommandation d’hôtels qui souffre du démarrage à froid continu, limitant la performance des approches classiques de recommandation. Le voyage n’est pas une activité fréquente et les utilisateurs ont tendance à adopter des comportements diversifiés en fonction de leurs situations spécifiques. Après une analyse du comportement des utilisateurs dans ce domaine, nous proposons de nouvelles approches de recommandation intégrant des informations contextuelles partiellement observables affectant les utilisateurs. Nous montrons comment cela contribue à améliorer la qualité des recommandations.La deuxième partie de la thèse aborde le problème de recommandation en ligne en présence de flux de données où les observations apparaissent continûment à haute fréquence. Nous considérons que les utilisateurs et les articles reposent sur des informations contextuelles non observables par le système et évoluent de façons différentes à des rythmes différents. Nous proposons alors d’effectuer de la détection active de changements et d’assurer la mise à jour des modèles en temps réel. Nous concevons de nouvelles méthodes qui s’adaptent aux changements qui apparaissent au niveau des préférences des utilisateurs et des perceptions et descriptions des articles, et montrons l’importance de la recommandation adaptative en ligne pour garantir de bonnes performances au cours du temps. Recommender systems have proven to be valuable tools to help users overcome the information overload, and significant advances have been made in the field over the last two decades. In particular, contextual information has been leveraged to model the dynamics occurring within users and items. Context is a complex notion and its traditional definition, which is adopted in most recommender systems, fails to cope with several issues occurring in real-world applications. In this thesis, we address the problems of partially observable and unobservable contexts in two particular applications, hotel recommendation and online recommendation, challenging several aspects of the traditional definition of context, including accessibility, relevance, acquisition, and modeling.The first part of the thesis investigates the problem of hotel recommendation which suffers from the continuous cold-start issue, limiting the performance of classical approaches for recommendation. Traveling is not a frequent activity and users tend to have multifaceted behaviors depending on their specific situation. Following an analysis of the user behavior in this domain, we propose novel recommendation approaches integrating partially observable context affecting users and we show how it contributes in improving the recommendation quality.The second part of the thesis addresses the problem of online adaptive recommendation in streaming environments where data is continuously generated. Users and items may depend on some unobservable context and can evolve in different ways and at different rates. We propose to perform online recommendation by actively detecting drifts and updating models accordingly in real-time. We design novel methods adapting to changes occurring in user preferences, item perceptions, and item descriptions, and show the importance of online adaptive recommendation to ensure a good performance over time.

  • French
    Authors: 
    De Sousa, Matthias;
    Publisher: HAL CCSD

    Wafer manufacturing produces large amounts of solar-grade silicon waste that is not currently recovered because of its contamination during the slicing process. This work deals with the purification of silicon waste using a non-transferred arc plasma process. It was carried out by using a double approach combining numerical simulations and experiments. The former were done using a computational fluid dynamics (CFD) code and made it to size the experimental configuration and understand the effect of process parameters on gas flow fields and powder treatment. The experimental study consisted in injecting powdered silicon waste (sawdust silicon, crushed powder) into the plasma jet under controlled atmosphere and collecting the treated material in a hot crucible. Decarburization and deoxidation of silicon waste, including sawdust resulting from wafer slicing, was achieved by the developed method. However, the removal of metal impurities in silicon sawdust was not demonstrated in this study. The experimental and numerical results showed that deoxidation was improved with a low-velocity plasma jet and limited air content in the area of treatment. Silica carboreduction and silica volatilization by silicon oxidation seemed to be the two mechanisms involved in the purification process.; La découpe de wafers génère des quantités importantes de déchets de silicium de grade solaire qui ne sont pas revalorisés actuellement à cause de la contamination lors du procédé de découpe. Les travaux présentés dans ce manuscrit portent sur l’étude de la purification de déchets de silicium solaire à l’aide d’un procédé assisté par une torche à plasma d’arc non transféré. Cette étude a été menée selon une double approche numérique et expérimentale. Les calculs numériques ont été réalisés à l’aide d’un code de calcul de mécanique des fluides. Ils sont utilisés pour dimensionner la configuration expérimentale et pour comprendre l’influence des paramètres opératoires sur l’écoulement gazeux et le traitement des particules. L’étude expérimentale a consisté à ’injecter des déchets pulvérulents de silicium (sciures de silicium, poudre de concassage) dans un jet de plasma sous atmosphère contrôlée puis à les collecter dans un creuset chaud. La désoxydation et la décarburation de déchets de silicium, notamment de la sciure issue de la découpe des wafers, a été mise en évidence à l’aide du procédé développé. Toutefois, l’élimination des impuretés métalliques dans les sciures de silicium n’a pas été démontrée lors de cette étude. Les résultats expérimentaux et numériques ont mis en évidence que la désoxydation est améliorée avec un jet de plasma lent ainsi qu’avec une teneur en air résiduelle limitée dans la zone de traitement. La carboréduction de la silice ainsi que la volatilisation de la silice par oxydation du silicium semblent être les deux mécanismes de purification mis en jeu lors du procédé.

  • Open Access French
    Authors: 
    Bubien, Virginie;
    Country: France

    Hereditary breast cancers (BCs) account for 5-10% of all diagnosed BCs, yet only 50% of such tumors arise in the context of a germline mutation in known tumor suppressor genes such as BRCA1 or BRCA2. The vast genetic heterogeneity which characterizes BRCAx families makes grouped studies impossible to perform. Next generation sequencing (NGS) techniques, however, allow individual families to be studied in order to identify private mutations. Single nucleotide polymorphism (SNP) arrays allow the detection of conserved haplotypes within recurrent regions of loss of heterozygosity, common to several familial tumors, therefore identifying genomic loci likely to harbor a germline mutation in cancer predisposition genes. The combination of both exome sequencing and SNP arrays for a series of 17 familial BC did not allow the identification of a novel BC predisposition gene, but revealed a germline ATM mutation associated with a loss of the wild-type allele in a BRCAx family. The analysis of 17 additional breast tumors from ten BC families in which a germline ATM mutation had been identified revealed a high frequency of wild-type allele loss in these tumors (>80% compared to the 20% expected in sporadic BC; p 80% contre 20% attendu en situation sporadique ; p<0.001). Ce résultat plaide fortement en faveur de l’implication d’ATM dans la carcinogénèse de ces cancers du sein tel un gène suppresseur de tumeur et suggère que les mutations constitutionnelles d’ATM sont impliquées dans des formes familiales de cancer du sein.

  • Open Access French
    Authors: 
    Sutton, Gabrielle;
    Publisher: HAL CCSD

    L’herpèsvirus équin 1 (EHV-1), classé parmi les Herpesviridae, est l’un des pathogènes les plus fréquemment rencontrés au sein de la population équine. Ce virus peut être à l’origine de formes de maladie respiratoire, abortive ou néonatale, oculaire ou nerveuse pouvant conduire à l’euthanasie de l’animal. Les mesures de prévention incluant la vaccination constituent la première barrière dans la lutte contre ce virus. En cas d’épizootie, le suivi et l’identification des souches peuvent constituer une aide précieuse pour la compréhension des modes d’infection. Ce travail de thèse a porté sur le suivi moléculaire par différentes approches d’une population de souches d’EHV-1 isolées en France entre 2009 et 2018. Le typage de 137 souches d’EHV-1 pour le polymorphisme en position 2254 du gène de l’ADN polymérase (ORF30) associé à la pathogénicité des souches a montré une association significative des souches de type A2254 avec les cas d’avortements. Quatorze souches d’intérêt ont ensuite été analysées par séquençage de l’ORF30 et Multi Locus Sequence Typing (MLST). Le séquençage complet de l’ORF30 s’est montré peu discriminant mais a permis de mettre en évidence un troisième génotype (C2254 (H752)) en position 2254 de l’ORF30. L’analyse par MLST a permis de classer ces souches parmi 7 des 10 clades UL décrits par l’outil à ce jour. Deux autres souches d’herpèsvirus d’équidés, une d’EHV-8 et une d’EHV-9, ont pu être mises en évidence grâce au séquençage de l’ORF30. Ces différentes souches d’alphaherpèsvirus des équidés ont été caractérisées, comparées et leur sensibilité vis-à-vis de sept molécules antivirales a été évaluée in vitro. Leur proximité génétique a pu être visualisée par la construction d’un network phylogénétique basé sur les séquences de l’ORF30. Une seconde partie du travail a porté sur le suivi du niveau de protection conféré par les anticorps neutralisant l’EHV-1. Une technique innovante de quantification a été mise au point grâce à la technologie xCELLigence® sur cellules E. Derm et a permis de déterminer les titres induisant 50% de la neutralisation d’une concentration de virus (NT50) à partir d’une population d’échantillons qualifiés provenant d’une infection expérimentale avec la souche d’EHV-1 C2254. Les valeurs de NT50 obtenues ont montré une bonne corrélation avec les valeurs de titres obtenues avec la méthode de référence sur cellules RK13. Les réponses de chevaux à la vaccination ont ensuite pu être étudiées selon le protocole de vaccination reçu et selon l’historique des chevaux. The equine herpesvirus 1 (EHV-1) is classified among the Herpesviridae and is one of the most frequently encountered pathogens in the equine population. This virus can cause a respiratory form of disease, abortion or still-birth, an ocular form of disease or a nervous form of disease that can lead to euthanasia of the animal. Prevention measures including vaccination are the primary barrier against the virus. In case of an epizootic, the tracking and identification of the strains can be a precious help to understand infection mechanisms. This thesis work focused on the molecular monitoring of a population of EHV-1 strains isolated in France between 2009 and 2018 using different approaches. The typing of 137 EHV-1 strains for the polymorphism in position 2254 of the DNA polymerase gene (ORF30) associated with the pathogenicity of the strains showed a significant association of the A2254 genotype with abortion cases. Fourteen strains of interest were then analysed using ORF30 sequencing and Multi Locus Sequence Typing (MLST). Complete ORF30 sequencing resulted in poor discrimination but allowed a third genotype (C2254 (H752)) to be identified in position 2254 of the ORF30. MLST analysis allowed classifying these strains among 7 of the 10 UL clades described with this tool to date. Two other equid herpesvirus strains, one EHV-8 and one EHV-9, were identified using ORF30 sequencing. These different strains of equid alphaherpesviruses were characterised, compared and their sensitivity towards seven antiviral molecules was evaluated in vitro. Their genetic proximity could be visualised in a phylogenetic network based on the ORF30 sequences. A second part of the work focused on monitoring the level of protection conferred by EHV-1 neutralizing antibodies. An innovative quantification assay was developed using the xCELLigence® technology on E. Derm cells and allowed to determine the titres inducing 50% of the neutralisation of a virus concentration (NT50) from a population of qualified serum samples taken during an experimental infection with the EHV-1 C2254 strain. The NT50 values obtained were correlated with the titre values obtained with the reference method on RK13 cells. The response of a horse population to vaccination was then studied according to the vaccination protocol received and the history of the horses.

  • Publication . Other literature type . Doctoral thesis . 2012
    Open Access French
    Authors: 
    Shao, Tong;
    Publisher: HAL CCSD

    Récemment, la convergence des techniques radio à 60 GHz sur fibre optique (radio over fiber - RoF) et des réseaux d’accès optiques passifs à multiplexage en longueurs d’ondes (wavelength division multiplexing-WDM) a suscité un très grand intérêt dans la communauté scientifique. L’objectif de cette thèse est d’étudier les solutions pour faire converger les systèmes RoF à 60 GHZ et les réseaux passifs optiques (passive optical network – PON) utilisant le WDM, appelés dans la suite PON-WDM.Les résultats principaux de cette thèse axée sur la technologie des systèmes RoF et l’intégration des systèmes RoF avec les réseaux d’accès PON-WDM sont les suivants :Un système RoF utilisant un démultiplexeur WDM, compatible avec les réseaux d’accès PON-WDM, est proposé dans cette thèse.Nous avons mené une étude théorique complète du bruit de phase. Elle inclut la contribution des bruits de phase des générateurs de signaux électriques et celle de la conversion de bruit de phase optique en bruit d’intensité. Cette dernière conversion est due à la détection de deux signaux cohérents, retardés l’un par rapport à l’autre si les longueurs optiques entre les deux canaux optiques se recombinant sont différentes.La densité spectrale de puissance du signal millimétrique généré optiquement est analysée théoriquement et démontrée expérimentalement. Son étude donne une méthode pour compenser un éventuel délai optique │τd│.L’amplitude du vecteur d’erreur (error vector magnitude –EVM) est théoriquement calculée et expérimentalement démontrée, en fonction du rapport │τd│/τcOP où τcOP est la durée de cohérence de la source optique utilisée. Cela donne une règle de conception pour insérer le démultiplexeur optique dans le système d’hétérodynage optique. Nous avons validé expérimentalement la technique d’hétérodynage optique qui utilise un démultiplexeur pour générer un signal millimétrique respectant le standard ECMA 387.Nous avons proposé un système combinant une partie RoF et un réseau PON-WDM, permettant la génération simultanée d’un signal millimétrique respectant le standard ECMA 387 et la transmission d’un signal en bande de base à plusieurs gigabits par seconde. Nous avons réalisé expérimentalement avec succès la transmission simultanée d’un signal à 60 GHZ, modulé avec une modulation BPSK par un signal à 1588 Mbit/s et celle d’un signal en bande de base à 10 Gbit/s. Nous avons proposé une nouvelle technique de modulation multi-bandes : la modulation de phase parallèle utilisant un unique modulateur de Mach-Zehnder. Cette technique présente des avantages significatifs comparée à n’importe quelle autre technique de modulation multi-bandes.Il n’y a aucun impact de la modulation en bande de base sur la génération millimétrique.L’impact de la modulation RF sur la transmission en bande de base (impact dû à la non-linéarité de la modulation de phase) est limité.Le taux d’erreurs binaires du signal en bande de base intégrant l’effet du signal RF a été théoriquement calculé et expérimentalement validé. Cela donne des règles de conception pour la technique de modulation de phase parallèle avec un unique modulateur de Mach-Zehnder.Nous avons proposé une architecture et réalisé un démonstrateur d’un système bas-coût bidirectionnel pour la transmission RoF. Ce système utilise le mélange optoélectronique et la technique d’hétérodynage optique. Nous avons prouvé que : Des signaux à 60 GHz modulés à 397 Mbit/s et 794 Mbit/s avec une modulation BPSK sont convertis vers la bande basse de fréquence en utilisant la technique de mélange optoélectronique : les contraintes du standard ECMA 387 sont respectées. Pour la liaison descendante utilisant la technique d’hétérodynage optique, aucune pénalité sur l’EVM n’est causée par le choix du régime non linéaire de la photodiode. Recently, convergence of 60 GHz radio over fiber (RoF) technique with wavelength division multiplexing (WDM) passive optical networks (PON) has raised great interests because it provides the possibility for simultaneous broadband 60 GHz signal generation and multi-gigabit per second wireline transmission. The objective of the thesis is to study the solutions for converged 60 GHz RoF and WDM-PON technique.In this thesis, we have made the following achievements for RoF technology and the integration of RoF technology with WDM-PON access networks:A RoF system using WDM DEMUX which is supposed to be compliant with WDM-PON access networks is proposed in this thesis.Phase noise including optical phase to intensity noise conversion contribution due to the delayed coherent detection induced by the different optical lengths between the two optical channels and the phase noise contribution due to the electrical generators has been theoretically studied.PSD of the optical mmW is theoretically analyzed and experimentally demonstrated, which gives a solution to compensate different optical delay │τd│EVM as function of │τd│/τcOP is theoretically derived and experimentally proved, which gives a design rule for optical heterodyning using WDM DEMUXThe optical heterodyning technique using WDM DEMUX for mmW generation respecting ECMA 387 standard is validated by the experiment.We proposed a simple combination of RoF with WDM-PON supporting mmW generation respecting ECMA 387 standard and multi-gigabit per second baseband transmission. Simultaneous transmission of 1588 Mbps BPSK 60 GHz signal and 10 Gbps baseband signal is experimentally proved.A novel WDM-RoF-PON access networks with multi-band modulation technique is proposed in order to lower the cost of infrastructure.We propose a novel parallel phase modulation technique with a single MZM. This technique can offer several significant advantages compared to any other multi-band modulation technique.No impact from baseband modulation to mmW generation.Limited impact from RF modulation to baseband transmission due to the non-linearity of the phase modulation.BER of baseband signal with RF impact is theoretically studied and experimentally demonstrated, which gives a design rule for parallel phase modulation technique with a single MZMA low-cost bidirectional RoF transmission using optoelectronic mixing and optical heterodyning technique is proposed and experimentally demonstrated. It has been proved that:397 Mbps and 794 Mbps BPSK 60 GHz uplink signal is down-converted to IF band respecting the ECMA 387 standard by using the optoelectronic mixing technique.No EVM penalty is paid to the non-linearity biased PD for downlink transmission by optical heterodyning technique. 6 dB power penalty need to be paid for the non-linear biased PD, which can be compensated by using high gain LNA after the PD.

  • French
    Authors: 
    Mayeur, Olivier;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    For a better assessment of injury criteria on the human thorax, realistic numerical simulations need accurate geometrical characterization and an understanding of the mechanical behavior of the rib. Thelack of representation of the FE models of the human thorax could be filled by a personalization of these two aspects. This thesis is based on the study of 18 post-mortem human subjects. From medical data (CT-scans), the different dimensions of the ribs were analyzed. The correlation of the measurements led to the prediction of 192 dimensions from a single input parameter. At a lower scale, an innovative protocol enabled us to combine microstructural information obtained from a μCT with the external shape of the ribs. 2 hemi-thoraxes were scanned to generate a complete map of the thickness of cortical bone and cross-section area evolution. A strategy was implemented to provide an algorithm, predicting this entire local geometry from a single rib’s sample. The relevance of this customization was evaluated by a sensitivity analysis on FE models. The results of tensile tests on cortical bone showed different behaviors between the samples harvested from the inner or outer side of the rib. A precise characterization of the internal structure of the cortical bone, coupled with in-situ micro-tensile device, revealed certain answers about this difference. An algorithm is also proposed topersonalize the mechanical properties, completing the approach of adapting the FE models of the thorax of each individual to improve their biofidelity.; La recherche en biomécanique des chocs est une nécessité pour améliorer la sécurité dans les transports. Pour une meilleure évaluation des critères lésionnels lors des simulations de crash, le manque de représentativité des modèles EF du thorax humain pourrait être comblé par une démarche de personnalisation aussi bien au niveau géométrique que mécanique. Cette thèse se base sur l’étude de 18 sujets humains post-mortem. A partir des données d’imagerie, les différentes dimensions des côtes sont analysées. La corrélation de ces paramètres aboutit à la prédiction de 192 dimensions à partir d’un unique paramètre d’entrée. A une échelle inférieure, un protocole innovant a permis de coupler des informations microstructurales issues d’un μCT avec la forme extérieure des côtes. 2 hémi-thorax ont été micro-scannés afin de générer une cartographie complète des épaisseurs d’os cortical. Une stratégie a été mise en place pour proposer un algorithme prédisant l’intégralité de cette géométrie locale d’après un seul tronçon de côte. La pertinence de cette personnalisation a été évaluée par une étude de sensibilité sur des modèles EF. Les résultats d’essais de traction sur os cortical montrent un comportement différent entre les éprouvettes prélevées sur la table interne ou externe des côtes. Une caractérisation précise de la structure interne de l’os cortical, couplé à des essais de micro-traction in-situ, a pu apporter des éléments de réponse sur cette différence. Unalgorithme de personnalisation a été aussi proposé pour les propriétés mécaniques, complétant ainsi la démarche d’adapter les modèles EF du thorax à chaque individu afin d’améliorer leur biofidélité.

  • French
    Authors: 
    Letourneur, Marina;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Argentinean writer Andrés Rivera’s refusal to consider some of his novels as being historical is the starting point of our reflection. In this work we approach the relations between history and fiction, the evolutions of historiography as well as those of the historical novel. The proliferation of historical novels in Latin America in the 1980’s and the 1990’s in particular, and the evolutions in the style and the themes of these novels have brought many critics to look into the phenomenon and to study the characteristics of what they have called the « new historical novel », « the contemporary historical novel » or more « the post-modern historical novel ». The formation of our corpus of novels or short stories by Rivera is based on Seymour Menton’s definition ; a novel is historical if the action takes place in a past that the author did not live. Thus, we chose the fictions in which the diegesis takes place between the 19th century and the beginning of the 20th century, which matches key periods of the Argentinean history : the May Revolution (« La revolución es un sueño eterno »), the civil wars and the period of Rosas (« En esta dulcetierra », « El farmer » and « Ese manco Paz »), the rise of the rural middle classes in the 1880's (« El amigo de Baudelaire » and « La sierva »), the 1920's (« Elprofundo Sur » and « Hay que matar »). Through this corpus, we intend to analyze the reading of the Argentinean history offered by Rivera, the notion of history drawn from it and the rewriting of history based on fiction he proposes; Le refus de l’écrivain argentin Andrés Rivera (1928) de considérer certains de ses romans comme historiques est le point de départ de notre réflexion. Nous abordons dans ce travail les relations entre histoire et fiction, les évolutions de l’historiographie ainsi que celles du roman historique. La prolifération de romans historiques en Amérique latine dans les années 80 et 90 et les évolutions dans le style et les thèmes de ces romans ont amené de nombreux critiques à se pencher sur le phénomène et à étudier ce qui caractérisaient ce qu’ils ont appelé le « nouveau roman historique », « le roman historique contemporain » ou encore « le roman historique postmoderne ». Nous avons constitué notre corpus de romans ou courts romans de Rivera en nous appuyant sur la définition de Seymour Menton selon laquelle un roman est historique si son action se déroule de manière prédominante dans un passé non vécu par l’auteur. Nous avons donc choisi les fictions dont la diégèse se situe entre le XIXe siècle et le début du XXe siècle, ce qui correspond à certaines périodes clés de l’histoire argentine : la Révolution de Mai (La revolución es un sueño eterno), les guerres civiles et l’époque de Rosas (En esta dulce tierra, El farmer et Esemanco Paz), l’essor de la bourgeoisie rurale dans les années 80 du XIXe siècle (El amigo de Baudelaire et Lasierva), les années 20 du XXe siècle (El profundo Sur et Hay que matar). Nous proposons d’analyser, dans ce corpus, la lecture de l’histoire argentine que propose Rivera, la conception de l’histoire qui s’en dégage et la réécriture de l’histoire qu’il propose à partir de la fiction.

  • Open Access English
    Authors: 
    Jas, Mainak;
    Publisher: HAL CCSD

    Les expériences d’électrophysiologie ont longtemps reposé sur de petites cohortes de sujets pour découvrir des effets d’intérêt significatifs. Toutefois, la faible taille de l’échantillon se traduit par une faible puissance statistique, ce qui entraîne un taux élevé de fausses découvertes et un faible taux de reproductibilité. Deux questions restent à répondre : 1) comment faciliter le partage et la réutilisation des données pour créer de grands ensembles de données; et 2) une fois que de grands ensembles de données sont disponibles, quels outils pouvons-nous construire pour les analyser ? Donc, nous introduisons une nouvelle norme pour le partage des données, Brain Imaging Data Structure (BIDS), et son extension MEG-BIDS. Puis, nous présentons un pipeline d’analyse de données électrophysiologie avec le logiciel MNE. Nous tenons compte des différents choix que l’utilisateur doit faire à chaque étape et formulons des recommandations standardisées. De plus, nous proposons un outil automatisé pour supprimer les segments de données corrompus par des artefacts, ainsi qu’un algorithme de détection d’anomalies basé sur le réglage des seuils de rejet. Par ailleurs, nous utilisons les données HCP, annotées manuellement, pour comparer notre algorithme aux méthodes existantes. Enfin, nous utilisons le convolutional sparse coding pour identifier les structures des séries temporelles neuronales. Nous reformulons l’approche existante comme une inférence MAP pour être atténuer les artefacts provenant des grandes amplitudes et des distributions à queue lourde. Ainsi, cette thèse tente de passer des méthodes d’analyse lentes et manuelles vers des méthodes automatisées et reproducibles. Electrophysiology experiments has for long relied upon small cohorts of subjects to uncover statistically significant effects of interest. However, the low sample size translates into a low power which leads to a high false discovery rate, and hence a low rate of reproducibility. To address this issue means solving two related problems: first, how do we facilitate data sharing and reusability to build large datasets; and second, once big datasets are available, what tools can we build to analyze them ? In the first part of the thesis, we introduce a new data standard for sharing data known as the Brain Imaging Data Structure (BIDS), and its extension MEG-BIDS. Next, we introduce the reader to a typical electrophysiological pipeline analyzed with the MNE software package. We consider the different choices that users have to deal with at each stage of the pipeline and provide standard recommendations. Next, we focus our attention on tools to automate analysis of large datasets. We propose an automated tool to remove segments of data corrupted by artifacts. We develop an outlier detection algorithm based on tuning rejection thresholds. More importantly, we use the HCP data, which is manually annotated, to benchmark our algorithm against existing state-of-the-art methods. Finally, we use convolutional sparse coding to uncover structures in neural time series. We reformulate the existing approach in computer vision as a maximuma posteriori (MAP) inference problem to deal with heavy tailed distributions and high amplitude artifacts. Taken together, this thesis represents an attempt to shift from slow and manual methods of analysis to automated, reproducible analysis.

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  • French
    Authors: 
    Haili El Jaouhari, Nawel;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Gene expression in mitochondria is for the most controlled by nuclear encoded proteins that are from the cytosol into the organelle. Recent genetic and biochemical analysis have revealed that proteins of the PentatricoPeptide Repeat (PPR) family play preponderant and multifarious role in this process. During my thesis, I characterized the function of two novel Arabidopsis thaliana PPR protein called MTSF1 (for Mitochondrial Stability Factor 1) and PPR24. Each of these proteins is involved in the expression of a single mitochondrial gene encoding respiratory complex I subunit. I showed that the MTSF1 protein is essential for the stabilization of nad4 mRNA. The MTSF1 binding site was determined and was shown to correspond to the last twenty nucleotides of nad4 3’ UTR. We propose that, through an interaction with the extremity of nad4 transcript, the MTSF1 protein blocks the progression of 3’ to 5’ exoribonucleases and protects nad4 mRNA from degradation in vivo. PPR24 analysis indicated that this PPR protein is essential for nad7 mRNA translation. I observed that the NAD7 protein is not produced in ppr24 mutants and that this correlated with lack of ribosome loading of nad7 mature mRNA. I also showed that PPR24 binds to a short RNA fragment with high specificity located in the center of nad7 5’ leader. Structural predictions indicated that PPR24 binding site could correspond to the basis of a long stem-loop RNA structure just upstream of the AUG codon, which could prevent the accessibility to the nad7 translation codon. PPR24 binding could destabilize this stem-loop structure and permit a better access of the ribosome to the nad7 translation initiation codon. These findings shed light on the function and the mode of action of PPR proteins involved in mitochondrial gene expression in plants.; L’expression des gènes mitochondriaux est grande partie dirigée par des protéines codées dans le noyau et importées dans l’organite depuis le cytosol. Diverses études ont montré que les protéines de la famille PentatricoPeptide Repeat (PPR) jouent un rôle prépondérant et varié dans ce phénomène. Au cours de ma thèse, j’ai déterminé la fonction de deux nouvelles protéines PPR chez Arabidopsis thaliana, nommées MTSF1 (pour Mitochondrial Stability Factor 1) et PPR24. Chacune de ces protéines est impliquée dans l’expression d’un ARNm mitochondrial codant une sous-unité du complexe I de la chaine respiratoire. J’ai montré que la protéine MTSF1 était requise pour stabiliser l’ARN mitochondrial nad4. Le site de liaison de MTSF1 a été déterminé et il correspond aux vingt derniers nucléotides de l’ARN nad4. Nous pensons donc qu’en s’associant à l’extrémité 3’ terminale de cet ARN, la protéine MTSF1 bloque la progression d’exoribonucléases 3’-5’ et stabilise ainsi l’ARN nad4 in vivo. L’étude de la protéine PPR24 nous a conduit à observer qu’elle était essentielle à la traduction de l’ARNm mitochondrial nad7. J’ai pu démontrer que la protéine NAD7 n’était pas synthétisée chez les mutants ppr24 et que cela était associé à l’absence de ribosomes sur l’ARNm nad7. J’ai aussi montré que la protéine PPR24 pouvait se lier spécifiquement à une courte région située au milieu de la 5’ UTR de l’ARN nad7. La modélisation de la 5’ UTR de cet ARN indique que ce site de liaison se situerait à la base d’une structure en tige-boucle pouvant diminuer fortement l’accessibilité au codon initiateur de la traduction de l’ARN nad7. Il est donc possible que la fixation de la protéine PPR24 puisse déstabiliser cette structure en tige-boucle et permettre aux ribosomes mitochondriaux d’accéder plus facilement au codon AUG. L’ensemble de ces études a permis d’apporter des informations essentielles sur la fonction et le mode d’action des protéines PPR dans l’expression génétique mitochondriale chez les plantes.

  • Open Access French
    Authors: 
    Fakhfakh, Fatma;
    Publisher: HAL CCSD

    Pour peu que nous admettions les nouvelles recherches en didactique à l'université (Français sur Objectifs Universitaires et Enseignement à Distance) et les réformes pédagogiques visant le développement des niveaux des étudiants en langue française dans et hors des départements de français (Projet de Rénovation du Français et en Français dans l'Enseignement Supérieur), le français scientifique et technique dans les départements des cycles préparatoires serait susceptible de représenter un champ d'étude intéressant. Les étudiants de première année ont besoin de déterminer leurs objectifs universitaires en français pour définir le contenu des programmes d’apprentissage et des évaluations. En nous nous appuyant sur le Référentiel de compétences de français scientifique et technique (inspiré des principes du Cadre Européen Commun de Référence pour les Langues) et sur le cours de français scientifique et technique mis en ligne sur la plateforme MOODLE 2.4 de l'Université Virtuelle de Tunis, notre projet consiste à concevoir des modèles des évaluations des apprentissages adaptés à notre contexte. Les enquêtes ayant lieu en 2014 à l'Institut Préparatoire aux Etudes d'Ingénieurs de Sfax (I.P.E.I.S.) et à la Faculté des Sciences de Sfax (F.S.S.) avec les étudiants des quatre filières, les enseignants du module de français et les enseignants des matières enseignées en première année, nous ont amenée à penser à la contextualisation du portfolio d'apprentissage et du modèle de certification linguistique (Diplôme d'Etude en Langue Française du niveau B1) auquel nous empruntons la conception des évaluations sommatives. At the close of the new researches in didactics at university (French on university objectives and Remote Teaching) and educational reforms targeting the development of learners' level in French inside and outside French departments (Project of updating of French and in French in higher education),scientific and technical French in departments of preliminary courses is an interesting field of study. First-year students-those who passed the baccalaureate- need to know about their university aims in French so as to target the content of apprenticeship programmes and evaluation. Further to a conception of a system of reference of abilities of scientific and technical French (inspired from the principles of Common European Framework of Reference for Languages) and an online lesson of scientific and technical French on MOODLE 2.4 of Tunis Virtual University, we undertake in this thesis to design the models of apprenticeship assessments appropriate to our context. The 2014 investigations in Preparatory Institute for engineering Studies de Sfax and Faculty of Sciences of Sfax (with students of the four branches, French module instructors and the first-year subjects ’instructors) have led us to envisage the idea of the contextualization of apprenticeship portfolio and a model of linguistic certification (Study Diploma in French Language of B1 level) from which we get the conception of brief /summary assessments.

  • Open Access English
    Authors: 
    Al-Ghossein, Marie;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Les systèmes de recommandation se sont révélés être des outils efficaces pour aider les utilisateurs à faire face à la surcharge informationnelle. D’importants progrès ont été réalisés dans le domaine durant les deux dernières décennies, menant en particulier à l’exploitation de l’information contextuelle pour modéliser l’aspect dynamique des utilisateurs et des articles. La définition traditionnelle du contexte, adoptée dans la plupart des systèmes de recommandation contextuels, ne répond pas à plusieurs contraintes rencontrées dans les applications du monde réel. Dans cette thèse, nous abordons les problèmes de recommandation en présence d’informations contextuelles partiellement observables et d’informations contextuelles non observables dans deux applications particulières, la recommandation d’hôtels et la recommandation en ligne, remettant en question plusieurs aspects de la définition traditionnelle du contexte, notamment l'accessibilité, la pertinence, l'acquisition et la modélisation.La première partie de la thèse étudie le problème de recommandation d’hôtels qui souffre du démarrage à froid continu, limitant la performance des approches classiques de recommandation. Le voyage n’est pas une activité fréquente et les utilisateurs ont tendance à adopter des comportements diversifiés en fonction de leurs situations spécifiques. Après une analyse du comportement des utilisateurs dans ce domaine, nous proposons de nouvelles approches de recommandation intégrant des informations contextuelles partiellement observables affectant les utilisateurs. Nous montrons comment cela contribue à améliorer la qualité des recommandations.La deuxième partie de la thèse aborde le problème de recommandation en ligne en présence de flux de données où les observations apparaissent continûment à haute fréquence. Nous considérons que les utilisateurs et les articles reposent sur des informations contextuelles non observables par le système et évoluent de façons différentes à des rythmes différents. Nous proposons alors d’effectuer de la détection active de changements et d’assurer la mise à jour des modèles en temps réel. Nous concevons de nouvelles méthodes qui s’adaptent aux changements qui apparaissent au niveau des préférences des utilisateurs et des perceptions et descriptions des articles, et montrons l’importance de la recommandation adaptative en ligne pour garantir de bonnes performances au cours du temps. Recommender systems have proven to be valuable tools to help users overcome the information overload, and significant advances have been made in the field over the last two decades. In particular, contextual information has been leveraged to model the dynamics occurring within users and items. Context is a complex notion and its traditional definition, which is adopted in most recommender systems, fails to cope with several issues occurring in real-world applications. In this thesis, we address the problems of partially observable and unobservable contexts in two particular applications, hotel recommendation and online recommendation, challenging several aspects of the traditional definition of context, including accessibility, relevance, acquisition, and modeling.The first part of the thesis investigates the problem of hotel recommendation which suffers from the continuous cold-start issue, limiting the performance of classical approaches for recommendation. Traveling is not a frequent activity and users tend to have multifaceted behaviors depending on their specific situation. Following an analysis of the user behavior in this domain, we propose novel recommendation approaches integrating partially observable context affecting users and we show how it contributes in improving the recommendation quality.The second part of the thesis addresses the problem of online adaptive recommendation in streaming environments where data is continuously generated. Users and items may depend on some unobservable context and can evolve in different ways and at different rates. We propose to perform online recommendation by actively detecting drifts and updating models accordingly in real-time. We design novel methods adapting to changes occurring in user preferences, item perceptions, and item descriptions, and show the importance of online adaptive recommendation to ensure a good performance over time.

  • French
    Authors: 
    De Sousa, Matthias;
    Publisher: HAL CCSD

    Wafer manufacturing produces large amounts of solar-grade silicon waste that is not currently recovered because of its contamination during the slicing process. This work deals with the purification of silicon waste using a non-transferred arc plasma process. It was carried out by using a double approach combining numerical simulations and experiments. The former were done using a computational fluid dynamics (CFD) code and made it to size the experimental configuration and understand the effect of process parameters on gas flow fields and powder treatment. The experimental study consisted in injecting powdered silicon waste (sawdust silicon, crushed powder) into the plasma jet under controlled atmosphere and collecting the treated material in a hot crucible. Decarburization and deoxidation of silicon waste, including sawdust resulting from wafer slicing, was achieved by the developed method. However, the removal of metal impurities in silicon sawdust was not demonstrated in this study. The experimental and numerical results showed that deoxidation was improved with a low-velocity plasma jet and limited air content in the area of treatment. Silica carboreduction and silica volatilization by silicon oxidation seemed to be the two mechanisms involved in the purification process.; La découpe de wafers génère des quantités importantes de déchets de silicium de grade solaire qui ne sont pas revalorisés actuellement à cause de la contamination lors du procédé de découpe. Les travaux présentés dans ce manuscrit portent sur l’étude de la purification de déchets de silicium solaire à l’aide d’un procédé assisté par une torche à plasma d’arc non transféré. Cette étude a été menée selon une double approche numérique et expérimentale. Les calculs numériques ont été réalisés à l’aide d’un code de calcul de mécanique des fluides. Ils sont utilisés pour dimensionner la configuration expérimentale et pour comprendre l’influence des paramètres opératoires sur l’écoulement gazeux et le traitement des particules. L’étude expérimentale a consisté à ’injecter des déchets pulvérulents de silicium (sciures de silicium, poudre de concassage) dans un jet de plasma sous atmosphère contrôlée puis à les collecter dans un creuset chaud. La désoxydation et la décarburation de déchets de silicium, notamment de la sciure issue de la découpe des wafers, a été mise en évidence à l’aide du procédé développé. Toutefois, l’élimination des impuretés métalliques dans les sciures de silicium n’a pas été démontrée lors de cette étude. Les résultats expérimentaux et numériques ont mis en évidence que la désoxydation est améliorée avec un jet de plasma lent ainsi qu’avec une teneur en air résiduelle limitée dans la zone de traitement. La carboréduction de la silice ainsi que la volatilisation de la silice par oxydation du silicium semblent être les deux mécanismes de purification mis en jeu lors du procédé.

  • Open Access French
    Authors: 
    Bubien, Virginie;
    Country: France

    Hereditary breast cancers (BCs) account for 5-10% of all diagnosed BCs, yet only 50% of such tumors arise in the context of a germline mutation in known tumor suppressor genes such as BRCA1 or BRCA2. The vast genetic heterogeneity which characterizes BRCAx families makes grouped studies impossible to perform. Next generation sequencing (NGS) techniques, however, allow individual families to be studied in order to identify private mutations. Single nucleotide polymorphism (SNP) arrays allow the detection of conserved haplotypes within recurrent regions of loss of heterozygosity, common to several familial tumors, therefore identifying genomic loci likely to harbor a germline mutation in cancer predisposition genes. The combination of both exome sequencing and SNP arrays for a series of 17 familial BC did not allow the identification of a novel BC predisposition gene, but revealed a germline ATM mutation associated with a loss of the wild-type allele in a BRCAx family. The analysis of 17 additional breast tumors from ten BC families in which a germline ATM mutation had been identified revealed a high frequency of wild-type allele loss in these tumors (>80% compared to the 20% expected in sporadic BC; p 80% contre 20% attendu en situation sporadique ; p<0.001). Ce résultat plaide fortement en faveur de l’implication d’ATM dans la carcinogénèse de ces cancers du sein tel un gène suppresseur de tumeur et suggère que les mutations constitutionnelles d’ATM sont impliquées dans des formes familiales de cancer du sein.

  • Open Access French
    Authors: 
    Sutton, Gabrielle;
    Publisher: HAL CCSD

    L’herpèsvirus équin 1 (EHV-1), classé parmi les Herpesviridae, est l’un des pathogènes les plus fréquemment rencontrés au sein de la population équine. Ce virus peut être à l’origine de formes de maladie respiratoire, abortive ou néonatale, oculaire ou nerveuse pouvant conduire à l’euthanasie de l’animal. Les mesures de prévention incluant la vaccination constituent la première barrière dans la lutte contre ce virus. En cas d’épizootie, le suivi et l’identification des souches peuvent constituer une aide précieuse pour la compréhension des modes d’infection. Ce travail de thèse a porté sur le suivi moléculaire par différentes approches d’une population de souches d’EHV-1 isolées en France entre 2009 et 2018. Le typage de 137 souches d’EHV-1 pour le polymorphisme en position 2254 du gène de l’ADN polymérase (ORF30) associé à la pathogénicité des souches a montré une association significative des souches de type A2254 avec les cas d’avortements. Quatorze souches d’intérêt ont ensuite été analysées par séquençage de l’ORF30 et Multi Locus Sequence Typing (MLST). Le séquençage complet de l’ORF30 s’est montré peu discriminant mais a permis de mettre en évidence un troisième génotype (C2254 (H752)) en position 2254 de l’ORF30. L’analyse par MLST a permis de classer ces souches parmi 7 des 10 clades UL décrits par l’outil à ce jour. Deux autres souches d’herpèsvirus d’équidés, une d’EHV-8 et une d’EHV-9, ont pu être mises en évidence grâce au séquençage de l’ORF30. Ces différentes souches d’alphaherpèsvirus des équidés ont été caractérisées, comparées et leur sensibilité vis-à-vis de sept molécules antivirales a été évaluée in vitro. Leur proximité génétique a pu être visualisée par la construction d’un network phylogénétique basé sur les séquences de l’ORF30. Une seconde partie du travail a porté sur le suivi du niveau de protection conféré par les anticorps neutralisant l’EHV-1. Une technique innovante de quantification a été mise au point grâce à la technologie xCELLigence® sur cellules E. Derm et a permis de déterminer les titres induisant 50% de la neutralisation d’une concentration de virus (NT50) à partir d’une population d’échantillons qualifiés provenant d’une infection expérimentale avec la souche d’EHV-1 C2254. Les valeurs de NT50 obtenues ont montré une bonne corrélation avec les valeurs de titres obtenues avec la méthode de référence sur cellules RK13. Les réponses de chevaux à la vaccination ont ensuite pu être étudiées selon le protocole de vaccination reçu et selon l’historique des chevaux. The equine herpesvirus 1 (EHV-1) is classified among the Herpesviridae and is one of the most frequently encountered pathogens in the equine population. This virus can cause a respiratory form of disease, abortion or still-birth, an ocular form of disease or a nervous form of disease that can lead to euthanasia of the animal. Prevention measures including vaccination are the primary barrier against the virus. In case of an epizootic, the tracking and identification of the strains can be a precious help to understand infection mechanisms. This thesis work focused on the molecular monitoring of a population of EHV-1 strains isolated in France between 2009 and 2018 using different approaches. The typing of 137 EHV-1 strains for the polymorphism in position 2254 of the DNA polymerase gene (ORF30) associated with the pathogenicity of the strains showed a significant association of the A2254 genotype with abortion cases. Fourteen strains of interest were then analysed using ORF30 sequencing and Multi Locus Sequence Typing (MLST). Complete ORF30 sequencing resulted in poor discrimination but allowed a third genotype (C2254 (H752)) to be identified in position 2254 of the ORF30. MLST analysis allowed classifying these strains among 7 of the 10 UL clades described with this tool to date. Two other equid herpesvirus strains, one EHV-8 and one EHV-9, were identified using ORF30 sequencing. These different strains of equid alphaherpesviruses were characterised, compared and their sensitivity towards seven antiviral molecules was evaluated in vitro. Their genetic proximity could be visualised in a phylogenetic network based on the ORF30 sequences. A second part of the work focused on monitoring the level of protection conferred by EHV-1 neutralizing antibodies. An innovative quantification assay was developed using the xCELLigence® technology on E. Derm cells and allowed to determine the titres inducing 50% of the neutralisation of a virus concentration (NT50) from a population of qualified serum samples taken during an experimental infection with the EHV-1 C2254 strain. The NT50 values obtained were correlated with the titre values obtained with the reference method on RK13 cells. The response of a horse population to vaccination was then studied according to the vaccination protocol received and the history of the horses.

  • Publication . Other literature type . Doctoral thesis . 2012
    Open Access French
    Authors: 
    Shao, Tong;
    Publisher: HAL CCSD

    Récemment, la convergence des techniques radio à 60 GHz sur fibre optique (radio over fiber - RoF) et des réseaux d’accès optiques passifs à multiplexage en longueurs d’ondes (wavelength division multiplexing-WDM) a suscité un très grand intérêt dans la communauté scientifique. L’objectif de cette thèse est d’étudier les solutions pour faire converger les systèmes RoF à 60 GHZ et les réseaux passifs optiques (passive optical network – PON) utilisant le WDM, appelés dans la suite PON-WDM.Les résultats principaux de cette thèse axée sur la technologie des systèmes RoF et l’intégration des systèmes RoF avec les réseaux d’accès PON-WDM sont les suivants :Un système RoF utilisant un démultiplexeur WDM, compatible avec les réseaux d’accès PON-WDM, est proposé dans cette thèse.Nous avons mené une étude théorique complète du bruit de phase. Elle inclut la contribution des bruits de phase des générateurs de signaux électriques et celle de la conversion de bruit de phase optique en bruit d’intensité. Cette dernière conversion est due à la détection de deux signaux cohérents, retardés l’un par rapport à l’autre si les longueurs optiques entre les deux canaux optiques se recombinant sont différentes.La densité spectrale de puissance du signal millimétrique généré optiquement est analysée théoriquement et démontrée expérimentalement. Son étude donne une méthode pour compenser un éventuel délai optique │τd│.L’amplitude du vecteur d’erreur (error vector magnitude –EVM) est théoriquement calculée et expérimentalement démontrée, en fonction du rapport │τd│/τcOP où τcOP est la durée de cohérence de la source optique utilisée. Cela donne une règle de conception pour insérer le démultiplexeur optique dans le système d’hétérodynage optique. Nous avons validé expérimentalement la technique d’hétérodynage optique qui utilise un démultiplexeur pour générer un signal millimétrique respectant le standard ECMA 387.Nous avons proposé un système combinant une partie RoF et un réseau PON-WDM, permettant la génération simultanée d’un signal millimétrique respectant le standard ECMA 387 et la transmission d’un signal en bande de base à plusieurs gigabits par seconde. Nous avons réalisé expérimentalement avec succès la transmission simultanée d’un signal à 60 GHZ, modulé avec une modulation BPSK par un signal à 1588 Mbit/s et celle d’un signal en bande de base à 10 Gbit/s. Nous avons proposé une nouvelle technique de modulation multi-bandes : la modulation de phase parallèle utilisant un unique modulateur de Mach-Zehnder. Cette technique présente des avantages significatifs comparée à n’importe quelle autre technique de modulation multi-bandes.Il n’y a aucun impact de la modulation en bande de base sur la génération millimétrique.L’impact de la modulation RF sur la transmission en bande de base (impact dû à la non-linéarité de la modulation de phase) est limité.Le taux d’erreurs binaires du signal en bande de base intégrant l’effet du signal RF a été théoriquement calculé et expérimentalement validé. Cela donne des règles de conception pour la technique de modulation de phase parallèle avec un unique modulateur de Mach-Zehnder.Nous avons proposé une architecture et réalisé un démonstrateur d’un système bas-coût bidirectionnel pour la transmission RoF. Ce système utilise le mélange optoélectronique et la technique d’hétérodynage optique. Nous avons prouvé que : Des signaux à 60 GHz modulés à 397 Mbit/s et 794 Mbit/s avec une modulation BPSK sont convertis vers la bande basse de fréquence en utilisant la technique de mélange optoélectronique : les contraintes du standard ECMA 387 sont respectées. Pour la liaison descendante utilisant la technique d’hétérodynage optique, aucune pénalité sur l’EVM n’est causée par le choix du régime non linéaire de la photodiode. Recently, convergence of 60 GHz radio over fiber (RoF) technique with wavelength division multiplexing (WDM) passive optical networks (PON) has raised great interests because it provides the possibility for simultaneous broadband 60 GHz signal generation and multi-gigabit per second wireline transmission. The objective of the thesis is to study the solutions for converged 60 GHz RoF and WDM-PON technique.In this thesis, we have made the following achievements for RoF technology and the integration of RoF technology with WDM-PON access networks:A RoF system using WDM DEMUX which is supposed to be compliant with WDM-PON access networks is proposed in this thesis.Phase noise including optical phase to intensity noise conversion contribution due to the delayed coherent detection induced by the different optical lengths between the two optical channels and the phase noise contribution due to the electrical generators has been theoretically studied.PSD of the optical mmW is theoretically analyzed and experimentally demonstrated, which gives a solution to compensate different optical delay │τd│EVM as function of │τd│/τcOP is theoretically derived and experimentally proved, which gives a design rule for optical heterodyning using WDM DEMUXThe optical heterodyning technique using WDM DEMUX for mmW generation respecting ECMA 387 standard is validated by the experiment.We proposed a simple combination of RoF with WDM-PON supporting mmW generation respecting ECMA 387 standard and multi-gigabit per second baseband transmission. Simultaneous transmission of 1588 Mbps BPSK 60 GHz signal and 10 Gbps baseband signal is experimentally proved.A novel WDM-RoF-PON access networks with multi-band modulation technique is proposed in order to lower the cost of infrastructure.We propose a novel parallel phase modulation technique with a single MZM. This technique can offer several significant advantages compared to any other multi-band modulation technique.No impact from baseband modulation to mmW generation.Limited impact from RF modulation to baseband transmission due to the non-linearity of the phase modulation.BER of baseband signal with RF impact is theoretically studied and experimentally demonstrated, which gives a design rule for parallel phase modulation technique with a single MZMA low-cost bidirectional RoF transmission using optoelectronic mixing and optical heterodyning technique is proposed and experimentally demonstrated. It has been proved that:397 Mbps and 794 Mbps BPSK 60 GHz uplink signal is down-converted to IF band respecting the ECMA 387 standard by using the optoelectronic mixing technique.No EVM penalty is paid to the non-linearity biased PD for downlink transmission by optical heterodyning technique. 6 dB power penalty need to be paid for the non-linear biased PD, which can be compensated by using high gain LNA after the PD.

  • French
    Authors: 
    Mayeur, Olivier;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    For a better assessment of injury criteria on the human thorax, realistic numerical simulations need accurate geometrical characterization and an understanding of the mechanical behavior of the rib. Thelack of representation of the FE models of the human thorax could be filled by a personalization of these two aspects. This thesis is based on the study of 18 post-mortem human subjects. From medical data (CT-scans), the different dimensions of the ribs were analyzed. The correlation of the measurements led to the prediction of 192 dimensions from a single input parameter. At a lower scale, an innovative protocol enabled us to combine microstructural information obtained from a μCT with the external shape of the ribs. 2 hemi-thoraxes were scanned to generate a complete map of the thickness of cortical bone and cross-section area evolution. A strategy was implemented to provide an algorithm, predicting this entire local geometry from a single rib’s sample. The relevance of this customization was evaluated by a sensitivity analysis on FE models. The results of tensile tests on cortical bone showed different behaviors between the samples harvested from the inner or outer side of the rib. A precise characterization of the internal structure of the cortical bone, coupled with in-situ micro-tensile device, revealed certain answers about this difference. An algorithm is also proposed topersonalize the mechanical properties, completing the approach of adapting the FE models of the thorax of each individual to improve their biofidelity.; La recherche en biomécanique des chocs est une nécessité pour améliorer la sécurité dans les transports. Pour une meilleure évaluation des critères lésionnels lors des simulations de crash, le manque de représentativité des modèles EF du thorax humain pourrait être comblé par une démarche de personnalisation aussi bien au niveau géométrique que mécanique. Cette thèse se base sur l’étude de 18 sujets humains post-mortem. A partir des données d’imagerie, les différentes dimensions des côtes sont analysées. La corrélation de ces paramètres aboutit à la prédiction de 192 dimensions à partir d’un unique paramètre d’entrée. A une échelle inférieure, un protocole innovant a permis de coupler des informations microstructurales issues d’un μCT avec la forme extérieure des côtes. 2 hémi-thorax ont été micro-scannés afin de générer une cartographie complète des épaisseurs d’os cortical. Une stratégie a été mise en place pour proposer un algorithme prédisant l’intégralité de cette géométrie locale d’après un seul tronçon de côte. La pertinence de cette personnalisation a été évaluée par une étude de sensibilité sur des modèles EF. Les résultats d’essais de traction sur os cortical montrent un comportement différent entre les éprouvettes prélevées sur la table interne ou externe des côtes. Une caractérisation précise de la structure interne de l’os cortical, couplé à des essais de micro-traction in-situ, a pu apporter des éléments de réponse sur cette différence. Unalgorithme de personnalisation a été aussi proposé pour les propriétés mécaniques, complétant ainsi la démarche d’adapter les modèles EF du thorax à chaque individu afin d’améliorer leur biofidélité.

  • French
    Authors: 
    Letourneur, Marina;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Argentinean writer Andrés Rivera’s refusal to consider some of his novels as being historical is the starting point of our reflection. In this work we approach the relations between history and fiction, the evolutions of historiography as well as those of the historical novel. The proliferation of historical novels in Latin America in the 1980’s and the 1990’s in particular, and the evolutions in the style and the themes of these novels have brought many critics to look into the phenomenon and to study the characteristics of what they have called the « new historical novel », « the contemporary historical novel » or more « the post-modern historical novel ». The formation of our corpus of novels or short stories by Rivera is based on Seymour Menton’s definition ; a novel is historical if the action takes place in a past that the author did not live. Thus, we chose the fictions in which the diegesis takes place between the 19th century and the beginning of the 20th century, which matches key periods of the Argentinean history : the May Revolution (« La revolución es un sueño eterno »), the civil wars and the period of Rosas (« En esta dulcetierra », « El farmer » and « Ese manco Paz »), the rise of the rural middle classes in the 1880's (« El amigo de Baudelaire » and « La sierva »), the 1920's (« Elprofundo Sur » and « Hay que matar »). Through this corpus, we intend to analyze the reading of the Argentinean history offered by Rivera, the notion of history drawn from it and the rewriting of history based on fiction he proposes; Le refus de l’écrivain argentin Andrés Rivera (1928) de considérer certains de ses romans comme historiques est le point de départ de notre réflexion. Nous abordons dans ce travail les relations entre histoire et fiction, les évolutions de l’historiographie ainsi que celles du roman historique. La prolifération de romans historiques en Amérique latine dans les années 80 et 90 et les évolutions dans le style et les thèmes de ces romans ont amené de nombreux critiques à se pencher sur le phénomène et à étudier ce qui caractérisaient ce qu’ils ont appelé le « nouveau roman historique », « le roman historique contemporain » ou encore « le roman historique postmoderne ». Nous avons constitué notre corpus de romans ou courts romans de Rivera en nous appuyant sur la définition de Seymour Menton selon laquelle un roman est historique si son action se déroule de manière prédominante dans un passé non vécu par l’auteur. Nous avons donc choisi les fictions dont la diégèse se situe entre le XIXe siècle et le début du XXe siècle, ce qui correspond à certaines périodes clés de l’histoire argentine : la Révolution de Mai (La revolución es un sueño eterno), les guerres civiles et l’époque de Rosas (En esta dulce tierra, El farmer et Esemanco Paz), l’essor de la bourgeoisie rurale dans les années 80 du XIXe siècle (El amigo de Baudelaire et Lasierva), les années 20 du XXe siècle (El profundo Sur et Hay que matar). Nous proposons d’analyser, dans ce corpus, la lecture de l’histoire argentine que propose Rivera, la conception de l’histoire qui s’en dégage et la réécriture de l’histoire qu’il propose à partir de la fiction.

  • Open Access English
    Authors: 
    Jas, Mainak;
    Publisher: HAL CCSD

    Les expériences d’électrophysiologie ont longtemps reposé sur de petites cohortes de sujets pour découvrir des effets d’intérêt significatifs. Toutefois, la faible taille de l’échantillon se traduit par une faible puissance statistique, ce qui entraîne un taux élevé de fausses découvertes et un faible taux de reproductibilité. Deux questions restent à répondre : 1) comment faciliter le partage et la réutilisation des données pour créer de grands ensembles de données; et 2) une fois que de grands ensembles de données sont disponibles, quels outils pouvons-nous construire pour les analyser ? Donc, nous introduisons une nouvelle norme pour le partage des données, Brain Imaging Data Structure (BIDS), et son extension MEG-BIDS. Puis, nous présentons un pipeline d’analyse de données électrophysiologie avec le logiciel MNE. Nous tenons compte des différents choix que l’utilisateur doit faire à chaque étape et formulons des recommandations standardisées. De plus, nous proposons un outil automatisé pour supprimer les segments de données corrompus par des artefacts, ainsi qu’un algorithme de détection d’anomalies basé sur le réglage des seuils de rejet. Par ailleurs, nous utilisons les données HCP, annotées manuellement, pour comparer notre algorithme aux méthodes existantes. Enfin, nous utilisons le convolutional sparse coding pour identifier les structures des séries temporelles neuronales. Nous reformulons l’approche existante comme une inférence MAP pour être atténuer les artefacts provenant des grandes amplitudes et des distributions à queue lourde. Ainsi, cette thèse tente de passer des méthodes d’analyse lentes et manuelles vers des méthodes automatisées et reproducibles. Electrophysiology experiments has for long relied upon small cohorts of subjects to uncover statistically significant effects of interest. However, the low sample size translates into a low power which leads to a high false discovery rate, and hence a low rate of reproducibility. To address this issue means solving two related problems: first, how do we facilitate data sharing and reusability to build large datasets; and second, once big datasets are available, what tools can we build to analyze them ? In the first part of the thesis, we introduce a new data standard for sharing data known as the Brain Imaging Data Structure (BIDS), and its extension MEG-BIDS. Next, we introduce the reader to a typical electrophysiological pipeline analyzed with the MNE software package. We consider the different choices that users have to deal with at each stage of the pipeline and provide standard recommendations. Next, we focus our attention on tools to automate analysis of large datasets. We propose an automated tool to remove segments of data corrupted by artifacts. We develop an outlier detection algorithm based on tuning rejection thresholds. More importantly, we use the HCP data, which is manually annotated, to benchmark our algorithm against existing state-of-the-art methods. Finally, we use convolutional sparse coding to uncover structures in neural time series. We reformulate the existing approach in computer vision as a maximuma posteriori (MAP) inference problem to deal with heavy tailed distributions and high amplitude artifacts. Taken together, this thesis represents an attempt to shift from slow and manual methods of analysis to automated, reproducible analysis.

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