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  • Publications
  • 2017-2021
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  • Hal-Diderot
  • HAL AMU

10
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  • French
    Authors: 
    Perez Quintero, Alvaro Luis;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France
    Project: NSF | Quantitative Trait Locus ... (1444511)

    Transcription activator-like (TAL) effectors are proteins found mainly in the genus of Xanthomonas phytopathogenic bacteria. These proteins enter the nucleus of cells in the host plant and can induce the expression of genes. The induction of “susceptibility” S genes in the plant will result in disease. TAL effectors are able to bind DNA thanks to a unique motif consisting of a series of nearly-identical repeats that wrap around the DNA forming a super-helix, in each repeat two amino-acids found in a loop on the inner side of the helix directly interact with nucleotides. Different combination of amino-acids in this loop bind specific nucleotides following a unique code.A consequence of this tight interaction is that plants and bacteria co-evolve following an arms race where the plant genome diversifies to avoid being targeted by the TAL effectors, while tal effector genes diversify to adapt to new targets.Various aspects of TAL effector evolution are still unknown, specially how does specificity arise towards certain targets in the host plant? As first steps towards answering this question, in these thesis we show the results of using primarily bioinformatic strategies to find evolutionary patterns in TAL effector sequences. We designed the suite “QueTAL” containing software for 1) the construction of phylogenetic trees based on repeat sequences, 2) comparison of predicted binding sites for TAL effectors, 3) identification of repeat motifs in TAL effector pairs. This suite was made publicly available and it is being actively used by the Xanthomonas research community.We used these programs along with other strategies to analyze variation in over 900 TAL effector sequences from 22 taxonomic groups finding 1) a loss of diversity of repeats through the Xanthomonas genus, which may impact the evolution of TAL effector architecture, 2) groups of TAL effector orthologs specific to certain taxonomic groups of pathovars that may share common functions, 3) evidence of repeat motifs shared and lost between TAL effectors hinting at extensive recombination (particularly gene conversion) events. We propose that the swapping of repeat blocks between TAL effectors is a motor for TAL effector specialization that allows for fast functional diversification through the acquisition of new targets in the host plants.We then analyzed in detail the diversity of TAL effector sequences in African strains of Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo), causing agent of bacterial leaf blight of rice, the most destructive bacterial disease in rice. We found indications of virulence activity of a TAL effector being the product of a gene conversion event, supporting our hypothesis of gene conversion as a motor of TAL effector evolution. We also used transcriptomic data and systematic gain-of-function assays to uncover a TAL effector that exerts a virulence role through the induction of two susceptibility genes, one of which represents a novel class of susceptibility gene in bacterial blight. Finally, we present partial results of transcriptomic analyses aimed at de-constructing the effects of each TAL effector from one strain on the rice transcriptome, as well as results from collaborative functional and evolutionary analyses in other groups of Xanthomonas.Altogether, this thesis offers a new conceptual framework and new tools for the analysis of TAL effector function and evolution, and we hope this will help in the design of strategies aimed at improving resistance to bacteria in agronomically important plants.; Les effecteurs TAL (« Transcription Activator-Like ») sont des protéines présentes majoritairement chez les bactéries phytopathogènes du genre Xanthomonas. Ces protéines bactériennes sont dirigées vers le noyau des cellules de la plante hôte où elles induisent l’expression de gènes. L’induction de gènes de « susceptibilité » de la plante est responsable de la maladie. Les effecteurs TAL sont capables de se lier à l’ADN grâce à un motif particulier consistant en une série de répétitions quasi-identiques s’enroulant autour de l’ADN et formant une super-hélice. Au sein des répétitions deux acides aminés localisés à l’intérieur de chaque boucle de la super-hélice interagissent directement et spécifiquement avec les nucléotides. Des combinaisons différentes de ces deux acides aminés se lient spécifiquement à certains nucléotides, selon un code unique.Une conséquence de cette interaction étroite est que les plantes et les bactéries co-évoluent selon une course aux armements où le génome de la plante se diversifie pour éviter d’être la cible des effecteurs TAL, tandis que les gènes tal se diversifient pour s’adapter à de nouvelles cibles. Les aspects évolutifs des effecteurs TAL sont encore largement inconnus, notamment comment la spécificité évolue vers de nouvelles cibles végétales. Cette thèse présente les premiers travaux sur la compréhension des mécanismes évolutifs des gènes tal, principalement abordés par la bioinformatique. Nous avons développé la suite de programmes « QueTAL » qui permet d’une part la construction d’arbres phylogénétiques basés soit sur la séquence des répétitions, soit sur la séquence des sites cibles, d’autre part la recherche de motifs de répétitions pouvant constituer les unités évolutives des effecteurs TAL. Cette suite bioinformatique est publique, en ligne, et activement utilisée par la communauté des scientifiques travaillant sur les effecteurs TAL des Xanthomonas.Ces programmes ont été appliqués (ainsi que d’autres approches) à plus de 900 séquences d’effecteurs TAL de 22 groupes bactériens. Nous avons mis en évidence i) une perte de diversité dans les répétitions chez les Xanthomonas, qui aurait des conséquence sur l’évolution de la structure des effecteurs TAL; ii) l’existence de groupes fonctionnels de gènes tal spécifiques à certains pathovars ; iii) un probable mécanisme évolutif reposant sur la recombinaison (principalement par conversion génique), révélé par le gain ou la perte de répétitions en blocs entiers. Notre hypothèse est que le moteur de la spécialisation des effecteurs TAL est la recombinaison de ces blocs entre gènes conduisant à une diversification fonctionnelle rapide vers de nouvelles cibles végétales.Nous avons ensuite analysé plus en détail la diversité des séquences TAL de souches africaines de Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo), agent de la bactériose vasculaire, maladie bactérienne la plus importante du riz. Nous avons montré qu’un gène tal résultant d’une conversion génique pouvait être fonctionnel, indiquant que ce mécanisme peut être un moteur évolutif chez les effecteurs TAL. Les données de transcriptomique et de gain de fonction ont permis de mettre en évidence un effecteurs TAL dont la virulence s’exerce par l’activation de deux gènes de susceptibilité, dont l’un n’avait jamais été décrit chez Xoo. Enfin nous présentons des résultats préliminaires sur les effets d’une déconstruction de TALome sur le transcriptome de riz ainsi que des travaux fonctionnels et évolutifs issus de collaborations sur d’autres Xanthomonas.Cette thèse offre un nouveau cadre conceptuel ainsi que de nouveaux outils pour l’analyse fonctionnelle et évolutive des effecteurs TAL qui devraient améliorer la mise au point de stratégies pour la résistance des plantes aux Xanthomonas.

  • Open Access French
    Authors: 
    Luc Massou; Cathia Papi; Hélène Pulker;
    Publisher: Centre National d'Enseignement à Distance
    Country: France

    Créée lors du Forum UNESCO de 2002 sur l'impact des didacticiels libres, l’expression « ressources éducatives libres » (REL) désigne « des matériels d'enseignement, d'apprentissage et de recherche sur tout support, numérique ou autre, existant dans le domaine public ou publiés sous une licence ouverte permettant l'accès, l'utilisation, l’adaptation et la redistribution gratuits par d'autres, sans restrictions ou avec des restrictions limitées » (Déclaration de Paris sur les REL, 2012). Par le...

  • French
    Authors: 
    Turenne, Nicolas;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France
    Project: EC | QUANTESS (283794)

    International audience

  • French
    Authors: 
    Aurore Vigan; Melynda Hassouna; Coline Brame; Nadège Edouard; Eglin, T.; Espagnol, S.; maguy EUGENE; Sophie Genermont; Guingand, N.; Lagadec, S.; +4 more
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    National audience; The increasing demand for animal products is a major challenge for the livestock sector that must reduce its environmental impacts and ensure its sustainability. This sector has been identified as an important contributor to polluting gas emissions. Improving the knowledge on the origin and the magnitude of air pollutants and greenhouse gases emissions from livestock sector is essential to address climate change and to contribute to improve air quality with the evolution of breeding practices (feeding strategy, manure management, etc.). A consortium involving research and extension services partners was created to build a database called ELFE (ELevages et Facteurs d’Emission) with international data from literature references focusing on emissions of ammonia, greenhouse gases, particles and odors on the different steps of manure management of cattle, pig and poultry productions systems and their associated key variables. Around 350 publications (among 1 000 publications collected) are integrated into the database and provide more than 5 200 emission values. The ELFE database allows calculating average of emission and their standard deviation taking into account the diversity of livestock systems. These data can be used to provide emission factor for national inventories for specific livestock systems and also, to evaluate practices on gas emissions mitigation. This database can also be used to analyze the influence of key variables on the emission factor variability using multicriteria assessment (climate, building type, etc.). Moreover, this database propose a classification of emission factor into three classes according to the degree on which information about their most influential key variables was complete (>50 % ; 30-50 % ; 50 % ; 30-50 % ; <30 % des métadonnées renseignées) afin d’évaluer son niveau de description.

  • Open Access French
    Authors: 
    Yinan Zhou; Pierre Kaser;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Presentation Dernier rejeton d'une longue lignee d'homme de lettres, le jeune Zhang Dai 張岱 (1597-1681) connut l'opulence d'un riche lettre oisif, s'adonnant tout a loisir a sa passion pour la litterature et a son gout tres marque pour le theâtre avant de tout perdre au moment de la chute des Ming 明 (1644). Reste fidele a la defunte dynastie, il brava les interdits en en redigeant l'histoire. Depouille et traque, il eprouva la misere et la clandestinite, ce qui explique que la plupart de ses e...

  • Open Access French
    Authors: 
    Pommier, Cyril; Dzale Yeumo, Windpouire Esther;
    Country: France

    National audience

  • Open Access French
    Authors: 
    Dobrian, Christopher;
    Publisher: HAL CCSD
    Countries: United States, France

    International audience; La musique véhicule souvent une impression de “geste”, une évocation de mouvement et d’énergie, qui la rend spectaculaire, passionnante et expressive. Dans la production de musique générée par le truchement d’algorithmes, une question commune est d’imprégner le son de la nervosité et de la vitalité de la performance live. Dans le cas de la musique mixte, un défi supplémentaire est de programmer l’ordinateur pour interpréter les qualités expressives de la musique jouée en temps réel.Je présente lors de cette conférence une approche pour analyser et caractériser automatiquement le geste dans le son musical, comme manière d’améliorer l’interaction de l’ordinateur avec le performer humain dans le cadre d’une improvisation live. En décrivant la musique comme des motifs (patterns) de données paramétriques changeantes, l’ordinateur peut stocker et catégoriser des descripteurs de gestes musicaux. Dans un second temps, nous pouvons alors considérer comment les dérivations de ces données d’analyse –les manières dont les données changent au cours du temps –caractérisent la qualité gestuelle de chaque performance. Dans le cas de la musique générée algorithmiquement, le contrôle de ces dérivations du changement des paramètres musicaux peut améliorer le potentiel expressif de l’improvisation avec ordinateur.

  • Open Access French
    Authors: 
    Bertrand Morandi; Francesca Marin; Isabel Urbina-Barreto; Adrien Comte; Roméo Chabi; Faustinato Behivoke; Nourddine Mirhani; Mickael Uger; Silvia Galuppi; Benjamin Bandeira; +11 more
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    En novembre 2016, s’est tenue à Toliara, dans le sud-ouest de Madagascar, la deuxième école d’été australe sur la vulnérabilité du patrimoine récifal (EEA VulPaRe). Coorganisée par l’IRD (Institut de recherche pour le développement, France) et l’IHSM (Institut halieutique et des sciences marines de l’Université de Toliara, Madagascar), cette formation a proposé une approche interdisciplinaire de la thématique des récifs coralliens. Elle a été dispensée sous la forme de cours magistraux, de pratiques de terrain et de débats portant sur les questions environnementales, de connaissance, de valorisation et de conservation de ces milieux. Les participants de l’EEA VulPaRe 2016 souhaitent, à travers le présent article, donner à la communauté scientifique un retour d’expérience critique sur une démarche originale de formation à la recherche interdisciplinaire. In November 2016, the Second Austral Summer School “Vulnerability of coral reefs heritage” (EEA VulPaRe 2016) took place at Toliara (Madagascar). The school was funded and organised by IRD (French Research Institute for Development) and IHSM (Institute of Halieutics and Marine Science, University of Toliara), and proposed an interdisciplinary approach to the study of coral reefs. Environmental issues, different types of knowledge and valorisation of coral reefs were addressed by means of lectures, seminars, discussions and fieldwork. In this paper, the participants of EEA VulPaRe 2016 provide a critical feedback on this original interdisciplinary research training.

  • French
    Authors: 
    dupré, frédéric;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    In France, localized units for inclusive education (ULIS) within the college have experienced a strong development since the law of February 11, 2005. These devices allow students recognized institutionally disabled to have a schooling in an ordinary class while benefiting from a support device. These students benefit from a shared schedule that leads them to attend various didactic systems, whether in the regular classroom or in the context of the specialized group. Our research work focuses on observing inclusive mathematical practices in these ULIS devices. In particular, we seek to find out what are the favorable conditions for the specialized grouping (auxiliary didactic system) to play a role in assisting the study with regard to the ordinary class (main didactic system). To study the question of articulations between different didactic systems we place ourselves in a double theoretical framework. The comparative approach in didactics combined with tools from mathematical didactics allows us to compare different didactic systems from the analysis of the time frames produced by these systems. This work, based on four case studies carried out in four different colleges, shows that if the articulation between the class and the specialized group is an object thought by a majority of the actors met, the assistance to the study of auxiliary didactic system vis-à-vis the main didactic system is possible when certain conditions are met, but it is not systematic.; En France, les unités localisées pour l’inclusion scolaire (ULIS) au sein des collèges ont connu un fort développement depuis la loi du 11 février 2005. Ces dispositifs permettent à des élèves reconnus institutionnellement handicapés (ERIH) d’avoir une scolarité dans une classe ordinaire tout en bénéficiant d’un dispositif de soutien. Les élèves bénéficient d’un emploi du temps partagé qui les amène à fréquenter différents systèmes didactiques, que ce soit au sein de la classe ordinaire ou dans le cadre du regroupement spécialisé. Notre travail de recherche s’attache à observer des pratiques inclusives en mathématiques dans le cadre de ces dispositifs ULIS. Nous cherchons plus particulièrement à dégager quelles sont les conditions favorables pour que le regroupement spécialisé (système didactique auxiliaire - SDA) puisse jouer un rôle d’aide à l’étude vis-à-vis de la classe ordinaire (système didactique principal - SDP). Pour étudier la question des articulations entre différents systèmes didactiques nous nous plaçons dans un double cadre théorique. L’approche comparatiste en didactique, associée à des outils issus de la didactique de mathématiques, nous permet de comparer différents systèmes didactiques à partir de l’analyse des cadres temporels produits par ces systèmes. Ce travail, mené à partir de quatre études de cas réalisées dans quatre collèges différents, permet de mettre en évidence que si l’articulation entre la classe et le regroupement spécialisé est un objet pensé par une majorité des acteurs rencontrés, la fonction d’aide à l’étude du SDA vis-à-vis du SDP est possible lorsque certaines conditions sont réunies, mais elle n’est pas systématique.

  • Closed Access French
    Authors: 
    Manon Belhassen; Hannah R Whittaker; Maeva Nolin; F. Dalon; Claire Marant Micallef; Gaëtan Deslée; Christophe Pison; Dermot Ryan; Jennifer K Quint; Eric Van Ganse;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Contexte Le Royaume-Uni (UK) presente des taux de mortalite et d’hospitalisation pour Broncho Pneumopathie Chronique Obstructive (BPCO) plus eleves que ceux de la France. Ces differences pourraient etre dues a des differences de prise en charge : le but de cette etude etait de decrire la consommation de soins des patients BPCO et les couts associes dans les 2 pays. Methode Il s’agissait d’une etude transversale repetee chaque annee entre 2008 et 2017, realisee pour la France sur l’Echantillon Generaliste de Beneficiaires (EGB), et pour le UK sur la base du Clinical Practice Research Datalink (CPRD). Les patients, âges de 40 ans ou plus, ont ete inclus chaque annee, identifies par une hospitalisation pour BPCO ou par la prise de bronchodilatateurs (LABA, LAMA, association fixe [AF] LABA/ICS, AF LABA/LAMA) sur 3 trimestres consecutifs. Nous avons decrit, pour chaque annee d’etude : – les caracteristiques socio-demographiques, le nombre d’exacerbations severes (hospitalisations) et les comorbidites ; – a consommation de soins et les couts associes en termes de visites medicales, hospitalisations, et types de medicaments dispenses. Resultats L’âge moyen des patients BPCO etait stable dans le temps et legerement plus eleve au UK (71 ans) qu’en France (67 ans) ; il en etait de meme pour la proportion d’hommes dans la population (UK : 51 %, France : 53 %). Le taux de mortalite des patients etait stable au cours du temps, et legerement plus eleve au UK (3 %) qu’en France (2 %). Dans les 2 pays, le diabete etait la comorbidite la plus frequente et sa prevalence augmentait au cours du temps en France (14 % en 2008, 17 % en 2017) alors qu’elle restait stable au UK (∼12 %). Le taux d’exacerbations severes etait plus eleve au UK qu’en France et il augmentait au cours du temps (de 4 % a 6 % en France, et de 12 % a 28 % en Angleterre de 2008 a 2017). En 2008, le taux d’hospitalisations toutes causes etait plus eleve au UK (39 %) qu’en France (30 %) et il augmentait entre 2008 et 2017 au UK (59 % en 2017), alors qu’il restait stable en France. Le taux de passages aux urgences etait aussi plus eleve au UK, et il augmentait plus fortement au cours du temps qu’en France (de 27 % a 45 % au UK, de 11 % a 16 % en France de 2009 a 2017). Alors que le taux de visite chez le medecin generaliste etait similaire entre les 2 pays en 2008 (∼96 %), il a fortement chute entre 2008 et 2017 au UK (78 %), alors qu’il est reste stable en France durant la meme periode. Les dispensations d’ICS/LABA en AF ont fortement augmente au UK entre 2008 et 2017, mais restaient toujours plus elevees en France (70 % vs 58 % en 2017). Les dispensations de corticoides oraux etaient plus frequentes en France (45 %), mais elles ont beaucoup augmente au UK (de 25 % a 39 %) alors qu’elles sont restees stable en France entre 2008 et 2017. Les couts associes a la prise en charge de la BPCO augmentaient dans les 2 pays entre 2008 et 2017. Les couts les plus importants en France etaient ceux des traitements, alors qu’au UK, les couts des visites etaient les plus eleves. Conclusion Nous avons mis en evidence des differences de profils et de pratiques dans la prise en charge de la BPCO en France et au UK, qui pourraient en partie expliquer les differences observees entre les 2 pays en termes de mortalite et d’hospitalisation, malgre la difficulte a identifier des populations de severite comparable. Ces resultats seront statistiquement compares ulterieurement, afin de pouvoir tirer des conclusions plus robustes.

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