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  • Publications
  • 2013-2022
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  • French
  • Mémoires en Sciences de l'Information et de la Communication
  • Hal-Diderot
  • HAL AMU

10
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Relevance
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  • French
    Authors: 
    Perez Quintero, Alvaro Luis;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France
    Project: NSF | Quantitative Trait Locus ... (1444511)

    Transcription activator-like (TAL) effectors are proteins found mainly in the genus of Xanthomonas phytopathogenic bacteria. These proteins enter the nucleus of cells in the host plant and can induce the expression of genes. The induction of “susceptibility” S genes in the plant will result in disease. TAL effectors are able to bind DNA thanks to a unique motif consisting of a series of nearly-identical repeats that wrap around the DNA forming a super-helix, in each repeat two amino-acids found in a loop on the inner side of the helix directly interact with nucleotides. Different combination of amino-acids in this loop bind specific nucleotides following a unique code.A consequence of this tight interaction is that plants and bacteria co-evolve following an arms race where the plant genome diversifies to avoid being targeted by the TAL effectors, while tal effector genes diversify to adapt to new targets.Various aspects of TAL effector evolution are still unknown, specially how does specificity arise towards certain targets in the host plant? As first steps towards answering this question, in these thesis we show the results of using primarily bioinformatic strategies to find evolutionary patterns in TAL effector sequences. We designed the suite “QueTAL” containing software for 1) the construction of phylogenetic trees based on repeat sequences, 2) comparison of predicted binding sites for TAL effectors, 3) identification of repeat motifs in TAL effector pairs. This suite was made publicly available and it is being actively used by the Xanthomonas research community.We used these programs along with other strategies to analyze variation in over 900 TAL effector sequences from 22 taxonomic groups finding 1) a loss of diversity of repeats through the Xanthomonas genus, which may impact the evolution of TAL effector architecture, 2) groups of TAL effector orthologs specific to certain taxonomic groups of pathovars that may share common functions, 3) evidence of repeat motifs shared and lost between TAL effectors hinting at extensive recombination (particularly gene conversion) events. We propose that the swapping of repeat blocks between TAL effectors is a motor for TAL effector specialization that allows for fast functional diversification through the acquisition of new targets in the host plants.We then analyzed in detail the diversity of TAL effector sequences in African strains of Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo), causing agent of bacterial leaf blight of rice, the most destructive bacterial disease in rice. We found indications of virulence activity of a TAL effector being the product of a gene conversion event, supporting our hypothesis of gene conversion as a motor of TAL effector evolution. We also used transcriptomic data and systematic gain-of-function assays to uncover a TAL effector that exerts a virulence role through the induction of two susceptibility genes, one of which represents a novel class of susceptibility gene in bacterial blight. Finally, we present partial results of transcriptomic analyses aimed at de-constructing the effects of each TAL effector from one strain on the rice transcriptome, as well as results from collaborative functional and evolutionary analyses in other groups of Xanthomonas.Altogether, this thesis offers a new conceptual framework and new tools for the analysis of TAL effector function and evolution, and we hope this will help in the design of strategies aimed at improving resistance to bacteria in agronomically important plants.; Les effecteurs TAL (« Transcription Activator-Like ») sont des protéines présentes majoritairement chez les bactéries phytopathogènes du genre Xanthomonas. Ces protéines bactériennes sont dirigées vers le noyau des cellules de la plante hôte où elles induisent l’expression de gènes. L’induction de gènes de « susceptibilité » de la plante est responsable de la maladie. Les effecteurs TAL sont capables de se lier à l’ADN grâce à un motif particulier consistant en une série de répétitions quasi-identiques s’enroulant autour de l’ADN et formant une super-hélice. Au sein des répétitions deux acides aminés localisés à l’intérieur de chaque boucle de la super-hélice interagissent directement et spécifiquement avec les nucléotides. Des combinaisons différentes de ces deux acides aminés se lient spécifiquement à certains nucléotides, selon un code unique.Une conséquence de cette interaction étroite est que les plantes et les bactéries co-évoluent selon une course aux armements où le génome de la plante se diversifie pour éviter d’être la cible des effecteurs TAL, tandis que les gènes tal se diversifient pour s’adapter à de nouvelles cibles. Les aspects évolutifs des effecteurs TAL sont encore largement inconnus, notamment comment la spécificité évolue vers de nouvelles cibles végétales. Cette thèse présente les premiers travaux sur la compréhension des mécanismes évolutifs des gènes tal, principalement abordés par la bioinformatique. Nous avons développé la suite de programmes « QueTAL » qui permet d’une part la construction d’arbres phylogénétiques basés soit sur la séquence des répétitions, soit sur la séquence des sites cibles, d’autre part la recherche de motifs de répétitions pouvant constituer les unités évolutives des effecteurs TAL. Cette suite bioinformatique est publique, en ligne, et activement utilisée par la communauté des scientifiques travaillant sur les effecteurs TAL des Xanthomonas.Ces programmes ont été appliqués (ainsi que d’autres approches) à plus de 900 séquences d’effecteurs TAL de 22 groupes bactériens. Nous avons mis en évidence i) une perte de diversité dans les répétitions chez les Xanthomonas, qui aurait des conséquence sur l’évolution de la structure des effecteurs TAL; ii) l’existence de groupes fonctionnels de gènes tal spécifiques à certains pathovars ; iii) un probable mécanisme évolutif reposant sur la recombinaison (principalement par conversion génique), révélé par le gain ou la perte de répétitions en blocs entiers. Notre hypothèse est que le moteur de la spécialisation des effecteurs TAL est la recombinaison de ces blocs entre gènes conduisant à une diversification fonctionnelle rapide vers de nouvelles cibles végétales.Nous avons ensuite analysé plus en détail la diversité des séquences TAL de souches africaines de Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo), agent de la bactériose vasculaire, maladie bactérienne la plus importante du riz. Nous avons montré qu’un gène tal résultant d’une conversion génique pouvait être fonctionnel, indiquant que ce mécanisme peut être un moteur évolutif chez les effecteurs TAL. Les données de transcriptomique et de gain de fonction ont permis de mettre en évidence un effecteurs TAL dont la virulence s’exerce par l’activation de deux gènes de susceptibilité, dont l’un n’avait jamais été décrit chez Xoo. Enfin nous présentons des résultats préliminaires sur les effets d’une déconstruction de TALome sur le transcriptome de riz ainsi que des travaux fonctionnels et évolutifs issus de collaborations sur d’autres Xanthomonas.Cette thèse offre un nouveau cadre conceptuel ainsi que de nouveaux outils pour l’analyse fonctionnelle et évolutive des effecteurs TAL qui devraient améliorer la mise au point de stratégies pour la résistance des plantes aux Xanthomonas.

  • Open Access French
    Authors: 
    C. Leroyer; I. Mahé; J.-P. Daurès; Isabelle Quéré; C. Aubin; A. Compagnon; J. Doussaint; Stéphane Schück; D. Pouchain;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Resume Objectifs Evaluer la duree moyenne de traitement par fondaparinux 2,5 mg a l’hopital, dans son indication thromboprophylaxie en prevention medicale et decrire la population rejointe. Methode Etude epidemiologique prospective, observationnelle, nationale et multicentrique realisee a la demande de la Commission de la transparence, en complement du volet ville, precedemment mene en medecine generale. Dans le volet hopital, les pharmaciens hospitaliers devaient inclure les 15 premiers patients adultes, hospitalises (hors services de chirurgie), ayant l’instauration d’un traitement par fondaparinux 2,5 mg en thromboprophylaxie medicale. Resultats Cinquante-trois pharmaciens hospitaliers (49,5 %) ont inclus 718 patients âges de 71 ± 16 ans en moyenne (53 % > 75 ans) dont 54 % etaient des femmes. La duree totale reelle de traitement par fondaparinux 2,5 mg, etait en moyenne de 19,1 jours (min–max : 1–295 jours, mediane : 11 jours). Pour 41 % des patients, la duree totale de traitement etait comprise entre 6 et 14 jours. Quatre-vingt-cinq pour cent des patients avaient au moins une pathologie associee a la prescription d’un traitement par fondaparinux 2,5 mg. Dix pour cent des patients avaient au moins un facteur de risque renseigne par le medecin ou etaient âges de plus de 75 ans. La mise en perspective des caracteristiques des patients du volet hopital et du volet ville montre des differences de profil. Conclusion ArchiMed hopital, qui s’inscrit dans une categorie d’etudes qui s’apparente a des « audits de pratique », montre que la prescription du fondaparinux 2,5 mg en conditions reelles d’utilisation a l’hopital est globalement en adequation avec les recommandations pour l’indication de prevention en situation medicale aigue.

  • French
    Authors: 
    Williams-Wanquet, Eileen;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Communication à la Journée de recherche du CRLHOI "Texte et politique" en avril 2013 à l'Université de La Réunion; National audience; Indigo (1993) de Marina Warner, qui reprend, à la fois, l'Histoire coloniale anglaise et La Tempête de Shakespeare, illustre bien une des tendances de la littérature britannique des années 1980 et 1990, qui commente le monde à travers la révision de l'idéologie transmise par des « hypotextes » précis. Cet article vise à montrer la manière dont, pour reprendre les termes de Jacques Rancière, « la littérature fait de la politique en tant que littérature ». Ce que Rancière nomme le caractère propre-impropre de la littérature est ce qui lui permet d'avoir une portée politique, en « reconfigurant la carte du sensible ». J'utiliserai les trois temps décrits par Rancière pour éclairer la démarche de Warner : la « police », ou l'ordre établi, dans lequel Warner ancre son histoire de manière réaliste ; « la poli-tique », ou la remise en cause de cet ordre, par l'utilisation de procédés tels que l'ironie, l'inversion de point de vue, ou l'hypertextualité ; « le politique », ou l'appel éthique à un nouvel ordre utopique, par le recours à l'intertextualité, au réalisme magique ou à la symbolique. La réécriture de l'idéologie transmise par l'hypotexte équivaut à une révision de l'hypotexte diffus de la Modernité.

  • Open Access French
    Authors: 
    Luc Massou; Cathia Papi; Hélène Pulker;
    Publisher: Centre National d'Enseignement à Distance
    Country: France

    Créée lors du Forum UNESCO de 2002 sur l'impact des didacticiels libres, l’expression « ressources éducatives libres » (REL) désigne « des matériels d'enseignement, d'apprentissage et de recherche sur tout support, numérique ou autre, existant dans le domaine public ou publiés sous une licence ouverte permettant l'accès, l'utilisation, l’adaptation et la redistribution gratuits par d'autres, sans restrictions ou avec des restrictions limitées » (Déclaration de Paris sur les REL, 2012). Par le...

  • French
    Authors: 
    Turenne, Nicolas;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France
    Project: EC | QUANTESS (283794)

    International audience

  • French
    Authors: 
    Aurore Vigan; Melynda Hassouna; Coline Brame; Nadège Edouard; Eglin, T.; Espagnol, S.; maguy EUGENE; Sophie Genermont; Guingand, N.; Lagadec, S.; +4 more
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    National audience; The increasing demand for animal products is a major challenge for the livestock sector that must reduce its environmental impacts and ensure its sustainability. This sector has been identified as an important contributor to polluting gas emissions. Improving the knowledge on the origin and the magnitude of air pollutants and greenhouse gases emissions from livestock sector is essential to address climate change and to contribute to improve air quality with the evolution of breeding practices (feeding strategy, manure management, etc.). A consortium involving research and extension services partners was created to build a database called ELFE (ELevages et Facteurs d’Emission) with international data from literature references focusing on emissions of ammonia, greenhouse gases, particles and odors on the different steps of manure management of cattle, pig and poultry productions systems and their associated key variables. Around 350 publications (among 1 000 publications collected) are integrated into the database and provide more than 5 200 emission values. The ELFE database allows calculating average of emission and their standard deviation taking into account the diversity of livestock systems. These data can be used to provide emission factor for national inventories for specific livestock systems and also, to evaluate practices on gas emissions mitigation. This database can also be used to analyze the influence of key variables on the emission factor variability using multicriteria assessment (climate, building type, etc.). Moreover, this database propose a classification of emission factor into three classes according to the degree on which information about their most influential key variables was complete (>50 % ; 30-50 % ; 50 % ; 30-50 % ; <30 % des métadonnées renseignées) afin d’évaluer son niveau de description.

  • Open Access French
    Authors: 
    Yinan Zhou; Pierre Kaser;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Presentation Dernier rejeton d'une longue lignee d'homme de lettres, le jeune Zhang Dai 張岱 (1597-1681) connut l'opulence d'un riche lettre oisif, s'adonnant tout a loisir a sa passion pour la litterature et a son gout tres marque pour le theâtre avant de tout perdre au moment de la chute des Ming 明 (1644). Reste fidele a la defunte dynastie, il brava les interdits en en redigeant l'histoire. Depouille et traque, il eprouva la misere et la clandestinite, ce qui explique que la plupart de ses e...

  • French
    Authors: 
    Matthieu Sorel; Paquita Zuidema;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    EnglishDespite the fact that the Southeast Atlantic stratocumulus region has some very important characteristics, it has been poorly studied compared to others regions in the World. This study aims to introduce a climatology of this region, built thanks to modern observations and reanalysis, in order to better understand the stratocumulus deck properties and especially its seasonal cycle. Those low-level clouds are likely to form above cold sea surface, during austral winter, with anticyclonic conditions. In the studied case, biomass-burning aerosols emitted from Africa play a key role on the stratocumulus deck. This study confirms Klein and Hartmann, 1993 previous results and brings more new information. francaisBien que l'atmosphere surplombant le bassin sud-est de l'Atlantique presente de nombreuses caracteristiques tres importantes, elle n'a ete que peu etudiee par rapport a d'autres regions du monde. L'etude ici presentee etablit une climatologie de cette region, a partir d'observations et de reanalyses recentes, afin de mieux etudier les proprietes, et notamment le cycle saisonnier, des stratocumulus marins. Ces nuages bas ont tendance a se former au-dessus d'eaux froides, pendant l'hiver austral, dans des conditions anticycloniques. Dans le cas etudie, les aerosols emis par la combustion de biomasse sur le continent africain jouent un role determinant vis-a-vis d'eux. Cette etude confirme les resultats obtenus par Klein et Hartmann en 1993 et apporte quelques informations nouvelles.

  • Open Access French
    Authors: 
    Christelle Nguyen; Dominique Bazin; Michel Daudon; Aurore Chatron-Colliet; Didier Hannouche; Arnaud Bianchi; Dominique Come; Alexander So; Nathalie Busso; Frédéric Lioté; +1 more
    Countries: France, Switzerland

    International audience; INTRODUCTION: Calcium-containing (CaC) crystals, including basic calcium phosphate (BCP) and calcium pyrophosphate dihydrate (CPP), are associated with destructive forms of osteoarthritis (OA). We assessed their distribution and biochemical and morphologic features in human knee OA cartilage. METHODS: We prospectively included 20 patients who underwent total knee replacement (TKR) for primary OA. CaC crystal characterization and identification involved Fourier-transform infra-red spectrometry and scanning electron microscopy of 8 to 10 cartilage zones of each knee, including medial and lateral femoral condyles and tibial plateaux and the intercondyle zone. Differential expression of genes involved in the mineralization process between cartilage with and without calcification was assessed in samples from 8 different patients by RT-PCR. Immunohistochemistry and histology studies were performed in 6 different patients. RESULTS: Mean (SEM) age and body mass index of patients at the time of TKR was 74.6 (1.7) years and 28.1 (1.6) kg/m², respectively. Preoperative X-rays showed joint calcifications (chondrocalcinosis) in 4 cases only. The medial femoro-tibial compartment was the most severely affected in all cases, and mean (SEM) Kellgren-Lawrence score was 3.8 (0.1). All 20 OA cartilages showed CaC crystals. The mineral content represented 7.7% (8.1%) of the cartilage weight. All patients showed BCP crystals, which were associated with CPP crystals for 8 joints. CaC crystals were present in all knee joint compartments and in a mean of 4.6 (1.7) of the 8 studied areas. Crystal content was similar between superficial and deep layers and between medial and femoral compartments. BCP samples showed spherical structures, typical of biological apatite, and CPP samples showed rod-shaped or cubic structures. The expression of several genes involved in mineralization, including human homolog of progressive ankylosis, plasma-cell-membrane glycoprotein 1 and tissue-nonspecific alkaline phosphatase, was upregulated in OA chondrocytes isolated from CaC crystal-containing cartilages. CONCLUSIONS: CaC crystal deposition is a widespread phenomenon in human OA articular cartilage involving the entire knee cartilage including macroscopically normal and less weight-bearing zones. Cartilage calcification is associated with altered expression of genes involved in the mineralisation process.

  • Publication . Conference object . Preprint . 2015
    Open Access French
    Authors: 
    Allirol, Béatrice; Dumontier, Pascal;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Référence internationale en matière de reporting extra financier le GRI s’adresse à tous les partenaires de l’entreprise. Les investisseurs sont toutefois les destinataires privilégiés du reporting environnemental, surtout si l’entreprise est cotée. Les scores de divulgation environnementale de 120 entreprises européennes nous permettent de déterminer comment les entreprises cotées répondent aux prescriptions du GRI qui reflètent les attentes de l’ensemble des parties prenantes de l’entreprise et à celles de l’EFFAS qui reflètent les attentes des seuls investisseurs. Nos résultats montrent que les déterminants des scores de divulgation GRI différent des déterminants des scores EFFAS au sens où seuls les scores GRI sont sensibles à l’exposition environnementale de l’entreprise. Les scores EFFAS dépendent quant à eux de la pression des investisseurs. Il apparaît donc que les divulgations environnementales répondent à une logique de légitimité environnementale lorsque la pression des investisseurs est faible. Elles visent prioritairement à satisfaire les investisseurs dans le cas contraire. GRI offers an international reference to firm’s stakeholders interested in social and environmental disclosures. However these disclosures target first and foremost investors, especially for listed firms. The environmental disclosure scores of 120 randomly selected European companies help us determine how their disclosures capture environmental information useful to all stakeholders (GRI scores) or to investors only (EFFAS scores). Our results show that GRI scores are to a large extent driven by the firm’s exposure to environmental risks. In contrast, EFFAS scores are driven by shareholding dispersion and, therefore, pressures exerted by investors. This suggests that environmental disclosures respond to a logic of environmental legitimacy when investors’ pressure is weak. Otherwise they aim to satisfy investors’ expectations.

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