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  • Publications
  • 2013-2022
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  • French
  • Mémoires en Sciences de l'Information et de la Communication
  • Hal-Diderot
  • Hyper Article en Ligne - Sciences de l'Homme et de la Société
  • HAL AMU

10
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  • Open Access French
    Authors: 
    C. Leroyer; I. Mahé; J.-P. Daurès; Isabelle Quéré; C. Aubin; A. Compagnon; J. Doussaint; Stéphane Schück; D. Pouchain;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Resume Objectifs Evaluer la duree moyenne de traitement par fondaparinux 2,5 mg a l’hopital, dans son indication thromboprophylaxie en prevention medicale et decrire la population rejointe. Methode Etude epidemiologique prospective, observationnelle, nationale et multicentrique realisee a la demande de la Commission de la transparence, en complement du volet ville, precedemment mene en medecine generale. Dans le volet hopital, les pharmaciens hospitaliers devaient inclure les 15 premiers patients adultes, hospitalises (hors services de chirurgie), ayant l’instauration d’un traitement par fondaparinux 2,5 mg en thromboprophylaxie medicale. Resultats Cinquante-trois pharmaciens hospitaliers (49,5 %) ont inclus 718 patients âges de 71 ± 16 ans en moyenne (53 % > 75 ans) dont 54 % etaient des femmes. La duree totale reelle de traitement par fondaparinux 2,5 mg, etait en moyenne de 19,1 jours (min–max : 1–295 jours, mediane : 11 jours). Pour 41 % des patients, la duree totale de traitement etait comprise entre 6 et 14 jours. Quatre-vingt-cinq pour cent des patients avaient au moins une pathologie associee a la prescription d’un traitement par fondaparinux 2,5 mg. Dix pour cent des patients avaient au moins un facteur de risque renseigne par le medecin ou etaient âges de plus de 75 ans. La mise en perspective des caracteristiques des patients du volet hopital et du volet ville montre des differences de profil. Conclusion ArchiMed hopital, qui s’inscrit dans une categorie d’etudes qui s’apparente a des « audits de pratique », montre que la prescription du fondaparinux 2,5 mg en conditions reelles d’utilisation a l’hopital est globalement en adequation avec les recommandations pour l’indication de prevention en situation medicale aigue.

  • French
    Authors: 
    Perez Quintero, Alvaro Luis;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France
    Project: NSF | Quantitative Trait Locus ... (1444511)

    Transcription activator-like (TAL) effectors are proteins found mainly in the genus of Xanthomonas phytopathogenic bacteria. These proteins enter the nucleus of cells in the host plant and can induce the expression of genes. The induction of “susceptibility” S genes in the plant will result in disease. TAL effectors are able to bind DNA thanks to a unique motif consisting of a series of nearly-identical repeats that wrap around the DNA forming a super-helix, in each repeat two amino-acids found in a loop on the inner side of the helix directly interact with nucleotides. Different combination of amino-acids in this loop bind specific nucleotides following a unique code.A consequence of this tight interaction is that plants and bacteria co-evolve following an arms race where the plant genome diversifies to avoid being targeted by the TAL effectors, while tal effector genes diversify to adapt to new targets.Various aspects of TAL effector evolution are still unknown, specially how does specificity arise towards certain targets in the host plant? As first steps towards answering this question, in these thesis we show the results of using primarily bioinformatic strategies to find evolutionary patterns in TAL effector sequences. We designed the suite “QueTAL” containing software for 1) the construction of phylogenetic trees based on repeat sequences, 2) comparison of predicted binding sites for TAL effectors, 3) identification of repeat motifs in TAL effector pairs. This suite was made publicly available and it is being actively used by the Xanthomonas research community.We used these programs along with other strategies to analyze variation in over 900 TAL effector sequences from 22 taxonomic groups finding 1) a loss of diversity of repeats through the Xanthomonas genus, which may impact the evolution of TAL effector architecture, 2) groups of TAL effector orthologs specific to certain taxonomic groups of pathovars that may share common functions, 3) evidence of repeat motifs shared and lost between TAL effectors hinting at extensive recombination (particularly gene conversion) events. We propose that the swapping of repeat blocks between TAL effectors is a motor for TAL effector specialization that allows for fast functional diversification through the acquisition of new targets in the host plants.We then analyzed in detail the diversity of TAL effector sequences in African strains of Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo), causing agent of bacterial leaf blight of rice, the most destructive bacterial disease in rice. We found indications of virulence activity of a TAL effector being the product of a gene conversion event, supporting our hypothesis of gene conversion as a motor of TAL effector evolution. We also used transcriptomic data and systematic gain-of-function assays to uncover a TAL effector that exerts a virulence role through the induction of two susceptibility genes, one of which represents a novel class of susceptibility gene in bacterial blight. Finally, we present partial results of transcriptomic analyses aimed at de-constructing the effects of each TAL effector from one strain on the rice transcriptome, as well as results from collaborative functional and evolutionary analyses in other groups of Xanthomonas.Altogether, this thesis offers a new conceptual framework and new tools for the analysis of TAL effector function and evolution, and we hope this will help in the design of strategies aimed at improving resistance to bacteria in agronomically important plants.; Les effecteurs TAL (« Transcription Activator-Like ») sont des protéines présentes majoritairement chez les bactéries phytopathogènes du genre Xanthomonas. Ces protéines bactériennes sont dirigées vers le noyau des cellules de la plante hôte où elles induisent l’expression de gènes. L’induction de gènes de « susceptibilité » de la plante est responsable de la maladie. Les effecteurs TAL sont capables de se lier à l’ADN grâce à un motif particulier consistant en une série de répétitions quasi-identiques s’enroulant autour de l’ADN et formant une super-hélice. Au sein des répétitions deux acides aminés localisés à l’intérieur de chaque boucle de la super-hélice interagissent directement et spécifiquement avec les nucléotides. Des combinaisons différentes de ces deux acides aminés se lient spécifiquement à certains nucléotides, selon un code unique.Une conséquence de cette interaction étroite est que les plantes et les bactéries co-évoluent selon une course aux armements où le génome de la plante se diversifie pour éviter d’être la cible des effecteurs TAL, tandis que les gènes tal se diversifient pour s’adapter à de nouvelles cibles. Les aspects évolutifs des effecteurs TAL sont encore largement inconnus, notamment comment la spécificité évolue vers de nouvelles cibles végétales. Cette thèse présente les premiers travaux sur la compréhension des mécanismes évolutifs des gènes tal, principalement abordés par la bioinformatique. Nous avons développé la suite de programmes « QueTAL » qui permet d’une part la construction d’arbres phylogénétiques basés soit sur la séquence des répétitions, soit sur la séquence des sites cibles, d’autre part la recherche de motifs de répétitions pouvant constituer les unités évolutives des effecteurs TAL. Cette suite bioinformatique est publique, en ligne, et activement utilisée par la communauté des scientifiques travaillant sur les effecteurs TAL des Xanthomonas.Ces programmes ont été appliqués (ainsi que d’autres approches) à plus de 900 séquences d’effecteurs TAL de 22 groupes bactériens. Nous avons mis en évidence i) une perte de diversité dans les répétitions chez les Xanthomonas, qui aurait des conséquence sur l’évolution de la structure des effecteurs TAL; ii) l’existence de groupes fonctionnels de gènes tal spécifiques à certains pathovars ; iii) un probable mécanisme évolutif reposant sur la recombinaison (principalement par conversion génique), révélé par le gain ou la perte de répétitions en blocs entiers. Notre hypothèse est que le moteur de la spécialisation des effecteurs TAL est la recombinaison de ces blocs entre gènes conduisant à une diversification fonctionnelle rapide vers de nouvelles cibles végétales.Nous avons ensuite analysé plus en détail la diversité des séquences TAL de souches africaines de Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo), agent de la bactériose vasculaire, maladie bactérienne la plus importante du riz. Nous avons montré qu’un gène tal résultant d’une conversion génique pouvait être fonctionnel, indiquant que ce mécanisme peut être un moteur évolutif chez les effecteurs TAL. Les données de transcriptomique et de gain de fonction ont permis de mettre en évidence un effecteurs TAL dont la virulence s’exerce par l’activation de deux gènes de susceptibilité, dont l’un n’avait jamais été décrit chez Xoo. Enfin nous présentons des résultats préliminaires sur les effets d’une déconstruction de TALome sur le transcriptome de riz ainsi que des travaux fonctionnels et évolutifs issus de collaborations sur d’autres Xanthomonas.Cette thèse offre un nouveau cadre conceptuel ainsi que de nouveaux outils pour l’analyse fonctionnelle et évolutive des effecteurs TAL qui devraient améliorer la mise au point de stratégies pour la résistance des plantes aux Xanthomonas.

  • Open Access French
    Authors: 
    Luc Massou; Cathia Papi; Hélène Pulker;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Créée lors du Forum UNESCO de 2002 sur l'impact des didacticiels libres, l’expression « ressources éducatives libres » (REL) désigne « des matériels d'enseignement, d'apprentissage et de recherche sur tout support, numérique ou autre, existant dans le domaine public ou publiés sous une licence ouverte permettant l'accès, l'utilisation, l’adaptation et la redistribution gratuits par d'autres, sans restrictions ou avec des restrictions limitées » (Déclaration de Paris sur les REL, 2012). Par le...

  • Publication . Conference object . Preprint . 2015
    Open Access French
    Authors: 
    Béatrice Allirol; Pascal Dumontier;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Référence internationale en matière de reporting extra financier le GRI s’adresse à tous les partenaires de l’entreprise. Les investisseurs sont toutefois les destinataires privilégiés du reporting environnemental, surtout si l’entreprise est cotée. Les scores de divulgation environnementale de 120 entreprises européennes nous permettent de déterminer comment les entreprises cotées répondent aux prescriptions du GRI qui reflètent les attentes de l’ensemble des parties prenantes de l’entreprise et à celles de l’EFFAS qui reflètent les attentes des seuls investisseurs. Nos résultats montrent que les déterminants des scores de divulgation GRI différent des déterminants des scores EFFAS au sens où seuls les scores GRI sont sensibles à l’exposition environnementale de l’entreprise. Les scores EFFAS dépendent quant à eux de la pression des investisseurs. Il apparaît donc que les divulgations environnementales répondent à une logique de légitimité environnementale lorsque la pression des investisseurs est faible. Elles visent prioritairement à satisfaire les investisseurs dans le cas contraire. GRI offers an international reference to firm’s stakeholders interested in social and environmental disclosures. However these disclosures target first and foremost investors, especially for listed firms. The environmental disclosure scores of 120 randomly selected European companies help us determine how their disclosures capture environmental information useful to all stakeholders (GRI scores) or to investors only (EFFAS scores). Our results show that GRI scores are to a large extent driven by the firm’s exposure to environmental risks. In contrast, EFFAS scores are driven by shareholding dispersion and, therefore, pressures exerted by investors. This suggests that environmental disclosures respond to a logic of environmental legitimacy when investors’ pressure is weak. Otherwise they aim to satisfy investors’ expectations.

  • Open Access French
    Authors: 
    Williams-Wanquet, Eileen;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Communication à la Journée de recherche du CRLHOI "Texte et politique" en avril 2013 à l'Université de La Réunion; National audience; Indigo (1993) de Marina Warner, qui reprend, à la fois, l'Histoire coloniale anglaise et La Tempête de Shakespeare, illustre bien une des tendances de la littérature britannique des années 1980 et 1990, qui commente le monde à travers la révision de l'idéologie transmise par des « hypotextes » précis. Cet article vise à montrer la manière dont, pour reprendre les termes de Jacques Rancière, « la littérature fait de la politique en tant que littérature ». Ce que Rancière nomme le caractère propre-impropre de la littérature est ce qui lui permet d'avoir une portée politique, en « reconfigurant la carte du sensible ». J'utiliserai les trois temps décrits par Rancière pour éclairer la démarche de Warner : la « police », ou l'ordre établi, dans lequel Warner ancre son histoire de manière réaliste ; « la poli-tique », ou la remise en cause de cet ordre, par l'utilisation de procédés tels que l'ironie, l'inversion de point de vue, ou l'hypertextualité ; « le politique », ou l'appel éthique à un nouvel ordre utopique, par le recours à l'intertextualité, au réalisme magique ou à la symbolique. La réécriture de l'idéologie transmise par l'hypotexte équivaut à une révision de l'hypotexte diffus de la Modernité.

  • Open Access French
    Authors: 
    Zachary H. Garfield; Ryan Schacht; Emily Post; Dominique Ingram; Andrea Uehling; Shane J. Macfarlan;
    Publisher: The Royal Society
    Country: France

    Reputations are an essential feature of human sociality and the evolution of cooperation and group living. Much scholarship has focused on reputations, yet typically on a narrow range of domains (e.g. prosociality and aggressiveness), usually in isolation. Humans can develop reputations, however, from any collective information. We conducted exploratory analyses on the content, distribution and structure of reputation domain diversity across cultures, using the Human Relations Area Files ethnographic database. After coding ethnographic texts on reputations from 153 cultures, we used hierarchical modelling, cluster analysis and text analysis to provide an empirical view of reputation domains across societies. Findings suggest: (i) reputational domains vary cross-culturally, yet reputations for cultural conformity, prosociality, social status and neural capital are widespread; (ii) reputation domains are more variable for males than females; and (iii) particular reputation domains are interrelated, demonstrating a structure consistent with dimensions of human uniqueness. We label these features: cultural group unity , dominance , neural capital , sexuality , social and material success and supernatural healing . We highlight the need for future research on the evolution of cooperation and human sociality to consider a wider range of reputation domains, as well as their social, ecological and gender-specific variability. This article is part of the theme issue ‘The language of cooperation: reputation and honest signalling’.

  • Publication . Other literature type . Article . 2015
    Open Access French
    Authors: 
    Sébastien Roman;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Dans Parcours de la reconnaissance, Paul Ricoeur accorde une attention particulière à la théorie sociale honnethienne, d'une part parce qu'elle porte sur le thème majeur des luttes pour la reconnaissance, d'autre part parce qu'elle propose une conception néo-hégélienne de la justice sociale convaincante. Toutefois, tout en adhérant au projet honnethien, Ricoeur instaure un lien dialectique entre la justice et l'amour pour corriger un défaut consubstantiel à l'Anerkennung. Seule la référence à l'agapè permettrait de sortir du caractère interminable de la lutte, en montrant que les hommes sont capables de reconnaissance mutuelle par des pratiques sociales de don/contre-don. Ricoeur présente l'agapè comme un simple complément du projet honnethien. Le présent article revient sur cette affirmation, et montre, au contraire, que le recours à l'agapè modifie les luttes pour la reconnaissance, et n'aide pas à penser une justice sociale capable de témoigner des expériences de l'injustice, et de les combattre. Mots-clés: Paul Ricoeur, Axel Honneth, luttes pour la reconnaissance, agapè, justice sociale. In The Course of Recognition, Paul Ricoeur pays special attention to Honneth’s social theory, on the one hand,because it is devoted to the important issue of the struggles for recognition and, on the other hand, becauseAxel Honneth proposes a convincing neo-Hegelian conception of social justice. However, while adhering toHonneth’s project, Ricoeur establishes a dialectical relationship between love and justice, in order to correctan inherent defect of Anerkennung. The reference to agápē would provide the only way out of the endlessstruggle, by demonstrating that human beings are capable of mutual recognition through the social practiceof gift/counter-gift. Ricoeur presents agápē as a simple add-on to the Honnethian project. The present paperreturns to this assertion, and demonstrates that, on the contrary, the use of agápē alters the struggles forrecognition, and does not help us to arrive at a conception of social justice, which is capable of revealingexperiences of injustice and combatting them.

  • Open Access French
    Authors: 
    Jean-François Hocquette; Pascal Mainsant; Jean-Dominique Daudin; Isabelle Cassar-Malek; Didier Rémond; Michel Doreau; Pierre Sans; Dominique Bauchart; Jacques Agabriel; Wim Verbeke; +1 more
    Publisher: éditions Quae
    Country: France

    National audience; The production of artificial meat by cell culture is suggested by some scientists as one solution to address the major challenges facing our society: (i) reducing potential discomfort of animals on modern farms or avoiding killing animals to eat them (ii) reducing potential environmental degradation by livestock and (iii) reducing world hunger by increasing protein resources. Artificial meat would indeed eliminate any animal “suffering” in farming systems and would avoid the slaughtering of animals to eat them. The environmental impact of artificial meat is difficult to evaluate due to the absence of references on production units. However, it may have a moderate interest in reducing greenhouse gas emissions and pollution by nitrates, a limited interest for decreasing fossil fuel use or a very limited interest concerning water use, but it would make more land available. It may result in the presence of organic molecule residues in water. Nevertheless, many experts believe that the causes of the current malnutrition of some human populations are diverse, and not directly related to a lack of food resources. Although cell culture can be usually performed in laboratories, there are significant major technical difficulties to move towards a large-scale production as the prohibitive cost of current technologies and the lack of similarity of the obtained product with meat from animals. From a nutritional point of view, artificial meat has no particular advantage compared to another type of food made from all nutrients necessary for its production. The criteria for acceptability of artificial meat refer, first, to moral or ethical concerns about the technology and the worries it raises, and secondly, to usual food product concerns (price, quality, naturality, etc.). In the past, attempts to substitute animal proteins with similar products have failed due to economic constraints, the time required for potential product acceptance by consumers and permission to place the products on the market by public authorities. In conclusion, given the important challenges facing livestock, production of artificial meat does not present any major advantage compared to natural meat or to other options such as balancing human food supply by more diverse sources of plant and animal proteins, or developing friendly farming systems for animals and the environment. Technical, economic and social constraints, including uncertain acceptance by consumers of artificial foods, are indeed major limitations to the development of artificial meat.; La production de viande artificielle par culture de cellules est proposée par certains scientifiques comme une des solutions pour répondre aux grands enjeux de l’élevage : i) réduire le mal-être supposé des animaux dans les élevages modernes, voire ne pas tuer les animaux pour les manger, ii) réduire la possible dégradation de l’environnement par l’élevage et iii) réduire la faim dans le monde en augmentant le niveau des ressources protéiques alimentaires. La viande artificielle supprimerait en effet le mal-être supposé des animaux lié à l’élevage et permettrait de ne pas abattre les animaux pour les manger. L’impact environnemental de la viande artificielle est difficile à évaluer en l’absence de données sur le fonctionnement d’une usine de production. La viande artificielle présenterait toutefois un intérêt modéré pour réduire les gaz à effet de serre et la pollution par les nitrates, un intérêt limité quant à l’utilisation des énergies fossiles, voire très limité pour limiter les besoins en eau, mais elle libérerait des terres cultivables. Elle entraînerait probablement dans l’eau des résidus de molécules de synthèse. De nombreux experts estiment que les causes de la malnutrition actuelle de certaines populations sont multiples et ne sont pas directement liées à un manque de ressources alimentaires. Bien que la culture de cellules soit couramment pratiquée en laboratoire, il existe des verrous techniques importants à lever pour une production à grande échelle, tels que le coût rédhibitoire des technologies actuelles et le manque de ressemblance du produit obtenu à de la viande issue d’animaux. Sur le plan nutritionnel, la viande artificielle ne présente pas d’avantage particulier par rapport à un autre aliment élaboré à partir de l’ensemble des nutriments nécessaires à sa production. Les critères d’acceptabilité de la viande artificielle renvoient, d’une part, à des questions d’ordre moral ou éthique concernant la technologie et les inquiétudes qu’elle soulève, et d’autre part, à des considérations classiques relatives aux produits alimentaires (prix, qualité, naturalité…). Par le passé, les expériences de substitution des protéines animales par des produits analogues ont échoué en raison, notamment, de contraintes économiques, du temps nécessaire pour l’éventuelle acceptation des produits par les consommateurs et pour la délivrance des autorisations de mise sur le marché. Face aux questionnements importants concernant l’élevage, la production de viande artificielle ne présente pas aujourd’hui d’avantages majeurs par comparaison à la viande naturelle ou à d’autres alternatives possibles telles que rééquilibrer notre alimentation en diversifiant les sources de protéines végétales et animales, ou encore développer des systèmes d’élevage plus respectueux des animaux et de l’environnement.

  • French
    Authors: 
    Voigt, Matthew;
    Publisher: HAL CCSD

    International audience; Flipped classrooms are becoming increasingly prevalent at the undergraduate level as institutions seek cost-saving measures while also desiring to implement technological innovations to attract 21st century learners. This study examined undergraduate pre-calculus students' (N=427) experiences, attitudes and mathematical knowledge in a flipped classroom format compared to students in a traditional lecture format. Our initial results indicate students in the flipped format were more positive about their overall classroom experiences, were more confident in their mathematical abilities, were more willing to collaborate to solve mathematical problems, and achieved slightly higher gains in mathematical knowledge. 

  • Open Access French
    Authors: 
    Bertrand Morandi; Francesca Marin; Isabel Urbina-Barreto; Adrien Comte; Roméo Chabi; Faustinato Behivoke; Nourddine Mirhani; Mickael Uger; Silvia Galuppi; Benjamin Bandeira; +11 more
    Publisher: EDP Sciences
    Country: France

    En novembre 2016, s’est tenue à Toliara, dans le sud-ouest de Madagascar, la deuxième école d’été australe sur la vulnérabilité du patrimoine récifal (EEA VulPaRe). Coorganisée par l’IRD (Institut de recherche pour le développement, France) et l’IHSM (Institut halieutique et des sciences marines de l’Université de Toliara, Madagascar), cette formation a proposé une approche interdisciplinaire de la thématique des récifs coralliens. Elle a été dispensée sous la forme de cours magistraux, de pratiques de terrain et de débats portant sur les questions environnementales, de connaissance, de valorisation et de conservation de ces milieux. Les participants de l’EEA VulPaRe 2016 souhaitent, à travers le présent article, donner à la communauté scientifique un retour d’expérience critique sur une démarche originale de formation à la recherche interdisciplinaire. In November 2016, the Second Austral Summer School “Vulnerability of coral reefs heritage” (EEA VulPaRe 2016) took place at Toliara (Madagascar). The school was funded and organised by IRD (French Research Institute for Development) and IHSM (Institute of Halieutics and Marine Science, University of Toliara), and proposed an interdisciplinary approach to the study of coral reefs. Environmental issues, different types of knowledge and valorisation of coral reefs were addressed by means of lectures, seminars, discussions and fieldwork. In this paper, the participants of EEA VulPaRe 2016 provide a critical feedback on this original interdisciplinary research training.

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  • Open Access French
    Authors: 
    C. Leroyer; I. Mahé; J.-P. Daurès; Isabelle Quéré; C. Aubin; A. Compagnon; J. Doussaint; Stéphane Schück; D. Pouchain;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Resume Objectifs Evaluer la duree moyenne de traitement par fondaparinux 2,5 mg a l’hopital, dans son indication thromboprophylaxie en prevention medicale et decrire la population rejointe. Methode Etude epidemiologique prospective, observationnelle, nationale et multicentrique realisee a la demande de la Commission de la transparence, en complement du volet ville, precedemment mene en medecine generale. Dans le volet hopital, les pharmaciens hospitaliers devaient inclure les 15 premiers patients adultes, hospitalises (hors services de chirurgie), ayant l’instauration d’un traitement par fondaparinux 2,5 mg en thromboprophylaxie medicale. Resultats Cinquante-trois pharmaciens hospitaliers (49,5 %) ont inclus 718 patients âges de 71 ± 16 ans en moyenne (53 % > 75 ans) dont 54 % etaient des femmes. La duree totale reelle de traitement par fondaparinux 2,5 mg, etait en moyenne de 19,1 jours (min–max : 1–295 jours, mediane : 11 jours). Pour 41 % des patients, la duree totale de traitement etait comprise entre 6 et 14 jours. Quatre-vingt-cinq pour cent des patients avaient au moins une pathologie associee a la prescription d’un traitement par fondaparinux 2,5 mg. Dix pour cent des patients avaient au moins un facteur de risque renseigne par le medecin ou etaient âges de plus de 75 ans. La mise en perspective des caracteristiques des patients du volet hopital et du volet ville montre des differences de profil. Conclusion ArchiMed hopital, qui s’inscrit dans une categorie d’etudes qui s’apparente a des « audits de pratique », montre que la prescription du fondaparinux 2,5 mg en conditions reelles d’utilisation a l’hopital est globalement en adequation avec les recommandations pour l’indication de prevention en situation medicale aigue.

  • French
    Authors: 
    Perez Quintero, Alvaro Luis;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France
    Project: NSF | Quantitative Trait Locus ... (1444511)

    Transcription activator-like (TAL) effectors are proteins found mainly in the genus of Xanthomonas phytopathogenic bacteria. These proteins enter the nucleus of cells in the host plant and can induce the expression of genes. The induction of “susceptibility” S genes in the plant will result in disease. TAL effectors are able to bind DNA thanks to a unique motif consisting of a series of nearly-identical repeats that wrap around the DNA forming a super-helix, in each repeat two amino-acids found in a loop on the inner side of the helix directly interact with nucleotides. Different combination of amino-acids in this loop bind specific nucleotides following a unique code.A consequence of this tight interaction is that plants and bacteria co-evolve following an arms race where the plant genome diversifies to avoid being targeted by the TAL effectors, while tal effector genes diversify to adapt to new targets.Various aspects of TAL effector evolution are still unknown, specially how does specificity arise towards certain targets in the host plant? As first steps towards answering this question, in these thesis we show the results of using primarily bioinformatic strategies to find evolutionary patterns in TAL effector sequences. We designed the suite “QueTAL” containing software for 1) the construction of phylogenetic trees based on repeat sequences, 2) comparison of predicted binding sites for TAL effectors, 3) identification of repeat motifs in TAL effector pairs. This suite was made publicly available and it is being actively used by the Xanthomonas research community.We used these programs along with other strategies to analyze variation in over 900 TAL effector sequences from 22 taxonomic groups finding 1) a loss of diversity of repeats through the Xanthomonas genus, which may impact the evolution of TAL effector architecture, 2) groups of TAL effector orthologs specific to certain taxonomic groups of pathovars that may share common functions, 3) evidence of repeat motifs shared and lost between TAL effectors hinting at extensive recombination (particularly gene conversion) events. We propose that the swapping of repeat blocks between TAL effectors is a motor for TAL effector specialization that allows for fast functional diversification through the acquisition of new targets in the host plants.We then analyzed in detail the diversity of TAL effector sequences in African strains of Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo), causing agent of bacterial leaf blight of rice, the most destructive bacterial disease in rice. We found indications of virulence activity of a TAL effector being the product of a gene conversion event, supporting our hypothesis of gene conversion as a motor of TAL effector evolution. We also used transcriptomic data and systematic gain-of-function assays to uncover a TAL effector that exerts a virulence role through the induction of two susceptibility genes, one of which represents a novel class of susceptibility gene in bacterial blight. Finally, we present partial results of transcriptomic analyses aimed at de-constructing the effects of each TAL effector from one strain on the rice transcriptome, as well as results from collaborative functional and evolutionary analyses in other groups of Xanthomonas.Altogether, this thesis offers a new conceptual framework and new tools for the analysis of TAL effector function and evolution, and we hope this will help in the design of strategies aimed at improving resistance to bacteria in agronomically important plants.; Les effecteurs TAL (« Transcription Activator-Like ») sont des protéines présentes majoritairement chez les bactéries phytopathogènes du genre Xanthomonas. Ces protéines bactériennes sont dirigées vers le noyau des cellules de la plante hôte où elles induisent l’expression de gènes. L’induction de gènes de « susceptibilité » de la plante est responsable de la maladie. Les effecteurs TAL sont capables de se lier à l’ADN grâce à un motif particulier consistant en une série de répétitions quasi-identiques s’enroulant autour de l’ADN et formant une super-hélice. Au sein des répétitions deux acides aminés localisés à l’intérieur de chaque boucle de la super-hélice interagissent directement et spécifiquement avec les nucléotides. Des combinaisons différentes de ces deux acides aminés se lient spécifiquement à certains nucléotides, selon un code unique.Une conséquence de cette interaction étroite est que les plantes et les bactéries co-évoluent selon une course aux armements où le génome de la plante se diversifie pour éviter d’être la cible des effecteurs TAL, tandis que les gènes tal se diversifient pour s’adapter à de nouvelles cibles. Les aspects évolutifs des effecteurs TAL sont encore largement inconnus, notamment comment la spécificité évolue vers de nouvelles cibles végétales. Cette thèse présente les premiers travaux sur la compréhension des mécanismes évolutifs des gènes tal, principalement abordés par la bioinformatique. Nous avons développé la suite de programmes « QueTAL » qui permet d’une part la construction d’arbres phylogénétiques basés soit sur la séquence des répétitions, soit sur la séquence des sites cibles, d’autre part la recherche de motifs de répétitions pouvant constituer les unités évolutives des effecteurs TAL. Cette suite bioinformatique est publique, en ligne, et activement utilisée par la communauté des scientifiques travaillant sur les effecteurs TAL des Xanthomonas.Ces programmes ont été appliqués (ainsi que d’autres approches) à plus de 900 séquences d’effecteurs TAL de 22 groupes bactériens. Nous avons mis en évidence i) une perte de diversité dans les répétitions chez les Xanthomonas, qui aurait des conséquence sur l’évolution de la structure des effecteurs TAL; ii) l’existence de groupes fonctionnels de gènes tal spécifiques à certains pathovars ; iii) un probable mécanisme évolutif reposant sur la recombinaison (principalement par conversion génique), révélé par le gain ou la perte de répétitions en blocs entiers. Notre hypothèse est que le moteur de la spécialisation des effecteurs TAL est la recombinaison de ces blocs entre gènes conduisant à une diversification fonctionnelle rapide vers de nouvelles cibles végétales.Nous avons ensuite analysé plus en détail la diversité des séquences TAL de souches africaines de Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo), agent de la bactériose vasculaire, maladie bactérienne la plus importante du riz. Nous avons montré qu’un gène tal résultant d’une conversion génique pouvait être fonctionnel, indiquant que ce mécanisme peut être un moteur évolutif chez les effecteurs TAL. Les données de transcriptomique et de gain de fonction ont permis de mettre en évidence un effecteurs TAL dont la virulence s’exerce par l’activation de deux gènes de susceptibilité, dont l’un n’avait jamais été décrit chez Xoo. Enfin nous présentons des résultats préliminaires sur les effets d’une déconstruction de TALome sur le transcriptome de riz ainsi que des travaux fonctionnels et évolutifs issus de collaborations sur d’autres Xanthomonas.Cette thèse offre un nouveau cadre conceptuel ainsi que de nouveaux outils pour l’analyse fonctionnelle et évolutive des effecteurs TAL qui devraient améliorer la mise au point de stratégies pour la résistance des plantes aux Xanthomonas.

  • Open Access French
    Authors: 
    Luc Massou; Cathia Papi; Hélène Pulker;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Créée lors du Forum UNESCO de 2002 sur l'impact des didacticiels libres, l’expression « ressources éducatives libres » (REL) désigne « des matériels d'enseignement, d'apprentissage et de recherche sur tout support, numérique ou autre, existant dans le domaine public ou publiés sous une licence ouverte permettant l'accès, l'utilisation, l’adaptation et la redistribution gratuits par d'autres, sans restrictions ou avec des restrictions limitées » (Déclaration de Paris sur les REL, 2012). Par le...

  • Publication . Conference object . Preprint . 2015
    Open Access French
    Authors: 
    Béatrice Allirol; Pascal Dumontier;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Référence internationale en matière de reporting extra financier le GRI s’adresse à tous les partenaires de l’entreprise. Les investisseurs sont toutefois les destinataires privilégiés du reporting environnemental, surtout si l’entreprise est cotée. Les scores de divulgation environnementale de 120 entreprises européennes nous permettent de déterminer comment les entreprises cotées répondent aux prescriptions du GRI qui reflètent les attentes de l’ensemble des parties prenantes de l’entreprise et à celles de l’EFFAS qui reflètent les attentes des seuls investisseurs. Nos résultats montrent que les déterminants des scores de divulgation GRI différent des déterminants des scores EFFAS au sens où seuls les scores GRI sont sensibles à l’exposition environnementale de l’entreprise. Les scores EFFAS dépendent quant à eux de la pression des investisseurs. Il apparaît donc que les divulgations environnementales répondent à une logique de légitimité environnementale lorsque la pression des investisseurs est faible. Elles visent prioritairement à satisfaire les investisseurs dans le cas contraire. GRI offers an international reference to firm’s stakeholders interested in social and environmental disclosures. However these disclosures target first and foremost investors, especially for listed firms. The environmental disclosure scores of 120 randomly selected European companies help us determine how their disclosures capture environmental information useful to all stakeholders (GRI scores) or to investors only (EFFAS scores). Our results show that GRI scores are to a large extent driven by the firm’s exposure to environmental risks. In contrast, EFFAS scores are driven by shareholding dispersion and, therefore, pressures exerted by investors. This suggests that environmental disclosures respond to a logic of environmental legitimacy when investors’ pressure is weak. Otherwise they aim to satisfy investors’ expectations.

  • Open Access French
    Authors: 
    Williams-Wanquet, Eileen;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Communication à la Journée de recherche du CRLHOI "Texte et politique" en avril 2013 à l'Université de La Réunion; National audience; Indigo (1993) de Marina Warner, qui reprend, à la fois, l'Histoire coloniale anglaise et La Tempête de Shakespeare, illustre bien une des tendances de la littérature britannique des années 1980 et 1990, qui commente le monde à travers la révision de l'idéologie transmise par des « hypotextes » précis. Cet article vise à montrer la manière dont, pour reprendre les termes de Jacques Rancière, « la littérature fait de la politique en tant que littérature ». Ce que Rancière nomme le caractère propre-impropre de la littérature est ce qui lui permet d'avoir une portée politique, en « reconfigurant la carte du sensible ». J'utiliserai les trois temps décrits par Rancière pour éclairer la démarche de Warner : la « police », ou l'ordre établi, dans lequel Warner ancre son histoire de manière réaliste ; « la poli-tique », ou la remise en cause de cet ordre, par l'utilisation de procédés tels que l'ironie, l'inversion de point de vue, ou l'hypertextualité ; « le politique », ou l'appel éthique à un nouvel ordre utopique, par le recours à l'intertextualité, au réalisme magique ou à la symbolique. La réécriture de l'idéologie transmise par l'hypotexte équivaut à une révision de l'hypotexte diffus de la Modernité.

  • Open Access French
    Authors: 
    Zachary H. Garfield; Ryan Schacht; Emily Post; Dominique Ingram; Andrea Uehling; Shane J. Macfarlan;
    Publisher: The Royal Society
    Country: France

    Reputations are an essential feature of human sociality and the evolution of cooperation and group living. Much scholarship has focused on reputations, yet typically on a narrow range of domains (e.g. prosociality and aggressiveness), usually in isolation. Humans can develop reputations, however, from any collective information. We conducted exploratory analyses on the content, distribution and structure of reputation domain diversity across cultures, using the Human Relations Area Files ethnographic database. After coding ethnographic texts on reputations from 153 cultures, we used hierarchical modelling, cluster analysis and text analysis to provide an empirical view of reputation domains across societies. Findings suggest: (i) reputational domains vary cross-culturally, yet reputations for cultural conformity, prosociality, social status and neural capital are widespread; (ii) reputation domains are more variable for males than females; and (iii) particular reputation domains are interrelated, demonstrating a structure consistent with dimensions of human uniqueness. We label these features: cultural group unity , dominance , neural capital , sexuality , social and material success and supernatural healing . We highlight the need for future research on the evolution of cooperation and human sociality to consider a wider range of reputation domains, as well as their social, ecological and gender-specific variability. This article is part of the theme issue ‘The language of cooperation: reputation and honest signalling’.

  • Publication . Other literature type . Article . 2015
    Open Access French
    Authors: 
    Sébastien Roman;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Dans Parcours de la reconnaissance, Paul Ricoeur accorde une attention particulière à la théorie sociale honnethienne, d'une part parce qu'elle porte sur le thème majeur des luttes pour la reconnaissance, d'autre part parce qu'elle propose une conception néo-hégélienne de la justice sociale convaincante. Toutefois, tout en adhérant au projet honnethien, Ricoeur instaure un lien dialectique entre la justice et l'amour pour corriger un défaut consubstantiel à l'Anerkennung. Seule la référence à l'agapè permettrait de sortir du caractère interminable de la lutte, en montrant que les hommes sont capables de reconnaissance mutuelle par des pratiques sociales de don/contre-don. Ricoeur présente l'agapè comme un simple complément du projet honnethien. Le présent article revient sur cette affirmation, et montre, au contraire, que le recours à l'agapè modifie les luttes pour la reconnaissance, et n'aide pas à penser une justice sociale capable de témoigner des expériences de l'injustice, et de les combattre. Mots-clés: Paul Ricoeur, Axel Honneth, luttes pour la reconnaissance, agapè, justice sociale. In The Course of Recognition, Paul Ricoeur pays special attention to Honneth’s social theory, on the one hand,because it is devoted to the important issue of the struggles for recognition and, on the other hand, becauseAxel Honneth proposes a convincing neo-Hegelian conception of social justice. However, while adhering toHonneth’s project, Ricoeur establishes a dialectical relationship between love and justice, in order to correctan inherent defect of Anerkennung. The reference to agápē would provide the only way out of the endlessstruggle, by demonstrating that human beings are capable of mutual recognition through the social practiceof gift/counter-gift. Ricoeur presents agápē as a simple add-on to the Honnethian project. The present paperreturns to this assertion, and demonstrates that, on the contrary, the use of agápē alters the struggles forrecognition, and does not help us to arrive at a conception of social justice, which is capable of revealingexperiences of injustice and combatting them.

  • Open Access French
    Authors: 
    Jean-François Hocquette; Pascal Mainsant; Jean-Dominique Daudin; Isabelle Cassar-Malek; Didier Rémond; Michel Doreau; Pierre Sans; Dominique Bauchart; Jacques Agabriel; Wim Verbeke; +1 more
    Publisher: éditions Quae
    Country: France

    National audience; The production of artificial meat by cell culture is suggested by some scientists as one solution to address the major challenges facing our society: (i) reducing potential discomfort of animals on modern farms or avoiding killing animals to eat them (ii) reducing potential environmental degradation by livestock and (iii) reducing world hunger by increasing protein resources. Artificial meat would indeed eliminate any animal “suffering” in farming systems and would avoid the slaughtering of animals to eat them. The environmental impact of artificial meat is difficult to evaluate due to the absence of references on production units. However, it may have a moderate interest in reducing greenhouse gas emissions and pollution by nitrates, a limited interest for decreasing fossil fuel use or a very limited interest concerning water use, but it would make more land available. It may result in the presence of organic molecule residues in water. Nevertheless, many experts believe that the causes of the current malnutrition of some human populations are diverse, and not directly related to a lack of food resources. Although cell culture can be usually performed in laboratories, there are significant major technical difficulties to move towards a large-scale production as the prohibitive cost of current technologies and the lack of similarity of the obtained product with meat from animals. From a nutritional point of view, artificial meat has no particular advantage compared to another type of food made from all nutrients necessary for its production. The criteria for acceptability of artificial meat refer, first, to moral or ethical concerns about the technology and the worries it raises, and secondly, to usual food product concerns (price, quality, naturality, etc.). In the past, attempts to substitute animal proteins with similar products have failed due to economic constraints, the time required for potential product acceptance by consumers and permission to place the products on the market by public authorities. In conclusion, given the important challenges facing livestock, production of artificial meat does not present any major advantage compared to natural meat or to other options such as balancing human food supply by more diverse sources of plant and animal proteins, or developing friendly farming systems for animals and the environment. Technical, economic and social constraints, including uncertain acceptance by consumers of artificial foods, are indeed major limitations to the development of artificial meat.; La production de viande artificielle par culture de cellules est proposée par certains scientifiques comme une des solutions pour répondre aux grands enjeux de l’élevage : i) réduire le mal-être supposé des animaux dans les élevages modernes, voire ne pas tuer les animaux pour les manger, ii) réduire la possible dégradation de l’environnement par l’élevage et iii) réduire la faim dans le monde en augmentant le niveau des ressources protéiques alimentaires. La viande artificielle supprimerait en effet le mal-être supposé des animaux lié à l’élevage et permettrait de ne pas abattre les animaux pour les manger. L’impact environnemental de la viande artificielle est difficile à évaluer en l’absence de données sur le fonctionnement d’une usine de production. La viande artificielle présenterait toutefois un intérêt modéré pour réduire les gaz à effet de serre et la pollution par les nitrates, un intérêt limité quant à l’utilisation des énergies fossiles, voire très limité pour limiter les besoins en eau, mais elle libérerait des terres cultivables. Elle entraînerait probablement dans l’eau des résidus de molécules de synthèse. De nombreux experts estiment que les causes de la malnutrition actuelle de certaines populations sont multiples et ne sont pas directement liées à un manque de ressources alimentaires. Bien que la culture de cellules soit couramment pratiquée en laboratoire, il existe des verrous techniques importants à lever pour une production à grande échelle, tels que le coût rédhibitoire des technologies actuelles et le manque de ressemblance du produit obtenu à de la viande issue d’animaux. Sur le plan nutritionnel, la viande artificielle ne présente pas d’avantage particulier par rapport à un autre aliment élaboré à partir de l’ensemble des nutriments nécessaires à sa production. Les critères d’acceptabilité de la viande artificielle renvoient, d’une part, à des questions d’ordre moral ou éthique concernant la technologie et les inquiétudes qu’elle soulève, et d’autre part, à des considérations classiques relatives aux produits alimentaires (prix, qualité, naturalité…). Par le passé, les expériences de substitution des protéines animales par des produits analogues ont échoué en raison, notamment, de contraintes économiques, du temps nécessaire pour l’éventuelle acceptation des produits par les consommateurs et pour la délivrance des autorisations de mise sur le marché. Face aux questionnements importants concernant l’élevage, la production de viande artificielle ne présente pas aujourd’hui d’avantages majeurs par comparaison à la viande naturelle ou à d’autres alternatives possibles telles que rééquilibrer notre alimentation en diversifiant les sources de protéines végétales et animales, ou encore développer des systèmes d’élevage plus respectueux des animaux et de l’environnement.

  • French
    Authors: 
    Voigt, Matthew;
    Publisher: HAL CCSD

    International audience; Flipped classrooms are becoming increasingly prevalent at the undergraduate level as institutions seek cost-saving measures while also desiring to implement technological innovations to attract 21st century learners. This study examined undergraduate pre-calculus students' (N=427) experiences, attitudes and mathematical knowledge in a flipped classroom format compared to students in a traditional lecture format. Our initial results indicate students in the flipped format were more positive about their overall classroom experiences, were more confident in their mathematical abilities, were more willing to collaborate to solve mathematical problems, and achieved slightly higher gains in mathematical knowledge. 

  • Open Access French
    Authors: 
    Bertrand Morandi; Francesca Marin; Isabel Urbina-Barreto; Adrien Comte; Roméo Chabi; Faustinato Behivoke; Nourddine Mirhani; Mickael Uger; Silvia Galuppi; Benjamin Bandeira; +11 more
    Publisher: EDP Sciences
    Country: France

    En novembre 2016, s’est tenue à Toliara, dans le sud-ouest de Madagascar, la deuxième école d’été australe sur la vulnérabilité du patrimoine récifal (EEA VulPaRe). Coorganisée par l’IRD (Institut de recherche pour le développement, France) et l’IHSM (Institut halieutique et des sciences marines de l’Université de Toliara, Madagascar), cette formation a proposé une approche interdisciplinaire de la thématique des récifs coralliens. Elle a été dispensée sous la forme de cours magistraux, de pratiques de terrain et de débats portant sur les questions environnementales, de connaissance, de valorisation et de conservation de ces milieux. Les participants de l’EEA VulPaRe 2016 souhaitent, à travers le présent article, donner à la communauté scientifique un retour d’expérience critique sur une démarche originale de formation à la recherche interdisciplinaire. In November 2016, the Second Austral Summer School “Vulnerability of coral reefs heritage” (EEA VulPaRe 2016) took place at Toliara (Madagascar). The school was funded and organised by IRD (French Research Institute for Development) and IHSM (Institute of Halieutics and Marine Science, University of Toliara), and proposed an interdisciplinary approach to the study of coral reefs. Environmental issues, different types of knowledge and valorisation of coral reefs were addressed by means of lectures, seminars, discussions and fieldwork. In this paper, the participants of EEA VulPaRe 2016 provide a critical feedback on this original interdisciplinary research training.

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