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Presentation Dernier rejeton d'une longue lignee d'homme de lettres, le jeune Zhang Dai 張岱 (1597-1681) connut l'opulence d'un riche lettre oisif, s'adonnant tout a loisir a sa passion pour la litterature et a son gout tres marque pour le theâtre avant de tout perdre au moment de la chute des Ming 明 (1644). Reste fidele a la defunte dynastie, il brava les interdits en en redigeant l'histoire. Depouille et traque, il eprouva la misere et la clandestinite, ce qui explique que la plupart de ses e...

This thesis aims to evaluate and analyse the direct and indirect effects of the Rhône-Alpes Technological Research Institutes (IRTs), which are one of the innovation policy devices based on science-industry transfers, created in France as pait of the Future Investment Programme. By applying a difference-in-difference model combined with matching methods, the results show a direct positive effect on turnover and financial autonomy and indicate that this effect varies according to the duration of participation and the type of assistance received. In addition, the type of assistance would play a more important role than the duration of treatment in the effectiveness of TRis. The results also indicate that the TRI had positive indirect effects on turnover, financial autonomy and the share of executives of non-directly beneficiary SMEs but located in the treated area and that these effects do not appear immediately after the treatment but a few years later. In addition, this research work assesses and analyses the direct effects of TRis by focusing on the R&D performance of large companies. Using the random trend model and the synthetic control model, the results of the first model indicate that participation in TRis has had an additional direct effect on total net R&D expenditures and that these expenditures are largely self-­financed and used outside the company through collaborations and outsourcing. The results of the second model show that a single company has almost systematic effects on all R&D performance indicators.; Cette thèse vise à évaluer et analyser les effets directs et indirects des Instituts de Recherche Technologique (IRT) Rhônalpins qui sont l'un des dispositifs des politiques d'innovation fondées sur les transferts science-industrie, créés en France dans le cadre du Programme d'investissement d' Avenir. En appliquant un modèle de différence-en-différence combiné aux méthodes d'appariement, les résultats montrent un effet direct positif sur le chiffre d'affaires et l'autonomie financière et indiquent que cet effet varie en fonction de la durée de participation et du type d'aide reçu. Par ailleurs le type d'aide jouerait un rôle plus important que la durée de traitement dans l'efficacité des IRT. Les résultats indiquent aussi que l'IRT a eu les effet indirects positifs sur le chiffre d'affaires, l'autonomie financière et la part des cadres des PMEs non-directement bénéficiaires, localisées dans la zone traitée et que ces effets n'apparaissent pas immédiatement après le traitement mais quelques années plus tard. Par ailleurs, ce travail de recherche évalue et analyse les effets directs des IRT en se focalisant sur les performances de R&D des grandes entreprises. En utilisant le modèle à tendance aléatoire et le modèle de contrôle synthétique, les résultats du premier modèle indiquent que la participation aux IRT a eu un effet direct additionnel sur les dépenses totales de R&D nettes et que ces dépenses sont largement autofinancées et utilisées à l'extérieur de l'entreprise à travers les collaborations et les sous-traitances. Les résultats du second modèle montrent qu'une seule entreprise a des effets quasi-systématiques sur tous les indicateurs de performance de R&D.

National audience

Transcription activator-like (TAL) effectors are proteins found mainly in the genus of Xanthomonas phytopathogenic bacteria. These proteins enter the nucleus of cells in the host plant and can induce the expression of genes. The induction of “susceptibility” S genes in the plant will result in disease. TAL effectors are able to bind DNA thanks to a unique motif consisting of a series of nearly-identical repeats that wrap around the DNA forming a super-helix, in each repeat two amino-acids found in a loop on the inner side of the helix directly interact with nucleotides. Different combination of amino-acids in this loop bind specific nucleotides following a unique code.A consequence of this tight interaction is that plants and bacteria co-evolve following an arms race where the plant genome diversifies to avoid being targeted by the TAL effectors, while tal effector genes diversify to adapt to new targets.Various aspects of TAL effector evolution are still unknown, specially how does specificity arise towards certain targets in the host plant? As first steps towards answering this question, in these thesis we show the results of using primarily bioinformatic strategies to find evolutionary patterns in TAL effector sequences. We designed the suite “QueTAL” containing software for 1) the construction of phylogenetic trees based on repeat sequences, 2) comparison of predicted binding sites for TAL effectors, 3) identification of repeat motifs in TAL effector pairs. This suite was made publicly available and it is being actively used by the Xanthomonas research community.We used these programs along with other strategies to analyze variation in over 900 TAL effector sequences from 22 taxonomic groups finding 1) a loss of diversity of repeats through the Xanthomonas genus, which may impact the evolution of TAL effector architecture, 2) groups of TAL effector orthologs specific to certain taxonomic groups of pathovars that may share common functions, 3) evidence of repeat motifs shared and lost between TAL effectors hinting at extensive recombination (particularly gene conversion) events. We propose that the swapping of repeat blocks between TAL effectors is a motor for TAL effector specialization that allows for fast functional diversification through the acquisition of new targets in the host plants.We then analyzed in detail the diversity of TAL effector sequences in African strains of Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo), causing agent of bacterial leaf blight of rice, the most destructive bacterial disease in rice. We found indications of virulence activity of a TAL effector being the product of a gene conversion event, supporting our hypothesis of gene conversion as a motor of TAL effector evolution. We also used transcriptomic data and systematic gain-of-function assays to uncover a TAL effector that exerts a virulence role through the induction of two susceptibility genes, one of which represents a novel class of susceptibility gene in bacterial blight. Finally, we present partial results of transcriptomic analyses aimed at de-constructing the effects of each TAL effector from one strain on the rice transcriptome, as well as results from collaborative functional and evolutionary analyses in other groups of Xanthomonas.Altogether, this thesis offers a new conceptual framework and new tools for the analysis of TAL effector function and evolution, and we hope this will help in the design of strategies aimed at improving resistance to bacteria in agronomically important plants.; Les effecteurs TAL (« Transcription Activator-Like ») sont des protéines présentes majoritairement chez les bactéries phytopathogènes du genre Xanthomonas. Ces protéines bactériennes sont dirigées vers le noyau des cellules de la plante hôte où elles induisent l’expression de gènes. L’induction de gènes de « susceptibilité » de la plante est responsable de la maladie. Les effecteurs TAL sont capables de se lier à l’ADN grâce à un motif particulier consistant en une série de répétitions quasi-identiques s’enroulant autour de l’ADN et formant une super-hélice. Au sein des répétitions deux acides aminés localisés à l’intérieur de chaque boucle de la super-hélice interagissent directement et spécifiquement avec les nucléotides. Des combinaisons différentes de ces deux acides aminés se lient spécifiquement à certains nucléotides, selon un code unique.Une conséquence de cette interaction étroite est que les plantes et les bactéries co-évoluent selon une course aux armements où le génome de la plante se diversifie pour éviter d’être la cible des effecteurs TAL, tandis que les gènes tal se diversifient pour s’adapter à de nouvelles cibles. Les aspects évolutifs des effecteurs TAL sont encore largement inconnus, notamment comment la spécificité évolue vers de nouvelles cibles végétales. Cette thèse présente les premiers travaux sur la compréhension des mécanismes évolutifs des gènes tal, principalement abordés par la bioinformatique. Nous avons développé la suite de programmes « QueTAL » qui permet d’une part la construction d’arbres phylogénétiques basés soit sur la séquence des répétitions, soit sur la séquence des sites cibles, d’autre part la recherche de motifs de répétitions pouvant constituer les unités évolutives des effecteurs TAL. Cette suite bioinformatique est publique, en ligne, et activement utilisée par la communauté des scientifiques travaillant sur les effecteurs TAL des Xanthomonas.Ces programmes ont été appliqués (ainsi que d’autres approches) à plus de 900 séquences d’effecteurs TAL de 22 groupes bactériens. Nous avons mis en évidence i) une perte de diversité dans les répétitions chez les Xanthomonas, qui aurait des conséquence sur l’évolution de la structure des effecteurs TAL; ii) l’existence de groupes fonctionnels de gènes tal spécifiques à certains pathovars ; iii) un probable mécanisme évolutif reposant sur la recombinaison (principalement par conversion génique), révélé par le gain ou la perte de répétitions en blocs entiers. Notre hypothèse est que le moteur de la spécialisation des effecteurs TAL est la recombinaison de ces blocs entre gènes conduisant à une diversification fonctionnelle rapide vers de nouvelles cibles végétales.Nous avons ensuite analysé plus en détail la diversité des séquences TAL de souches africaines de Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo), agent de la bactériose vasculaire, maladie bactérienne la plus importante du riz. Nous avons montré qu’un gène tal résultant d’une conversion génique pouvait être fonctionnel, indiquant que ce mécanisme peut être un moteur évolutif chez les effecteurs TAL. Les données de transcriptomique et de gain de fonction ont permis de mettre en évidence un effecteurs TAL dont la virulence s’exerce par l’activation de deux gènes de susceptibilité, dont l’un n’avait jamais été décrit chez Xoo. Enfin nous présentons des résultats préliminaires sur les effets d’une déconstruction de TALome sur le transcriptome de riz ainsi que des travaux fonctionnels et évolutifs issus de collaborations sur d’autres Xanthomonas.Cette thèse offre un nouveau cadre conceptuel ainsi que de nouveaux outils pour l’analyse fonctionnelle et évolutive des effecteurs TAL qui devraient améliorer la mise au point de stratégies pour la résistance des plantes aux Xanthomonas.

Creee lors du Forum UNESCO de 2002 sur l'impact des didacticiels libres, l’expression « ressources educatives libres » (REL) designe « des materiels d'enseignement, d'apprentissage et de recherche sur tout support, numerique ou autre, existant dans le domaine public ou publies sous une licence ouverte permettant l'acces, l'utilisation, l’adaptation et la redistribution gratuits par d'autres, sans restrictions ou avec des restrictions limitees » (Declaration de Paris sur les REL, 2012). Par le...

National audience; The increasing demand for animal products is a major challenge for the livestock sector that must reduce its environmental impacts and ensure its sustainability. This sector has been identified as an important contributor to polluting gas emissions. Improving the knowledge on the origin and the magnitude of air pollutants and greenhouse gases emissions from livestock sector is essential to address climate change and to contribute to improve air quality with the evolution of breeding practices (feeding strategy, manure management, etc.). A consortium involving research and extension services partners was created to build a database called ELFE (ELevages et Facteurs d’Emission) with international data from literature references focusing on emissions of ammonia, greenhouse gases, particles and odors on the different steps of manure management of cattle, pig and poultry productions systems and their associated key variables. Around 350 publications (among 1 000 publications collected) are integrated into the database and provide more than 5 200 emission values. The ELFE database allows calculating average of emission and their standard deviation taking into account the diversity of livestock systems. These data can be used to provide emission factor for national inventories for specific livestock systems and also, to evaluate practices on gas emissions mitigation. This database can also be used to analyze the influence of key variables on the emission factor variability using multicriteria assessment (climate, building type, etc.). Moreover, this database propose a classification of emission factor into three classes according to the degree on which information about their most influential key variables was complete (>50 % ; 30-50 % ; 50 % ; 30-50 % ; <30 % des métadonnées renseignées) afin d’évaluer son niveau de description.

L’ayapaneco, zoque ayapaneco ou numte ʔoote (ethnonyme) est une langue en danger appartenant à la famille mixe-zoque et parlée exclusivement dans l’état de Tabasco, au Mexique, par environ 11 personnes âgées entre 69 et 95 ans. L’ayapaneco est l’une des langues de cette famille la moins étudiée et la moins documentée. Depuis les années 1950, elle ne se transmet plus aux nouvelles générations et son utilisation est actuellement très limitée dans le quotidien des locuteurs. Cette thèse documente, décrit et analyse tant la situation sociolinguistique de l’ayapaneco que sa réalité linguistique, en particulier l’existence de variations linguistiques. Bien que la variation soit un phénomène inhérent à toutes les langues du monde, les langues en danger présentent des défis théoriques et méthodologiques pour l’analyse des variations. Après avoir expliqué les variations linguistiques et les mécanismes qui les caractérisent en ayapaneco, cette thèse propose d’apporter des éléments nouveaux qui n’étaient pas pris en considération auparavant pour l’étude de la variation linguistique d’une langue vivant une situation de danger critique comme l’ayapaneco. Ceci contribue à questionner les analyses traditionnelles et à impulser, à partir d’une analyse multifactorielle, des explications originales pour faire avancer nos connaissances sur la nature des variations et du changement linguistique dans les langues en danger. Ayapaneco, Zoque Ayapaneco or numte ʔoote (ethnonyme) is a critically endangered language spoken by approximately 11 people between the ages of 69- and 95-years-old in the state of Tabasco, Mexico. Ayapaneco is the least studied and least documented language in the Mixe-Zoque family. The intergenerational transmission of the language was interrupted in the 1950s. Today, it has a very limited role in the daily language practices of its remaining speakers.This thesis documents, describes and analyzes the sociolinguistic situation of Ayapaneco as well as its linguistic characteristics, focusing on language variation. Although variation is a phenomenon inherent to all world languages, studying variation within the context of critically endangered languages presents specific theoretical and methodological challenges.After presenting the characteristics of language variation in Ayapaneco, this thesis offers new perspectives on the study of these variations in critically endangered languages. A multifactorial analysis is used to question traditional approaches and propose new insights, contributing to the fields of language variation and language change in the context of critically endangered languages.

En novembre 2016, s’est tenue à Toliara, dans le sud-ouest de Madagascar, la deuxième école d’été australe sur la vulnérabilité du patrimoine récifal (EEA VulPaRe). Coorganisée par l’IRD (Institut de recherche pour le développement, France) et l’IHSM (Institut halieutique et des sciences marines de l’Université de Toliara, Madagascar), cette formation a proposé une approche interdisciplinaire de la thématique des récifs coralliens. Elle a été dispensée sous la forme de cours magistraux, de pratiques de terrain et de débats portant sur les questions environnementales, de connaissance, de valorisation et de conservation de ces milieux. Les participants de l’EEA VulPaRe 2016 souhaitent, à travers le présent article, donner à la communauté scientifique un retour d’expérience critique sur une démarche originale de formation à la recherche interdisciplinaire. In November 2016, the Second Austral Summer School “Vulnerability of coral reefs heritage” (EEA VulPaRe 2016) took place at Toliara (Madagascar). The school was funded and organised by IRD (French Research Institute for Development) and IHSM (Institute of Halieutics and Marine Science, University of Toliara), and proposed an interdisciplinary approach to the study of coral reefs. Environmental issues, different types of knowledge and valorisation of coral reefs were addressed by means of lectures, seminars, discussions and fieldwork. In this paper, the participants of EEA VulPaRe 2016 provide a critical feedback on this original interdisciplinary research training.

Le travail proposé dans ce manuscrit de thèse concerne le développement, la conception et l’implémentation d’une architecture originale et innovante d’un biocapteur RF actif dédié à la spectroscopie diélectrique hyperfréquence. Le capteur développé est basé sur une détection capacitive. Il permet de détecter, d’analyser et de discriminer des échantillons biologiques mis sous test telles que des cellules cancéreuses, en suspension dans un canal microfluidique, en fonction de leurs propriétés diélectriques. Il est capable de mesurer les différences existantes entre elles avec une très haute sensibilité. Le système de détection développé est basé sur deux oscillateurs LC verrouillés par injection, fonctionnant à une fréquence proche de 5 GHz et intégré sur un substrat silicium en technologie BiCMOS SiGe:C 0,25 μm de IHP. Le fonctionnement du circuit a été validé en premier lieu avec des simulations électriques et post-layout. Le système de détection proposé est capable d’atteindre, en travaillant en mode faible injection, les performances requises en ce qui concerne la sensibilité de détection (de l’ordre de 2 ppm), ce qui permet de pouvoir à termes détecter et caractériser avec précision les propriétés diélectriques de cellules biologiques. Un banc de mesure dédié a été développé une fois le prototype fabriqué afin de caractériser le circuit. Les expérimentations ont démontré que le dispositif présente des résultats de mesures prometteurs qui concordent avec les simulations. Cela démontre le fort potentiel de l'approche proposée permettant à termes de pouvoir détecter et mesurer des différences entre les éléments biologiques d’une manière non invasive. The proposed work presented in this thesis concerns the design and the implementation of an original and innovative architecture of an active RF biosensor dedicated to microwave dielectric spectroscopy. The developed sensor is based on capacitive detection. It is able to detect, analyze and discriminate biological samples, such as cancer cells, suspended in a microfluidic channel, according to their dielectric properties. It is capable of measuring the existing differences between them with a very high sensitivity. A detection system, based on two LC injection locked oscillators (ILOs) operating at a frequency close to 5 GHz and integrated on a silicon substrate using a BiCMOS SiGe: C 0.25 μm technology, was designed. The concept was at the first validated with electrical and post-layout simulations. The detection system is capable of achieving, in low injection mode, the required performance regarding the detection sensitivity (in the order of 2 ppm), which makes it possible to detect and characterize with precision the dielectric properties of biological cells. A dedicated measurement bench have been developed once the prototype manufactured in order to characterize the circuit. Experiments have demonstrated that the proposed circuit presents promising measurement results with a good agreement with simulations. This demonstrates the high potential of the proposed approach, which make it possible to detect and measure differences between biological elements in a non-invasive way.