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  • Authors: Perez Quintero, Alvaro Luis;

    Transcription activator-like (TAL) effectors are proteins found mainly in the genus of Xanthomonas phytopathogenic bacteria. These proteins enter the nucleus of cells in the host plant and can induce the expression of genes. The induction of “susceptibility” S genes in the plant will result in disease. TAL effectors are able to bind DNA thanks to a unique motif consisting of a series of nearly-identical repeats that wrap around the DNA forming a super-helix, in each repeat two amino-acids found in a loop on the inner side of the helix directly interact with nucleotides. Different combination of amino-acids in this loop bind specific nucleotides following a unique code.A consequence of this tight interaction is that plants and bacteria co-evolve following an arms race where the plant genome diversifies to avoid being targeted by the TAL effectors, while tal effector genes diversify to adapt to new targets.Various aspects of TAL effector evolution are still unknown, specially how does specificity arise towards certain targets in the host plant? As first steps towards answering this question, in these thesis we show the results of using primarily bioinformatic strategies to find evolutionary patterns in TAL effector sequences. We designed the suite “QueTAL” containing software for 1) the construction of phylogenetic trees based on repeat sequences, 2) comparison of predicted binding sites for TAL effectors, 3) identification of repeat motifs in TAL effector pairs. This suite was made publicly available and it is being actively used by the Xanthomonas research community.We used these programs along with other strategies to analyze variation in over 900 TAL effector sequences from 22 taxonomic groups finding 1) a loss of diversity of repeats through the Xanthomonas genus, which may impact the evolution of TAL effector architecture, 2) groups of TAL effector orthologs specific to certain taxonomic groups of pathovars that may share common functions, 3) evidence of repeat motifs shared and lost between TAL effectors hinting at extensive recombination (particularly gene conversion) events. We propose that the swapping of repeat blocks between TAL effectors is a motor for TAL effector specialization that allows for fast functional diversification through the acquisition of new targets in the host plants.We then analyzed in detail the diversity of TAL effector sequences in African strains of Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo), causing agent of bacterial leaf blight of rice, the most destructive bacterial disease in rice. We found indications of virulence activity of a TAL effector being the product of a gene conversion event, supporting our hypothesis of gene conversion as a motor of TAL effector evolution. We also used transcriptomic data and systematic gain-of-function assays to uncover a TAL effector that exerts a virulence role through the induction of two susceptibility genes, one of which represents a novel class of susceptibility gene in bacterial blight. Finally, we present partial results of transcriptomic analyses aimed at de-constructing the effects of each TAL effector from one strain on the rice transcriptome, as well as results from collaborative functional and evolutionary analyses in other groups of Xanthomonas.Altogether, this thesis offers a new conceptual framework and new tools for the analysis of TAL effector function and evolution, and we hope this will help in the design of strategies aimed at improving resistance to bacteria in agronomically important plants.; Les effecteurs TAL (« Transcription Activator-Like ») sont des protéines présentes majoritairement chez les bactéries phytopathogènes du genre Xanthomonas. Ces protéines bactériennes sont dirigées vers le noyau des cellules de la plante hôte où elles induisent l’expression de gènes. L’induction de gènes de « susceptibilité » de la plante est responsable de la maladie. Les effecteurs TAL sont capables de se lier à l’ADN grâce à un motif particulier consistant en une série de répétitions quasi-identiques s’enroulant autour de l’ADN et formant une super-hélice. Au sein des répétitions deux acides aminés localisés à l’intérieur de chaque boucle de la super-hélice interagissent directement et spécifiquement avec les nucléotides. Des combinaisons différentes de ces deux acides aminés se lient spécifiquement à certains nucléotides, selon un code unique.Une conséquence de cette interaction étroite est que les plantes et les bactéries co-évoluent selon une course aux armements où le génome de la plante se diversifie pour éviter d’être la cible des effecteurs TAL, tandis que les gènes tal se diversifient pour s’adapter à de nouvelles cibles. Les aspects évolutifs des effecteurs TAL sont encore largement inconnus, notamment comment la spécificité évolue vers de nouvelles cibles végétales. Cette thèse présente les premiers travaux sur la compréhension des mécanismes évolutifs des gènes tal, principalement abordés par la bioinformatique. Nous avons développé la suite de programmes « QueTAL » qui permet d’une part la construction d’arbres phylogénétiques basés soit sur la séquence des répétitions, soit sur la séquence des sites cibles, d’autre part la recherche de motifs de répétitions pouvant constituer les unités évolutives des effecteurs TAL. Cette suite bioinformatique est publique, en ligne, et activement utilisée par la communauté des scientifiques travaillant sur les effecteurs TAL des Xanthomonas.Ces programmes ont été appliqués (ainsi que d’autres approches) à plus de 900 séquences d’effecteurs TAL de 22 groupes bactériens. Nous avons mis en évidence i) une perte de diversité dans les répétitions chez les Xanthomonas, qui aurait des conséquence sur l’évolution de la structure des effecteurs TAL; ii) l’existence de groupes fonctionnels de gènes tal spécifiques à certains pathovars ; iii) un probable mécanisme évolutif reposant sur la recombinaison (principalement par conversion génique), révélé par le gain ou la perte de répétitions en blocs entiers. Notre hypothèse est que le moteur de la spécialisation des effecteurs TAL est la recombinaison de ces blocs entre gènes conduisant à une diversification fonctionnelle rapide vers de nouvelles cibles végétales.Nous avons ensuite analysé plus en détail la diversité des séquences TAL de souches africaines de Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo), agent de la bactériose vasculaire, maladie bactérienne la plus importante du riz. Nous avons montré qu’un gène tal résultant d’une conversion génique pouvait être fonctionnel, indiquant que ce mécanisme peut être un moteur évolutif chez les effecteurs TAL. Les données de transcriptomique et de gain de fonction ont permis de mettre en évidence un effecteurs TAL dont la virulence s’exerce par l’activation de deux gènes de susceptibilité, dont l’un n’avait jamais été décrit chez Xoo. Enfin nous présentons des résultats préliminaires sur les effets d’une déconstruction de TALome sur le transcriptome de riz ainsi que des travaux fonctionnels et évolutifs issus de collaborations sur d’autres Xanthomonas.Cette thèse offre un nouveau cadre conceptuel ainsi que de nouveaux outils pour l’analyse fonctionnelle et évolutive des effecteurs TAL qui devraient améliorer la mise au point de stratégies pour la résistance des plantes aux Xanthomonas.

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  • Authors: Fotso, Ruben;

    This thesis aims to evaluate and analyse the direct and indirect effects of the Rhône-Alpes Technological Research Institutes (IRTs), which are one of the innovation policy devices based on science-industry transfers, created in France as pait of the Future Investment Programme. By applying a difference-in-difference model combined with matching methods, the results show a direct positive effect on turnover and financial autonomy and indicate that this effect varies according to the duration of participation and the type of assistance received. In addition, the type of assistance would play a more important role than the duration of treatment in the effectiveness of TRis. The results also indicate that the TRI had positive indirect effects on turnover, financial autonomy and the share of executives of non-directly beneficiary SMEs but located in the treated area and that these effects do not appear immediately after the treatment but a few years later. In addition, this research work assesses and analyses the direct effects of TRis by focusing on the R&D performance of large companies. Using the random trend model and the synthetic control model, the results of the first model indicate that participation in TRis has had an additional direct effect on total net R&D expenditures and that these expenditures are largely self-­financed and used outside the company through collaborations and outsourcing. The results of the second model show that a single company has almost systematic effects on all R&D performance indicators.; Cette thèse vise à évaluer et analyser les effets directs et indirects des Instituts de Recherche Technologique (IRT) Rhônalpins qui sont l'un des dispositifs des politiques d'innovation fondées sur les transferts science-industrie, créés en France dans le cadre du Programme d'investissement d' Avenir. En appliquant un modèle de différence-en-différence combiné aux méthodes d'appariement, les résultats montrent un effet direct positif sur le chiffre d'affaires et l'autonomie financière et indiquent que cet effet varie en fonction de la durée de participation et du type d'aide reçu. Par ailleurs le type d'aide jouerait un rôle plus important que la durée de traitement dans l'efficacité des IRT. Les résultats indiquent aussi que l'IRT a eu les effet indirects positifs sur le chiffre d'affaires, l'autonomie financière et la part des cadres des PMEs non-directement bénéficiaires, localisées dans la zone traitée et que ces effets n'apparaissent pas immédiatement après le traitement mais quelques années plus tard. Par ailleurs, ce travail de recherche évalue et analyse les effets directs des IRT en se focalisant sur les performances de R&D des grandes entreprises. En utilisant le modèle à tendance aléatoire et le modèle de contrôle synthétique, les résultats du premier modèle indiquent que la participation aux IRT a eu un effet direct additionnel sur les dépenses totales de R&D nettes et que ces dépenses sont largement autofinancées et utilisées à l'extérieur de l'entreprise à travers les collaborations et les sous-traitances. Les résultats du second modèle montrent qu'une seule entreprise a des effets quasi-systématiques sur tous les indicateurs de performance de R&D.

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  • Authors: Allirol, Béatrice; Dumontier, Pascal;

    International audience; GRI offers an international reference to firm’s stakeholders interested in social and environmental disclosures. However these disclosures target first and foremost investors, especially for listed firms. The environmental disclosure scores of 120 randomly selected European companies help us determine how their disclosures capture environmental information useful to all stakeholders (GRI scores) or to investors only (EFFAS scores). Our results show that GRI scores are to a large extent driven by the firm’s exposure to environmental risks. In contrast, EFFAS scores are driven by shareholding dispersion and, therefore, pressures exerted by investors. This suggests that environmental disclosures respond to a logic of environmental legitimacy when investors’ pressure is weak. Otherwise they aim to satisfy investors’ expectations.; Référence internationale en matière de reporting extra financier le GRI s’adresse à tous les partenaires de l’entreprise. Les investisseurs sont toutefois les destinataires privilégiés du reporting environnemental, surtout si l’entreprise est cotée. Les scores de divulgation environnementale de 120 entreprises européennes nous permettent de déterminer comment les entreprises cotées répondent aux prescriptions du GRI qui reflètent les attentes de l’ensemble des parties prenantes de l’entreprise et à celles de l’EFFAS qui reflètent les attentes des seuls investisseurs. Nos résultats montrent que les déterminants des scores de divulgation GRI différent des déterminants des scores EFFAS au sens où seuls les scores GRI sont sensibles à l’exposition environnementale de l’entreprise. Les scores EFFAS dépendent quant à eux de la pression des investisseurs. Il apparaît donc que les divulgations environnementales répondent à une logique de légitimité environnementale lorsque la pression des investisseurs est faible. Elles visent prioritairement à satisfaire les investisseurs dans le cas contraire.

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  • Authors: Albert, Bruno;

    The work carried out during this thesis led to the proposal of a methodological and software solution that helps manufacturers to better master the haptic sensory inspection of their products. This type of quality control, which uses the sense of touch in a dynamic way, poses many problems in the industry. A case study, carried out on luxury watch bracelets, illustrates the difficulty of objectively and repeatedly judging the haptic quality of products. Our review of the literature also confirms that the implementation of sensory inspection requires a great deal of expertise to acquire and capitalize. In particular, the way a haptic sensation is described and the way the product is inspected generally have a significant impact on the result of the control.In order to reduce these difficulties, three main contributions are made. First, a method is proposed to formalize the elementary haptic sensations at the origin of sensory perception. A semantic modeling process leads to the identification of a reduced number of elementary haptic sensations and their relationship to the words used in this field. An ontological representation is then constructed, on the basis of existing models, to structure in a robust way all the knowledge necessary for haptic inspection (descriptors, sensations, anomalies, stimuli, sensory receptors, effectors, exploration modes, etc.). This modeling makes it possible to provide a contextualized access to this knowledge and to enrich it over time. Finally, we propose a methodology to help the systematic implementation of the haptic inspection of products. It relies on the knowledge base to generate an inspection standard adapted to the specific problem encountered. This standard includes the formalized specifications of the haptic anomalies to be inspected and the inspection protocols to be used. The INSENSO software tool, developed within the company INEVA, integrates this inspection implementation methodology and the associated knowledge management system.The application of this methodology to the case of watch bracelets has led to the development of a haptic inspection standard. The use of this standard has significantly reduced the variability of inspection results. The solutions developed for the haptic inspection of products open many perspectives in the more general field of sensory inspection, especially regarding its instrumentation.; Les travaux réalisés au cours de cette thèse ont mené à la proposition d'une solution méthodologique et logicielle accompagnant les industriels vers une meilleure maîtrise du contrôle sensoriel haptique de leurs produits. Ce type de contrôle, qui fait appel au sens du toucher de manière dynamique, pose en effet de nombreux problèmes dans l'industrie. Un cas d'étude, réalisé sur des bracelets d'une montre de luxe, illustre la difficulté à juger de manière objective et répétable la qualité haptique des produits. Notre analyse de la littérature confirme également que la mise en place de ce contrôle requiert une grande expertise à acquérir et à capitaliser. En particulier, la manière de décrire une sensation haptique et la manière de contrôler le produit ont généralement un impact significatif sur le résultat du contrôle.Dans le but de réduire ces difficultés, trois contributions principales sont apportées. Une méthode est tout d’abord proposée pour formaliser les sensations haptiques élémentaires à l’origine de la perception sensorielle. Il s'agit d'un processus de modélisation sémantique qui mène à l'identification d'un nombre réduit de sensations haptiques élémentaires et à leur mise en relation avec les mots utilisés dans ce domaine. Une représentation ontologique est ensuite construite, sur la base de modèles existants, pour structurer de manière robuste l'ensemble des connaissances nécessaires au contrôle haptique (descripteurs, sensations, anomalies, stimuli, récepteurs sensoriels, effecteurs, modes d’exploration, etc.). Cette modélisation rend possible un accès contextualisé à ces connaissances et leur enrichissement au fil du temps. Enfin, nous proposons une méthodologie aidant à la mise en œuvre systématique d’un contrôle haptique des produits. Elle s'appuie sur les connaissances modélisées pour générer un standard de contrôle adapté à la problématique spécifique rencontrée. Ce standard inclut les spécifications formalisées des anomalies haptiques à contrôler, des protocoles ainsi qu’un référentiel de contrôle à utiliser. L’outil logiciel INSENSO, développé au sein de la société INEVA, intègre cette méthodologie de mise en œuvre du contrôle ainsi que le système de gestion des connaissances associées.L'application de cette méthodologie sur le cas des bracelets de montre a mené au développement dans l’entreprise manufacturière d'un standard de contrôle haptique. L'utilisation de ce standard a permis de réduire de manière significative la variabilité des résultats de contrôle. Les solutions développées sur le contrôle haptique ouvrent de nombreuses perspectives dans le domaine plus général du contrôle sensoriel, notamment en ce qui concerne son instrumentation.

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    Authors: Éric Saillot;

    La notion de bienveillance a émergé institutionnellement en France depuis la Loi de refondation de l’école de 2013. Cet article rend compte des principaux résultats d’une enquête réalisée en 2016 dans l’académie de Caen sur les représentations, les préoccupations et les pratiques déclarées des professionnels de l’école à partir des 418 questionnaires intégralement renseignés en ligne. Il s’agit d’essayer de mieux comprendre et définir la bienveillance éducative du point de vue des professionnels, en conservant un regard critique sur l’emploi de ce terme. Caring school has been institutionally emerging in France since the school refoundation Law (2013). This text presents the main results of a survey realized in 2016 in the academy of Caen in Normandy. This study aims at describing and understanding school professionals’ representations, concerns and self-reported practice, thanks to 418 full questionnaires. This text will finally take a critical look at caring and demanding school.

    image/svg+xml art designer at PLoS, modified by Wikipedia users Nina, Beao, JakobVoss, and AnonMoos Open Access logo, converted into svg, designed by PLoS. This version with transparent background. http://commons.wikimedia.org/wiki/File:Open_Access_logo_PLoS_white.svg art designer at PLoS, modified by Wikipedia users Nina, Beao, JakobVoss, and AnonMoos http://www.plos.org/ OpenEdition; Questio...arrow_drop_down
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  • Authors: Touzeau, Amandine;

    In eukaryotes, chromatin organization is required for the regulation of gene expression and genome stability. Ciliate provide excellent model to study mechanisms involved in maintain of genome integrity. Our study model, the unicellular eukaryote Paramecium tetraurelia, has the particularity to eliminate massively and reproducibly 30% of germinal DNA sequences during the development of the somatic macronucleus after sexual events. Those sequences are eliminated by a multi-step process involving small RNA-directed heterochromatin formation followed by DNA excision by the domesticated transposase Piggy Mac (Pgm) and DNA repair. Molecular mechanisms underlying the specific recognition of those germinal sequences in chromatin context and the precision of the excision, remain elusive. The histone chaperone Spt16, associated to its partner Pob3, is part of the heterodimeric complex FACT (FAcilitates Chromatin Transactions). FACT is implicated in many mechanisms involving DNA metabolism such as transcription, repair, replication or chromatin accessibility. In P. tetraurelia, we identified two homologous proteins to Spt16 and Pob3 expressed only during macronucleus development at the time when genome rearrangements occur. Spt16-1 and Pob3-1 fused to GFP are localized in developing macronuclei. We showed that Spt16-1 is required to obtain a viable sexual progeny. Genome re-sequencing after SPT16-1 inactivation showed that Spt16-1 was required for all DNA elimination events and leads to similar phenotypes and defects to those obtained after PGM inactivation. Spt16-1 acts downstream of small RNA-directed heterochromatin formation and upstream of Pgm. We showed that Spt16-1 was required for the correct localization of Pgm responsible for DNA double strand breaks in developing macronuclei. We proposed a model in which Spt16-1 mediates interaction between chromatin and excision machinery that facilitates access to DNA cleavage sites for the Pgm endonuclease. Adenine DNA methylation, well known in bacteria for its role in restriction modification system, has been described during the last two years in several eukaryotes but in low proportion in the genome. However, its role in eukaryotes remains elusive. Previous analyses by chromatography with radio labelled nucleotides detected around 2,5% of methylated adenine in P. tetraurelia but its precise localization and role have never been analyzed. It has been proposed that this modification could mark with precision the excision sites during genome rearrangements when part of the eliminated sequences carry AT boundaries. The abundance of methylated adenine makes of Paramecium an excellent model to study this modification. Combining immunofluorescence techniques, HPLC-MS and sequencing, we described the presence and the cellular localization during life cycle of 6mA in P. tetraurelia. Those approaches allowed us to show that methylated cytosine are absent in Paramecium. We showed that methylation is mainly found in the somatic genome and transiently in germinal genome. It appears during somatic macronucleus development when genome rearrangements occur. Those preliminary results will allow us to pursue the study of adenine methylation by identifying responsible enzymes and its role in the cell.; Chez les eucaryotes, l’organisation de la chromatine est indispensable à la régulation de l’expression des gènes et la stabilité du génome. Les ciliés constituent un excellent modèle d’étude des mécanismes qui permettent de maintenir l’intégrité du génome eucaryote. Notre modèle d’étude, l’eucaryote unicellulaire Paramecium tetraurelia, se distingue par l’élimination massive et reproductible de près de 30% de séquences d’ADN germinal lors du développement du macronoyau somatique après les événements sexuels. Ces séquences sont éliminées grâce à un processus en plusieurs étapes impliquant la formation d’hétérochromatine dirigée par de petits ARN suivi d’excision par la transposase domestiquée Piggy Mac (Pgm) et de réparation. Les mécanismes moléculaires permettant de comprendre la reconnaissance spécifique de ces séquences germinales dans le contexte de la chromatine ainsi que la précision de la coupure demeurent mal compris.Le chaperon d’histone Spt16, associée au partenaire Pob3, fait partie du complexe hétéro-dimérique FACT (FAcilitates Chromatin Transactions). FACT intervient dans de nombreux mécanismes liés au métabolisme de l’ADN tels que la transcription, la réparation, la réplication ou l’accessibilité de la chromatine. Chez Paramecium tetraurelia, on a identifié deux protéines homologues de Spt16 et Pob3 exprimées uniquement durant le développement du macronoyau au moment où se produisent les réarrangements. Les protéines Spt16-1 et Pob3-1 fusionnées à la GFP se localisent dans les macronoyaux en développement. Nous avons montré que la protéine Spt16-1 est essentielle à la production d’une descendance sexuelle viable. Le reséquençage du génome après inactivation de SPT16-1 a montré que Spt16-1 est nécessaire à l‘ensemble des réarrangements du génome et conduit à des défauts semblables à ceux obtenus suite à l’inactivation de PGM. Spt16-1 agit en aval des voies de dépôt des marques d’hétérochromatine guidées par les petits ARNs mais en amont de l’endonucléase Pgm. Nous avons montré que Spt16-1 était nécessaire à la localisation correcte de Pgm responsable de l’introduction des cassures double brin dans les macronoyaux en développement. Nous proposons un modèle dans lequel Spt16-1 favorise l’interaction de la machinerie d’excision avec la chromatine pour rendre accessible les sites de coupure sur l’ADN à Pgm.La méthylation des adénines sur l’ADN (6mA), bien connue chez les bactéries pour son rôle dans le système de restriction modification, a été décrite ces deux dernières années chez plusieurs eucaryotes en faible proportion dans le génome. Cependant son rôle chez les eucaryotes est encore peu compris. D’anciennes analyses par chromatographie à l’aide de nucléotides marqués détectaient de l’ordre de 2,5% des adénines méthylées chez P. tetraurelia mais sa localisation précise n’avait jamais été montrée. Il avait été proposé que cette modification pourrait signaler avec précision les sites de coupures pendant les réarrangements d’ADN où une partie des séquences germinales présentent des bornes AT. L’abondance des adénines méthylées fait de la paramécie un excellent modèle d’étude de cette modification. En combinant des techniques d’Immunofluorescence, d’HPLC-MS et de séquençage, nous avons ainsi décrit la présence et la localisation dans la cellule et au cours du cycle de vie de 6mA chez P. tetraurelia. Ces approches ont également permis de montrer l’absence de cytosine méthylée chez la paramécie. Nous avons montré que la méthylation des adénines était retrouvée majoritairement dans le génome somatique et de manière transitoire dans le génome germinal. Elle est établie au cours du développement du macronoyau somatique quand se produisent les réarrangements du génome. Ces résultats préliminaires permettront de poursuivre l’étude de la méthylation afin d’identifier les enzymes responsables et son rôle dans la cellule.

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  • Authors: Bourbousson, Céline;

    Our research focuses on the adoption of a dispositive (Foucault, 1977) destinated to territorial polarization projects in the field of social and solidarity economy. We build on a multi-scalar approach which consists in : (1) a qualitative survey of the construction of the Pôle Territorial de Coopération Economique (“Territorial Cluster for Economic Cooperation”) policy by national actors, (2) two case studies of two of these clusters, selected in region Paca. More specifically, we build on the institutional work theory to characterize the practices deployed by the two TCECs in order to appropriate the dispositive in a context of institutional pluralism. Two levels of results are proposed. The first one sheds light on the banalisation process of the TCEC dispositive at the national level, which is first dominated by a civic logic of alternative territorial development that is then effaced by a a managerial logic of normalization of SSE. The second level of results consists in characterizing the modalities of appropriation of this dispositive at the meso scale of the two clusters analysed. It appears that the TCEC which manages to survive and develop is the one that hybridizes the civic and managerial logics. The other one, particularly shaped by the civic logic, doesn’t manage to perpetuate its activities and implies a reject of the dispositive, since it doesn’t share its strategic intention. Combining a critical approach and a neo-institutionalist analysis leads to several theoretical contributions. (1) We draw the outlines of a new type of dispositive that we conceptualize as a normalizing dispostive. (2) The analysis of institutional work in a context of institutional pluralism highlights a new type of practices : the ones which deal with institutional resistance.; Notre recherche propose d’appréhender la « mise en dispositif », au sens de Foucault (1977), de projets de polarisation territoriale dans le champ de l’économie sociale et solidaire (ESS). Nous nous appuyons sur une analyse multi-niveaux qui se décline sous la forme : (1) d’une enquête qualitative sur l’élaboration du dispositif Pôle Territorial de Coopération Economique (PTCE) par les acteurs nationaux, (2) de deux études de cas auprès de deux de ces pôles en région Paca. Plus précisément, nous mobilisons la grille d’analyse du travail institutionnel pour cerner les pratiques mises en oeuvre par les deux PTCE pour s’approprier le dispositif dans un contexte de pluralisme institutionnel. Deux niveaux de résultats sont proposés. Le premier revient à éclairer le phénomène de banalisation du dispositif PTCE à l’échelle nationale, qui est d’abord caractérisé par une logique civique de développement territorial alternatif qui se voit ensuite remplacée par une logique gestionnaire de normalisation de l’ESS. Le second niveau de résultats consiste à caractériser les modalités d’appropriation de ce dispositif à l’échelle méso des deux cas analysés. Il en ressort que le PTCE qui parvient à survivre et à se développer est celui qui hybride les logiques civique et gestionnaire. Le second PTCE, très façonné par la logique civique, ne parvient pas à pérenniser son activité et suscite un rejet du dispositif, dont il ne partage aucunement l’intention stratégique. Conjuguer une posture critique à une analyse néo-institutionnaliste nous permet de dégager plusieurs apports théoriques. (1) Nous dessinons les contours conceptuels d’un nouveau type de dispositif que nous qualifions de normalisateur. (2) L’analyse du travail institutionnel dans un contexte de pluralisme institutionnel met en évidence un nouveau type de pratiques : celles qui ont trait à la résistance institutionnelle.

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  • Authors: Pacaud, Jean-Michel;

    International audience; Résumé: Le nom Gibbolucina aremorica nom. nov. est ici proposé pour corriger l'homonymie primaire Lucina profunda Dufour, 1881 de l'Éocène de Loire-Atlantique non Lucina profunda Deshayes, 1850 [= Diplodonta], une espèce du Néogène du bassin d'Aquitaine, non Lucina profunda White, 1881, une espèce du Crétacé du Colorado (USA). Par ailleurs, le nom Diplodonta profunda Deshayes, 1857, introduit pour une espèce du Lutétien (Éocène moyen), homonyme de Diplodonta profunda (Deshayes, 1850), est renommé Diplodonta oesia nom. nov. Abstract: Gibbolucina aremorica nom. nov. is proposed here to correct the primary homonymy Lucina profunda Dufour, 1881 from the Eocene of Loire-Atlantique (France) non Lucina profunda Deshayes, 1850 [= Diplodonta], a Neogne species of the Aquitaine basin, non Lucina profunda White, 1881, a Cretaceous species of Colorado (USA). Moreover, the name Diplodonta profunda Deshayes, 1857, introduced for a species of the Lutetian (Middle Eocene), homonym of Diplodonta profunda (Deshayes, 1850), is renamed Diplodonta oesia nom. nov.

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  • Authors: Léothier, Laurent;

    International audience

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    Authors: Boulen, Muriel; Deschodt, Laurent; Henton, Alain;

    International audience; The Vignoble site is located at the junction between the bottom of the Schelde valley and a talweg coming from the slope. A Pleistocene alluvial fan created a peripheral small low area. This is filled in by a silt colluvium attributed to the early Holocene, and then by about 1.5 m of peat during the Atlantic. The record is constrained by seven radiocarbon dates, between 7,310 ± 59 BP (ca. 8,100 cal. yr BP) and 5,422 ± 43 BP (ca. 6,300 cal. yr BP) and a palynological study. During the Atlantic palynological data show a recurrent record of ruderal species, occasionally associated with a regression of forest trees. However, the analysis allows to exclude systematic anthropic causality for the evolution of the vegetation. On the contrary, different phases of declining oak appear to be related to changes in soil conditions. The last and strongest wet phase began at the upper surface of the peat, following the first indications of Neolithic agriculture.; Le site du Vignoble occupe la jonction entre le fond de vallée de l'Escaut et un talweg descendant du versant. Un cône de déjection pléistocène a développé une petite zone basse en périphérie. Elle est comblée par un limon colluvié attribué au début de l'Holocène, puis par 1,5 m de tourbe formée durant l'Atlantique. L'enregistrement bénéficie de sept dates radiocarbone, comprises entre 7 310 ± 59 BP (soit environ 8 100 ans cal. BP) et 5 422 ± 43 BP (soit environ 6 300 cal. BP), et d'une étude palynologique. Au cours de l'Atlantique, le diagramme pollinique présente un enregistrement récurrent de rudérales, parfois associé à un recul des essences forestières. Cependant, l'analyse permet d'exclure une causalité anthropique automatique. En revanche, différentes phases de recul de la chênaie semblent être liées à des variations des conditions édaphiques. La dernière phase humide, la plus importante, débute au sommet de la tourbe et fait suite aux premiers indices d'agriculture néolithique. Mots-clés : Escaut (nord de la France), Holocène, Atlantique, palynologie, tourbe, variations d'humidité, anthropisation

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  • Authors: Perez Quintero, Alvaro Luis;

    Transcription activator-like (TAL) effectors are proteins found mainly in the genus of Xanthomonas phytopathogenic bacteria. These proteins enter the nucleus of cells in the host plant and can induce the expression of genes. The induction of “susceptibility” S genes in the plant will result in disease. TAL effectors are able to bind DNA thanks to a unique motif consisting of a series of nearly-identical repeats that wrap around the DNA forming a super-helix, in each repeat two amino-acids found in a loop on the inner side of the helix directly interact with nucleotides. Different combination of amino-acids in this loop bind specific nucleotides following a unique code.A consequence of this tight interaction is that plants and bacteria co-evolve following an arms race where the plant genome diversifies to avoid being targeted by the TAL effectors, while tal effector genes diversify to adapt to new targets.Various aspects of TAL effector evolution are still unknown, specially how does specificity arise towards certain targets in the host plant? As first steps towards answering this question, in these thesis we show the results of using primarily bioinformatic strategies to find evolutionary patterns in TAL effector sequences. We designed the suite “QueTAL” containing software for 1) the construction of phylogenetic trees based on repeat sequences, 2) comparison of predicted binding sites for TAL effectors, 3) identification of repeat motifs in TAL effector pairs. This suite was made publicly available and it is being actively used by the Xanthomonas research community.We used these programs along with other strategies to analyze variation in over 900 TAL effector sequences from 22 taxonomic groups finding 1) a loss of diversity of repeats through the Xanthomonas genus, which may impact the evolution of TAL effector architecture, 2) groups of TAL effector orthologs specific to certain taxonomic groups of pathovars that may share common functions, 3) evidence of repeat motifs shared and lost between TAL effectors hinting at extensive recombination (particularly gene conversion) events. We propose that the swapping of repeat blocks between TAL effectors is a motor for TAL effector specialization that allows for fast functional diversification through the acquisition of new targets in the host plants.We then analyzed in detail the diversity of TAL effector sequences in African strains of Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo), causing agent of bacterial leaf blight of rice, the most destructive bacterial disease in rice. We found indications of virulence activity of a TAL effector being the product of a gene conversion event, supporting our hypothesis of gene conversion as a motor of TAL effector evolution. We also used transcriptomic data and systematic gain-of-function assays to uncover a TAL effector that exerts a virulence role through the induction of two susceptibility genes, one of which represents a novel class of susceptibility gene in bacterial blight. Finally, we present partial results of transcriptomic analyses aimed at de-constructing the effects of each TAL effector from one strain on the rice transcriptome, as well as results from collaborative functional and evolutionary analyses in other groups of Xanthomonas.Altogether, this thesis offers a new conceptual framework and new tools for the analysis of TAL effector function and evolution, and we hope this will help in the design of strategies aimed at improving resistance to bacteria in agronomically important plants.; Les effecteurs TAL (« Transcription Activator-Like ») sont des protéines présentes majoritairement chez les bactéries phytopathogènes du genre Xanthomonas. Ces protéines bactériennes sont dirigées vers le noyau des cellules de la plante hôte où elles induisent l’expression de gènes. L’induction de gènes de « susceptibilité » de la plante est responsable de la maladie. Les effecteurs TAL sont capables de se lier à l’ADN grâce à un motif particulier consistant en une série de répétitions quasi-identiques s’enroulant autour de l’ADN et formant une super-hélice. Au sein des répétitions deux acides aminés localisés à l’intérieur de chaque boucle de la super-hélice interagissent directement et spécifiquement avec les nucléotides. Des combinaisons différentes de ces deux acides aminés se lient spécifiquement à certains nucléotides, selon un code unique.Une conséquence de cette interaction étroite est que les plantes et les bactéries co-évoluent selon une course aux armements où le génome de la plante se diversifie pour éviter d’être la cible des effecteurs TAL, tandis que les gènes tal se diversifient pour s’adapter à de nouvelles cibles. Les aspects évolutifs des effecteurs TAL sont encore largement inconnus, notamment comment la spécificité évolue vers de nouvelles cibles végétales. Cette thèse présente les premiers travaux sur la compréhension des mécanismes évolutifs des gènes tal, principalement abordés par la bioinformatique. Nous avons développé la suite de programmes « QueTAL » qui permet d’une part la construction d’arbres phylogénétiques basés soit sur la séquence des répétitions, soit sur la séquence des sites cibles, d’autre part la recherche de motifs de répétitions pouvant constituer les unités évolutives des effecteurs TAL. Cette suite bioinformatique est publique, en ligne, et activement utilisée par la communauté des scientifiques travaillant sur les effecteurs TAL des Xanthomonas.Ces programmes ont été appliqués (ainsi que d’autres approches) à plus de 900 séquences d’effecteurs TAL de 22 groupes bactériens. Nous avons mis en évidence i) une perte de diversité dans les répétitions chez les Xanthomonas, qui aurait des conséquence sur l’évolution de la structure des effecteurs TAL; ii) l’existence de groupes fonctionnels de gènes tal spécifiques à certains pathovars ; iii) un probable mécanisme évolutif reposant sur la recombinaison (principalement par conversion génique), révélé par le gain ou la perte de répétitions en blocs entiers. Notre hypothèse est que le moteur de la spécialisation des effecteurs TAL est la recombinaison de ces blocs entre gènes conduisant à une diversification fonctionnelle rapide vers de nouvelles cibles végétales.Nous avons ensuite analysé plus en détail la diversité des séquences TAL de souches africaines de Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo), agent de la bactériose vasculaire, maladie bactérienne la plus importante du riz. Nous avons montré qu’un gène tal résultant d’une conversion génique pouvait être fonctionnel, indiquant que ce mécanisme peut être un moteur évolutif chez les effecteurs TAL. Les données de transcriptomique et de gain de fonction ont permis de mettre en évidence un effecteurs TAL dont la virulence s’exerce par l’activation de deux gènes de susceptibilité, dont l’un n’avait jamais été décrit chez Xoo. Enfin nous présentons des résultats préliminaires sur les effets d’une déconstruction de TALome sur le transcriptome de riz ainsi que des travaux fonctionnels et évolutifs issus de collaborations sur d’autres Xanthomonas.Cette thèse offre un nouveau cadre conceptuel ainsi que de nouveaux outils pour l’analyse fonctionnelle et évolutive des effecteurs TAL qui devraient améliorer la mise au point de stratégies pour la résistance des plantes aux Xanthomonas.

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  • Authors: Fotso, Ruben;

    This thesis aims to evaluate and analyse the direct and indirect effects of the Rhône-Alpes Technological Research Institutes (IRTs), which are one of the innovation policy devices based on science-industry transfers, created in France as pait of the Future Investment Programme. By applying a difference-in-difference model combined with matching methods, the results show a direct positive effect on turnover and financial autonomy and indicate that this effect varies according to the duration of participation and the type of assistance received. In addition, the type of assistance would play a more important role than the duration of treatment in the effectiveness of TRis. The results also indicate that the TRI had positive indirect effects on turnover, financial autonomy and the share of executives of non-directly beneficiary SMEs but located in the treated area and that these effects do not appear immediately after the treatment but a few years later. In addition, this research work assesses and analyses the direct effects of TRis by focusing on the R&D performance of large companies. Using the random trend model and the synthetic control model, the results of the first model indicate that participation in TRis has had an additional direct effect on total net R&D expenditures and that these expenditures are largely self-­financed and used outside the company through collaborations and outsourcing. The results of the second model show that a single company has almost systematic effects on all R&D performance indicators.; Cette thèse vise à évaluer et analyser les effets directs et indirects des Instituts de Recherche Technologique (IRT) Rhônalpins qui sont l'un des dispositifs des politiques d'innovation fondées sur les transferts science-industrie, créés en France dans le cadre du Programme d'investissement d' Avenir. En appliquant un modèle de différence-en-différence combiné aux méthodes d'appariement, les résultats montrent un effet direct positif sur le chiffre d'affaires et l'autonomie financière et indiquent que cet effet varie en fonction de la durée de participation et du type d'aide reçu. Par ailleurs le type d'aide jouerait un rôle plus important que la durée de traitement dans l'efficacité des IRT. Les résultats indiquent aussi que l'IRT a eu les effet indirects positifs sur le chiffre d'affaires, l'autonomie financière et la part des cadres des PMEs non-directement bénéficiaires, localisées dans la zone traitée et que ces effets n'apparaissent pas immédiatement après le traitement mais quelques années plus tard. Par ailleurs, ce travail de recherche évalue et analyse les effets directs des IRT en se focalisant sur les performances de R&D des grandes entreprises. En utilisant le modèle à tendance aléatoire et le modèle de contrôle synthétique, les résultats du premier modèle indiquent que la participation aux IRT a eu un effet direct additionnel sur les dépenses totales de R&D nettes et que ces dépenses sont largement autofinancées et utilisées à l'extérieur de l'entreprise à travers les collaborations et les sous-traitances. Les résultats du second modèle montrent qu'une seule entreprise a des effets quasi-systématiques sur tous les indicateurs de performance de R&D.

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  • Authors: Allirol, Béatrice; Dumontier, Pascal;

    International audience; GRI offers an international reference to firm’s stakeholders interested in social and environmental disclosures. However these disclosures target first and foremost investors, especially for listed firms. The environmental disclosure scores of 120 randomly selected European companies help us determine how their disclosures capture environmental information useful to all stakeholders (GRI scores) or to investors only (EFFAS scores). Our results show that GRI scores are to a large extent driven by the firm’s exposure to environmental risks. In contrast, EFFAS scores are driven by shareholding dispersion and, therefore, pressures exerted by investors. This suggests that environmental disclosures respond to a logic of environmental legitimacy when investors’ pressure is weak. Otherwise they aim to satisfy investors’ expectations.; Référence internationale en matière de reporting extra financier le GRI s’adresse à tous les partenaires de l’entreprise. Les investisseurs sont toutefois les destinataires privilégiés du reporting environnemental, surtout si l’entreprise est cotée. Les scores de divulgation environnementale de 120 entreprises européennes nous permettent de déterminer comment les entreprises cotées répondent aux prescriptions du GRI qui reflètent les attentes de l’ensemble des parties prenantes de l’entreprise et à celles de l’EFFAS qui reflètent les attentes des seuls investisseurs. Nos résultats montrent que les déterminants des scores de divulgation GRI différent des déterminants des scores EFFAS au sens où seuls les scores GRI sont sensibles à l’exposition environnementale de l’entreprise. Les scores EFFAS dépendent quant à eux de la pression des investisseurs. Il apparaît donc que les divulgations environnementales répondent à une logique de légitimité environnementale lorsque la pression des investisseurs est faible. Elles visent prioritairement à satisfaire les investisseurs dans le cas contraire.

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  • Authors: Albert, Bruno;

    The work carried out during this thesis led to the proposal of a methodological and software solution that helps manufacturers to better master the haptic sensory inspection of their products. This type of quality control, which uses the sense of touch in a dynamic way, poses many problems in the industry. A case study, carried out on luxury watch bracelets, illustrates the difficulty of objectively and repeatedly judging the haptic quality of products. Our review of the literature also confirms that the implementation of sensory inspection requires a great deal of expertise to acquire and capitalize. In particular, the way a haptic sensation is described and the way the product is inspected generally have a significant impact on the result of the control.In order to reduce these difficulties, three main contributions are made. First, a method is proposed to formalize the elementary haptic sensations at the origin of sensory perception. A semantic modeling process leads to the identification of a reduced number of elementary haptic sensations and their relationship to the words used in this field. An ontological representation is then constructed, on the basis of existing models, to structure in a robust way all the knowledge necessary for haptic inspection (descriptors, sensations, anomalies, stimuli, sensory receptors, effectors, exploration modes, etc.). This modeling makes it possible to provide a contextualized access to this knowledge and to enrich it over time. Finally, we propose a methodology to help the systematic implementation of the haptic inspection of products. It relies on the knowledge base to generate an inspection standard adapted to the specific problem encountered. This standard includes the formalized specifications of the haptic anomalies to be inspected and the inspection protocols to be used. The INSENSO software tool, developed within the company INEVA, integrates this inspection implementation methodology and the associated knowledge management system.The application of this methodology to the case of watch bracelets has led to the development of a haptic inspection standard. The use of this standard has significantly reduced the variability of inspection results. The solutions developed for the haptic inspection of products open many perspectives in the more general field of sensory inspection, especially regarding its instrumentation.; Les travaux réalisés au cours de cette thèse ont mené à la proposition d'une solution méthodologique et logicielle accompagnant les industriels vers une meilleure maîtrise du contrôle sensoriel haptique de leurs produits. Ce type de contrôle, qui fait appel au sens du toucher de manière dynamique, pose en effet de nombreux problèmes dans l'industrie. Un cas d'étude, réalisé sur des bracelets d'une montre de luxe, illustre la difficulté à juger de manière objective et répétable la qualité haptique des produits. Notre analyse de la littérature confirme également que la mise en place de ce contrôle requiert une grande expertise à acquérir et à capitaliser. En particulier, la manière de décrire une sensation haptique et la manière de contrôler le produit ont généralement un impact significatif sur le résultat du contrôle.Dans le but de réduire ces difficultés, trois contributions principales sont apportées. Une méthode est tout d’abord proposée pour formaliser les sensations haptiques élémentaires à l’origine de la perception sensorielle. Il s'agit d'un processus de modélisation sémantique qui mène à l'identification d'un nombre réduit de sensations haptiques élémentaires et à leur mise en relation avec les mots utilisés dans ce domaine. Une représentation ontologique est ensuite construite, sur la base de modèles existants, pour structurer de manière robuste l'ensemble des connaissances nécessaires au contrôle haptique (descripteurs, sensations, anomalies, stimuli, récepteurs sensoriels, effecteurs, modes d’exploration, etc.). Cette modélisation rend possible un accès contextualisé à ces connaissances et leur enrichissement au fil du temps. Enfin, nous proposons une méthodologie aidant à la mise en œuvre systématique d’un contrôle haptique des produits. Elle s'appuie sur les connaissances modélisées pour générer un standard de contrôle adapté à la problématique spécifique rencontrée. Ce standard inclut les spécifications formalisées des anomalies haptiques à contrôler, des protocoles ainsi qu’un référentiel de contrôle à utiliser. L’outil logiciel INSENSO, développé au sein de la société INEVA, intègre cette méthodologie de mise en œuvre du contrôle ainsi que le système de gestion des connaissances associées.L'application de cette méthodologie sur le cas des bracelets de montre a mené au développement dans l’entreprise manufacturière d'un standard de contrôle haptique. L'utilisation de ce standard a permis de réduire de manière significative la variabilité des résultats de contrôle. Les solutions développées sur le contrôle haptique ouvrent de nombreuses perspectives dans le domaine plus général du contrôle sensoriel, notamment en ce qui concerne son instrumentation.

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    Authors: Éric Saillot;

    La notion de bienveillance a émergé institutionnellement en France depuis la Loi de refondation de l’école de 2013. Cet article rend compte des principaux résultats d’une enquête réalisée en 2016 dans l’académie de Caen sur les représentations, les préoccupations et les pratiques déclarées des professionnels de l’école à partir des 418 questionnaires intégralement renseignés en ligne. Il s’agit d’essayer de mieux comprendre et définir la bienveillance éducative du point de vue des professionnels, en conservant un regard critique sur l’emploi de ce terme. Caring school has been institutionally emerging in France since the school refoundation Law (2013). This text presents the main results of a survey realized in 2016 in the academy of Caen in Normandy. This study aims at describing and understanding school professionals’ representations, concerns and self-reported practice, thanks to 418 full questionnaires. This text will finally take a critical look at caring and demanding school.

    image/svg+xml art designer at PLoS, modified by Wikipedia users Nina, Beao, JakobVoss, and AnonMoos Open Access logo, converted into svg, designed by PLoS. This version with transparent background. http://commons.wikimedia.org/wiki/File:Open_Access_logo_PLoS_white.svg art designer at PLoS, modified by Wikipedia users Nina, Beao, JakobVoss, and AnonMoos http://www.plos.org/ OpenEdition; Questio...arrow_drop_down
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  • Authors: Touzeau, Amandine;

    In eukaryotes, chromatin organization is required for the regulation of gene expression and genome stability. Ciliate provide excellent model to study mechanisms involved in maintain of genome integrity. Our study model, the unicellular eukaryote Paramecium tetraurelia, has the particularity to eliminate massively and reproducibly 30% of germinal DNA sequences during the development of the somatic macronucleus after sexual events. Those sequences are eliminated by a multi-step process involving small RNA-directed heterochromatin formation followed by DNA excision by the domesticated transposase Piggy Mac (Pgm) and DNA repair. Molecular mechanisms underlying the specific recognition of those germinal sequences in chromatin context and the precision of the excision, remain elusive. The histone chaperone Spt16, associated to its partner Pob3, is part of the heterodimeric complex FACT (FAcilitates Chromatin Transactions). FACT is implicated in many mechanisms involving DNA metabolism such as transcription, repair, replication or chromatin accessibility. In P. tetraurelia, we identified two homologous proteins to Spt16 and Pob3 expressed only during macronucleus development at the time when genome rearrangements occur. Spt16-1 and Pob3-1 fused to GFP are localized in developing macronuclei. We showed that Spt16-1 is required to obtain a viable sexual progeny. Genome re-sequencing after SPT16-1 inactivation showed that Spt16-1 was required for all DNA elimination events and leads to similar phenotypes and defects to those obtained after PGM inactivation. Spt16-1 acts downstream of small RNA-directed heterochromatin formation and upstream of Pgm. We showed that Spt16-1 was required for the correct localization of Pgm responsible for DNA double strand breaks in developing macronuclei. We proposed a model in which Spt16-1 mediates interaction between chromatin and excision machinery that facilitates access to DNA cleavage sites for the Pgm endonuclease. Adenine DNA methylation, well known in bacteria for its role in restriction modification system, has been described during the last two years in several eukaryotes but in low proportion in the genome. However, its role in eukaryotes remains elusive. Previous analyses by chromatography with radio labelled nucleotides detected around 2,5% of methylated adenine in P. tetraurelia but its precise localization and role have never been analyzed. It has been proposed that this modification could mark with precision the excision sites during genome rearrangements when part of the eliminated sequences carry AT boundaries. The abundance of methylated adenine makes of Paramecium an excellent model to study this modification. Combining immunofluorescence techniques, HPLC-MS and sequencing, we described the presence and the cellular localization during life cycle of 6mA in P. tetraurelia. Those approaches allowed us to show that methylated cytosine are absent in Paramecium. We showed that methylation is mainly found in the somatic genome and transiently in germinal genome. It appears during somatic macronucleus development when genome rearrangements occur. Those preliminary results will allow us to pursue the study of adenine methylation by identifying responsible enzymes and its role in the cell.; Chez les eucaryotes, l’organisation de la chromatine est indispensable à la régulation de l’expression des gènes et la stabilité du génome. Les ciliés constituent un excellent modèle d’étude des mécanismes qui permettent de maintenir l’intégrité du génome eucaryote. Notre modèle d’étude, l’eucaryote unicellulaire Paramecium tetraurelia, se distingue par l’élimination massive et reproductible de près de 30% de séquences d’ADN germinal lors du développement du macronoyau somatique après les événements sexuels. Ces séquences sont éliminées grâce à un processus en plusieurs étapes impliquant la formation d’hétérochromatine dirigée par de petits ARN suivi d’excision par la transposase domestiquée Piggy Mac (Pgm) et de réparation. Les mécanismes moléculaires permettant de comprendre la reconnaissance spécifique de ces séquences germinales dans le contexte de la chromatine ainsi que la précision de la coupure demeurent mal compris.Le chaperon d’histone Spt16, associée au partenaire Pob3, fait partie du complexe hétéro-dimérique FACT (FAcilitates Chromatin Transactions). FACT intervient dans de nombreux mécanismes liés au métabolisme de l’ADN tels que la transcription, la réparation, la réplication ou l’accessibilité de la chromatine. Chez Paramecium tetraurelia, on a identifié deux protéines homologues de Spt16 et Pob3 exprimées uniquement durant le développement du macronoyau au moment où se produisent les réarrangements. Les protéines Spt16-1 et Pob3-1 fusionnées à la GFP se localisent dans les macronoyaux en développement. Nous avons montré que la protéine Spt16-1 est essentielle à la production d’une descendance sexuelle viable. Le reséquençage du génome après inactivation de SPT16-1 a montré que Spt16-1 est nécessaire à l‘ensemble des réarrangements du génome et conduit à des défauts semblables à ceux obtenus suite à l’inactivation de PGM. Spt16-1 agit en aval des voies de dépôt des marques d’hétérochromatine guidées par les petits ARNs mais en amont de l’endonucléase Pgm. Nous avons montré que Spt16-1 était nécessaire à la localisation correcte de Pgm responsable de l’introduction des cassures double brin dans les macronoyaux en développement. Nous proposons un modèle dans lequel Spt16-1 favorise l’interaction de la machinerie d’excision avec la chromatine pour rendre accessible les sites de coupure sur l’ADN à Pgm.La méthylation des adénines sur l’ADN (6mA), bien connue chez les bactéries pour son rôle dans le système de restriction modification, a été décrite ces deux dernières années chez plusieurs eucaryotes en faible proportion dans le génome. Cependant son rôle chez les eucaryotes est encore peu compris. D’anciennes analyses par chromatographie à l’aide de nucléotides marqués détectaient de l’ordre de 2,5% des adénines méthylées chez P. tetraurelia mais sa localisation précise n’avait jamais été montrée. Il avait été proposé que cette modification pourrait signaler avec précision les sites de coupures pendant les réarrangements d’ADN où une partie des séquences germinales présentent des bornes AT. L’abondance des adénines méthylées fait de la paramécie un excellent modèle d’étude de cette modification. En combinant des techniques d’Immunofluorescence, d’HPLC-MS et de séquençage, nous avons ainsi décrit la présence et la localisation dans la cellule et au cours du cycle de vie de 6mA chez P. tetraurelia. Ces approches ont également permis de montrer l’absence de cytosine méthylée chez la paramécie. Nous avons montré que la méthylation des adénines était retrouvée majoritairement dans le génome somatique et de manière transitoire dans le génome germinal. Elle est établie au cours du développement du macronoyau somatique quand se produisent les réarrangements du génome. Ces résultats préliminaires permettront de poursuivre l’étude de la méthylation afin d’identifier les enzymes responsables et son rôle dans la cellule.

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  • Authors: Bourbousson, Céline;

    Our research focuses on the adoption of a dispositive (Foucault, 1977) destinated to territorial polarization projects in the field of social and solidarity economy. We build on a multi-scalar approach which consists in : (1) a qualitative survey of the construction of the Pôle Territorial de Coopération Economique (“Territorial Cluster for Economic Cooperation”) policy by national actors, (2) two case studies of two of these clusters, selected in region Paca. More specifically, we build on the institutional work theory to characterize the practices deployed by the two TCECs in order to appropriate the dispositive in a context of institutional pluralism. Two levels of results are proposed. The first one sheds light on the banalisation process of the TCEC dispositive at the national level, which is first dominated by a civic logic of alternative territorial development that is then effaced by a a managerial logic of normalization of SSE. The second level of results consists in characterizing the modalities of appropriation of this dispositive at the meso scale of the two clusters analysed. It appears that the TCEC which manages to survive and develop is the one that hybridizes the civic and managerial logics. The other one, particularly shaped by the civic logic, doesn’t manage to perpetuate its activities and implies a reject of the dispositive, since it doesn’t share its strategic intention. Combining a critical approach and a neo-institutionalist analysis leads to several theoretical contributions. (1) We draw the outlines of a new type of dispositive that we conceptualize as a normalizing dispostive. (2) The analysis of institutional work in a context of institutional pluralism highlights a new type of practices : the ones which deal with institutional resistance.; Notre recherche propose d’appréhender la « mise en dispositif », au sens de Foucault (1977), de projets de polarisation territoriale dans le champ de l’économie sociale et solidaire (ESS). Nous nous appuyons sur une analyse multi-niveaux qui se décline sous la forme : (1) d’une enquête qualitative sur l’élaboration du dispositif Pôle Territorial de Coopération Economique (PTCE) par les acteurs nationaux, (2) de deux études de cas auprès de deux de ces pôles en région Paca. Plus précisément, nous mobilisons la grille d’analyse du travail institutionnel pour cerner les pratiques mises en oeuvre par les deux PTCE pour s’approprier le dispositif dans un contexte de pluralisme institutionnel. Deux niveaux de résultats sont proposés. Le premier revient à éclairer le phénomène de banalisation du dispositif PTCE à l’échelle nationale, qui est d’abord caractérisé par une logique civique de développement territorial alternatif qui se voit ensuite remplacée par une logique gestionnaire de normalisation de l’ESS. Le second niveau de résultats consiste à caractériser les modalités d’appropriation de ce dispositif à l’échelle méso des deux cas analysés. Il en ressort que le PTCE qui parvient à survivre et à se développer est celui qui hybride les logiques civique et gestionnaire. Le second PTCE, très façonné par la logique civique, ne parvient pas à pérenniser son activité et suscite un rejet du dispositif, dont il ne partage aucunement l’intention stratégique. Conjuguer une posture critique à une analyse néo-institutionnaliste nous permet de dégager plusieurs apports théoriques. (1) Nous dessinons les contours conceptuels d’un nouveau type de dispositif que nous qualifions de normalisateur. (2) L’analyse du travail institutionnel dans un contexte de pluralisme institutionnel met en évidence un nouveau type de pratiques : celles qui ont trait à la résistance institutionnelle.

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  • Authors: Pacaud, Jean-Michel;

    International audience; Résumé: Le nom Gibbolucina aremorica nom. nov. est ici proposé pour corriger l'homonymie primaire Lucina profunda Dufour, 1881 de l'Éocène de Loire-Atlantique non Lucina profunda Deshayes, 1850 [= Diplodonta], une espèce du Néogène du bassin d'Aquitaine, non Lucina profunda White, 1881, une espèce du Crétacé du Colorado (USA). Par ailleurs, le nom Diplodonta profunda Deshayes, 1857, introduit pour une espèce du Lutétien (Éocène moyen), homonyme de Diplodonta profunda (Deshayes, 1850), est renommé Diplodonta oesia nom. nov. Abstract: Gibbolucina aremorica nom. nov. is proposed here to correct the primary homonymy Lucina profunda Dufour, 1881 from the Eocene of Loire-Atlantique (France) non Lucina profunda Deshayes, 1850 [= Diplodonta], a Neogne species of the Aquitaine basin, non Lucina profunda White, 1881, a Cretaceous species of Colorado (USA). Moreover, the name Diplodonta profunda Deshayes, 1857, introduced for a species of the Lutetian (Middle Eocene), homonym of Diplodonta profunda (Deshayes, 1850), is renamed Diplodonta oesia nom. nov.

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  • Authors: Léothier, Laurent;

    International audience

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    Authors: Boulen, Muriel; Deschodt, Laurent; Henton, Alain;

    International audience; The Vignoble site is located at the junction between the bottom of the Schelde valley and a talweg coming from the slope. A Pleistocene alluvial fan created a peripheral small low area. This is filled in by a silt colluvium attributed to the early Holocene, and then by about 1.5 m of peat during the Atlantic. The record is constrained by seven radiocarbon dates, between 7,310 ± 59 BP (ca. 8,100 cal. yr BP) and 5,422 ± 43 BP (ca. 6,300 cal. yr BP) and a palynological study. During the Atlantic palynological data show a recurrent record of ruderal species, occasionally associated with a regression of forest trees. However, the analysis allows to exclude systematic anthropic causality for the evolution of the vegetation. On the contrary, different phases of declining oak appear to be related to changes in soil conditions. The last and strongest wet phase began at the upper surface of the peat, following the first indications of Neolithic agriculture.; Le site du Vignoble occupe la jonction entre le fond de vallée de l'Escaut et un talweg descendant du versant. Un cône de déjection pléistocène a développé une petite zone basse en périphérie. Elle est comblée par un limon colluvié attribué au début de l'Holocène, puis par 1,5 m de tourbe formée durant l'Atlantique. L'enregistrement bénéficie de sept dates radiocarbone, comprises entre 7 310 ± 59 BP (soit environ 8 100 ans cal. BP) et 5 422 ± 43 BP (soit environ 6 300 cal. BP), et d'une étude palynologique. Au cours de l'Atlantique, le diagramme pollinique présente un enregistrement récurrent de rudérales, parfois associé à un recul des essences forestières. Cependant, l'analyse permet d'exclure une causalité anthropique automatique. En revanche, différentes phases de recul de la chênaie semblent être liées à des variations des conditions édaphiques. La dernière phase humide, la plus importante, débute au sommet de la tourbe et fait suite aux premiers indices d'agriculture néolithique. Mots-clés : Escaut (nord de la France), Holocène, Atlantique, palynologie, tourbe, variations d'humidité, anthropisation

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    Article . 2016
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      Article . 2016
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