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The following article provides an overview of Open Access Publishing in Austria in 2010. First of all, the participation of Austrian institutions in signing Open Access declarations and Open Access events in Austria are presented. Secondly, the article shows the development of both the Green Road to Open Access (repositories) as well as the Golden Road (Open Access Journals) in Austria. The article also describes the Open Access policies of the most important funding agency in Austria, the biggest university of the country as well as Universities Austria, the association of the 21 public universities in Austria. Finally, the paper raises the question of how Open Access is to be financed and explains the legal framework conditions for Open Access in Austria.

A principal característica biológica dos herpesvírus é a sua capacidade de persistirem durante toda a vida do hospedeiro através do estabelecimento de infecções latentes. Durante a latência, os herpesvírus permanecem no núcleo da célula infectada sob a forma de um episoma, não havendo produção de viriões infecciosos. A expressão génica está limitada aos genes importantes para a manutenção do genoma viral e sobrevivência da célula hospedeira, permitindo ao vírus não ser reconhecido pelo sistema imunitário. No caso dos gama-herpesvírus, a fase de latência é estabelecida maioritariamente em células B e está associada ao desenvolvimento de doenças linfoproliferativas, fazendo com que o controlo destes vírus seja um objectivo clínico prioritário. Para persistirem nos hospedeiros, os gama-herpesvírus exploram o ciclo de vida normal das células B, induzindo a proliferação das células infectadas em centros germinativos e a sua posterior diferenciação em células B de memória de longa duração. Estes processos são controlados por proteínas virais que subvertem vias de sinalização da célula B ao regularem ou substituírem determinadas proteínas sinalizadoras. Assim, o estudo das proteínas modeladoras virais é de extrema importância, uma vez que estas têm um papel fundamental na patogénese dos gama-herpesvírus e estão potencialmente relacionadas com desenvolvimento de doenças linfoproliferativas. Os dois gama-herpesvírus humanos conhecidos até à data – vírus Epstein-Barr (EBV) e o vírus associado ao sarcoma de Kaposi (KSHV) – codificam proteínas membranares expressas durante a fase de latência que actuam como receptores constitutivamente activos, interferindo assim em vários aspectos da sinalização da célula B. Embora muitos estudos tenham abordado a função bioquímica destas proteínas, a estrita especificidade de hospedeiro dos gama-herpesvírus humanos tem limitado o estudo da função destas proteínas in vivo. Assim, um dos maiores desafios no estudo dos gama-herpesvírus consiste em relacionar a função bioquímica dos genes com o seu papel na infecção natural do hospedeiro. Neste estudo utilizou-se a infecção de ratinhos de laboratório com o herpesvírus de murganho 4 (MuHV-4) como modelo experimental determinar, in vivo, a importância que a modelação da função das células B tem para o estabelecimento e manutenção de latência no hospedeiro. O MuHV-4 é um parasita natural de roedores selvagens, geneticamente relacionado com os agentes patogénicos EBV e KSHV e, à semelhança RESUMO x destes, infecta latentemente células B, induzindo a sua proliferação em centros germinativos. Este modelo animal tem, portanto, um grande potencial para a compreensão de factores virais e do hospedeiro relevantes para a patogénese de gamaherpesvírus. Estudos bioquímicos realizados no nosso grupo demonstraram que a proteína M2 de MuHV-4 se encontra envolvida na modelação da função das células B. No entanto, M2, contrariamente às proteínas modelação de EBV e KSHV, não se comporta como um receptor celular constitutivamente activo, mas como uma proteína adaptadora. As funções adaptadoras de M2 promovem a formação de complexos celulares multi-proteicos que favorecem a aproximação entre enzimas e substratos, modelando deste modo vias de sinalização da célula B. Uma das vias de sinalização activadas por M2 é a via das proteínas Vav1/Rac1. M2, ao facilitar o encontro entre Vav1 e a cinase de tirosinas Fyn, induz a fosforilação de Vav1 por Fyn e, consequentemente, a activação da actividade catalítica de Vav1. Estudos recentes demonstraram que M2 está também envolvida na interacção e modulação da actividade de outras proteínas sinalizadoras, nomeadamente PI3K e PLCγ2. O presente estudo teve como principal objectivo relacionar a função molecular de M2, enquanto modeladora de vias de sinalização de células B, com o seu papel na infecção in vivo do hospedeiro. Para tal, construíram-se vírus recombinantes nos quais domínios de M2 importantes para a sua função molecular foram inactivados através de mutações pontuais. Inicialmente, construíram-se vírus recombinantes que contêm mutações na região rica em prolinas (M2P2) ou em dois resíduos de tirosina susceptíveis de fosforilação por Fyn (M2Y). Estes dois domínios foram identificados em estudos bioquímicos realizados pelo nosso grupo como sendo essenciais para a ligação e activação de Vav1. Para avaliar a importância biológica destes domínios procedeu-se à infecção intranasal de ratinhos com os vírus recombinantes e analisou-se o comportamento dos vírus durante a fase de infecção latente, por comparação com a infecção de ratinhos com o vírus selvagem (WT) ou o vírus M2FS, que não expressa a proteína M2. Os vírus foram caracterizados durante o estabelecimento e manutenção da fase de latência através de três ensaios independentes mas complementares. Através de ensaios de reactivação ex vivo avaliou-se a infecção latente em esplenócitos totais. A frequência de infecção em células B do centro germinativo, que constituem o principal reservatório de latência do vírus, foi determinada após purificação desta população por citometria de fluxo, combinando ensaios de diluição limite com PCR em tempo real. A realização de experiências de hibridação in situ em secções do baço permitiu localizar RESUMO xi as células infectadas e monitorizar a sua cinética de proliferação no interior dos folículos linfóides. Os resultados obtidos pelos três ensaios foram concordantes entre si e revelaram que os domínios funcionais de M2 analisados são fundamentais, durante o estabelecimento de latência, para uma eficiente colonização dos folículos linfóides e estabelecimento de reacções do centro germinativo. Além disso, o fenótipo apresentado pelos vírus recombinantes com mutações pontuais em M2 durante o estabelecimento de latência é indistinguível do fenótipo obtido com o vírus que não expressa M2. Este facto vem reforçar a importância fisiológica, na infecção latente de MuHV-4 em células B, da modulação de vias de sinalização da célula B por M2. A eliminação da expressão de M2 durante a fase de latência em ratinhos BALB/c origina dois fenótipos distintos: por um lado, durante o estabelecimento de latência, origina um atraso na colonização dos folículos e no início da proliferação das células infectadas nos centros germinativos; por outro lado, a longos tempos pós-infecção, observa-se um aumento exacerbado do número de células B do centro germinativo infectadas. Apesar da disrupção dos domínios funcionais de M2 reproduzir totalmente o comportamento do vírus que não expressa M2 durante o estabelecimento de latência, o fenótipo a longo prazo não é reproduzido. Assim, a longos tempos pós-infecção, os vírus recombinantes com mutações nos domínios funcionais de M2 comportam-se exactamente como o vírus WT. Estudos recentes realizados no nosso laboratório revelaram que esta incapacidade do vírus que não expressa M2 em cessar a proliferação das células do centro germinativo, não se deve a uma função molecular de M2 mas sim a um efeito imunológico. A proteína M2 contém um epítopo que é activamente reconhecido por células T citotóxicas (CTLs) e contribui para o controlo da infecção latente de MuHV-4. Na ausência do epítopo de M2, as células T citotóxicas não reconhecem as células infectadas e não conseguem controlar a amplificação da latência em células B do centro germinativo. Para verificar se todas as funções moleculares de M2 importantes para o estabelecimento de latência em células B tinham sido identificadas, construiu-se um vírus recombinante duplo, com mutações pontuais não só nos resíduos de tirosina de M2 mas também no seu epítopo. O fenótipo deste vírus foi analisado após infecção de ratinhos e comparado com o do vírus deficiente para a expressão de M2. O comportamento dos dois vírus foi exactamente o mesmo, tanto durante estabelecimento de latência como na infecção a longo prazo. Esta observação indica que os domínios de M2 importantes para o estabelecimento e manutenção da latência foram identificados: RESUMO xii através das tirosinas e da região rica em prolinas, M2 modula vias de sinalização da célula B de forma a promover uma eficiente colonização dos folículos linfóides; o epítopo reconhecido por CTLs torna M2 indirectamente responsável pelo nível de carga viral a longo prazo. Estudos bioquímicos recentes realizados no nosso laboratório demonstraram que os dois resíduos de tirosina fosforilados de M2 (Y120 e Y129) têm especificidades diferentes, ligando-se a moléculas sinalizadoras distintas. Além disso, a tirosina 120 parece ter um papel predominante, sendo essencial na ligação a Vav1, Fyn, PLCγ2 e PI3K. Para determinar a importância relativa das duas tirosinas durante a infecção in vivo de ratinhos, construíram-se novos vírus recombinantes com cada uma das tirosinas individualmente mutadas. Os resultados obtidos demonstraram que embora in vitro a tirosina 120 pareça ser mais importante na interacção com moléculas sinalizadoras, in vivo ambas as tirosinas são necessárias para o normal estabelecimento de latência. Este resultado sugere que a tirosina 129 interage com outras moléculas importantes para a modelação da função da célula B. Embora o alvo preferencial para o estabelecimento de latência de MuHV-4 sejam as células B, durante o estabelecimento da fase latente este vírus é também capaz de infectar células dendríticas e macrófagos. Assim, no presente trabalho pretendeu-se ainda avaliar a importância da função de M2 na infecção de células dendríticas e macrófagos. Para tal, infectaram-se culturas de células dendríticas ou de macrófagos com o vírus deficiente para expressão de M2 ou com o vírus WT e avaliou-se o estabelecimento de infecções líticas e latentes por imunofluorescência. Além disso, infectaram-se ratinhos com os mesmos vírus e analisou-se a infecção de células dendríticas e macrófagos dos nódulos linfáticos mediastinais pouco tempo após a infecção. Em ambos os casos não foram detectadas diferenças na infecção entre o vírus WT e o mutante deficiente para a expressão de M2, o que indica que M2 não parece desempenhar qualquer função molecular importante na infecção de células dendríticas e macrófagos. Em conclusão, este trabalho demonstrou que M2 funciona in vivo como uma proteína moduladora de vias de sinalização de células B e que esta função é fundamental na patogénese de MuHV-4, para uma eficiente colonização dos folículos linfóides durante o estabelecimento de latência. The major biological characteristic of herpesviruses is their ability to establish life-long latent infections in specific cell types within their host. In particular, gammaherpesviruses typically colonise their hosts by driving the proliferation of infected B cells in germinal centres (GCs) and establishing a lifelong reservoir of latently infected memory B cells. These events are controlled by viral proteins that subvert host cell signalling pathways by regulating or replacing functionally specific signalling proteins. These viral proteins are of particular interest as they constitute key components of gammaherpesvirus pathogenesis and a potential link to virus associatedoncogenic transformation. One of such proteins is the latency-associated M2 protein of murid herpesvirus-4 (MuHV-4). M2 has been shown to act as an adaptor molecule, mediating the assembly of multiprotein complexes that favour the interaction between enzymes and substrates, and thus mediate the modulation of B cell signalling pathways downstream of the B cell receptor (BCR). The central aim of this research was to determine at which stage of the MuHV-4 viral life cycle M2 is performing these biochemical functions and how important they are for normal host colonization. To this end, recombinant viruses with disruptive mutations in M2 domains, which are essential for binding and modulating the activity of B cell signalling proteins, were engineered. The ability of these recombinant viruses to establish and maintain a latent infection was analysed upon intranasal infection of mice. Infection of mice with recombinant viruses resulted in a delay in the seeding of splenic follicles and in the expansion of latency in GC B cells. The role of M2 in MuHV-4 infection of other cell types, namely dendritic cells and macrophages, was also assessed. No evidence was found supporting a function for M2 in these cells. Overall, these studies reveal that M2 functions in vivo as a modulator of B cell signalling pathways and that this crosstalk is critical in the process of viral latency, for the efficient colonization of splenic follicles. Tese de doutoramento, Ciências Biomédicas (Ciências Biopatológicas), Universidade de Lisboa, Faculdade de Medicina, 2010 Fundação para a Ciência e Tecnologia (FCT), (SFRH/BD/17260/2004)

This deliverable relates to the work carried out under task T8.3, “Research Impact Services”. The task’s focus is on the development of pilots with selected National funding agencies and infrastructure initiatives in order to serve them with the OpenAIRE research impact suite of services. A major service that OpenAIRE provides is the linking of research results to funding. Aside from importing the links from the repositories and journals, OpenAIRE designs, develops and enhances mining algorithms that identify and extract funding information from the text of scientific publications. With the help of NOADs we have initiated bi-lateral, often informal, collaborations with national funding agencies to facilitate mining extraction on their data. This is an on-going activity throughout the duration of the project. Currently the national funding agencies that we are working with are: FCT (Portugal), ARC (Australia), NHMRC (Australia), NSF & NIH (USA), SFI (Ireland), “Ministry of Science Education and Sport” & "Croatian Science Foundation” (Croatia), NWO (Netherlands), and DFG (Germany). This deliverable describes the nature of the data of the identified National funding agencies, as well as their export technologies, and provides the specification of the general-purpose OpenAIRE services required to support research impact measurements.

Science, technology and innovation are vital to poverty alleviation and improved health. However, although improving immediate access to health care and existing health technologies is essential, simply importing technologies and products is not enough to create sustainable health care systems. Countries also need to build the capacities and institutions to develop their own technology and innovations which are tailored to local needs.\ud \ud But for innovation to meet local needs, countries need to develop dynamic and integrated health innovation systems. This is for several reasons. Firstly, there tends to be a profound lack of understanding between those in the world of healthcare and those who work in health innovation and production of pharmaceuticals. And unless researchers and producers network with local users and consumers, they are much less likely to respond to local needs.\ud \ud Secondly improved innovation capacity that responds to the needs of users does not occur in isolation - it is not the product of one-off scientific inventions, heavy investment in science or one-off policies. Rather it is dependent on networks through government institutions, private companies and a wide variety of end-user groupings at national, international and sectoral levels. Finally, knowledge is not accumulated and built up in one set of institutions and transferred to another set - it results instead from the interplay between different organisations and institutions.\ud \ud There is now an unparalleled opportunity to address both the issues of neglected diseases and to develop such integrated health innovation systems. Huge investments are currently being made in global health programmes which seek to improve health services and health innovation systems. The challenge for African policymakers is to adopt strategies for integrating global programmes with local and regional health innovation systems.

The clinical demand for mutation detection within multiple genes from a single tumour sample requires molecular diagnostic laboratories to develop rapid, high-throughput, highly sensitive, accurate and parallel testing within tight budget constraints. To meet this demand, many laboratories employ next-generation sequencing (NGS) based on small amplicons. Building on existing publications and general guidance for the clinical use of NGS and learnings from germline testing, the following guidelines establish consensus standards for somatic diagnostic testing, specifically for identifying and reporting mutations in solid tumours. These guidelines cover the testing strategy, implementation of testing within clinical service, sample requirements, data analysis and reporting of results. In conjunction with appropriate staff training and international standards for laboratory testing, these consensus standards for the use of NGS in molecular pathology of solid tumours will assist laboratories in implementing NGS in clinical services.

This is the seventeenth volume in a series of reports from a Department of Health-funded programme of work based at the Personal Social Services Research Unit at the University of Kent.