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  • European Marine Science

10
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    Authors: Chênais, Nathalie; Nóbrega, Rafael; Thomas, Manon; Porcon, Béatrice; +6 Authors

    National audience; Les mécanismes impliqués dans le renouvèlement des cellules germinales souches chez les mâles immatures ou chez les individus adultes sexuellement matures restent très mal connus, en particulier chez les poissons. La production d'organoïdes testiculaires est une approche de choix pour étudier les interactions moléculaires entre les cellules somatiques et les cellules germinales ainsi que les modes de divisions symétriques et/ou asymétriques des cellules souches germinales. En effet, au contraire des cultures 2D, les organoïdes pourraient permettre de reproduire une niche germinale plus proche de celle rencontrée in vivo.

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    Authors: Sicard, Sandra; Barbier-pain, Delphine; Brisotto, Verane; Dietsch-sellami, Marie-france; +2 Authors

    Several preventive archaeology operations carried out between 2016 and 2019, in the village of Manemeur on the wild coast of Quiberon, have brought to light the last remains of a Neolithic megalithic complex whose advanced state of degradation has caused the disappearance of almost the entire elevation. This monument was originally described as consisting of three dolmens included in a single cairn, arranged on the same line running from north to south. Before our intervention, it had already been the subject of several investigations at the end of the 19th century and in the 1930s. In spite of this, the exhaustive excavation has revealed the modes and phases of construction of this complex monument, built in several stages. It is a cairn including two dolmens with quadrangular chambers and fairly long passages. They are parallel and open to the southeast. The partial plans of the sepulchral spaces could be reconstructed thanks to the presence of either the remains of broken granite standing stones, or the pits where the torn off elements were wedged in place, or, in dolmen 2, the intact orthostats. The circulation levels in these spaces were identified thanks to the paving of the floors, megalithic for that of the chamber of dolmen 1. The excavation revealed the relative chronology of the main construction phases of dolmen 1. The two parts of the corridor have sufficiently different characteristics to suppose that they were built in two phases, with a first northern portion extended by a southern portion, and are part of successive architectural projects. The chamber of dolmen 2 rests against the facing of the chamber of dolmen 1, implying that the latter was built earlier. The excavation was a unique opportunity on the Morbihan coast to study the basic structures and foundations of a monument of this type, revealing the internal partitions of the cairn and the preparation levels intended to receive the paving of the internal spaces. The cairn, as well as the facings and orthostats of the monument, is made up almost exclusively of granitic elements, even if a few blocks of quartz or pegmatite are occasionally present. If most of them have less sharp edges that indicate an extraction, the construction of the external facing is clearly distinguished from the rest by the placement of blunt blocks with rounded shapes attesting to a collection on the foreshore. The substratum underneath the monument, exposed at the end of the excavation, revealed traces of extraction of large slabs prior to the erection of the monument. The extraction was facilitated by the flaky texture of the granite and a network of diaclases that cut the massif into parallelepipedic blocks. At the same time, it has allowed a regularization of the terrain, inscribed on an eminence linked to a granitic rise. The micromorphological study showed that the soil covering the substratum had largely been reworked, most likely scraped to allow extraction and then respread before construction. Some large quartz impactors as well as several bevelled pieces are likely to have participated in the removal of the granite slabs. The associated archaeological material, which is quite abundant, has made it possible to attribute dolmen 1 to the end of the Middle Neolithic II, which is confirmed by radiocarbon dating. Dolmen 2, less rich, yielded more mixed material, most of which points to an attribution to the beginning of the Late Neolithic. Exclusively discovered under the floor levels of the monument, these ceramic and lithic materials have a very uneven spatial distribution that does not seem fortuitous and is probably the result of staging. Similarly, environmental studies have indeed revealed the presence of plantain, Plantago lanceolata for carpology and Plantago coronopus for palynology, whose very high concentrations argue for an anthropic spreading. These remains and their arrangement inside and outside the funerary space thus testify to deposits associated with the foundation of the monument, which constitute practices that are rarely discussed because they are too rarely brought to light. The Manemeur site is part of a vast group of monuments of the same type (passage graves enclosed in a terminal cairn) identified in the vicinity and more widely on the Morbihan coast. Many of them belong to the Middle Neolithic or the late Neolithic. Although some of them group up to four passage dolmens in the same cairn, the relative chronologies are not always clearly established and the internal structures of the cairns have not been explored much. The excavation carried out here has brought new light and new knowledge to this ensemble, showing at the same time all the informative potential of the exhaustive study of such monuments, even when they have been largely destroyed. Plusieurs opérations d'archéologie préventive réalisées entre 2016 et 2019, dans le village du Manémeur sur la côte Sauvage de Quiberon, ont conduit à la (re)découverte des derniers vestiges d'un ensemble mégalithique néolithique dont l'état de dégradation très avancé a fait disparaître la quasi-totalité de l'élévation. Malgré cela, la fouille a constitué une opportunité unique sur le littoral morbihannais d'étudier les structures de base et les fondations d'un monument de ce type, mettant en évidence des cloisonnements internes au cairn et des niveaux de préparation destinés à recevoir les dallages des espaces internes. Il s'agit d'un cairn incluant deux dolmens à chambres quadrangulaires et à couloirs assez longs, parallèles et s'ouvrant au sud-est. Les plans partiels des espaces sépulcraux ont pu être restitués et les niveaux de circulation identifiés grâce aux dallages des sols, mégalithique pour celui de la chambre du dolmen 1. La chambre du dolmen 2 prend appui contre le parement de la chambre du dolmen 1, impliquant l'antériorité de ce dernier. Le substrat sous-jacent au monument mis à nu en fin de fouille a révélé des traces d'extraction de grandes dalles préalablement à l'érection de ce dernier. L'étude micromorphologique a montré que les terres qui recouvraient le substrat avaient été en grande partie remaniées, très probablement raclées pour permettre l'extraction puis réétalées avant la construction. Le mobilier archéologique associé, assez abondant, a permis d'attribuer le dolmen 1 à la fin du Néolithique moyen II, ce que confirment les datations radiocarbone. Le dolmen 2, moins riche, a livré un mobilier plus mélangé, dont l'essentiel oriente vers une attribution au début du Néolithique récent. Exclusivement découverts sous les niveaux de sol du monument, ces mobiliers céramique et lithique ont une répartition spatiale très inégale qui ne semble pas fortuite et résulte très probablement d'une mise en scène. De la même façon, les études environnementales ont révélé la présence de plantain, Plantago lanceolata pour la carpologie et Plantago coronopus pour la palynologie, dont les très fortes concentrations plaident pour un épandage anthropique. Ces vestiges et leur disposition dans et en dehors de l'espace funéraire témoignent de dépôts associés à la fondation du monument.

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    HAL-Rennes 1
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    Authors: Radakovitch, Olivier; Delaval, Adrien; Boyer, Patrick; Duffa, Céline; +2 Authors

    Ce livrable présente les travaux réalisés sur le mécanisme de désorption des radionucléides à l’embouchure du Rhône et les campagnes de terrain estivales destinées à évaluer l’étendue du coin salé. Certains éléments traces métalliques fixés sur des particules fluviales peuvent passer en phase dissoute lorsqu’ils arrivent en mer sous l’effet d’une désorption. Leur devenir en Méditerranée devient alors différent, et ceci peut avoir des conséquences en termes d’évaluation du risque et pour le cas de rejets accidentels dans le fleuve. L’étude s’est focalisée sur le comportement du Césium-137 dans cette zone, un élément radioactif associé aux installations nucléaires. Les objectifs étaient d’évaluer si cet élément est effectivement désorbé à son arrivée en milieu salé, l’interface eau douce-eau salé pouvant se produire en mer ou à l’intérieur des terres. Ce dernier cas étant un des plus impactant, la structuration du coin salé lorsqu’il pénètre dans le Rhône a été étudiée pour définir ses caractéristiques. Le 137Cs peut se désorber à partir d’une salinité de 3 à 4 g/l. Les activités actuelles dans le Rhône sont très faibles et ne permettent pas de mettre en évidence ce phénomène in-situ, mais les développements méthodologiques réalisés permettront désormais de faire ces mesures à tout moment en cas de besoin (rejets accidentels). La stratification du coin salé dans le fleuve se met en place dès que les débits tombent en dessous de 1500-1200 m3/s. Les techniques de mesure (ADCP, CTD) permettent d’avoir une très bonne représentation de ces structures dans l’espace, qui montrent une stratification extrêmement marquée. La remontée dans les terres est fortement corrélée au débit moyen sur les 5 jours précédents. Ces données sont et seront utilisées pour réaliser la modélisation hydrologique de cette interface dans l’OSR 6.

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    Hal-Diderot
    Report . 2021
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      Hal-Diderot
      Report . 2021
      Data sources: Hal-Diderot
  • Authors: Barré , Éric;

    n°90

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    Authors: Le Coz, Jérôme; Camenen, B.; Faure, Jean-Baptiste; Launay, Marina; +5 Authors

    L’axe D de l’OSR5 regroupe les outils numériques et de communication : modèle hydro-sédimentaire, base de données BDOH pour les calculs de flux, web-SIG et métadonnées. Ce document décrit les améliorations et applications opérationnelles effectuées sur le modèle hydro-sédimentaire 1D du Rhône développé dans le cadre de l’Observatoire des Sédiments du Rhône pour les années 2018 à 2020 (OSR5). Le développement du modèle hydro-sédimentaire 1D est une action transversale à l’OSR5 qui vient alimenter les problématiques des actions A2, B2, B3, C1, C2 et C3 en lien avec l’évolution des fonds et les impacts sur les lignes d’eau, la charge de fond, les flux de MES, de contaminants et de sable. Les travaux effectués se sont concentrés sur la modélisation des flux de MES de l’échelle de l’évènement au pluriannuel et le développement des outils de modélisation (Mage 8, couplage Mage-Adis-TS, charriage et évolution des fonds). Une démarche de comparaison et d’intégration des outils de simulation numériques INRAE, IRSN et Ifremer a progressé en vue d’actions communes.

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    Hal-Diderot
    Report . 2021
    Data sources: Hal-Diderot
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      Hal-Diderot
      Report . 2021
      Data sources: Hal-Diderot
  • Authors: Gasperi, Johnny; Tramoy, Romain; Dris, Rachid; Blot, Denis; +1 Authors

    Journées scientifiques de l'Université de Nantes, NANTES, FRANCE, 01-/06/2021 - 01/06/2021; Les rivières sont censées être les principales voies de transfert des plastiques des terres vers l'océan (Lebreton et al., 2017 ; Schmidt et al., 2017). Cependant, il existe encore un manque important de connaissances sur la façon dont les déchets fluviaux, y compris les macroplastiques, sont transférés vers l'Océan. Les mesures quantitatives des émissions de macroplastiques dans les rivières suggèrent même qu'une fraction de l'ordre de 0,001 à 3% des déchets plastiques mal gérés (MPW) générés dans un bassin fluvial atteignent finalement la mer (Emmerik et al., 2019 ; Schöneich-Argent et al., 2020 ; Tramoy et al. 2021). Au lieu de cela, les macroplastiques peuvent rester dans le bassin versant et sur les côtes en raison de la dynamique complexe du transport qui retarde le transfert des déchets mal gérés des terres vers l'océan (Olivelli et al., 2020 ; Weideman et al., 2020). Afin de mieux comprendre ces dynamiques, le laboratoire Eau et Environnement et le Laboratoire Eau Environnement et Systèmes Urbains étudient la dynamique des déchets en Seine et en Loire. Pour les macrodéchets plastiques, l'ensemble des travaux engagés sur la Seine permettent de dresser une première esquisse des flux de déchets plastiques transitant en Seine, captés par les dispositifs urbains et/ou collectés par des opérations de nettoyage. Selon nos estimations, entre 100 et 200 tonnes de déchets plastiques transiteraient chaque année en Seine. A l'échelle de l'agglomération parisienne, et bien que ces valeurs s'accompagnent de fortes incertitudes, les eaux pluviales n'apporteraient qu'une part mineure de ces flux, i.e., entre 8 et 33 tonnes par an. L'étude de la dynamique des débris plastiques montre que le transfert des plastiques est loin d'être linéaire et qu'il est soumis à de nombreux phénomènes physiques à de nombreuses échelles temporelles, i.e. d'échelles courtes allant de quelques heures à quelques jours (marées hautes / basses) à des échelles beaucoup plus longues allant de plusieurs semaines (marées de printemps / creuses et marées les plus hautes) à quelques années (crues). La conséquence de ces interactions est que le transfert des débris est chaotique et qu'une part importante de ces flux peut venir s'échouer sur les berges.

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  • Authors: Assolen, Alexandra;

    Introduction : les tumeurs adipeuses sont les plus fréquentes des tumeurs des tissus mous chez l’adulte. Elles comportent des tumeurs bénignes : les lipomes et des tumeurs malignes : les liposarcomes. Le terme de tumeur adipeuse atypique (ALT) est utilisé pour les liposarcomes bien différenciés (de bas grade) des membres. Le diagnostic préopératoire repose sur une micro biopsie percutanée radioguidée qui constitue le gold standard à ce jour avec étude histologique et recherche d’amplification du gène MDM2 qui caractérise les tumeurs adipeuses atypiques, représentant l’objectif de notre étude. Matériels et méthodes : nous avons réalisé une étude rétrospective dans le service d’Anatomie pathologique du CHU de la Timone portant sur 107 prélèvements micro-biopsiques scanno-guidées de tumeurs adipeuses bien différenciées de l’adulte localisées aux membres réalisées entre 2010 et 2018. Dans tous les cas la recherche d’amplification du gène MDM2 par Fluorescent In Situ Hybridization (FISH) a été réalisée. Le diagnostic final a été porté sur la pièce d’exérèse. Pour la totalité des cas de liposarcomes ainsi que pour 22 lipomes la recherche d’amplification du gène MDM2 a été réalisée sur la biopsie et sur la pièce d’exérèse par deux techniques différentes : FISH et digital droplet PCR (ddPCR). Résultats : 24 diagnostics de tumeurs adipeuses atypiques ont été faits en préopératoire. 1 cas de liposarcome myxoïde avec territoires bien différenciés adipeux majoritaires et 4 autres ALT ont été diagnostiquées sur pièce opératoire uniquement en raison des aspects histologiques et grâce à la répétition des examens moléculaires. La sensibilité de la FISH sur micro biopsie est de 86%. Celle de la ddPCR de 56% sur micro biopsie et de 86% pour les pièces opératoires. L’hétérogénéité tumorale et le faible niveau d’amplification du gène MDM2 dans les ALT sont en grande partie responsables des discordances observées entre le diagnostic préopératoire et définitif. Conclusion : Nous avons conclu à une bonne performance de la micro biopsie scanno-guidée pour le diagnostic préopératoire des tumeurs adipeuses atypiques lorsque l’analyse moléculaire est couplée à l’histologie. La FISH apparaît plus sensible que la ddPCR pour la détection de l’amplification du gène MDM2 sur micro biopsie. Cependant la ddPCR est capable de mettre en évidence l’amplification même en présence d’une polysomie. Il est important de remettre en question le diagnostic réalisé sur micro biopsie si des arguments cliniques ou histologiques « atypiques » sont mis en évidence sur la pièce d’exérèse. Dans ces cas il ne faut pas hésiter à renouveler les techniques moléculaires. Enfin, il ne faut pas méconnaitre un éventuel liposarcome myxoïde « avec territoires adipeux bien différenciés extensifs » grâce à la confrontation anatomo-clinique.

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  • Authors: Jean-Marie, Kowalski;

    International audience

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    Authors: Lesage, Manon; Bugeon, Jérôme; Thomas, Manon; Thermes, Violette;

    International audience; L'analyse quantitative du contenu cellulaire d'organes entiers par microscopie permet de comprendre leur organisation en conditions physiologiques ou pathologiques. Dans certains cas, l'analyse exhaustive est essentielle pour évaluer par exemple l'impact d'une mutation sur la mise en place d'une fonction biologique clé. Chez le médaka (Oryzias latipes), un poisson modèle classiquement utilisé pour l'étude de la reproduction, la fertilité des femelles est directement dépendante de la croissance asynchrone des follicules ovariens. Recrutés à partir de pools de cellules germinales, les ovocytes évoluent, en fonction de leur stade de développement, au sein de follicules de différentes classes de tailles (de 20um à plus de 1000um). Chaque jour, une vingtaine d'oeufs sont ainsi pondus dans des conditions de photopériode contrôlée. Pour étudier cette dynamique de croissance, notamment dans le cas d'une lignée mutante présentant une fertilité réduite (miR-202-5p Knockout), nous cherchons à dénombrer et mesurer l'ensemble des follicules contenus dans les ovaires des femelles juvéniles et adultes. A partir d'images d'ovaires en 3D de médaka obtenus en microscopie confocale à fluorescence, nous avons mis en place une séquence d'analyse qui s'appuie sur des réseaux de neurones pré-entraînés accessibles en opensource. La segmentation 3D des follicules a été réalisée avec l'algorithme Cellpose, récemment développé par Stringer.C et al [1], et ce sans nécessiter une étape d'apprentissage sur nos images. Une étape de débruitage appliquée en amont via l'outil Noise2void [2] a également permis d'augmenter la qualité de la segmentation. Grâce aux récents développements des approches de « deep-learning » appliqués aux données de microscopie, nous avons ainsi obtenu des données quantitatives tridimensionnelles jusqu'alors inaccessibles avec des méthodes classiques (Figure 1). Ces nouveaux outils, rendus de plus en plus disponibles aux non-spécialistes du domaine, ont ainsi ouvert la voie à un phénotypage cellulaire profond, dès les stades larvaires précoces chez les femelles invalidées pour le miR-202.

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  • Authors: Barré, Éric;

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    Authors: Chênais, Nathalie; Nóbrega, Rafael; Thomas, Manon; Porcon, Béatrice; +6 Authors

    National audience; Les mécanismes impliqués dans le renouvèlement des cellules germinales souches chez les mâles immatures ou chez les individus adultes sexuellement matures restent très mal connus, en particulier chez les poissons. La production d'organoïdes testiculaires est une approche de choix pour étudier les interactions moléculaires entre les cellules somatiques et les cellules germinales ainsi que les modes de divisions symétriques et/ou asymétriques des cellules souches germinales. En effet, au contraire des cultures 2D, les organoïdes pourraient permettre de reproduire une niche germinale plus proche de celle rencontrée in vivo.

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    Authors: Sicard, Sandra; Barbier-pain, Delphine; Brisotto, Verane; Dietsch-sellami, Marie-france; +2 Authors

    Several preventive archaeology operations carried out between 2016 and 2019, in the village of Manemeur on the wild coast of Quiberon, have brought to light the last remains of a Neolithic megalithic complex whose advanced state of degradation has caused the disappearance of almost the entire elevation. This monument was originally described as consisting of three dolmens included in a single cairn, arranged on the same line running from north to south. Before our intervention, it had already been the subject of several investigations at the end of the 19th century and in the 1930s. In spite of this, the exhaustive excavation has revealed the modes and phases of construction of this complex monument, built in several stages. It is a cairn including two dolmens with quadrangular chambers and fairly long passages. They are parallel and open to the southeast. The partial plans of the sepulchral spaces could be reconstructed thanks to the presence of either the remains of broken granite standing stones, or the pits where the torn off elements were wedged in place, or, in dolmen 2, the intact orthostats. The circulation levels in these spaces were identified thanks to the paving of the floors, megalithic for that of the chamber of dolmen 1. The excavation revealed the relative chronology of the main construction phases of dolmen 1. The two parts of the corridor have sufficiently different characteristics to suppose that they were built in two phases, with a first northern portion extended by a southern portion, and are part of successive architectural projects. The chamber of dolmen 2 rests against the facing of the chamber of dolmen 1, implying that the latter was built earlier. The excavation was a unique opportunity on the Morbihan coast to study the basic structures and foundations of a monument of this type, revealing the internal partitions of the cairn and the preparation levels intended to receive the paving of the internal spaces. The cairn, as well as the facings and orthostats of the monument, is made up almost exclusively of granitic elements, even if a few blocks of quartz or pegmatite are occasionally present. If most of them have less sharp edges that indicate an extraction, the construction of the external facing is clearly distinguished from the rest by the placement of blunt blocks with rounded shapes attesting to a collection on the foreshore. The substratum underneath the monument, exposed at the end of the excavation, revealed traces of extraction of large slabs prior to the erection of the monument. The extraction was facilitated by the flaky texture of the granite and a network of diaclases that cut the massif into parallelepipedic blocks. At the same time, it has allowed a regularization of the terrain, inscribed on an eminence linked to a granitic rise. The micromorphological study showed that the soil covering the substratum had largely been reworked, most likely scraped to allow extraction and then respread before construction. Some large quartz impactors as well as several bevelled pieces are likely to have participated in the removal of the granite slabs. The associated archaeological material, which is quite abundant, has made it possible to attribute dolmen 1 to the end of the Middle Neolithic II, which is confirmed by radiocarbon dating. Dolmen 2, less rich, yielded more mixed material, most of which points to an attribution to the beginning of the Late Neolithic. Exclusively discovered under the floor levels of the monument, these ceramic and lithic materials have a very uneven spatial distribution that does not seem fortuitous and is probably the result of staging. Similarly, environmental studies have indeed revealed the presence of plantain, Plantago lanceolata for carpology and Plantago coronopus for palynology, whose very high concentrations argue for an anthropic spreading. These remains and their arrangement inside and outside the funerary space thus testify to deposits associated with the foundation of the monument, which constitute practices that are rarely discussed because they are too rarely brought to light. The Manemeur site is part of a vast group of monuments of the same type (passage graves enclosed in a terminal cairn) identified in the vicinity and more widely on the Morbihan coast. Many of them belong to the Middle Neolithic or the late Neolithic. Although some of them group up to four passage dolmens in the same cairn, the relative chronologies are not always clearly established and the internal structures of the cairns have not been explored much. The excavation carried out here has brought new light and new knowledge to this ensemble, showing at the same time all the informative potential of the exhaustive study of such monuments, even when they have been largely destroyed. Plusieurs opérations d'archéologie préventive réalisées entre 2016 et 2019, dans le village du Manémeur sur la côte Sauvage de Quiberon, ont conduit à la (re)découverte des derniers vestiges d'un ensemble mégalithique néolithique dont l'état de dégradation très avancé a fait disparaître la quasi-totalité de l'élévation. Malgré cela, la fouille a constitué une opportunité unique sur le littoral morbihannais d'étudier les structures de base et les fondations d'un monument de ce type, mettant en évidence des cloisonnements internes au cairn et des niveaux de préparation destinés à recevoir les dallages des espaces internes. Il s'agit d'un cairn incluant deux dolmens à chambres quadrangulaires et à couloirs assez longs, parallèles et s'ouvrant au sud-est. Les plans partiels des espaces sépulcraux ont pu être restitués et les niveaux de circulation identifiés grâce aux dallages des sols, mégalithique pour celui de la chambre du dolmen 1. La chambre du dolmen 2 prend appui contre le parement de la chambre du dolmen 1, impliquant l'antériorité de ce dernier. Le substrat sous-jacent au monument mis à nu en fin de fouille a révélé des traces d'extraction de grandes dalles préalablement à l'érection de ce dernier. L'étude micromorphologique a montré que les terres qui recouvraient le substrat avaient été en grande partie remaniées, très probablement raclées pour permettre l'extraction puis réétalées avant la construction. Le mobilier archéologique associé, assez abondant, a permis d'attribuer le dolmen 1 à la fin du Néolithique moyen II, ce que confirment les datations radiocarbone. Le dolmen 2, moins riche, a livré un mobilier plus mélangé, dont l'essentiel oriente vers une attribution au début du Néolithique récent. Exclusivement découverts sous les niveaux de sol du monument, ces mobiliers céramique et lithique ont une répartition spatiale très inégale qui ne semble pas fortuite et résulte très probablement d'une mise en scène. De la même façon, les études environnementales ont révélé la présence de plantain, Plantago lanceolata pour la carpologie et Plantago coronopus pour la palynologie, dont les très fortes concentrations plaident pour un épandage anthropique. Ces vestiges et leur disposition dans et en dehors de l'espace funéraire témoignent de dépôts associés à la fondation du monument.

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    HAL-Rennes 1
    Article . 2022
    License: CC BY NC
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      HAL-Rennes 1
      Article . 2022
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      Data sources: HAL-Rennes 1
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    Authors: Radakovitch, Olivier; Delaval, Adrien; Boyer, Patrick; Duffa, Céline; +2 Authors

    Ce livrable présente les travaux réalisés sur le mécanisme de désorption des radionucléides à l’embouchure du Rhône et les campagnes de terrain estivales destinées à évaluer l’étendue du coin salé. Certains éléments traces métalliques fixés sur des particules fluviales peuvent passer en phase dissoute lorsqu’ils arrivent en mer sous l’effet d’une désorption. Leur devenir en Méditerranée devient alors différent, et ceci peut avoir des conséquences en termes d’évaluation du risque et pour le cas de rejets accidentels dans le fleuve. L’étude s’est focalisée sur le comportement du Césium-137 dans cette zone, un élément radioactif associé aux installations nucléaires. Les objectifs étaient d’évaluer si cet élément est effectivement désorbé à son arrivée en milieu salé, l’interface eau douce-eau salé pouvant se produire en mer ou à l’intérieur des terres. Ce dernier cas étant un des plus impactant, la structuration du coin salé lorsqu’il pénètre dans le Rhône a été étudiée pour définir ses caractéristiques. Le 137Cs peut se désorber à partir d’une salinité de 3 à 4 g/l. Les activités actuelles dans le Rhône sont très faibles et ne permettent pas de mettre en évidence ce phénomène in-situ, mais les développements méthodologiques réalisés permettront désormais de faire ces mesures à tout moment en cas de besoin (rejets accidentels). La stratification du coin salé dans le fleuve se met en place dès que les débits tombent en dessous de 1500-1200 m3/s. Les techniques de mesure (ADCP, CTD) permettent d’avoir une très bonne représentation de ces structures dans l’espace, qui montrent une stratification extrêmement marquée. La remontée dans les terres est fortement corrélée au débit moyen sur les 5 jours précédents. Ces données sont et seront utilisées pour réaliser la modélisation hydrologique de cette interface dans l’OSR 6.

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    Hal-Diderot
    Report . 2021
    Data sources: Hal-Diderot
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      Hal-Diderot
      Report . 2021
      Data sources: Hal-Diderot
  • Authors: Barré , Éric;

    n°90

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    Authors: Le Coz, Jérôme; Camenen, B.; Faure, Jean-Baptiste; Launay, Marina; +5 Authors

    L’axe D de l’OSR5 regroupe les outils numériques et de communication : modèle hydro-sédimentaire, base de données BDOH pour les calculs de flux, web-SIG et métadonnées. Ce document décrit les améliorations et applications opérationnelles effectuées sur le modèle hydro-sédimentaire 1D du Rhône développé dans le cadre de l’Observatoire des Sédiments du Rhône pour les années 2018 à 2020 (OSR5). Le développement du modèle hydro-sédimentaire 1D est une action transversale à l’OSR5 qui vient alimenter les problématiques des actions A2, B2, B3, C1, C2 et C3 en lien avec l’évolution des fonds et les impacts sur les lignes d’eau, la charge de fond, les flux de MES, de contaminants et de sable. Les travaux effectués se sont concentrés sur la modélisation des flux de MES de l’échelle de l’évènement au pluriannuel et le développement des outils de modélisation (Mage 8, couplage Mage-Adis-TS, charriage et évolution des fonds). Une démarche de comparaison et d’intégration des outils de simulation numériques INRAE, IRSN et Ifremer a progressé en vue d’actions communes.

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    Hal-Diderot
    Report . 2021
    Data sources: Hal-Diderot
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      Hal-Diderot
      Report . 2021
      Data sources: Hal-Diderot
  • Authors: Gasperi, Johnny; Tramoy, Romain; Dris, Rachid; Blot, Denis; +1 Authors

    Journées scientifiques de l'Université de Nantes, NANTES, FRANCE, 01-/06/2021 - 01/06/2021; Les rivières sont censées être les principales voies de transfert des plastiques des terres vers l'océan (Lebreton et al., 2017 ; Schmidt et al., 2017). Cependant, il existe encore un manque important de connaissances sur la façon dont les déchets fluviaux, y compris les macroplastiques, sont transférés vers l'Océan. Les mesures quantitatives des émissions de macroplastiques dans les rivières suggèrent même qu'une fraction de l'ordre de 0,001 à 3% des déchets plastiques mal gérés (MPW) générés dans un bassin fluvial atteignent finalement la mer (Emmerik et al., 2019 ; Schöneich-Argent et al., 2020 ; Tramoy et al. 2021). Au lieu de cela, les macroplastiques peuvent rester dans le bassin versant et sur les côtes en raison de la dynamique complexe du transport qui retarde le transfert des déchets mal gérés des terres vers l'océan (Olivelli et al., 2020 ; Weideman et al., 2020). Afin de mieux comprendre ces dynamiques, le laboratoire Eau et Environnement et le Laboratoire Eau Environnement et Systèmes Urbains étudient la dynamique des déchets en Seine et en Loire. Pour les macrodéchets plastiques, l'ensemble des travaux engagés sur la Seine permettent de dresser une première esquisse des flux de déchets plastiques transitant en Seine, captés par les dispositifs urbains et/ou collectés par des opérations de nettoyage. Selon nos estimations, entre 100 et 200 tonnes de déchets plastiques transiteraient chaque année en Seine. A l'échelle de l'agglomération parisienne, et bien que ces valeurs s'accompagnent de fortes incertitudes, les eaux pluviales n'apporteraient qu'une part mineure de ces flux, i.e., entre 8 et 33 tonnes par an. L'étude de la dynamique des débris plastiques montre que le transfert des plastiques est loin d'être linéaire et qu'il est soumis à de nombreux phénomènes physiques à de nombreuses échelles temporelles, i.e. d'échelles courtes allant de quelques heures à quelques jours (marées hautes / basses) à des échelles beaucoup plus longues allant de plusieurs semaines (marées de printemps / creuses et marées les plus hautes) à quelques années (crues). La conséquence de ces interactions est que le transfert des débris est chaotique et qu'une part importante de ces flux peut venir s'échouer sur les berges.

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  • Authors: Assolen, Alexandra;

    Introduction : les tumeurs adipeuses sont les plus fréquentes des tumeurs des tissus mous chez l’adulte. Elles comportent des tumeurs bénignes : les lipomes et des tumeurs malignes : les liposarcomes. Le terme de tumeur adipeuse atypique (ALT) est utilisé pour les liposarcomes bien différenciés (de bas grade) des membres. Le diagnostic préopératoire repose sur une micro biopsie percutanée radioguidée qui constitue le gold standard à ce jour avec étude histologique et recherche d’amplification du gène MDM2 qui caractérise les tumeurs adipeuses atypiques, représentant l’objectif de notre étude. Matériels et méthodes : nous avons réalisé une étude rétrospective dans le service d’Anatomie pathologique du CHU de la Timone portant sur 107 prélèvements micro-biopsiques scanno-guidées de tumeurs adipeuses bien différenciées de l’adulte localisées aux membres réalisées entre 2010 et 2018. Dans tous les cas la recherche d’amplification du gène MDM2 par Fluorescent In Situ Hybridization (FISH) a été réalisée. Le diagnostic final a été porté sur la pièce d’exérèse. Pour la totalité des cas de liposarcomes ainsi que pour 22 lipomes la recherche d’amplification du gène MDM2 a été réalisée sur la biopsie et sur la pièce d’exérèse par deux techniques différentes : FISH et digital droplet PCR (ddPCR). Résultats : 24 diagnostics de tumeurs adipeuses atypiques ont été faits en préopératoire. 1 cas de liposarcome myxoïde avec territoires bien différenciés adipeux majoritaires et 4 autres ALT ont été diagnostiquées sur pièce opératoire uniquement en raison des aspects histologiques et grâce à la répétition des examens moléculaires. La sensibilité de la FISH sur micro biopsie est de 86%. Celle de la ddPCR de 56% sur micro biopsie et de 86% pour les pièces opératoires. L’hétérogénéité tumorale et le faible niveau d’amplification du gène MDM2 dans les ALT sont en grande partie responsables des discordances observées entre le diagnostic préopératoire et définitif. Conclusion : Nous avons conclu à une bonne performance de la micro biopsie scanno-guidée pour le diagnostic préopératoire des tumeurs adipeuses atypiques lorsque l’analyse moléculaire est couplée à l’histologie. La FISH apparaît plus sensible que la ddPCR pour la détection de l’amplification du gène MDM2 sur micro biopsie. Cependant la ddPCR est capable de mettre en évidence l’amplification même en présence d’une polysomie. Il est important de remettre en question le diagnostic réalisé sur micro biopsie si des arguments cliniques ou histologiques « atypiques » sont mis en évidence sur la pièce d’exérèse. Dans ces cas il ne faut pas hésiter à renouveler les techniques moléculaires. Enfin, il ne faut pas méconnaitre un éventuel liposarcome myxoïde « avec territoires adipeux bien différenciés extensifs » grâce à la confrontation anatomo-clinique.

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  • Authors: Jean-Marie, Kowalski;

    International audience

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    Authors: Lesage, Manon; Bugeon, Jérôme; Thomas, Manon; Thermes, Violette;

    International audience; L'analyse quantitative du contenu cellulaire d'organes entiers par microscopie permet de comprendre leur organisation en conditions physiologiques ou pathologiques. Dans certains cas, l'analyse exhaustive est essentielle pour évaluer par exemple l'impact d'une mutation sur la mise en place d'une fonction biologique clé. Chez le médaka (Oryzias latipes), un poisson modèle classiquement utilisé pour l'étude de la reproduction, la fertilité des femelles est directement dépendante de la croissance asynchrone des follicules ovariens. Recrutés à partir de pools de cellules germinales, les ovocytes évoluent, en fonction de leur stade de développement, au sein de follicules de différentes classes de tailles (de 20um à plus de 1000um). Chaque jour, une vingtaine d'oeufs sont ainsi pondus dans des conditions de photopériode contrôlée. Pour étudier cette dynamique de croissance, notamment dans le cas d'une lignée mutante présentant une fertilité réduite (miR-202-5p Knockout), nous cherchons à dénombrer et mesurer l'ensemble des follicules contenus dans les ovaires des femelles juvéniles et adultes. A partir d'images d'ovaires en 3D de médaka obtenus en microscopie confocale à fluorescence, nous avons mis en place une séquence d'analyse qui s'appuie sur des réseaux de neurones pré-entraînés accessibles en opensource. La segmentation 3D des follicules a été réalisée avec l'algorithme Cellpose, récemment développé par Stringer.C et al [1], et ce sans nécessiter une étape d'apprentissage sur nos images. Une étape de débruitage appliquée en amont via l'outil Noise2void [2] a également permis d'augmenter la qualité de la segmentation. Grâce aux récents développements des approches de « deep-learning » appliqués aux données de microscopie, nous avons ainsi obtenu des données quantitatives tridimensionnelles jusqu'alors inaccessibles avec des méthodes classiques (Figure 1). Ces nouveaux outils, rendus de plus en plus disponibles aux non-spécialistes du domaine, ont ainsi ouvert la voie à un phénotypage cellulaire profond, dès les stades larvaires précoces chez les femelles invalidées pour le miR-202.

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    Other literature type . 2021
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