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  • Other research products
  • 2018-2022
  • HAL-Pasteur

10
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  • French
    Authors: 
    Cotte, Emilie; Sébire, Fanny;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Logigramme; CONTEXTE : Dans le cadre de son plan stratégique 2019-2023, l’Institut Pasteur s’est donné pour objectif de « favoriser l’accès ouvert aux données de la recherche » et s’est doté d’une politique de gestion et partage des données de la recherche et codes logiciels (“RDM Policy”). Cette politique est entrée en vigueur le 1er mai 2021 et est accessible ici : https://www.pasteur.fr/fr/file/40521/download.La politique “RDM Policy” s’est accompagnée d’outils et fiches pratiques, ainsi que de nouvelles mesures concernant les plans de gestion des données (PGD) sur la base desquels une identification des différents types de données de la recherche, et une analyse préalable des questions juridiques qui y sont liées, peuvent être réalisées avant toute diffusion ou réutilisation. A ce titre, les scientifiques sont encouragés à réutiliser des données existantes avant de créer leurs propres données. L’enjeu de la réutilisation de ces données de recherche est crucial et impose aux scientifiques de se poser quelques questions pour vérifier que la réutilisation se fait bien dans le respect du cadre juridique en vigueur applicable.OBJECTIF : Dans l’objectif d’accompagner les scientifiques tout au long de leurs projets de recherche, nous avons établi un modèle de logigramme qui énumère les principales questions juridiques à se poser avant de réutiliser un jeu de données, les règles à respecter dans chaque cas ainsi que les équipes support référentes. Nous le proposons aujourd’hui à la diffusion dans un effort de mutualisation des moyens opérationnels et bonnes pratiques dans le monde de la recherche. Nous attirons votre attention sur le fait que l’objectif de ce modèle est de fournir un outil au service des scientifiques d’aide à l’orientation. Il n’est pas destiné à être utilisé comme un outil autonome pour la prise de décisions. De ce fait, les scientifiques sont encouragés à demander conseil aux équipes support concernées. VOIR AUSSI : Modèle de logigramme de l’Institut Pasteur relatif aux questions juridiques liées à la diffusion des données de la recherche. https://hal-pasteur.archives-ouvertes.fr/pasteur-03587216

  • English
    Authors: 
    Cotte, Emilie; Sébire, Fanny;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Flow chart; CONTEXT: As part of its 2019-2023 Strategic Plan, the Institut Pasteur has set itself the objective of "promoting open access to research data" and adopted a policy on managing and sharing research data and software codes (“RDM Policy”). This policy entered into force on 1st of May, 2021 and is accessible here: https://www.pasteur.fr/fr/file/40524/download. The RDM policy included a series of practical guides and tools, in addition to new measures concerning data management plans (DMP) which in particular allow the identification of different types of research data, and enable a pre-analysis of the legal issues related thereto prior to any dissemination or re-use/re-utilization. In this matter, scientists are strongly encouraged to disseminate, publish and share their own data according to the key principle ‘as open as possible, as closed as necessary’. Even though this principle is derived from the mandatory legal or regulatory provisions, or required under contractual arrangements, it may however be governed by obligations to fulfil secrecy and intellectual property requirements. Hence, this implies that research data cannot be unrestrictedly disseminated.It is therefore crucial to first of all consider a set of rules to ensure that any dissemination is made in compliance with the applicable laws and regulations in force.PURPOSE: In order to support scientists for the duration of their research projects, we have set up a flowchart template that lists the main legal issues to address before proceeding with the dissemination of a dataset, respective rules applying to each data and respective support teams.We propose to release it in a mutual effort to share operational capabilities and best practices among the research community. We would like to draw your attention to the fact that the template’s goal is to provide scientists with a guidance tool. It is not meant to be used as a standalone and autonomous tool for decision making. As such, scientists are encouraged to request counsel from respective support teams. SEE ALSO: Institut Pasteur’s flowchart template about legal issues related to reuse or re-utilization of research data. https://hal-pasteur.archives-ouvertes.fr/pasteur-03587214

  • French
    Authors: 
    Cotte, Emilie; Sébire, Fanny;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Logigramme; CONTEXTE : Dans le cadre de son plan stratégique 2019-2023, l’Institut Pasteur s’est donné pour objectif de « favoriser l’accès ouvert aux données de la recherche » et s’est doté d’une politique de gestion et partage des données de la recherche et codes logiciels (“RDM Policy”). Cette politique est entrée en vigueur le 1er mai 2021 et est accessible ici : https://www.pasteur.fr/fr/file/40521/download.La politique “RDM Policy” s’est accompagnée d’outils et fiches pratiques, ainsi que de nouvelles mesures concernant les plans de gestion des données (PGD) sur la base desquels une identification des différents types de données de la recherche, et une analyse préalable des questions juridiques qui y sont liées, peuvent être réalisées avant toute diffusion ou réutilisation. A ce titre, les scientifiques sont encouragés à diffuser, publier et partager leurs données selon le principe « aussi ouvert que possible, aussi fermé que nécessaire ». Ce principe résulte d’une volonté politique exprimée à travers des dispositions légales, réglementaires ou des stipulations contractuelles mais demeure toutefois soumis aux exigences liées au respect du secret ou des droits de propriété intellectuelle. Ces exigences imposent que certaines données ne puissent pas être librement diffusées. Il est donc essentiel d’observer les règles et dispositifs en jeu, afin de s’assurer que la diffusion des données se fait bien dans le respect du cadre juridique en vigueur applicable. OBJECTIF : Dans l’objectif d’accompagner les scientifiques tout au long de leurs projets de recherche, nous avons établi un modèle de logigramme qui énumère les principales questions juridiques à se poser avant de diffuser un jeu de données, les règles à respecter dans chaque cas ainsi que les équipes support référentes. Nous le proposons aujourd’hui à la diffusion dans un effort de mutualisation des moyens opérationnels et bonnes pratiques dans le monde de la recherche. Nous attirons votre attention sur le fait que l’objectif de ce modèle est de fournir un outil au service des scientifiques d’aide à l’orientation. Il n’est pas destiné à être utilisé comme un outil autonome pour la prise de décisions. De ce fait, les scientifiques sont encouragés à demander conseil aux équipes support concernées.VOIR AUSSI : Modèle de logigramme de l’Institut Pasteur relatif aux questions juridiques liées à la réutilisation des données de la recherche. https://hal-pasteur.archives-ouvertes.fr/pasteur-03587184

  • English
    Authors: 
    Cotte, Emilie; Sébire, Fanny;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Flow chart; CONTEXT: As part of its 2019-2023 Strategic Plan, the Institut Pasteur has set itself the objective of "promoting open access to research data" and adopted a policy on managing and sharing research data and software codes (“RDM Policy”). This policy entered into force on May 1, 2021 and is accessible here: https://www.pasteur.fr/fr/file/40524/download. The RDM policy included a series of practical guides and tools, in addition to new measures concerning data management plans (DMP), which in particular allow the identification of different types of research data, and enable a pre-analysis of the legal issues related thereto prior to any dissemination or re-use/re-utilization. In this matter, scientists are strongly encouraged to reuse existing research data before creating their own. It is therefore crucial to first of all consider a set of rules to ensure that any such reuse is made in compliance with the applicable laws and regulations in force.PURPOSE: In order to support scientists for the duration of their research projects, we have set up a flowchart template that lists the main legal issues to address before proceeding with the reuse or re-utilization of a dataset, respective rules applying to each data and relevant support teams.We propose to release it in a mutual effort to share operational capabilities and best practices among the research community. We would like to draw your attention to the fact that the template’s goal is to provide scientists with a guidance tool. It is not meant to be used as a standalone and autonomous tool for decision making. As such, scientists are encouraged to request counsel from respective support teams.SEE ALSO: Institut Pasteur’s flowchart template about legal issues related to research data dissemination. https://hal-pasteur.archives-ouvertes.fr/pasteur-03587219

  • Other research product . Other ORP type . 2022
    English
    Authors: 
    Ladant, Daniel; Prévost, Gilles; Popoff, Michel R.; Benoit, Evelyne;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    International audience; Toxins are biologically active substances produced by all kinds of living organisms such as bacteria, fungi, plants, and animals. They present a vast diversity of molecular structures and target a wide variety of receptors linked to physiological processes. Selected during evolution to give them a disabling/lethal effect, they display finely tuned functional properties in terms of affinity and selectivity. Toxins are, therefore, very attractive compounds because they exhibit a Janus-like character, being both poisons and remedies, and, as a matter of fact, have been primarily investigated not only for the light they can throw on fundamental physiological processes, but also for their potential therapeutic applications. The Toxins Special Issue entitled “Toxins: Mr Hyde or Dr Jekyll?” will accept manuscripts describing recent advances concerning toxins of various origins (such as animal, bacterial, fungi, marine and plant toxins) and a variety of topics covering toxin structure and organization, toxin receptor/target, phylogeny, toxinogenesis regulation, medical application, toxin function/activity, and toxin delivery into cell. This Special Issue is open (but not limited) to oral communications and posters that will be presented during the virtual meeting of the French Society of Toxinology (SFET) that will be held on 9th and 10th December 2021 (e-RT27—27th SFET meeting).

  • Other research product . Lecture . 2021
    French
    Authors: 
    Carloni, Mara,; Pizarro-Cerdá, Javier; Demeure, Christian E.;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Revue pédagogique à l'intention des enseignants en sciences du second degré, aux scientifiques du domaine et plus largement aux lecteurs intéressés.; Doctoral; Living organisms best fitted to survive and reproduce are the winners of the natural selection process. Infectious diseases are thought to exert a strong selection pressure on the immune system, thus contributing to eliminate deleterious genes and to positively select genetic variants providing a survival advantage. Because of the enormous death toll payed by mankind to historical plague pandemics, the highly pathogenic bacteria Yersinia pestis probably favored the selection of such genetic variants among survivors. Methods to evidence these effects have considerably evolved in the last decades with the onset of mass genome sequencing and exploding computation capacities, favoring the development of population genetics approaches such as genome-wide association studies (GWAS) over a priori candidate-gene approaches. In this review, early and recent studies and hypotheses on natural selection by plague are gathered and the related immune mechanisms described, when available. Several genes which may have been selected by plague are associated with susceptibility to inflammatory or autoimmune diseases, highlighting the impact of mutations affecting immunity-related genes. Finally, how effects of natural selection on the pathogen itself and its animal hosts mirrors those in man is proposed.; Les organismes vivants les mieux adaptés à survivre et se reproduire sont les grands gagnants du processus de sélection naturelle. Les maladies infectieuses exercent une forte pression de sélection sur le système immunitaire, contribuant à éliminer des allèles délétères et à sélectionner positivement les variants amenant un avantage en termes de survie. Du fait que l’humanité a payé un tribut énorme à la peste en nombre de morts durant les pandémies historiques, la bactérie Yersinia pestis, hautement pathogène, a probablement favorisé la sélection de tels variants génétiques chez les survivants. Les méthodes pour analyser ces effets ont considérablement évolué durant les dernières décennies avec l’arrivée du séquençage de génome à haut débit, et l’explosion de la puissance de calcul des ordinateurs, amenant les approches de génétique des populations telles que les études d’association pangénomiques à prendre le pas sur les approches ciblées sur des gènes candidats déterminés a priori. Dans cette revue, les études anciennes et récentes et les hypothèses sur la sélection naturelle par la peste sont présentées et les mécanismes immunitaires correspondants sont décrits lorsqu’ils sont connus. Une série d’allèles qui auraient été sélectionnés par la peste sont associés à une sensibilité accrue à d’autres maladies, mettant l’accent sur l’impact des mutations affectant les gènes liés à l’immunité. Finalement, les effets de la sélection naturelle sur le pathogène lui-même et les animaux réservoirs sont présentés.

  • English
    Authors: 
    Chlilek, Alexandre; Barbar, Saber-Davide; Stephan, Robin; Barbuat, Claudine; Cayla, Guillaume; Taha, Muhamed-Kheir; Lavigne, Jean-Philippe; Sotto, Albert;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    A 47-year-old man presented to our intensive care unit in May 2018 with a 2-day history of abdominal pain, fever, vomiting and diarrhoea. The patient has been known to be human immunodeficiency virus (HIV)-positive since 1998 and reported his risk for HIV as men having sex with men (MSM).

  • French
    Authors: 
    Briand, Michel;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France
  • Other research product . Other ORP type . 2020
    English
    Authors: 
    ZHOU, Rongyan;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Master data management dans le cadre de l'industrie du futur

  • Other research product . Lecture . 2020
    French
    Authors: 
    Prieur, Benoît;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    École thématique

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