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  • 2014-2023
  • French National Research Agency (AN...
  • IPS
  • FR
  • French
  • Hal-Diderot
  • Hyper Article en Ligne - Sciences d...

  • Authors: Boyer, Pierre, C; Gerschel, Elie; Raj, Anasuya;

    Approfondir l’intégration européenne? Résultats d’une enquête auprès des parlementaires nationaux allemands, français et italiens; L’Union économique européenne est incomplète, ce qui la rend vulnérable aux chocs macroéconomiques tels que la crise due à l’épidémie Covid-19. Des propositions de réforme étaient déjà débattues ces dernières années mais se sont constamment heurtées aux divergences de vues entre les pays et les groupes politiques. Nous présentons ici les résultats d’une enquête menée en 2018 auprès de membres des parlements nationaux en France, en Allemagne et en Italie sur l’intégration européenne dans des domaines liés au partage des risques et aux institutions budgétaires, en les invitant à exprimer leur opinion sur des propositions telles que la création d’une assurance-chômage européenne, d’euro-obligations (aussi appelées “eurobonds”) ou d’un impôt européen. Nous constatons que la nationalité et l’appartenance politique sont tous les deux des facteurs déterminants du soutien à ces propositions, le premier étant dominé par le second. Nous décrivons les lignes de fracture et tentons d’identifier les points de convergence où un accord politique serait envisageable. L’accord obtenu le 21 juillet 2020 au dernier sommet européen inclut une innovation notable avec des transferts financiers entre les États et l’émission d’obligations européennes : il représente donc un choix parmi les options que nous avions proposées aux parlementaires interrogés. Néanmoins, le plan de relance choisi lors de ce sommet reste ponctuel et laisse donc ouverte la question de l’avenir de l’intégration européenne.

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    Authors: Couture, Stéphane; Brunette, Marielle; Pannequin, François; Corcos, Anne;

    In many insurance contracts, self-insurance clauses appeared. Our objective is to analyze if these self-insurance clauses are justified, function of the observability or not of the self-insurance by the insurer. For this purpose, we propose a theoretical model under risk and ambiguity jointly analysing insurance and self-insurance. Theoretical results show that self-insurance clauses are never justified under risk, and not justified under ambiguity when the self-insurance is observable by the insurer. Moreover, under ambiguity, when the self-insurance is unobservable by the insurer, we show that optimal self-insurance depends on ambiguity preferences. Our results also indicate that insurance and self-insurance are substitutes under risk and under ambiguity only when the self-insurance is observable by the insurer. Under ambiguity, when the self-insurance activity is unobservable, insurance and self-insurance may be or not substitutes when the decision maker has ambiguity aversion. International audience

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    ProdInra
    Research . 2016
    License: CC BY SA
    Data sources: ProdInra
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  • Authors: Gerschel, Elie; Martinez, Alejandra; Mejean, Isabelle;

    International audience; Avant de se propager à l’échelle mondiale, l’épidémie de coronavirus est apparue dans la province du Hubei. Pour contenir la propagation du virus, le gouvernement chinois a imposé des mesures de quarantaine, entraînant un ralentissement de l’activité économique. Nous étudions ici la manière dont ce ralentissement de la production, initialement limité à la province de Hubei, se diffuse à l’économie mondiale via les chaînes de valeur internationales. La dépendance à l’égard des intrants chinois a augmenté de manière spectaculaire depuis le début des années 2000. De ce fait, la plupart des pays sont exposés au ralentissement de l’activité en Chine, à la fois directement via leurs importations de produits intermédiaires chinois et indirectement, du fait de la valeur ajoutée chinoise incorporée à d’autres intrants à la production. Cette note quantifie l’exposition totale de la France comparée à celle d’autres pays. Dans un premier temps, nous calculons la part de la valeur ajoutée chinoise dans la production française. Ensuite, nous utilisons des données au niveau des pays et des secteurs pour quantifier l’impact des mesures de quarantaine sur le PIB français.

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    Authors: Bourge, Mickael; Satiat-Jeunemaître, Béatrice;

    International audience

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    Authors: Ferré, Arnaud;

    Nous proposons dans cet article une méthode semi-supervisée pour étiqueter des termes de textes par les concepts d'une ontologie. La méthode génère des représentations vectorielles continues des termes complexes dans un espace sémantiquement structuré par l'ontologie du domaine. La méthode proposée s’appuie sur une approche de sémantique distributionnelle, qui génère des vecteurs initiaux pour chacun des termes extraits. Ces vecteurs sont alors plongés dans l'espace vectoriel construit à partir de la structure de l’ontologie. Ce plongement s’effectue par entraînement d’un modèle linéaire. Un calcul de distance est enfin effectué pour déterminer la proximité entre vecteurs de termes et vecteurs de concepts pour déterminer l'étiquetage ontologique des termes. Nous avons évalué la qualité de ces représentations pour une tâche de catégorisation en utilisant les concepts d'une ontologie comme étiquettes sémantiques. La performance de cette méthode atteint l’état de l’art pour cette tâche de catégorisation ouvrant d’encourageantes perspectives. National audience

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    HAL INRAE
    Other literature type
    Data sources: HAL INRAE
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    Hyper Article en Ligne
    Other literature type . 2017
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  • Authors: Berrabah, Fathi;

    The legume plant Medicago establishes symbiotic interaction with nitrogen fixing bacteria, called rhizobia. This interaction leads to the formation of root organs, the nodules. A massive and chronic infection of nodule cells is observed without induction of any plant defense suggesting that a symbiotic mechanism controls immunity in the nodules. The two Medicago genes, DNF2 and SymCRK encoding a phospholipase C-like protein and a cysteine-rich receptor-like kinase respectively were identified as potentially involved in the prevention of defenses during the late steps of the symbiosis. However, this phenomenon was poorly characterized. Herein we improved the characterization of the Legume tolerance to intracellular rhizobia with an emphasis on the role of DNF2 and SymCRK. Our results indicate that dnf2 and symCRK produce necrotic nodules that do not fix nitrogen, that develop defenses and in which bacteroids, the intracellular form of rhizobia, rapidly loose viability. Using bacterial mutants, we show that reduced bacteroid viability and/or nitrogen fixation defect are not per se enough to trigger defenses in wild type plants. Our results also indicate that DNF2 and SymCRK act successively during the symbiotic process and that artificial culture conditions can bypass DNF2 requirement for symbiosis. Finally, symCRK proteome analysis and physiological studies together indicate that the ethylene pathway has to be repressed after rhizobia internalization within the plant cells to maintain efficient symbiosis. Together our data improve the knowledge on the basis of legume tolerance to rhizobia.; La légumineuse Medicago établie une interaction symbiotique avec des bactéries du sol fixatrices d’azote, les rhizobia. Cette interaction provoque la formation d’un nouvel organe racinaire, la nodosité, au sein de laquelle les bactéries infectent de manière massive et chronique les cellules de la plante. Malgré cette invasion, aucune réaction de défense n’est observée ce qui suggère l’existence de mécanismes symbiotiques locaux de contrôle de l’immunité. Les gènes de Medicago DNF2 et SymCRK codant une phospholipase C-like et un récepteur-like kinase riche en cystéines, semblaient intervenir dans ces mécanismes peu connus. Mon travail de thèse a consisté à mieux caractériser les mécanismes de tolérance aux rhizobia notamment ceux faisant intervenir ces deux gènes. Nos résultats indiquent que dnf2 et symCRK forment des nodosités non-fixatrices, nécrotiques, présentant une activation des défenses et une perte de viabilité des bactéroïdes (forme intracellulaire des bactéries). Par ailleurs, l’utilisation de mutants bactériens nous a permis de montrer que, chez la plante sauvage, la perte de viabilité des bactéroïdes et l’absence de fixation d’azote ne sont pas suffisantes pour stimuler les défenses. Nos résultats indiquent également que dnf2 et symCRK agissent successivement lors du processus symbiotique et que la nécessité de dnf2 pour l’établissement de la symbiose peut être contournée dans certaines conditions de culture. Enfin, nous avons réalisé une analyse du protéome de symCRK et des expériences de physiologie végétale qui ont mis en évidence la nécessité, pour le maintien d’une symbiose efficace, de réprimer la voie éthylène après internalisation des rhizobia dans les cellules végétales. Ensemble, nos données améliorent la compréhension du phénomène de tolérance observée dans les nodosités de Légumineuses.

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    Authors: Mat, Damien;

    L’aliment est une source structurée de nutriments. Les différents éléments qui le composent sont arrangés et associés à plusieurs échelles et lui confèrent des propriétés organoleptiques et rhéologiques. Cette structure va être déconstruite par les différents étages de l’appareil digestif et prise en charge par l’organisme et son microbiote. La réponse qualitative et cinétique du système digestif à une structure particulière doit donc être prise en compte pour compléter notre compréhension des attributs nutritionnels de l’aliment et aller vers des formulations à visée de bien-être et de santé.Cette thèse s’est concentrée sur des matrices complexes riches en protéines de type émulsions huile dans eau. Tout en gardant constante la composition (10 % d’huile et 15% de protéines de lactosérum), des matrices de structures diverses et parfaitement maîtrisées ont été définies puis préparées en modulant les conditions des procédés de fabrication. Pour étudier leur comportement lors de la digestion, un protocole de digestion in vitro statique a été mis en oeuvre, associé à la titration par pH-stat. Cette méthodologie a permis de suivre, de façon originale, l’hydrolyse, et des protéines, et des lipides, au cours de la phase intestinale simulée.Son usage a ensuite été étendu à la phase gastrique pour le suivi de la protéolyse par la pepsine. L’étude des matrices solides représente un challenge dans les protocoles in vitro car elles ont un degré de complexité supplémentaire par rapport aux matrices liquides ou semi-solides. Une partie du travail s’est ainsi concentrée sur l’étude de l’effet de la taille des fragments sur la libération des nutriments, ainsi que leur impact sur la qualité de la mesure par pH-stat.Le potentiel de ce travail méthodologique a été démontré sur différents effets de structure des aliments sur la digestion. L’état physique de la phase continue en particulier et la taille des gouttelettes d’huile étaient parmi les plus influents. Des interactions entre protéolyses et lipolyse ont aussi été observés, ce qui démontre que le suivi simultané des cinétiques d’hydrolyse est un aspect important pour une compréhension plus complète des effets de structure.Par ailleurs la collaboration avec des physiologistes et des microbiologistes a permis la conduite de deux études in vivo chez le rat dont les premiers résultats attestent d’un effet structure à la fois sur la composition du microbiote et sur des marqueurs physiologiques. Food is a structured source of nutrients. Its different components are arranged and associated on several scales and provide organoleptic and rheological properties. This structure is going to be deconstructed by the different stages of the digestive tract and managed by the organism and its microbiota. The qualitative and kinetical response of the digestive tract to a specific structure must then be taken into account to complete our understanding of the nutritional attributes of the food and achieve functional formulations aiming to well-being and health.This thesis focused on complex protein-rich oil-inwater emulsion-type matrices. While keeping the composition constant (10 % oil and 15 % whey proteins), matrices with various and perfectly controlled structures have been designed and prepared by modulating the conditions of the fabrication process. To study the behavior during the digestion, a static in vitro digestion protocol has been carried out, associated to pH-stat titration. This method allowed to follow, in an innovative way, concurrent hydrolysis of both lipids and proteins during the simulated intestinal phase.Its use was then further extended to the gastric phase in order to follow the proteolysis by the pepsin. The study of solid matrices represents a challenge in in vitro protocols since they have an additional degree of complexity compared to liquid and semi-solid ones. A part of this work thereby focused on the study of the influence of the size of the fragments on the nutrients release, as well as on their impact on the quality of the pH-stat monitoring. The methodologic potential of this work has been demonstrated on different structure effects of the food onto its digestion. The physical state of the continuous phase in particular and the size of oil droplets were among the most influent parameters. Interactions between proteolysis and lipolysis were also observed, proving that simultaneous following of the hydrolysis kinetics is an important aspect for a more complete understanding of the structure effects.Moreover, collaborating with physiologists and microbiologists allowed the conduct of two in vivo studies with rats, the first results of which attest a structure effect on the microbiota composition and on physiological markers.

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    HAL INRAE
    Other literature type
    Data sources: HAL INRAE
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    Authors: Liu, Yi; Keribin, Christine; Popova, Tatiana; Rozenholc, Yves;

    La caractérisation des altérations génomiques tumorales est une étape importante dans le développement de la médecine personnalisée en cancérologie. Parmi les méthodes de traitement des données de micro-array, la méthode GAP (Genome Alteration Print) de Popova et al. (2009) caractérise les mutations à partir de la segmentation des signaux du nombre de copies et de la fréquence de l'allèle majoritaire obtenus en chaque site de SNP. Elle utilise un critère déterministe que nous proposons de remplacer par une modélisation probabiliste paramétrique. Nous définissons ainsi un modèle de mélange gaussien dont les classes caractérisent les types de mutations. Ce modèle est estimé par maximum de vraisemblance grâce à l'algorithme EM, permettant d'obtenir l'estimation des paramètres et la caractérisation de l'altération tumorale de chaque segment. Dans notre approche, la ploïdie de la tumeur est déduite de l'utilisation d'un critère pénalisé de sélection de modèle. Notre modèle est testé avec des données simulées et expérimentales. Characterization of the tumoral genomic alterations is an important step in the development of personalized medicine in cancerology. Among the methods for treating micro-array data, the GAP (Genome Alteration Print) method of Popova et al. (2009) characterizes the mutations based on the segmentation of copy number and B-allele frequency signals obtained on each SNP. It uses a deterministic criterion that we propose to replace by a parametric probabilistic model. In this way, we define a Gaussian mixture model whose classes characterize the mutation types. This model is estimated by maximum likelihood through the EM algorithm, allowing us to obtain the estimation of the parameters and the characterization of tumoral alterations on each segment. In our approach, the tumoral ploidy is deduced from a penalized model selection criterion. Our model is tested on simulated data and real data. International audience

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    HAL-Inserm
    Other literature type . 2015
    Data sources: HAL-Inserm
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    Authors: Salomon, William;

    Différents matériaux hybrides à base de polyoxométallates (POMs) ont été synthétisés au cours de cette thèse. Dans un premier type de matériaux, appelé POM@MOF, des POMs sont incorporés au sein des cavités poreuses d'un Metal-Organic-Framework (MOF). Ces matériaux ont été synthétisés par une méthode d'imprégnation en milieu aqueux ou par synthèse directe en conditions solvothermales. Ils ont ensuite été caractérisés de manière approfondie. La stabilité ou l'évolution des polyoxométallates lors de l'incorporation dans le MOF étant chaque fois parfaitement établie. Les matériaux POM@MOFs ont ensuite été étudiés pour leurs applications en magnétisme, pour la détection et en catalyse. Dans un second temps, des polymère de coordination hybrides à base de POMs (surnomés POMOFs) construits à partir d'isomères ε-Keggin reliés par des ligands organiques ont été synthétisés par voie hydrothermale. De nouvelles structures POMOFs ont pu être obtenue en présence de POMs, de ligands carboxylates et de complexes métalliques comme contre-ions non-innocents. L'activité de ces matériaux vis-à-vis de la réduction des protons a été étudiée par électrocatalyse et photocatalyse. Parallèlement, des synthèses de composés moléculaires solubles à base de POMs ε-Keggin ont également été réalisées. Finalement, des espèces hybrides incorporant des métaux de transitions et des ligands bisphosphonates ont été synthétisées : des polymères incorporant du cuivre(II) et un composé moléculaire à base fer(III). Ces espèces ont ensuite été étudiées pour leurs propriétés magnétiques, catalytiques pour la réduction des NOx. L'espèce à base de fer a également été sélectionnée comme substrat pour des études de dépôt sur surface de silice. Different Polyoxometalate (POM) based hybrid materials were synthesised during this doctorate. In the first type of materials, called POM@MOF, POMs are incorporated in the porous cavities of a Metal-Organic-Framework (MOF). These materials were synthesised by a impregnation method in an aqueous medium or by direct synthesis in solvothermal conditions. They were then extensively characterised. For every material, the stability or transformation of the POMs during the incorporation was accurately established. The POM@MOFs materials were then studied for their applications in magnetism, for detection and in catalysis. In a second time, POM-based hybrid coordination polymers (called POMOFs) made from ε-Keggin isomers connected by organic linkers were synthesised by a hydrothermal method. New POMOFs structures have been obtained with POMs, carboxylate linkers and metallic complexes as non-innocents counter ions. The catalytic activity of these materials toward protons reduction was studied by electrocatalysis and photocatalysis. In parallel, syntheses of soluble molecular compounds based on ε-Keggin POMs were also performed. Finally, hybrid species incorporating transition metals and bisphosphonate linkers were synthesised : three copper(II) based polymers and a molecular coumpound incorporating iron(III). The magnetic and catalytic (reduction of NOx) properties of these materials were then studied. The iron based species was also selected as substrate for the deposition on a silica surface.

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  • Authors: Martin, Julien; Martinez, Alejandra; Mejean, Isabelle;

    International audience; Plus de trois ans après le résultat inattendu du vote sur le Brexit de juin 2016, aucun accord de sortie n’a encore été signé entre le Royaume-Uni et l’Union européenne. Les conditions dans lesquelles se déroulera le Brexit et leurs conséquences économiques sont encore inconnues, mais le référendum a déjà des effets mesurables sur l’économie réelle.Le vote et les longues négociations qui ont suivi représentent un choc d’incertitude durable, qui a affecté les décisions d’investissement des entreprises.Dans cette note nous utilisons des données détaillées sur le commerce avant et après le vote afin de mesurer l’effet du vote sur les exportations françaises vers le Royaume-Uni. Nous montrons que le référendum n’a en moyenne pas eu d’effet sur la valeur des exportations mais a réduit la croissance des exportations de secteurs tels que les matériels de transport ou les produits chimiques qui sont placés le plus en amont dans les chaînes de valeur. Le nombre de nouvelles relations commerciales impliquant des exportateurs français et des importateurs britanniques a significativement décliné après le vote pour le Brexit, en comparaison avec d’autres destinations. Le choc d’incertitude semble avoir réduit l’investissement des entreprises françaises dans la prospection commerciale, ce qui pénalisera probablement les exportateurs dans le futur. Ces résultats suggèrent que l’incertitude représente un véritable coût. Toute décision de report du Brexit doit prendre en compte non seulement la possibilité d’obtenir un meilleur accord mais aussi le coût économique induit par une prolongation de l’incertitude. Il est également important que l’accord commercial à venir entre le Royaume-Uni et l’Union installe une politique commerciale que les exportateurs européens puissent anticiper, et dont l’accord garantisse la stabilité.

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  • Authors: Boyer, Pierre, C; Gerschel, Elie; Raj, Anasuya;

    Approfondir l’intégration européenne? Résultats d’une enquête auprès des parlementaires nationaux allemands, français et italiens; L’Union économique européenne est incomplète, ce qui la rend vulnérable aux chocs macroéconomiques tels que la crise due à l’épidémie Covid-19. Des propositions de réforme étaient déjà débattues ces dernières années mais se sont constamment heurtées aux divergences de vues entre les pays et les groupes politiques. Nous présentons ici les résultats d’une enquête menée en 2018 auprès de membres des parlements nationaux en France, en Allemagne et en Italie sur l’intégration européenne dans des domaines liés au partage des risques et aux institutions budgétaires, en les invitant à exprimer leur opinion sur des propositions telles que la création d’une assurance-chômage européenne, d’euro-obligations (aussi appelées “eurobonds”) ou d’un impôt européen. Nous constatons que la nationalité et l’appartenance politique sont tous les deux des facteurs déterminants du soutien à ces propositions, le premier étant dominé par le second. Nous décrivons les lignes de fracture et tentons d’identifier les points de convergence où un accord politique serait envisageable. L’accord obtenu le 21 juillet 2020 au dernier sommet européen inclut une innovation notable avec des transferts financiers entre les États et l’émission d’obligations européennes : il représente donc un choix parmi les options que nous avions proposées aux parlementaires interrogés. Néanmoins, le plan de relance choisi lors de ce sommet reste ponctuel et laisse donc ouverte la question de l’avenir de l’intégration européenne.

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    Authors: Couture, Stéphane; Brunette, Marielle; Pannequin, François; Corcos, Anne;

    In many insurance contracts, self-insurance clauses appeared. Our objective is to analyze if these self-insurance clauses are justified, function of the observability or not of the self-insurance by the insurer. For this purpose, we propose a theoretical model under risk and ambiguity jointly analysing insurance and self-insurance. Theoretical results show that self-insurance clauses are never justified under risk, and not justified under ambiguity when the self-insurance is observable by the insurer. Moreover, under ambiguity, when the self-insurance is unobservable by the insurer, we show that optimal self-insurance depends on ambiguity preferences. Our results also indicate that insurance and self-insurance are substitutes under risk and under ambiguity only when the self-insurance is observable by the insurer. Under ambiguity, when the self-insurance activity is unobservable, insurance and self-insurance may be or not substitutes when the decision maker has ambiguity aversion. International audience

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    ProdInra
    Research . 2016
    License: CC BY SA
    Data sources: ProdInra
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  • Authors: Gerschel, Elie; Martinez, Alejandra; Mejean, Isabelle;

    International audience; Avant de se propager à l’échelle mondiale, l’épidémie de coronavirus est apparue dans la province du Hubei. Pour contenir la propagation du virus, le gouvernement chinois a imposé des mesures de quarantaine, entraînant un ralentissement de l’activité économique. Nous étudions ici la manière dont ce ralentissement de la production, initialement limité à la province de Hubei, se diffuse à l’économie mondiale via les chaînes de valeur internationales. La dépendance à l’égard des intrants chinois a augmenté de manière spectaculaire depuis le début des années 2000. De ce fait, la plupart des pays sont exposés au ralentissement de l’activité en Chine, à la fois directement via leurs importations de produits intermédiaires chinois et indirectement, du fait de la valeur ajoutée chinoise incorporée à d’autres intrants à la production. Cette note quantifie l’exposition totale de la France comparée à celle d’autres pays. Dans un premier temps, nous calculons la part de la valeur ajoutée chinoise dans la production française. Ensuite, nous utilisons des données au niveau des pays et des secteurs pour quantifier l’impact des mesures de quarantaine sur le PIB français.

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    Authors: Bourge, Mickael; Satiat-Jeunemaître, Béatrice;

    International audience

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    Authors: Ferré, Arnaud;

    Nous proposons dans cet article une méthode semi-supervisée pour étiqueter des termes de textes par les concepts d'une ontologie. La méthode génère des représentations vectorielles continues des termes complexes dans un espace sémantiquement structuré par l'ontologie du domaine. La méthode proposée s’appuie sur une approche de sémantique distributionnelle, qui génère des vecteurs initiaux pour chacun des termes extraits. Ces vecteurs sont alors plongés dans l'espace vectoriel construit à partir de la structure de l’ontologie. Ce plongement s’effectue par entraînement d’un modèle linéaire. Un calcul de distance est enfin effectué pour déterminer la proximité entre vecteurs de termes et vecteurs de concepts pour déterminer l'étiquetage ontologique des termes. Nous avons évalué la qualité de ces représentations pour une tâche de catégorisation en utilisant les concepts d'une ontologie comme étiquettes sémantiques. La performance de cette méthode atteint l’état de l’art pour cette tâche de catégorisation ouvrant d’encourageantes perspectives. National audience

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    HAL INRAE
    Other literature type
    Data sources: HAL INRAE
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    Hyper Article en Ligne
    Other literature type . 2017
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  • Authors: Berrabah, Fathi;

    The legume plant Medicago establishes symbiotic interaction with nitrogen fixing bacteria, called rhizobia. This interaction leads to the formation of root organs, the nodules. A massive and chronic infection of nodule cells is observed without induction of any plant defense suggesting that a symbiotic mechanism controls immunity in the nodules. The two Medicago genes, DNF2 and SymCRK encoding a phospholipase C-like protein and a cysteine-rich receptor-like kinase respectively were identified as potentially involved in the prevention of defenses during the late steps of the symbiosis. However, this phenomenon was poorly characterized. Herein we improved the characterization of the Legume tolerance to intracellular rhizobia with an emphasis on the role of DNF2 and SymCRK. Our results indicate that dnf2 and symCRK produce necrotic nodules that do not fix nitrogen, that develop defenses and in which bacteroids, the intracellular form of rhizobia, rapidly loose viability. Using bacterial mutants, we show that reduced bacteroid viability and/or nitrogen fixation defect are not per se enough to trigger defenses in wild type plants. Our results also indicate that DNF2 and SymCRK act successively during the symbiotic process and that artificial culture conditions can bypass DNF2 requirement for symbiosis. Finally, symCRK proteome analysis and physiological studies together indicate that the ethylene pathway has to be repressed after rhizobia internalization within the plant cells to maintain efficient symbiosis. Together our data improve the knowledge on the basis of legume tolerance to rhizobia.; La légumineuse Medicago établie une interaction symbiotique avec des bactéries du sol fixatrices d’azote, les rhizobia. Cette interaction provoque la formation d’un nouvel organe racinaire, la nodosité, au sein de laquelle les bactéries infectent de manière massive et chronique les cellules de la plante. Malgré cette invasion, aucune réaction de défense n’est observée ce qui suggère l’existence de mécanismes symbiotiques locaux de contrôle de l’immunité. Les gènes de Medicago DNF2 et SymCRK codant une phospholipase C-like et un récepteur-like kinase riche en cystéines, semblaient intervenir dans ces mécanismes peu connus. Mon travail de thèse a consisté à mieux caractériser les mécanismes de tolérance aux rhizobia notamment ceux faisant intervenir ces deux gènes. Nos résultats indiquent que dnf2 et symCRK forment des nodosités non-fixatrices, nécrotiques, présentant une activation des défenses et une perte de viabilité des bactéroïdes (forme intracellulaire des bactéries). Par ailleurs, l’utilisation de mutants bactériens nous a permis de montrer que, chez la plante sauvage, la perte de viabilité des bactéroïdes et l’absence de fixation d’azote ne sont pas suffisantes pour stimuler les défenses. Nos résultats indiquent également que dnf2 et symCRK agissent successivement lors du processus symbiotique et que la nécessité de dnf2 pour l’établissement de la symbiose peut être contournée dans certaines conditions de culture. Enfin, nous avons réalisé une analyse du protéome de symCRK et des expériences de physiologie végétale qui ont mis en évidence la nécessité, pour le maintien d’une symbiose efficace, de réprimer la voie éthylène après internalisation des rhizobia dans les cellules végétales. Ensemble, nos données améliorent la compréhension du phénomène de tolérance observée dans les nodosités de Légumineuses.

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    Authors: Mat, Damien;

    L’aliment est une source structurée de nutriments. Les différents éléments qui le composent sont arrangés et associés à plusieurs échelles et lui confèrent des propriétés organoleptiques et rhéologiques. Cette structure va être déconstruite par les différents étages de l’appareil digestif et prise en charge par l’organisme et son microbiote. La réponse qualitative et cinétique du système digestif à une structure particulière doit donc être prise en compte pour compléter notre compréhension des attributs nutritionnels de l’aliment et aller vers des formulations à visée de bien-être et de santé.Cette thèse s’est concentrée sur des matrices complexes riches en protéines de type émulsions huile dans eau. Tout en gardant constante la composition (10 % d’huile et 15% de protéines de lactosérum), des matrices de structures diverses et parfaitement maîtrisées ont été définies puis préparées en modulant les conditions des procédés de fabrication. Pour étudier leur comportement lors de la digestion, un protocole de digestion in vitro statique a été mis en oeuvre, associé à la titration par pH-stat. Cette méthodologie a permis de suivre, de façon originale, l’hydrolyse, et des protéines, et des lipides, au cours de la phase intestinale simulée.Son usage a ensuite été étendu à la phase gastrique pour le suivi de la protéolyse par la pepsine. L’étude des matrices solides représente un challenge dans les protocoles in vitro car elles ont un degré de complexité supplémentaire par rapport aux matrices liquides ou semi-solides. Une partie du travail s’est ainsi concentrée sur l’étude de l’effet de la taille des fragments sur la libération des nutriments, ainsi que leur impact sur la qualité de la mesure par pH-stat.Le potentiel de ce travail méthodologique a été démontré sur différents effets de structure des aliments sur la digestion. L’état physique de la phase continue en particulier et la taille des gouttelettes d’huile étaient parmi les plus influents. Des interactions entre protéolyses et lipolyse ont aussi été observés, ce qui démontre que le suivi simultané des cinétiques d’hydrolyse est un aspect important pour une compréhension plus complète des effets de structure.Par ailleurs la collaboration avec des physiologistes et des microbiologistes a permis la conduite de deux études in vivo chez le rat dont les premiers résultats attestent d’un effet structure à la fois sur la composition du microbiote et sur des marqueurs physiologiques. Food is a structured source of nutrients. Its different components are arranged and associated on several scales and provide organoleptic and rheological properties. This structure is going to be deconstructed by the different stages of the digestive tract and managed by the organism and its microbiota. The qualitative and kinetical response of the digestive tract to a specific structure must then be taken into account to complete our understanding of the nutritional attributes of the food and achieve functional formulations aiming to well-being and health.This thesis focused on complex protein-rich oil-inwater emulsion-type matrices. While keeping the composition constant (10 % oil and 15 % whey proteins), matrices with various and perfectly controlled structures have been designed and prepared by modulating the conditions of the fabrication process. To study the behavior during the digestion, a static in vitro digestion protocol has been carried out, associated to pH-stat titration. This method allowed to follow, in an innovative way, concurrent hydrolysis of both lipids and proteins during the simulated intestinal phase.Its use was then further extended to the gastric phase in order to follow the proteolysis by the pepsin. The study of solid matrices represents a challenge in in vitro protocols since they have an additional degree of complexity compared to liquid and semi-solid ones. A part of this work thereby focused on the study of the influence of the size of the fragments on the nutrients release, as well as on their impact on the quality of the pH-stat monitoring. The methodologic potential of this work has been demonstrated on different structure effects of the food onto its digestion. The physical state of the continuous phase in particular and the size of oil droplets were among the most influent parameters. Interactions between proteolysis and lipolysis were also observed, proving that simultaneous following of the hydrolysis kinetics is an important aspect for a more complete understanding of the structure effects.Moreover, collaborating with physiologists and microbiologists allowed the conduct of two in vivo studies with rats, the first results of which attest a structure effect on the microbiota composition and on physiological markers.

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    HAL INRAE
    Other literature type
    Data sources: HAL INRAE
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    Authors: Liu, Yi; Keribin, Christine; Popova, Tatiana; Rozenholc, Yves;

    La caractérisation des altérations génomiques tumorales est une étape importante dans le développement de la médecine personnalisée en cancérologie. Parmi les méthodes de traitement des données de micro-array, la méthode GAP (Genome Alteration Print) de Popova et al. (2009) caractérise les mutations à partir de la segmentation des signaux du nombre de copies et de la fréquence de l'allèle majoritaire obtenus en chaque site de SNP. Elle utilise un critère déterministe que nous proposons de remplacer par une modélisation probabiliste paramétrique. Nous définissons ainsi un modèle de mélange gaussien dont les classes caractérisent les types de mutations. Ce modèle est estimé par maximum de vraisemblance grâce à l'algorithme EM, permettant d'obtenir l'estimation des paramètres et la caractérisation de l'altération tumorale de chaque segment. Dans notre approche, la ploïdie de la tumeur est déduite de l'utilisation d'un critère pénalisé de sélection de modèle. Notre modèle est testé avec des données simulées et expérimentales. Characterization of the tumoral genomic alterations is an important step in the development of personalized medicine in cancerology. Among the methods for treating micro-array data, the GAP (Genome Alteration Print) method of Popova et al. (2009) characterizes the mutations based on the segmentation of copy number and B-allele frequency signals obtained on each SNP. It uses a deterministic criterion that we propose to replace by a parametric probabilistic model. In this way, we define a Gaussian mixture model whose classes characterize the mutation types. This model is estimated by maximum likelihood through the EM algorithm, allowing us to obtain the estimation of the parameters and the characterization of tumoral alterations on each segment. In our approach, the tumoral ploidy is deduced from a penalized model selection criterion. Our model is tested on simulated data and real data. International audience

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    HAL-Inserm
    Other literature type . 2015
    Data sources: HAL-Inserm
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