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  • 2017-2021
  • US
  • French
  • Mémoires en Sciences de l'Information et de la Communication

10
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  • French
    Authors: 
    Perez Quintero, Alvaro Luis;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France
    Project: NSF | Quantitative Trait Locus ... (1444511)

    Transcription activator-like (TAL) effectors are proteins found mainly in the genus of Xanthomonas phytopathogenic bacteria. These proteins enter the nucleus of cells in the host plant and can induce the expression of genes. The induction of “susceptibility” S genes in the plant will result in disease. TAL effectors are able to bind DNA thanks to a unique motif consisting of a series of nearly-identical repeats that wrap around the DNA forming a super-helix, in each repeat two amino-acids found in a loop on the inner side of the helix directly interact with nucleotides. Different combination of amino-acids in this loop bind specific nucleotides following a unique code.A consequence of this tight interaction is that plants and bacteria co-evolve following an arms race where the plant genome diversifies to avoid being targeted by the TAL effectors, while tal effector genes diversify to adapt to new targets.Various aspects of TAL effector evolution are still unknown, specially how does specificity arise towards certain targets in the host plant? As first steps towards answering this question, in these thesis we show the results of using primarily bioinformatic strategies to find evolutionary patterns in TAL effector sequences. We designed the suite “QueTAL” containing software for 1) the construction of phylogenetic trees based on repeat sequences, 2) comparison of predicted binding sites for TAL effectors, 3) identification of repeat motifs in TAL effector pairs. This suite was made publicly available and it is being actively used by the Xanthomonas research community.We used these programs along with other strategies to analyze variation in over 900 TAL effector sequences from 22 taxonomic groups finding 1) a loss of diversity of repeats through the Xanthomonas genus, which may impact the evolution of TAL effector architecture, 2) groups of TAL effector orthologs specific to certain taxonomic groups of pathovars that may share common functions, 3) evidence of repeat motifs shared and lost between TAL effectors hinting at extensive recombination (particularly gene conversion) events. We propose that the swapping of repeat blocks between TAL effectors is a motor for TAL effector specialization that allows for fast functional diversification through the acquisition of new targets in the host plants.We then analyzed in detail the diversity of TAL effector sequences in African strains of Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo), causing agent of bacterial leaf blight of rice, the most destructive bacterial disease in rice. We found indications of virulence activity of a TAL effector being the product of a gene conversion event, supporting our hypothesis of gene conversion as a motor of TAL effector evolution. We also used transcriptomic data and systematic gain-of-function assays to uncover a TAL effector that exerts a virulence role through the induction of two susceptibility genes, one of which represents a novel class of susceptibility gene in bacterial blight. Finally, we present partial results of transcriptomic analyses aimed at de-constructing the effects of each TAL effector from one strain on the rice transcriptome, as well as results from collaborative functional and evolutionary analyses in other groups of Xanthomonas.Altogether, this thesis offers a new conceptual framework and new tools for the analysis of TAL effector function and evolution, and we hope this will help in the design of strategies aimed at improving resistance to bacteria in agronomically important plants.; Les effecteurs TAL (« Transcription Activator-Like ») sont des protéines présentes majoritairement chez les bactéries phytopathogènes du genre Xanthomonas. Ces protéines bactériennes sont dirigées vers le noyau des cellules de la plante hôte où elles induisent l’expression de gènes. L’induction de gènes de « susceptibilité » de la plante est responsable de la maladie. Les effecteurs TAL sont capables de se lier à l’ADN grâce à un motif particulier consistant en une série de répétitions quasi-identiques s’enroulant autour de l’ADN et formant une super-hélice. Au sein des répétitions deux acides aminés localisés à l’intérieur de chaque boucle de la super-hélice interagissent directement et spécifiquement avec les nucléotides. Des combinaisons différentes de ces deux acides aminés se lient spécifiquement à certains nucléotides, selon un code unique.Une conséquence de cette interaction étroite est que les plantes et les bactéries co-évoluent selon une course aux armements où le génome de la plante se diversifie pour éviter d’être la cible des effecteurs TAL, tandis que les gènes tal se diversifient pour s’adapter à de nouvelles cibles. Les aspects évolutifs des effecteurs TAL sont encore largement inconnus, notamment comment la spécificité évolue vers de nouvelles cibles végétales. Cette thèse présente les premiers travaux sur la compréhension des mécanismes évolutifs des gènes tal, principalement abordés par la bioinformatique. Nous avons développé la suite de programmes « QueTAL » qui permet d’une part la construction d’arbres phylogénétiques basés soit sur la séquence des répétitions, soit sur la séquence des sites cibles, d’autre part la recherche de motifs de répétitions pouvant constituer les unités évolutives des effecteurs TAL. Cette suite bioinformatique est publique, en ligne, et activement utilisée par la communauté des scientifiques travaillant sur les effecteurs TAL des Xanthomonas.Ces programmes ont été appliqués (ainsi que d’autres approches) à plus de 900 séquences d’effecteurs TAL de 22 groupes bactériens. Nous avons mis en évidence i) une perte de diversité dans les répétitions chez les Xanthomonas, qui aurait des conséquence sur l’évolution de la structure des effecteurs TAL; ii) l’existence de groupes fonctionnels de gènes tal spécifiques à certains pathovars ; iii) un probable mécanisme évolutif reposant sur la recombinaison (principalement par conversion génique), révélé par le gain ou la perte de répétitions en blocs entiers. Notre hypothèse est que le moteur de la spécialisation des effecteurs TAL est la recombinaison de ces blocs entre gènes conduisant à une diversification fonctionnelle rapide vers de nouvelles cibles végétales.Nous avons ensuite analysé plus en détail la diversité des séquences TAL de souches africaines de Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo), agent de la bactériose vasculaire, maladie bactérienne la plus importante du riz. Nous avons montré qu’un gène tal résultant d’une conversion génique pouvait être fonctionnel, indiquant que ce mécanisme peut être un moteur évolutif chez les effecteurs TAL. Les données de transcriptomique et de gain de fonction ont permis de mettre en évidence un effecteurs TAL dont la virulence s’exerce par l’activation de deux gènes de susceptibilité, dont l’un n’avait jamais été décrit chez Xoo. Enfin nous présentons des résultats préliminaires sur les effets d’une déconstruction de TALome sur le transcriptome de riz ainsi que des travaux fonctionnels et évolutifs issus de collaborations sur d’autres Xanthomonas.Cette thèse offre un nouveau cadre conceptuel ainsi que de nouveaux outils pour l’analyse fonctionnelle et évolutive des effecteurs TAL qui devraient améliorer la mise au point de stratégies pour la résistance des plantes aux Xanthomonas.

  • Open Access French
    Authors: 
    Pommier, Cyril; Dzale Yeumo, Windpouire Esther;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    National audience

  • Open Access French
    Authors: 
    Yinan Zhou; Pierre Kaser;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Presentation Dernier rejeton d'une longue lignee d'homme de lettres, le jeune Zhang Dai 張岱 (1597-1681) connut l'opulence d'un riche lettre oisif, s'adonnant tout a loisir a sa passion pour la litterature et a son gout tres marque pour le theâtre avant de tout perdre au moment de la chute des Ming 明 (1644). Reste fidele a la defunte dynastie, il brava les interdits en en redigeant l'histoire. Depouille et traque, il eprouva la misere et la clandestinite, ce qui explique que la plupart de ses e...

  • Open Access French
    Authors: 
    Dobrian, Christopher;
    Publisher: HAL CCSD
    Countries: France, United States

    International audience; La musique véhicule souvent une impression de “geste”, une évocation de mouvement et d’énergie, qui la rend spectaculaire, passionnante et expressive. Dans la production de musique générée par le truchement d’algorithmes, une question commune est d’imprégner le son de la nervosité et de la vitalité de la performance live. Dans le cas de la musique mixte, un défi supplémentaire est de programmer l’ordinateur pour interpréter les qualités expressives de la musique jouée en temps réel.Je présente lors de cette conférence une approche pour analyser et caractériser automatiquement le geste dans le son musical, comme manière d’améliorer l’interaction de l’ordinateur avec le performer humain dans le cadre d’une improvisation live. En décrivant la musique comme des motifs (patterns) de données paramétriques changeantes, l’ordinateur peut stocker et catégoriser des descripteurs de gestes musicaux. Dans un second temps, nous pouvons alors considérer comment les dérivations de ces données d’analyse –les manières dont les données changent au cours du temps –caractérisent la qualité gestuelle de chaque performance. Dans le cas de la musique générée algorithmiquement, le contrôle de ces dérivations du changement des paramètres musicaux peut améliorer le potentiel expressif de l’improvisation avec ordinateur.

  • French
    Authors: 
    Pacaud, Jean-Michel;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    International audience; Résumé: Le nom Gibbolucina aremorica nom. nov. est ici proposé pour corriger l'homonymie primaire Lucina profunda Dufour, 1881 de l'Éocène de Loire-Atlantique non Lucina profunda Deshayes, 1850 [= Diplodonta], une espèce du Néogène du bassin d'Aquitaine, non Lucina profunda White, 1881, une espèce du Crétacé du Colorado (USA). Par ailleurs, le nom Diplodonta profunda Deshayes, 1857, introduit pour une espèce du Lutétien (Éocène moyen), homonyme de Diplodonta profunda (Deshayes, 1850), est renommé Diplodonta oesia nom. nov. Abstract: Gibbolucina aremorica nom. nov. is proposed here to correct the primary homonymy Lucina profunda Dufour, 1881 from the Eocene of Loire-Atlantique (France) non Lucina profunda Deshayes, 1850 [= Diplodonta], a Neogne species of the Aquitaine basin, non Lucina profunda White, 1881, a Cretaceous species of Colorado (USA). Moreover, the name Diplodonta profunda Deshayes, 1857, introduced for a species of the Lutetian (Middle Eocene), homonym of Diplodonta profunda (Deshayes, 1850), is renamed Diplodonta oesia nom. nov.

  • French
    Authors: 
    Aurore Vigan; Melynda Hassouna; Coline Brame; Nadège Edouard; Eglin, T.; Espagnol, S.; Maguy Eugène; Sophie Génermont; Guingand, N.; Lagadec, S.; +4 more
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    National audience; The increasing demand for animal products is a major challenge for the livestock sector that must reduce its environmental impacts and ensure its sustainability. This sector has been identified as an important contributor to polluting gas emissions. Improving the knowledge on the origin and the magnitude of air pollutants and greenhouse gases emissions from livestock sector is essential to address climate change and to contribute to improve air quality with the evolution of breeding practices (feeding strategy, manure management, etc.). A consortium involving research and extension services partners was created to build a database called ELFE (ELevages et Facteurs d’Emission) with international data from literature references focusing on emissions of ammonia, greenhouse gases, particles and odors on the different steps of manure management of cattle, pig and poultry productions systems and their associated key variables. Around 350 publications (among 1 000 publications collected) are integrated into the database and provide more than 5 200 emission values. The ELFE database allows calculating average of emission and their standard deviation taking into account the diversity of livestock systems. These data can be used to provide emission factor for national inventories for specific livestock systems and also, to evaluate practices on gas emissions mitigation. This database can also be used to analyze the influence of key variables on the emission factor variability using multicriteria assessment (climate, building type, etc.). Moreover, this database propose a classification of emission factor into three classes according to the degree on which information about their most influential key variables was complete (>50 % ; 30-50 % ; 50 % ; 30-50 % ; <30 % des métadonnées renseignées) afin d’évaluer son niveau de description.

  • French
    Authors: 
    Gama, Remigius;
    Publisher: HAL CCSD
    Project: NSF | Seismological Facilities ... (1261681), ANR | CoLiBrEA (ANR-12-JS06-0004)

    Any kinematic model applied to the southerly-propagating and diverging South Kenya rift (SKR) should necessarily integrate the structure of the Magadi-Natron axial trough (previous studies), but also those of the Oldoinyo Ogol (OOB) offset block to the west. Our work is chiefly based on SRTM 30 m satellite imagery analysis, and allows us (1) to precise the morphostructural arrangement of the entire SKR,(2) to identify 2 successive border faults systems, (3) to emphasize the role of the Ol Doinyo Ogol master fault, (4) to elaborate a 2-stage rift model (7-3 Ma et <3 Ma), and (5) to attribute a key-role to a transverse Proterozoic discontinuity on the lateral shift of the OOB, as well as on the split of the rift into the Eyasi rift arm and on the off-axis location of the early Crater Highlands magmatic segment, hence demonstrating the importance of basement structural inheritance on rift kinematics.The quantitative analysis of fault populations shows the restricted nature of most intra-rift faults, and leads us to precise the spatiotemporal evolution of extension from a stage of localized strain (border faults) to a stage of diffuse extension (<3 Ma).From the analysis of the river drainage extracted from the basement uplifted block bounding the rift system to the west, it is assumed that (1) lithological and tectonic basement features exerted a strong control on the river network, (2) fault-related basement uplift is polyphased, and (3) the unsteady nature of the present-day river drainage is due to still active rift-flank uplift in the southern portion of the rift system.; Tout modèle cinématique appliqué à la propagation du rift sud kenyan (RSK) et à sa divergence vers l’ouest au nord de la Tanzanie (DNT) doit nécessairement intégrer la vallée axiale Magadi-Natron (études antérieures), mais aussi le bloc soulevé Oldoinyo Ogol (OOB) à l’ouest (ce travail). Notre étude, basée pour l'essentiel sur l'interprétation d'imagerie satellitale SRTM 30 m, nous permet (1) de préciser l'organisation morphostructurale de l'ensemble du RSK, (2) d'identifier 2 systèmes successifs de failles bordières, (3) d'affirmer le rôle majeur de celle d'Oldoinyo Ogol, (4) d'élaborer un modèle de rifting en 2 étapes (7-3 Ma et <3 Ma) et (5) d'attribuer le « shift » latéral du domaine rifté (OOB), puis sa divergence le long de la branche d'Eyasi (DNT) à la présence d'une discontinuité transverse protérozoïque, à laquelle on rapporte aussi le développement précoce et 'hors axe' du segment magmatique des « Crater Highlands », démontrant ainsi l'importance de l'héritage structural sur la cinématique du rifting. L’analyse quantitative des populations de failles démontre le caractère « restricted » des failles intrarift et aboutit aussi à préciser l'évolution, dans l'espace et le temps, du taux d'extension, depuis un stade précoce à déformation localisée jusqu'à un stade récent à déformation diffuse (<3 Ma). L’analyse des réseaux de drainage identifiés sur le compartiment de socle bordant à l'ouest le dispositif RSK-NTD démontre (1) leur contrôle étroit par le dispositif lithologique et tectonique du socle, (2) la nature polyphasée du soulèvement lié aux failles bordières, et (3) le caractère déséquilibré du réseau actuel en cours de soulèvement.

  • Open Access French
    Authors: 
    Sécou Omar Diedhiou; Oumar Sy; Christine Margetic;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Située au Sud-ouest du Sénégal, la ville de Ziguinchor appartient à la Basse Casamance. Développée sur un site fluvial, elle offre des conditions écologiques favorables à l’agriculture qui se trouve néanmoins affectée par une croissance démographique qui génère parfois des conflits d’utilisation du sol. Cet article interroge ainsi la place des agriculteurs urbains dans l’approvisionnement de la ville en identifiant les acteurs concernés, les modes d’accès à la terre, leurs pratiques et la façon dont l’activité agricole contribue à la sécurisation de leurs revenus.En l’absence de statistiques officielles, un travail qualitatif a été mené. Il s’est appuyé sur l’exploitation de 248 questionnaires soumis aux exploitants agricoles et de 130 autres aux marchands de légumes en 2016 et 2017. L’extension urbaine de Ziguinchor remonte aux années 1970 et contribue à la déstructuration des espaces agricoles, mais dans le même temps, cette croissance a pour corollaire une demande d’autant plus forte en denrées alimentaires que le périmètre communal a été élargi (de 3400 ha en 1972 à 4450 ha depuis 2002). Pour les exploitants, l’enjeu est double : maintenir l’autoconsommation familiale en riz, malgré une rétraction des terres cultivables, et dégager un revenu par la vente de légumes pour l’achat de denrées en période de soudure surtout. A la différence d’autres villes d’Afrique de l’Ouest, les femmes occupent une place centrale dans le système local, de la production à la commercialisation, en conjuguant plusieurs sites de production : un premier attenant au domicile, un autre dans les bas-fonds et un dernier sur le plateau. Fondamentales pour leur propre sécurité alimentaire, mais aussi pour celle de la ville, la pérennité de leurs pratiques suppose l’intégration de cette agriculture urbaine dans des politiques de développement urbain volontaristes. Located in south-western of Senegal, Ziguinchor is in Lower Casamance. Developed on a river site, it offers favorable ecological conditions to develop agricultural activities. However, this ecological advantages are affected by a population growth that generates some direct and indirect issues. This article examines the role of urban farmers in supplying the city by identifying the actors involved, the methods of access to land, their practices and the way in which agricultural activity contributes to securing their income.In the absence of official statistics, the latter authors’ statement is confirmed in the city through a questionary methodology near 248 farmers and 130 vegetable traders in 2016 and 2017. The choice of Ziguinchor is relevant. The urban extension that goes back to the 1970s contributes both to the de-structuring of agricultural spaces and the stronger demand for foodstuffs, which grows as the municipal area has been enlarged (from 3 400 ha in 1972 to 4 450 ha since 2002). For farmers’ perspectives, the challenge is twofold. The first challenge is to be able to maintain family self-consumption in rice, despite a retreat of arable land, while the second one is relay on generating income through the sale of vegetables for the purchase of food during the lean season. Unlike other cities in West Africa, women play a key role in the local agricultural value chain (i.e. from production to marketing) by combining several production sites: one site in home, in the shallows and other in the plateau. This combination of several production sites is fundamental not only for their own food security, but also for that of the city. Moreover, the durability of their practices supposes the integration of urban agriculture in voluntary urban development policies.

  • French
    Authors: 
    Bourbousson, Céline;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Our research focuses on the adoption of a dispositive (Foucault, 1977) destinated to territorial polarization projects in the field of social and solidarity economy. We build on a multi-scalar approach which consists in : (1) a qualitative survey of the construction of the Pôle Territorial de Coopération Economique (“Territorial Cluster for Economic Cooperation”) policy by national actors, (2) two case studies of two of these clusters, selected in region Paca. More specifically, we build on the institutional work theory to characterize the practices deployed by the two TCECs in order to appropriate the dispositive in a context of institutional pluralism. Two levels of results are proposed. The first one sheds light on the banalisation process of the TCEC dispositive at the national level, which is first dominated by a civic logic of alternative territorial development that is then effaced by a a managerial logic of normalization of SSE. The second level of results consists in characterizing the modalities of appropriation of this dispositive at the meso scale of the two clusters analysed. It appears that the TCEC which manages to survive and develop is the one that hybridizes the civic and managerial logics. The other one, particularly shaped by the civic logic, doesn’t manage to perpetuate its activities and implies a reject of the dispositive, since it doesn’t share its strategic intention. Combining a critical approach and a neo-institutionalist analysis leads to several theoretical contributions. (1) We draw the outlines of a new type of dispositive that we conceptualize as a normalizing dispostive. (2) The analysis of institutional work in a context of institutional pluralism highlights a new type of practices : the ones which deal with institutional resistance.; Notre recherche propose d’appréhender la « mise en dispositif », au sens de Foucault (1977), de projets de polarisation territoriale dans le champ de l’économie sociale et solidaire (ESS). Nous nous appuyons sur une analyse multi-niveaux qui se décline sous la forme : (1) d’une enquête qualitative sur l’élaboration du dispositif Pôle Territorial de Coopération Economique (PTCE) par les acteurs nationaux, (2) de deux études de cas auprès de deux de ces pôles en région Paca. Plus précisément, nous mobilisons la grille d’analyse du travail institutionnel pour cerner les pratiques mises en oeuvre par les deux PTCE pour s’approprier le dispositif dans un contexte de pluralisme institutionnel. Deux niveaux de résultats sont proposés. Le premier revient à éclairer le phénomène de banalisation du dispositif PTCE à l’échelle nationale, qui est d’abord caractérisé par une logique civique de développement territorial alternatif qui se voit ensuite remplacée par une logique gestionnaire de normalisation de l’ESS. Le second niveau de résultats consiste à caractériser les modalités d’appropriation de ce dispositif à l’échelle méso des deux cas analysés. Il en ressort que le PTCE qui parvient à survivre et à se développer est celui qui hybride les logiques civique et gestionnaire. Le second PTCE, très façonné par la logique civique, ne parvient pas à pérenniser son activité et suscite un rejet du dispositif, dont il ne partage aucunement l’intention stratégique. Conjuguer une posture critique à une analyse néo-institutionnaliste nous permet de dégager plusieurs apports théoriques. (1) Nous dessinons les contours conceptuels d’un nouveau type de dispositif que nous qualifions de normalisateur. (2) L’analyse du travail institutionnel dans un contexte de pluralisme institutionnel met en évidence un nouveau type de pratiques : celles qui ont trait à la résistance institutionnelle.

  • French
    Authors: 
    Léothier, Laurent;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    International audience

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  • French
    Authors: 
    Perez Quintero, Alvaro Luis;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France
    Project: NSF | Quantitative Trait Locus ... (1444511)

    Transcription activator-like (TAL) effectors are proteins found mainly in the genus of Xanthomonas phytopathogenic bacteria. These proteins enter the nucleus of cells in the host plant and can induce the expression of genes. The induction of “susceptibility” S genes in the plant will result in disease. TAL effectors are able to bind DNA thanks to a unique motif consisting of a series of nearly-identical repeats that wrap around the DNA forming a super-helix, in each repeat two amino-acids found in a loop on the inner side of the helix directly interact with nucleotides. Different combination of amino-acids in this loop bind specific nucleotides following a unique code.A consequence of this tight interaction is that plants and bacteria co-evolve following an arms race where the plant genome diversifies to avoid being targeted by the TAL effectors, while tal effector genes diversify to adapt to new targets.Various aspects of TAL effector evolution are still unknown, specially how does specificity arise towards certain targets in the host plant? As first steps towards answering this question, in these thesis we show the results of using primarily bioinformatic strategies to find evolutionary patterns in TAL effector sequences. We designed the suite “QueTAL” containing software for 1) the construction of phylogenetic trees based on repeat sequences, 2) comparison of predicted binding sites for TAL effectors, 3) identification of repeat motifs in TAL effector pairs. This suite was made publicly available and it is being actively used by the Xanthomonas research community.We used these programs along with other strategies to analyze variation in over 900 TAL effector sequences from 22 taxonomic groups finding 1) a loss of diversity of repeats through the Xanthomonas genus, which may impact the evolution of TAL effector architecture, 2) groups of TAL effector orthologs specific to certain taxonomic groups of pathovars that may share common functions, 3) evidence of repeat motifs shared and lost between TAL effectors hinting at extensive recombination (particularly gene conversion) events. We propose that the swapping of repeat blocks between TAL effectors is a motor for TAL effector specialization that allows for fast functional diversification through the acquisition of new targets in the host plants.We then analyzed in detail the diversity of TAL effector sequences in African strains of Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo), causing agent of bacterial leaf blight of rice, the most destructive bacterial disease in rice. We found indications of virulence activity of a TAL effector being the product of a gene conversion event, supporting our hypothesis of gene conversion as a motor of TAL effector evolution. We also used transcriptomic data and systematic gain-of-function assays to uncover a TAL effector that exerts a virulence role through the induction of two susceptibility genes, one of which represents a novel class of susceptibility gene in bacterial blight. Finally, we present partial results of transcriptomic analyses aimed at de-constructing the effects of each TAL effector from one strain on the rice transcriptome, as well as results from collaborative functional and evolutionary analyses in other groups of Xanthomonas.Altogether, this thesis offers a new conceptual framework and new tools for the analysis of TAL effector function and evolution, and we hope this will help in the design of strategies aimed at improving resistance to bacteria in agronomically important plants.; Les effecteurs TAL (« Transcription Activator-Like ») sont des protéines présentes majoritairement chez les bactéries phytopathogènes du genre Xanthomonas. Ces protéines bactériennes sont dirigées vers le noyau des cellules de la plante hôte où elles induisent l’expression de gènes. L’induction de gènes de « susceptibilité » de la plante est responsable de la maladie. Les effecteurs TAL sont capables de se lier à l’ADN grâce à un motif particulier consistant en une série de répétitions quasi-identiques s’enroulant autour de l’ADN et formant une super-hélice. Au sein des répétitions deux acides aminés localisés à l’intérieur de chaque boucle de la super-hélice interagissent directement et spécifiquement avec les nucléotides. Des combinaisons différentes de ces deux acides aminés se lient spécifiquement à certains nucléotides, selon un code unique.Une conséquence de cette interaction étroite est que les plantes et les bactéries co-évoluent selon une course aux armements où le génome de la plante se diversifie pour éviter d’être la cible des effecteurs TAL, tandis que les gènes tal se diversifient pour s’adapter à de nouvelles cibles. Les aspects évolutifs des effecteurs TAL sont encore largement inconnus, notamment comment la spécificité évolue vers de nouvelles cibles végétales. Cette thèse présente les premiers travaux sur la compréhension des mécanismes évolutifs des gènes tal, principalement abordés par la bioinformatique. Nous avons développé la suite de programmes « QueTAL » qui permet d’une part la construction d’arbres phylogénétiques basés soit sur la séquence des répétitions, soit sur la séquence des sites cibles, d’autre part la recherche de motifs de répétitions pouvant constituer les unités évolutives des effecteurs TAL. Cette suite bioinformatique est publique, en ligne, et activement utilisée par la communauté des scientifiques travaillant sur les effecteurs TAL des Xanthomonas.Ces programmes ont été appliqués (ainsi que d’autres approches) à plus de 900 séquences d’effecteurs TAL de 22 groupes bactériens. Nous avons mis en évidence i) une perte de diversité dans les répétitions chez les Xanthomonas, qui aurait des conséquence sur l’évolution de la structure des effecteurs TAL; ii) l’existence de groupes fonctionnels de gènes tal spécifiques à certains pathovars ; iii) un probable mécanisme évolutif reposant sur la recombinaison (principalement par conversion génique), révélé par le gain ou la perte de répétitions en blocs entiers. Notre hypothèse est que le moteur de la spécialisation des effecteurs TAL est la recombinaison de ces blocs entre gènes conduisant à une diversification fonctionnelle rapide vers de nouvelles cibles végétales.Nous avons ensuite analysé plus en détail la diversité des séquences TAL de souches africaines de Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo), agent de la bactériose vasculaire, maladie bactérienne la plus importante du riz. Nous avons montré qu’un gène tal résultant d’une conversion génique pouvait être fonctionnel, indiquant que ce mécanisme peut être un moteur évolutif chez les effecteurs TAL. Les données de transcriptomique et de gain de fonction ont permis de mettre en évidence un effecteurs TAL dont la virulence s’exerce par l’activation de deux gènes de susceptibilité, dont l’un n’avait jamais été décrit chez Xoo. Enfin nous présentons des résultats préliminaires sur les effets d’une déconstruction de TALome sur le transcriptome de riz ainsi que des travaux fonctionnels et évolutifs issus de collaborations sur d’autres Xanthomonas.Cette thèse offre un nouveau cadre conceptuel ainsi que de nouveaux outils pour l’analyse fonctionnelle et évolutive des effecteurs TAL qui devraient améliorer la mise au point de stratégies pour la résistance des plantes aux Xanthomonas.

  • Open Access French
    Authors: 
    Pommier, Cyril; Dzale Yeumo, Windpouire Esther;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    National audience

  • Open Access French
    Authors: 
    Yinan Zhou; Pierre Kaser;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Presentation Dernier rejeton d'une longue lignee d'homme de lettres, le jeune Zhang Dai 張岱 (1597-1681) connut l'opulence d'un riche lettre oisif, s'adonnant tout a loisir a sa passion pour la litterature et a son gout tres marque pour le theâtre avant de tout perdre au moment de la chute des Ming 明 (1644). Reste fidele a la defunte dynastie, il brava les interdits en en redigeant l'histoire. Depouille et traque, il eprouva la misere et la clandestinite, ce qui explique que la plupart de ses e...

  • Open Access French
    Authors: 
    Dobrian, Christopher;
    Publisher: HAL CCSD
    Countries: France, United States

    International audience; La musique véhicule souvent une impression de “geste”, une évocation de mouvement et d’énergie, qui la rend spectaculaire, passionnante et expressive. Dans la production de musique générée par le truchement d’algorithmes, une question commune est d’imprégner le son de la nervosité et de la vitalité de la performance live. Dans le cas de la musique mixte, un défi supplémentaire est de programmer l’ordinateur pour interpréter les qualités expressives de la musique jouée en temps réel.Je présente lors de cette conférence une approche pour analyser et caractériser automatiquement le geste dans le son musical, comme manière d’améliorer l’interaction de l’ordinateur avec le performer humain dans le cadre d’une improvisation live. En décrivant la musique comme des motifs (patterns) de données paramétriques changeantes, l’ordinateur peut stocker et catégoriser des descripteurs de gestes musicaux. Dans un second temps, nous pouvons alors considérer comment les dérivations de ces données d’analyse –les manières dont les données changent au cours du temps –caractérisent la qualité gestuelle de chaque performance. Dans le cas de la musique générée algorithmiquement, le contrôle de ces dérivations du changement des paramètres musicaux peut améliorer le potentiel expressif de l’improvisation avec ordinateur.

  • French
    Authors: 
    Pacaud, Jean-Michel;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    International audience; Résumé: Le nom Gibbolucina aremorica nom. nov. est ici proposé pour corriger l'homonymie primaire Lucina profunda Dufour, 1881 de l'Éocène de Loire-Atlantique non Lucina profunda Deshayes, 1850 [= Diplodonta], une espèce du Néogène du bassin d'Aquitaine, non Lucina profunda White, 1881, une espèce du Crétacé du Colorado (USA). Par ailleurs, le nom Diplodonta profunda Deshayes, 1857, introduit pour une espèce du Lutétien (Éocène moyen), homonyme de Diplodonta profunda (Deshayes, 1850), est renommé Diplodonta oesia nom. nov. Abstract: Gibbolucina aremorica nom. nov. is proposed here to correct the primary homonymy Lucina profunda Dufour, 1881 from the Eocene of Loire-Atlantique (France) non Lucina profunda Deshayes, 1850 [= Diplodonta], a Neogne species of the Aquitaine basin, non Lucina profunda White, 1881, a Cretaceous species of Colorado (USA). Moreover, the name Diplodonta profunda Deshayes, 1857, introduced for a species of the Lutetian (Middle Eocene), homonym of Diplodonta profunda (Deshayes, 1850), is renamed Diplodonta oesia nom. nov.

  • French
    Authors: 
    Aurore Vigan; Melynda Hassouna; Coline Brame; Nadège Edouard; Eglin, T.; Espagnol, S.; Maguy Eugène; Sophie Génermont; Guingand, N.; Lagadec, S.; +4 more
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    National audience; The increasing demand for animal products is a major challenge for the livestock sector that must reduce its environmental impacts and ensure its sustainability. This sector has been identified as an important contributor to polluting gas emissions. Improving the knowledge on the origin and the magnitude of air pollutants and greenhouse gases emissions from livestock sector is essential to address climate change and to contribute to improve air quality with the evolution of breeding practices (feeding strategy, manure management, etc.). A consortium involving research and extension services partners was created to build a database called ELFE (ELevages et Facteurs d’Emission) with international data from literature references focusing on emissions of ammonia, greenhouse gases, particles and odors on the different steps of manure management of cattle, pig and poultry productions systems and their associated key variables. Around 350 publications (among 1 000 publications collected) are integrated into the database and provide more than 5 200 emission values. The ELFE database allows calculating average of emission and their standard deviation taking into account the diversity of livestock systems. These data can be used to provide emission factor for national inventories for specific livestock systems and also, to evaluate practices on gas emissions mitigation. This database can also be used to analyze the influence of key variables on the emission factor variability using multicriteria assessment (climate, building type, etc.). Moreover, this database propose a classification of emission factor into three classes according to the degree on which information about their most influential key variables was complete (>50 % ; 30-50 % ; 50 % ; 30-50 % ; <30 % des métadonnées renseignées) afin d’évaluer son niveau de description.

  • French
    Authors: 
    Gama, Remigius;
    Publisher: HAL CCSD
    Project: NSF | Seismological Facilities ... (1261681), ANR | CoLiBrEA (ANR-12-JS06-0004)

    Any kinematic model applied to the southerly-propagating and diverging South Kenya rift (SKR) should necessarily integrate the structure of the Magadi-Natron axial trough (previous studies), but also those of the Oldoinyo Ogol (OOB) offset block to the west. Our work is chiefly based on SRTM 30 m satellite imagery analysis, and allows us (1) to precise the morphostructural arrangement of the entire SKR,(2) to identify 2 successive border faults systems, (3) to emphasize the role of the Ol Doinyo Ogol master fault, (4) to elaborate a 2-stage rift model (7-3 Ma et <3 Ma), and (5) to attribute a key-role to a transverse Proterozoic discontinuity on the lateral shift of the OOB, as well as on the split of the rift into the Eyasi rift arm and on the off-axis location of the early Crater Highlands magmatic segment, hence demonstrating the importance of basement structural inheritance on rift kinematics.The quantitative analysis of fault populations shows the restricted nature of most intra-rift faults, and leads us to precise the spatiotemporal evolution of extension from a stage of localized strain (border faults) to a stage of diffuse extension (<3 Ma).From the analysis of the river drainage extracted from the basement uplifted block bounding the rift system to the west, it is assumed that (1) lithological and tectonic basement features exerted a strong control on the river network, (2) fault-related basement uplift is polyphased, and (3) the unsteady nature of the present-day river drainage is due to still active rift-flank uplift in the southern portion of the rift system.; Tout modèle cinématique appliqué à la propagation du rift sud kenyan (RSK) et à sa divergence vers l’ouest au nord de la Tanzanie (DNT) doit nécessairement intégrer la vallée axiale Magadi-Natron (études antérieures), mais aussi le bloc soulevé Oldoinyo Ogol (OOB) à l’ouest (ce travail). Notre étude, basée pour l'essentiel sur l'interprétation d'imagerie satellitale SRTM 30 m, nous permet (1) de préciser l'organisation morphostructurale de l'ensemble du RSK, (2) d'identifier 2 systèmes successifs de failles bordières, (3) d'affirmer le rôle majeur de celle d'Oldoinyo Ogol, (4) d'élaborer un modèle de rifting en 2 étapes (7-3 Ma et <3 Ma) et (5) d'attribuer le « shift » latéral du domaine rifté (OOB), puis sa divergence le long de la branche d'Eyasi (DNT) à la présence d'une discontinuité transverse protérozoïque, à laquelle on rapporte aussi le développement précoce et 'hors axe' du segment magmatique des « Crater Highlands », démontrant ainsi l'importance de l'héritage structural sur la cinématique du rifting. L’analyse quantitative des populations de failles démontre le caractère « restricted » des failles intrarift et aboutit aussi à préciser l'évolution, dans l'espace et le temps, du taux d'extension, depuis un stade précoce à déformation localisée jusqu'à un stade récent à déformation diffuse (<3 Ma). L’analyse des réseaux de drainage identifiés sur le compartiment de socle bordant à l'ouest le dispositif RSK-NTD démontre (1) leur contrôle étroit par le dispositif lithologique et tectonique du socle, (2) la nature polyphasée du soulèvement lié aux failles bordières, et (3) le caractère déséquilibré du réseau actuel en cours de soulèvement.

  • Open Access French
    Authors: 
    Sécou Omar Diedhiou; Oumar Sy; Christine Margetic;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Située au Sud-ouest du Sénégal, la ville de Ziguinchor appartient à la Basse Casamance. Développée sur un site fluvial, elle offre des conditions écologiques favorables à l’agriculture qui se trouve néanmoins affectée par une croissance démographique qui génère parfois des conflits d’utilisation du sol. Cet article interroge ainsi la place des agriculteurs urbains dans l’approvisionnement de la ville en identifiant les acteurs concernés, les modes d’accès à la terre, leurs pratiques et la façon dont l’activité agricole contribue à la sécurisation de leurs revenus.En l’absence de statistiques officielles, un travail qualitatif a été mené. Il s’est appuyé sur l’exploitation de 248 questionnaires soumis aux exploitants agricoles et de 130 autres aux marchands de légumes en 2016 et 2017. L’extension urbaine de Ziguinchor remonte aux années 1970 et contribue à la déstructuration des espaces agricoles, mais dans le même temps, cette croissance a pour corollaire une demande d’autant plus forte en denrées alimentaires que le périmètre communal a été élargi (de 3400 ha en 1972 à 4450 ha depuis 2002). Pour les exploitants, l’enjeu est double : maintenir l’autoconsommation familiale en riz, malgré une rétraction des terres cultivables, et dégager un revenu par la vente de légumes pour l’achat de denrées en période de soudure surtout. A la différence d’autres villes d’Afrique de l’Ouest, les femmes occupent une place centrale dans le système local, de la production à la commercialisation, en conjuguant plusieurs sites de production : un premier attenant au domicile, un autre dans les bas-fonds et un dernier sur le plateau. Fondamentales pour leur propre sécurité alimentaire, mais aussi pour celle de la ville, la pérennité de leurs pratiques suppose l’intégration de cette agriculture urbaine dans des politiques de développement urbain volontaristes. Located in south-western of Senegal, Ziguinchor is in Lower Casamance. Developed on a river site, it offers favorable ecological conditions to develop agricultural activities. However, this ecological advantages are affected by a population growth that generates some direct and indirect issues. This article examines the role of urban farmers in supplying the city by identifying the actors involved, the methods of access to land, their practices and the way in which agricultural activity contributes to securing their income.In the absence of official statistics, the latter authors’ statement is confirmed in the city through a questionary methodology near 248 farmers and 130 vegetable traders in 2016 and 2017. The choice of Ziguinchor is relevant. The urban extension that goes back to the 1970s contributes both to the de-structuring of agricultural spaces and the stronger demand for foodstuffs, which grows as the municipal area has been enlarged (from 3 400 ha in 1972 to 4 450 ha since 2002). For farmers’ perspectives, the challenge is twofold. The first challenge is to be able to maintain family self-consumption in rice, despite a retreat of arable land, while the second one is relay on generating income through the sale of vegetables for the purchase of food during the lean season. Unlike other cities in West Africa, women play a key role in the local agricultural value chain (i.e. from production to marketing) by combining several production sites: one site in home, in the shallows and other in the plateau. This combination of several production sites is fundamental not only for their own food security, but also for that of the city. Moreover, the durability of their practices supposes the integration of urban agriculture in voluntary urban development policies.

  • French
    Authors: 
    Bourbousson, Céline;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Our research focuses on the adoption of a dispositive (Foucault, 1977) destinated to territorial polarization projects in the field of social and solidarity economy. We build on a multi-scalar approach which consists in : (1) a qualitative survey of the construction of the Pôle Territorial de Coopération Economique (“Territorial Cluster for Economic Cooperation”) policy by national actors, (2) two case studies of two of these clusters, selected in region Paca. More specifically, we build on the institutional work theory to characterize the practices deployed by the two TCECs in order to appropriate the dispositive in a context of institutional pluralism. Two levels of results are proposed. The first one sheds light on the banalisation process of the TCEC dispositive at the national level, which is first dominated by a civic logic of alternative territorial development that is then effaced by a a managerial logic of normalization of SSE. The second level of results consists in characterizing the modalities of appropriation of this dispositive at the meso scale of the two clusters analysed. It appears that the TCEC which manages to survive and develop is the one that hybridizes the civic and managerial logics. The other one, particularly shaped by the civic logic, doesn’t manage to perpetuate its activities and implies a reject of the dispositive, since it doesn’t share its strategic intention. Combining a critical approach and a neo-institutionalist analysis leads to several theoretical contributions. (1) We draw the outlines of a new type of dispositive that we conceptualize as a normalizing dispostive. (2) The analysis of institutional work in a context of institutional pluralism highlights a new type of practices : the ones which deal with institutional resistance.; Notre recherche propose d’appréhender la « mise en dispositif », au sens de Foucault (1977), de projets de polarisation territoriale dans le champ de l’économie sociale et solidaire (ESS). Nous nous appuyons sur une analyse multi-niveaux qui se décline sous la forme : (1) d’une enquête qualitative sur l’élaboration du dispositif Pôle Territorial de Coopération Economique (PTCE) par les acteurs nationaux, (2) de deux études de cas auprès de deux de ces pôles en région Paca. Plus précisément, nous mobilisons la grille d’analyse du travail institutionnel pour cerner les pratiques mises en oeuvre par les deux PTCE pour s’approprier le dispositif dans un contexte de pluralisme institutionnel. Deux niveaux de résultats sont proposés. Le premier revient à éclairer le phénomène de banalisation du dispositif PTCE à l’échelle nationale, qui est d’abord caractérisé par une logique civique de développement territorial alternatif qui se voit ensuite remplacée par une logique gestionnaire de normalisation de l’ESS. Le second niveau de résultats consiste à caractériser les modalités d’appropriation de ce dispositif à l’échelle méso des deux cas analysés. Il en ressort que le PTCE qui parvient à survivre et à se développer est celui qui hybride les logiques civique et gestionnaire. Le second PTCE, très façonné par la logique civique, ne parvient pas à pérenniser son activité et suscite un rejet du dispositif, dont il ne partage aucunement l’intention stratégique. Conjuguer une posture critique à une analyse néo-institutionnaliste nous permet de dégager plusieurs apports théoriques. (1) Nous dessinons les contours conceptuels d’un nouveau type de dispositif que nous qualifions de normalisateur. (2) L’analyse du travail institutionnel dans un contexte de pluralisme institutionnel met en évidence un nouveau type de pratiques : celles qui ont trait à la résistance institutionnelle.

  • French
    Authors: 
    Léothier, Laurent;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    International audience

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