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378 Research products, page 1 of 38

  • 2017-2021
  • US
  • French
  • Mémoires en Sciences de l'Information et de la Communication
  • Hyper Article en Ligne - Sciences de l'Homme et de la Société

10
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  • French
    Authors: 
    Perez Quintero, Alvaro Luis;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France
    Project: NSF | Quantitative Trait Locus ... (1444511)

    Transcription activator-like (TAL) effectors are proteins found mainly in the genus of Xanthomonas phytopathogenic bacteria. These proteins enter the nucleus of cells in the host plant and can induce the expression of genes. The induction of “susceptibility” S genes in the plant will result in disease. TAL effectors are able to bind DNA thanks to a unique motif consisting of a series of nearly-identical repeats that wrap around the DNA forming a super-helix, in each repeat two amino-acids found in a loop on the inner side of the helix directly interact with nucleotides. Different combination of amino-acids in this loop bind specific nucleotides following a unique code.A consequence of this tight interaction is that plants and bacteria co-evolve following an arms race where the plant genome diversifies to avoid being targeted by the TAL effectors, while tal effector genes diversify to adapt to new targets.Various aspects of TAL effector evolution are still unknown, specially how does specificity arise towards certain targets in the host plant? As first steps towards answering this question, in these thesis we show the results of using primarily bioinformatic strategies to find evolutionary patterns in TAL effector sequences. We designed the suite “QueTAL” containing software for 1) the construction of phylogenetic trees based on repeat sequences, 2) comparison of predicted binding sites for TAL effectors, 3) identification of repeat motifs in TAL effector pairs. This suite was made publicly available and it is being actively used by the Xanthomonas research community.We used these programs along with other strategies to analyze variation in over 900 TAL effector sequences from 22 taxonomic groups finding 1) a loss of diversity of repeats through the Xanthomonas genus, which may impact the evolution of TAL effector architecture, 2) groups of TAL effector orthologs specific to certain taxonomic groups of pathovars that may share common functions, 3) evidence of repeat motifs shared and lost between TAL effectors hinting at extensive recombination (particularly gene conversion) events. We propose that the swapping of repeat blocks between TAL effectors is a motor for TAL effector specialization that allows for fast functional diversification through the acquisition of new targets in the host plants.We then analyzed in detail the diversity of TAL effector sequences in African strains of Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo), causing agent of bacterial leaf blight of rice, the most destructive bacterial disease in rice. We found indications of virulence activity of a TAL effector being the product of a gene conversion event, supporting our hypothesis of gene conversion as a motor of TAL effector evolution. We also used transcriptomic data and systematic gain-of-function assays to uncover a TAL effector that exerts a virulence role through the induction of two susceptibility genes, one of which represents a novel class of susceptibility gene in bacterial blight. Finally, we present partial results of transcriptomic analyses aimed at de-constructing the effects of each TAL effector from one strain on the rice transcriptome, as well as results from collaborative functional and evolutionary analyses in other groups of Xanthomonas.Altogether, this thesis offers a new conceptual framework and new tools for the analysis of TAL effector function and evolution, and we hope this will help in the design of strategies aimed at improving resistance to bacteria in agronomically important plants.; Les effecteurs TAL (« Transcription Activator-Like ») sont des protéines présentes majoritairement chez les bactéries phytopathogènes du genre Xanthomonas. Ces protéines bactériennes sont dirigées vers le noyau des cellules de la plante hôte où elles induisent l’expression de gènes. L’induction de gènes de « susceptibilité » de la plante est responsable de la maladie. Les effecteurs TAL sont capables de se lier à l’ADN grâce à un motif particulier consistant en une série de répétitions quasi-identiques s’enroulant autour de l’ADN et formant une super-hélice. Au sein des répétitions deux acides aminés localisés à l’intérieur de chaque boucle de la super-hélice interagissent directement et spécifiquement avec les nucléotides. Des combinaisons différentes de ces deux acides aminés se lient spécifiquement à certains nucléotides, selon un code unique.Une conséquence de cette interaction étroite est que les plantes et les bactéries co-évoluent selon une course aux armements où le génome de la plante se diversifie pour éviter d’être la cible des effecteurs TAL, tandis que les gènes tal se diversifient pour s’adapter à de nouvelles cibles. Les aspects évolutifs des effecteurs TAL sont encore largement inconnus, notamment comment la spécificité évolue vers de nouvelles cibles végétales. Cette thèse présente les premiers travaux sur la compréhension des mécanismes évolutifs des gènes tal, principalement abordés par la bioinformatique. Nous avons développé la suite de programmes « QueTAL » qui permet d’une part la construction d’arbres phylogénétiques basés soit sur la séquence des répétitions, soit sur la séquence des sites cibles, d’autre part la recherche de motifs de répétitions pouvant constituer les unités évolutives des effecteurs TAL. Cette suite bioinformatique est publique, en ligne, et activement utilisée par la communauté des scientifiques travaillant sur les effecteurs TAL des Xanthomonas.Ces programmes ont été appliqués (ainsi que d’autres approches) à plus de 900 séquences d’effecteurs TAL de 22 groupes bactériens. Nous avons mis en évidence i) une perte de diversité dans les répétitions chez les Xanthomonas, qui aurait des conséquence sur l’évolution de la structure des effecteurs TAL; ii) l’existence de groupes fonctionnels de gènes tal spécifiques à certains pathovars ; iii) un probable mécanisme évolutif reposant sur la recombinaison (principalement par conversion génique), révélé par le gain ou la perte de répétitions en blocs entiers. Notre hypothèse est que le moteur de la spécialisation des effecteurs TAL est la recombinaison de ces blocs entre gènes conduisant à une diversification fonctionnelle rapide vers de nouvelles cibles végétales.Nous avons ensuite analysé plus en détail la diversité des séquences TAL de souches africaines de Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo), agent de la bactériose vasculaire, maladie bactérienne la plus importante du riz. Nous avons montré qu’un gène tal résultant d’une conversion génique pouvait être fonctionnel, indiquant que ce mécanisme peut être un moteur évolutif chez les effecteurs TAL. Les données de transcriptomique et de gain de fonction ont permis de mettre en évidence un effecteurs TAL dont la virulence s’exerce par l’activation de deux gènes de susceptibilité, dont l’un n’avait jamais été décrit chez Xoo. Enfin nous présentons des résultats préliminaires sur les effets d’une déconstruction de TALome sur le transcriptome de riz ainsi que des travaux fonctionnels et évolutifs issus de collaborations sur d’autres Xanthomonas.Cette thèse offre un nouveau cadre conceptuel ainsi que de nouveaux outils pour l’analyse fonctionnelle et évolutive des effecteurs TAL qui devraient améliorer la mise au point de stratégies pour la résistance des plantes aux Xanthomonas.

  • French
    Authors: 
    Aurore Vigan; Melynda Hassouna; Coline Brame; Nadège Edouard; Eglin, T.; Espagnol, S.; maguy EUGENE; Sophie Genermont; Guingand, N.; Lagadec, S.; +4 more
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    National audience; The increasing demand for animal products is a major challenge for the livestock sector that must reduce its environmental impacts and ensure its sustainability. This sector has been identified as an important contributor to polluting gas emissions. Improving the knowledge on the origin and the magnitude of air pollutants and greenhouse gases emissions from livestock sector is essential to address climate change and to contribute to improve air quality with the evolution of breeding practices (feeding strategy, manure management, etc.). A consortium involving research and extension services partners was created to build a database called ELFE (ELevages et Facteurs d’Emission) with international data from literature references focusing on emissions of ammonia, greenhouse gases, particles and odors on the different steps of manure management of cattle, pig and poultry productions systems and their associated key variables. Around 350 publications (among 1 000 publications collected) are integrated into the database and provide more than 5 200 emission values. The ELFE database allows calculating average of emission and their standard deviation taking into account the diversity of livestock systems. These data can be used to provide emission factor for national inventories for specific livestock systems and also, to evaluate practices on gas emissions mitigation. This database can also be used to analyze the influence of key variables on the emission factor variability using multicriteria assessment (climate, building type, etc.). Moreover, this database propose a classification of emission factor into three classes according to the degree on which information about their most influential key variables was complete (>50 % ; 30-50 % ; 50 % ; 30-50 % ; <30 % des métadonnées renseignées) afin d’évaluer son niveau de description.

  • Open Access French
    Authors: 
    Yinan Zhou; Pierre Kaser;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Presentation Dernier rejeton d'une longue lignee d'homme de lettres, le jeune Zhang Dai 張岱 (1597-1681) connut l'opulence d'un riche lettre oisif, s'adonnant tout a loisir a sa passion pour la litterature et a son gout tres marque pour le theâtre avant de tout perdre au moment de la chute des Ming 明 (1644). Reste fidele a la defunte dynastie, il brava les interdits en en redigeant l'histoire. Depouille et traque, il eprouva la misere et la clandestinite, ce qui explique que la plupart de ses e...

  • Open Access French
    Authors: 
    Pommier, Cyril; Dzale Yeumo, Windpouire Esther;
    Country: France

    National audience

  • Open Access French
    Authors: 
    Dobrian, Christopher;
    Publisher: HAL CCSD
    Countries: United States, France

    International audience; La musique véhicule souvent une impression de “geste”, une évocation de mouvement et d’énergie, qui la rend spectaculaire, passionnante et expressive. Dans la production de musique générée par le truchement d’algorithmes, une question commune est d’imprégner le son de la nervosité et de la vitalité de la performance live. Dans le cas de la musique mixte, un défi supplémentaire est de programmer l’ordinateur pour interpréter les qualités expressives de la musique jouée en temps réel.Je présente lors de cette conférence une approche pour analyser et caractériser automatiquement le geste dans le son musical, comme manière d’améliorer l’interaction de l’ordinateur avec le performer humain dans le cadre d’une improvisation live. En décrivant la musique comme des motifs (patterns) de données paramétriques changeantes, l’ordinateur peut stocker et catégoriser des descripteurs de gestes musicaux. Dans un second temps, nous pouvons alors considérer comment les dérivations de ces données d’analyse –les manières dont les données changent au cours du temps –caractérisent la qualité gestuelle de chaque performance. Dans le cas de la musique générée algorithmiquement, le contrôle de ces dérivations du changement des paramètres musicaux peut améliorer le potentiel expressif de l’improvisation avec ordinateur.

  • French
    Authors: 
    Ayachi, Safia;
    Publisher: HAL CCSD
    Project: NIH | CANCER CENTER SUPPORT (5P30CA014520-18), EC | ESATM (655598), NIH | Defining Islet Heterogene... (1UC4DK104155-01)

    Pain is a major health problem that reduces quality of life and imparts high social and economic costs. Despite efforts to develop new analgesics, opiates remain the most effective way to reduce severe pain. However, their prolonged use is associated with the development of analgesic tolerance and hypersensitivity to pain (hyperalgesia). It has been proposed that these phenomena would result from the activation of anti-opioid system like RF-amide receptors system, but their mechanism of action is still poorly understood. The objective of this project was to study the involvement of NPFFR1, NPFFR2 and GPR103a receptors in the development of opioidinduced hyperalgesia. This work gave an overall view of the effects of the RF-amide system and mainly of GPR103a, ranging from the cellular level, to the expression of mRNAs, to the modulation of the 26RFa-induced neuronal activity, up to an integrated level via an in vivo approach and the study of nociceptive thresholds and pain in mice. By addressing the issue of side effects associated with opioid chronic treatments, this project may lead to the development of promising strategies for pain treatment.; La douleur est un problème de santé publique majeur qui réduit la qualité de vie des patients et engendre un coût élevé pour la société. Malgré les efforts fournis pour développer de nouveaux analgésiques, les opiacés restent le moyen le plus efficace pour réduire la douleur moyenne à intense. Cependant, leur utilisation prolongée est responsable du développement d’une tolérance à leurs effets analgésiques et d’une hypersensibilité à la douleur (hyperalgésie). Il a été proposé que ces phénomènes pourraient résulter de l'activation d’un système anti-opioïde tel que celui des récepteurs RF-amide, mais leurs mécanismes d’action sont encore mal compris. L'objectif de ce projet a ainsi été d'étudier l'implication des récepteurs RF-amide NPFFR1, NPFFR2 et GPR103a dans le développement de l'hyperalgésie induite par les opiacés. Allant du niveau cellulaire, en s’intéressant à l’expression des ARNm, à la modulation de l’activité neuronale induite par le 26RFa, jusqu’à un niveau plus intégré via une approche in vivo et l’étude des seuils nociceptifs et de la douleur chez la souris ; ce travail a permis d’avoir une vision globale des effets du système RF-amide et principalement de GPR103a. En abordant la question des effets secondaires associés aux traitements chroniques opiacés, ce projet pourrait conduire à l'élaboration de stratégies de traitement de la douleur prometteuses.

  • French
    Authors: 
    dupré, frédéric;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    In France, localized units for inclusive education (ULIS) within the college have experienced a strong development since the law of February 11, 2005. These devices allow students recognized institutionally disabled to have a schooling in an ordinary class while benefiting from a support device. These students benefit from a shared schedule that leads them to attend various didactic systems, whether in the regular classroom or in the context of the specialized group. Our research work focuses on observing inclusive mathematical practices in these ULIS devices. In particular, we seek to find out what are the favorable conditions for the specialized grouping (auxiliary didactic system) to play a role in assisting the study with regard to the ordinary class (main didactic system). To study the question of articulations between different didactic systems we place ourselves in a double theoretical framework. The comparative approach in didactics combined with tools from mathematical didactics allows us to compare different didactic systems from the analysis of the time frames produced by these systems. This work, based on four case studies carried out in four different colleges, shows that if the articulation between the class and the specialized group is an object thought by a majority of the actors met, the assistance to the study of auxiliary didactic system vis-à-vis the main didactic system is possible when certain conditions are met, but it is not systematic.; En France, les unités localisées pour l’inclusion scolaire (ULIS) au sein des collèges ont connu un fort développement depuis la loi du 11 février 2005. Ces dispositifs permettent à des élèves reconnus institutionnellement handicapés (ERIH) d’avoir une scolarité dans une classe ordinaire tout en bénéficiant d’un dispositif de soutien. Les élèves bénéficient d’un emploi du temps partagé qui les amène à fréquenter différents systèmes didactiques, que ce soit au sein de la classe ordinaire ou dans le cadre du regroupement spécialisé. Notre travail de recherche s’attache à observer des pratiques inclusives en mathématiques dans le cadre de ces dispositifs ULIS. Nous cherchons plus particulièrement à dégager quelles sont les conditions favorables pour que le regroupement spécialisé (système didactique auxiliaire - SDA) puisse jouer un rôle d’aide à l’étude vis-à-vis de la classe ordinaire (système didactique principal - SDP). Pour étudier la question des articulations entre différents systèmes didactiques nous nous plaçons dans un double cadre théorique. L’approche comparatiste en didactique, associée à des outils issus de la didactique de mathématiques, nous permet de comparer différents systèmes didactiques à partir de l’analyse des cadres temporels produits par ces systèmes. Ce travail, mené à partir de quatre études de cas réalisées dans quatre collèges différents, permet de mettre en évidence que si l’articulation entre la classe et le regroupement spécialisé est un objet pensé par une majorité des acteurs rencontrés, la fonction d’aide à l’étude du SDA vis-à-vis du SDP est possible lorsque certaines conditions sont réunies, mais elle n’est pas systématique.

  • Open Access French
    Authors: 
    Sécou Omar Diedhiou; Oumar Sy; Christine Margetic;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    Située au Sud-ouest du Sénégal, la ville de Ziguinchor appartient à la Basse Casamance. Développée sur un site fluvial, elle offre des conditions écologiques favorables à l’agriculture qui se trouve néanmoins affectée par une croissance démographique qui génère parfois des conflits d’utilisation du sol. Cet article interroge ainsi la place des agriculteurs urbains dans l’approvisionnement de la ville en identifiant les acteurs concernés, les modes d’accès à la terre, leurs pratiques et la façon dont l’activité agricole contribue à la sécurisation de leurs revenus.En l’absence de statistiques officielles, un travail qualitatif a été mené. Il s’est appuyé sur l’exploitation de 248 questionnaires soumis aux exploitants agricoles et de 130 autres aux marchands de légumes en 2016 et 2017. L’extension urbaine de Ziguinchor remonte aux années 1970 et contribue à la déstructuration des espaces agricoles, mais dans le même temps, cette croissance a pour corollaire une demande d’autant plus forte en denrées alimentaires que le périmètre communal a été élargi (de 3400 ha en 1972 à 4450 ha depuis 2002). Pour les exploitants, l’enjeu est double : maintenir l’autoconsommation familiale en riz, malgré une rétraction des terres cultivables, et dégager un revenu par la vente de légumes pour l’achat de denrées en période de soudure surtout. A la différence d’autres villes d’Afrique de l’Ouest, les femmes occupent une place centrale dans le système local, de la production à la commercialisation, en conjuguant plusieurs sites de production : un premier attenant au domicile, un autre dans les bas-fonds et un dernier sur le plateau. Fondamentales pour leur propre sécurité alimentaire, mais aussi pour celle de la ville, la pérennité de leurs pratiques suppose l’intégration de cette agriculture urbaine dans des politiques de développement urbain volontaristes. Located in south-western of Senegal, Ziguinchor is in Lower Casamance. Developed on a river site, it offers favorable ecological conditions to develop agricultural activities. However, this ecological advantages are affected by a population growth that generates some direct and indirect issues. This article examines the role of urban farmers in supplying the city by identifying the actors involved, the methods of access to land, their practices and the way in which agricultural activity contributes to securing their income.In the absence of official statistics, the latter authors’ statement is confirmed in the city through a questionary methodology near 248 farmers and 130 vegetable traders in 2016 and 2017. The choice of Ziguinchor is relevant. The urban extension that goes back to the 1970s contributes both to the de-structuring of agricultural spaces and the stronger demand for foodstuffs, which grows as the municipal area has been enlarged (from 3 400 ha in 1972 to 4 450 ha since 2002). For farmers’ perspectives, the challenge is twofold. The first challenge is to be able to maintain family self-consumption in rice, despite a retreat of arable land, while the second one is relay on generating income through the sale of vegetables for the purchase of food during the lean season. Unlike other cities in West Africa, women play a key role in the local agricultural value chain (i.e. from production to marketing) by combining several production sites: one site in home, in the shallows and other in the plateau. This combination of several production sites is fundamental not only for their own food security, but also for that of the city. Moreover, the durability of their practices supposes the integration of urban agriculture in voluntary urban development policies.

  • French
    Authors: 
    Pacaud, Jean-Michel;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    International audience; Résumé: Le nom Gibbolucina aremorica nom. nov. est ici proposé pour corriger l'homonymie primaire Lucina profunda Dufour, 1881 de l'Éocène de Loire-Atlantique non Lucina profunda Deshayes, 1850 [= Diplodonta], une espèce du Néogène du bassin d'Aquitaine, non Lucina profunda White, 1881, une espèce du Crétacé du Colorado (USA). Par ailleurs, le nom Diplodonta profunda Deshayes, 1857, introduit pour une espèce du Lutétien (Éocène moyen), homonyme de Diplodonta profunda (Deshayes, 1850), est renommé Diplodonta oesia nom. nov. Abstract: Gibbolucina aremorica nom. nov. is proposed here to correct the primary homonymy Lucina profunda Dufour, 1881 from the Eocene of Loire-Atlantique (France) non Lucina profunda Deshayes, 1850 [= Diplodonta], a Neogne species of the Aquitaine basin, non Lucina profunda White, 1881, a Cretaceous species of Colorado (USA). Moreover, the name Diplodonta profunda Deshayes, 1857, introduced for a species of the Lutetian (Middle Eocene), homonym of Diplodonta profunda (Deshayes, 1850), is renamed Diplodonta oesia nom. nov.

  • French
    Authors: 
    Solène Gentil;
    Publisher: HAL CCSD
    Country: France

    New energy technologies alternative to fossil fuels utilization is a key issue to mitigate greenhouse gases emission and develop a sustainable economy. In this context, platinum-based proton exchange membrane fuel cells use oxygen reduction reaction (ORR) and hydrogen oxidation reaction (HOR) to convert chemical energy into electrical energy. In nature multicopper oxidases and hydrogenases catalyze these two reactions, respectively. These enzymes and corresponding bioinspired catalysts have been used as alternatives to the rare and expensive platinum metal. First, a mononuclear bis-diphosphine nickel complex surrounded by arginine residues was immobilized onto carbon nanotubes (CNTs) and demonstrated excellent performances for HOR developing high current densities over a wide range of pH. This anode was integrated in a PEMFC, which achieved high power densities (15 mW cm-2), only five times lower as compared to classical PEMFC prepared under similar conditions. Regarding ORR catalysis, we covalently grafted LLaccases from Trametes sp C30 multicopper oxidases onto NTCs electrodes and achieved direct electron transfer. Using, bilirubin oxidase deposited on CNTs at the cathode side, we proposed a new concept of hybrid enzymatic/bio-inspired H2/air fuel cell. This hydrogen fuel cell delivered 1.8 mW.cm-2 and a high open circuit voltage of 1V. Finally, various copper complexes inspired from the active sites of copper enzymes were assessed for ORR and the first H2/air fuel cell containing noble metal-free molecular catalysts at both electrodes is reported, achieving 160 µW.cm-2 power density.; Le développement de technologies de l’énergie alternatives à la combustion des ressources fossiles est un enjeu majeur pour réduire l’émission des gaz à effet de serre et développer une économie durable. Dans cette optique, les piles à combustible à membrane échangeuses de protons (PEMFC) utilisent le platine en tant que catalyseur pour transformer l’énergie chimique en énergie électrique, en réduisant l’oxygène de l’air en eau et en oxydant l’hydrogène en protons. Dans la nature, les enzymes à cuivre et les hydrogénases catalysent respectivement ces réactions. Ces dernières, ainsi que des complexes bio-inspirés de leur site actif, ont été envisagés en tant qu’alternatives au platine, métal noble et coûteux. Ainsi, un complexe mononucléaire bisdiphosphine de nickel renfermant des acides aminés arginines en troisième sphère de coordination a été immobilisé sur une matrice de nanotubes de carbone (NTCs). Cette anode a démontré d’excellentes performances pour oxyder l’hydrogène avec des densités de courant élevées et sur une large gamme de pH. Son utilisation dans une PEMFC a permis d’obtenir une densité de puissance de 15 mW.cm-2, seulement cinq fois inférieure à celle d’une pile classique à base de platine préparée dans les mêmes conditions. Concernant la catalyse de réduction de l’oxygène, des méthodes covalentes ont été développéespour réaliser la connexion électronique directe de laccase de Trametes sp C30, ainsi qu’un mutant de cetten enzymesur matrice de NTCs L’’association du catalyseur de nickel avec une cathode à base de bilirubine oxydase immobilisée sur NTCs a permis de proposer un nouveau concept de pile hybride enzymatique/bio-inspirée. Une densité de puissance de l’ordre de 1,8 mW.cm-2 et une force électromotrice proche de 1V ont ainsi été mesurées pour cette pile sans métaux nobles. Le greffage de complexes de cuivre mono- et dinucléaires, bio-inspirés du site actif d’enzymes à cuivre et actifs vis-à-vis de la réduction de l’oxygène a enfin permis d’élaborer la première pile H2/air ne renfermant que des catalyseurs moléculaires et sans métaux nobles. Cette dernière délivre une densité de puissance de 160 µW.cm-2.

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